Quando o Stargate da Terra é atacado, o Coronel O'Neill é trazido de volta para investigar o fato. Como o Stargate vai apenas até Abydos, o planeta onde se encontraram com Rá, O'Neill e uma equipe de soldados embarcam para Abydos, buscando encontrar Daniel e desvendar a identidade de quem os atacou.

Continuação da primeira parte.

Os Goa'uld continuam tentando passar pela Íris sem sucesso, ela se mostra impenetrável. Mas o inimigo está aqui dentro. Um jovem Goa’uld invade o corpo do Major Kawalsky e, dominando o seu cérebro, ataca pessoas, sabota o SGC e tenta fugir com o seu corpo através do Stargate.

A Equipe SG-1 se aventura a explorar um planeta onde as mulheres são tidas como inferiores, e logo SG-1 vai precisar salvar Major Carter, que caiu prisioneira do violento chefe de uma tribo.

Depois de uma missão num mundo primitivo, a Equipe SG-1 começa a agir estranhamente, e antes que percebam, todos então brigando entre si, agindo como homens das cavernas, de maneira primitiva, violenta e irracional. Como uma doença contagiosa, esse comportamento se espalha rápido por todo SGC e ameaça infectar todo planeta.

Enquanto explorava um planeta cujo sol é forte o bastante para enlouquecer e até matar, a Equipe SG-9 desaparece. A Equipe SG-1, que foi enviada para o resgate, descobre que seu líder decidiu desertar, e louco, passa a acreditar que é um deus, e obriga o povo nativo a construir um templo sob o sol escaldante.

A Equipe SG-1 chega num estranho planeta de areias amarelas e curiosas formações de cristais azuis. Enquanto investigava um desses cristais, O'Neill é atacado por ele, e então surge um segundo O'Neill. Enquanto o verdadeiro coronel permanece desacordado no planeta, a misteriosa cópia volta junto com SG-1 para a Terra.

Enquanto exploravam um planeta a Equipe SG-1 encontra sinais de soldados Jaffas nas redondezas e decidem ir embora, mas quando tentam partir, eles descobrem que o Stargate sumiu.

A Equipe SG-1 chega a um planeta primitivo cujos habitantes afirmam viver no paraíso, protegidos pelo grande deus Pélops. Mas o que parecia ser um verdadeiro paraíso, transforma-se num enigma, uma vez que todos os habitantes cairam em um sono profundo, todos ao mesmo tempo, quando o sol se pôs, e para o espanto do restante da Equipe, O'Neill também caiu no sono.

Os Tau'ri estão a procura de uma raça tecnologicamente avançada para fazer uma aliança, mas ao chegarem no planeta, o Coronel O'Neill e Teal'C desaparecem no ar assim que atravessam o Stargate.

Analisando antigos arquivos, Daniel descobre que alguns cientistas conseguiram abrir o stargate antes dele e que um dos cientistas desapareceu durante as experiências. E agora a Equipe SG-1 recebeu a missão de seu resgate, mesmo com 50 anos de atraso.

Teal'C revela que seu filho acaba de atingir a idade do Prim'ta, uma cerimônia em que jovens Jaffas recebem seu primeiro simbionte, mas para evitar que isso aconteça, a Equipe SG-1 terá que voltar para Chulak.

O'Neill, Carter e Teal'C retornam repentinamente de uma missão, em total estado de choque, e repetindo apenas uma coisa: Daniel Jackson está morto!

Enquanto exploravam uma pirâmide na América Central, um grupo de arqueólogos descobrem um sarcófago egípcio. Curiosos, eles abrem o sarcófago e eis que a deusa Hathor acorda de seu sono milenar, com seus olhos brilhando.

A Equipe SG-1 recebe a tranquila missão de ajudar a Equipe SG-7, numa tarefa de observação astronômica, mas ao chegarem no planeta, eles descobrem que todos foram mortos por uma doença, exceto uma garotinha.

A Equipe SG-1 chega a um planeta que está a beira da destruição, com grandes erupções vulcânicas e rios de lava. Perto do portal, eles encontram humanos desacordados, cobertos de cinzas vulcânica, alguns ainda vivos. Mas quando tentam resgatá-los, um deles suplica: "Não nos ajude!".

A Equipe SG-1 faz uma evacuação de emergência, mas o stargate apresenta um mal-funcionamento e, ao invés de chegarem a Terra, O'Neill e Carter terminam sozinhos em um planeta gelado.

Enquanto exploravam uma espécie de fábrica abandonada, a Equipe SG-1 é atacada por um homem misterioso chamado Harlam, que insiste em afirmar que ele os ajudara e os tornara "melhores". O que será que ele fez aos nossos heróis?

Depois de tocar um espelho alienígena, Daniel Jackson é transportado para uma realidade alternativa onde a Terra está sendo sistematicamente aniquilada pelos Goa'ulds.

Quando volta do Espelho de P3R-233, Daniel tenta explicar ao SGC sobre o eminente ataque dos Goa'ulds à Terra, mas antes que acreditem em seus argumentos, um importante político do governo americano decide fechar o Programa Stargate, permanentemente!

O Programa Stargate está sendo oficialmente fechado, todas as atividades do Stargate estão cessando.

Para evitar o destino terrível que se aproxima, Daniel convence O'Neill, Teal'C e Sam a seguirem para as coordenadas trazidas da realidade alternativa, mesmo contrariando ordens diretas. Mas o que encontram do outro lado não é o que esperavam.