Acțiunea poveștii urmărește șase personaje din filmul de lung metraj și trei noi, create pentru serial. Intriga pricipală îl implică pe Apophis atacând Comandamentul Porții Stelare și pe soldații supraviețuitori din atac, care cred că el este Ra. (din filmul de lung metraj)

Colonelul O'Neill, care conduce noul SG-1, îl urmărește pe Apophis înapoi pe planeta Chulak pentru a o salva pe Sha're și Skaara și pentru a se împrieteni cu cineva din gărzile Jaffa a lui Apophis.

Maiorul Kawalsky este posedat de un Goa'uld, iar Comandamentul Porții Stelare trebuie să găsească o cale să-l înlăture fără să-l ucidă.

O civilizație extraterestră este nevoită să își reconsidere opiniile cu privire la femei atunci când Carter se revoltă împotriva obiceiurilor lor sociale.

Membrii SG-1 se infectează cu un virus extraterestru care îi transformă în ființe primitive. Dr. Fraiser trebuie să găsească un remediu pentru a salva echipa și populația străină de la care a fost contractat virusul.

SG-1 trebuie să oprească un comandant dezertor, care a înnebunit și s-a instaurat ca și zeu pe o planetă străină.

În timpul unei misiuni în afara lumii, Jack este doborât de energia unui cristal albastru ... care creează un duplicat al lui, care se întoarce pe Pământ în locul lui Jack.

Presată de guvern pentru a procura noi tehnologii, echipa SG-1 este condusă într-o lume locuită de o rasă aparent primitivă. Când Apophis sosește, SG-1 îl atrage într-o ambuscadă ce are urmări dezastruoase.

SG-1 descoperă o rasă de oameni atrăgători care îmbătrânesc extrem de rapid. Situația devine personală atunci când O'Neill începe să sufere de aceeași îmbătrânire accelerată și trebuie să-și trăiască restul vieții pe planetă.

Teal'c și O'Neill sunt transportați într-o galerie subterană proiectată de Asgard pentru a proteja o lume străină de Goa'uld.

SG-1 îl găsește pe logodnicul lui Catherine Langford, care a făcut prima călătorie prin Poarta Stelară în 1945, și descoperă o sală de întâlniri Antică ce ar putea deține secretele întregului univers.

Teal'c se întoarce pe Chulak pentru a-și împiedica familia să-i implanteze fiul cu o larvă Goa'uld.

Daniel este luat prizonier de un extraterestru, cu un scop ascuns, în timp ce echipa SG-1 este păcălită să creadă că el este mort.

Exilata zeiță Goa'uld Hathor care este găsită într-un vechi sarcofag pe Pământ, preia controlul Comandamentului Porții Stelare cu speranța de a ridica o nouă armată împotriva Lorzilor Sistemului.

Teal'c trebuie să fie judecat pentru o crimă comisă în timp ce a slujit ca principal al lui Apophis, atunci când un sătean dintr-o lume extraterestră îl identifică ca fiind Jaffa-ul care la ucis pe tatăl său.

La prima vizită pe o nouă planetă, SG-1 o găsește supusă unei activități vulcanice complet distructive și salvează zece localnici, Tollanii, o societate mult mai avansată din punct de vedere tehnologic.

Colonelul O'Neill și Căpitanul Carter sunt separați de Jackson și Teal'c în timpul călătoriei prin Poarta Stelară și sunt prinși într-o lume de gheață dezolantă, fără nici o cale de scăpare.

Membrii SG-1 ajung pe P3X-989 și sunt lăsați inconștienți. Se trezesc și se întorc pe Pământ doar pentru a descoperi că nu sunt chiar ei înșiși.

Un artifact extraterestru îl transportă pe Daniel într-o realitate alternativă, unde nu face parte din programul Poarta Stelară, iar Goa'ulzii - conduși de Teal'c - invadează Pământul.

Senatorul Kinsey sosește la Comandamentul Porții Stelare, pentru a investiga programul și pentru a determina dacă merită cheltuielile mari din bugetul SUA, îndemnând echipa să-și amintească misiunile din ultimul an.

SG-1 scapă prin Poarta Stelară înainte de a fi închisă și află că viziunea realității alternative a lui Daniel este reală: Apophis se deplasează pentru a ataca Pământul din cer. Echipa trebuie să îl oprească pe Apophis și pe fiul său, Klorel, care locuiește în corpul prietenului lor, Skaara.