כאשר חייזרים עוצמתיים מגיעים דרך הסטארגייט של כדה"א, קולונל ג'ק אוניל חוזר לאבידוס כדי להשיב את דניאל ג'קסון שגילה כי מערכת המעבר החוצנית כוללת הרבה יותר משני כוכבי הלכת.

קולונל אוניל, המוביל את צוות ס"ג-1 החדש, עוקב אחר אפופיס בחזרה לכוכב צ'ולאק כדי להציל את שארה ואת סקארה ומתיידד עם אחד משומרי הג'אפה של אפופיס.

מייג'ור קאוולסקי נופל לשליטתו של גאולד, ובמפקדת הסטארגייט חייבים למצוא דרך להסיר אותו מבלי להרוג אותו.

ציוויליזציה זרה נאלצת לשקול מחדש את השקפותיהם על נשים כאשר קרטר יוצאת נגד מנהגיהם החברתיים.

חברי ס"ג-1 נדבקים בנגיף חייזרי שהופך אותם ליצורים פרימיטיביים. ד"ר פרייז'ר חייבת למצוא תרופה כדי להציל את הקבוצה ואת החברה החייזרית שממנו הוא הגיע.

ס"ג-1 חייבים לעצור מפקד סטארגייט סורר, לאחר שזה השתגע ומינה את עצמו כאל על כוכב זר.

במהלך משימה מחוץ לעולם, ג'ק נפגע על ידי אנרגיה מן קריסטל כחול... אשר יוצר כפי שחוזר לכדור הארץ במקומו של ג'ק.

כשהצוות נמצא תחת לחץ מצד הממשלה למצוא טכנולוגיות חדשות, ס"ג-1 מגיעים לעולם המיושב על ידי גזע פרימיטיבי לכאורה. כאשר אפופיס מגיע, ס"ג-1 אורבים לו, אך לדבר תוצאות הרות אסון.

ס"ג-1 מגלים גזע של אנשים יפיי מראה שמתבגרים במהירות רבה. המצב נעשה אישי כאשר אוניל מתחיל לסבול מאותה הזדקנות מואצת ועתה חייב לחיות את שארית חייו על אותו כוכב.

טיאלק ואוניל מועברים למערכת מבוכים תת-קרקעית שתוכננה על ידי האסגרד כדי להגן מפני הגאולד, אך כשמתברר שאותה מערכת תוקפת כל יצור בעל שיתופן, הדבר מונע מטיאלק לברוח מאותו מבוך.

ס"ג-1 עוקבים אחרי ארוסה של קתרין לנגפורד, שעשה את מסע הסטארגייט הראשון ב-1945, ומגלים אולם ישיבות עתיק שעשוי להכיל את סודות היקום עצמו.

טיאלק חוזר לצ'ולאק כדי למנוע מבני עמו להשתיל בבנו, שהגיע לגיל בגרות, זחל גאולד. לשם כך הוא נעזר במורהו הוותיק, ברייטאק וחברי ס"ג-1 שמתלווים אליו.

דניאל נלקח בשבי על ידי חייזר עם סדר יום מוסתר. בעוד ס"ג-1 נוטים להאמין שהם חזו במותו, מאוחר יותר מתברר כי אותו חייזר שתל במוחותיהם זכרונות שווא כדי שיוכל לברר מה עלה בגורלה של אהובתו.

הגאולד המגורשת האתור נמצאת בסרקופג עתיק על כדה"א. לאחר שזו מתעוררת לחיים, היא משתלטת על מפקדת הסטארגייט בתקווה לגייס צבא חדש נגד אדוני המערכת.

מחלה מסתורית מוחה את כל אוכלוסייתו של כוכב חייזרי לאחר שצוות של ס"ג מגיע אליו. משום מה, נערה אחת שורדת ואיתה קרטר מתיידדת, אבל היא מגלה שהיא מנוצלת על ידי הגאולד.

צוות ס"ג-1 מציל קבוצה של אנשים מתקדמים מכוכב שקרוב לחורבן. אותם אנשים, בני הטאלון, חייבים כעת למצוא בית חדש לפליטיהם לפני שהפנטגון יניח עליהם את ידיהם.

קולונל אוניל וקפטן קרטר מופרדים מג'קסון וטיאלק במהלך מעבר בסטארגייט ונלכדים על עולם קרח שומם, בלי שום דרך לברוח. כעת עליהם לעשות הכל כדי לשרוד.

חברי ס"ג-1 מגיעים אל P3X-989 והם מאבדים את הכרתם זמן לא רב לאחר הגעתם. הם מתעוררים וחוזרים לכדור הארץ רק כדי לגלות שהם לא בדיוק עצמם.

חפץ זר מעביר את דניאל למציאות חלופית בה הוא אינו חלק מתוכנית הסטארגייט. במציאות זו הגאולד, בראשות אפופיס ותחת פיקודו של טיאלק, פולשים לכדור הארץ ומאיימים להחריבו.

הסנאטור קינסי מגיע למפקדת הסטארגייט כדי לחקור את התוכנית ולקבוע האם היא מצדיקה את התקציב האדיר שלה, מה שמביא את הצוות להיזכר במשימות בשנה האחרונה.

ס"ג-1 נמלטים דרך הסטארגייט ומגלים כי חזון המציאות של דניאל החלופי היה נכון - אפופיס תוקף את כדור הארץ משמיים. על הצוות לעצור את אפופיס ואת בנו, קלורל, אשר שוכן בגופו של סקארה.