Het is één jaar na de eerste Stargate-missie. De aarde wordt onverwachts aangevallen door een groep buitenaardse wezens, met daarbij een leider die wel heel erg op de gedode Ra lijkt. Kolonel Jack O'Neill krijgt de opdracht een team te vormen en gaat terug naar de planeet Abydos om het gevaar te onderzoeken.

Teal'c helpt de leden van SG-1 ontsnappen. Daniels vrouw Sha're en zijn vriend Skaara zijn echter als host genomen.

Majoor Kawalsky is overgenomen door een Goa'uld. SGC moet een manier vinden om deze symbiont te verwijderen zonder Kawalsky te laten sterven.

Carter wordt gevangen genomen, gesluierd en in een harem, gestopt door een misogyn ras van Mongoolse afkomst. Sam verslaat een opperhoofd in een man-tegen-man gevecht en verandert zo de heersende mening over vrouwenrechten.

SG-1 ontdekt een planeet die altijd met dezelfde zijde naar de zon gekeerd is. Op de planeet heerst een ziekte die zich nu ook verspreidt onder de SG-1 leden.

Een voormalig lid van het SGC heeft zichzelf geïnstalleerd als god op een andere planeet.

SG-1 ontdekt een planeet met vreemde blauwe kristallen. Jack wordt geraakt door een energieschok van een van de kristallen en een duplicaat van hem keert in zijn plaats mee terug naar Aarde.

SG-1 leert een van de vier grote rassen kennen. Een jaffa van Apophis raakt gewond en wordt genezen met de superieure technologie van de Nox.

Een experiment van de Goa'uld Pelops met nanotechnologie zorgt ervoor dat de bewoners van Argos hun hele leven in honderd dagen leven. Jack wordt ook slachtoffer van deze technologie en wordt gedwongen zijn laatste dagen op de planeet te slijten.

SG-1 maakt kennis met de technologie van de Asgard. Deze planeet wordt beschermd door de Hamer van Thor, die Teal'c en O'Neill transporteert naar een ondergrondse doolhof, waar een Goa'uld larve niet uit kan komen.

Daniel Jackson ontdekt van een oude film dat de Stargate al in 1944 open geweest is en gaat naar de planeet waar Ernest Littlefield is achtergelaten. Daar ontdekt hij een boek over de Zin van het Leven dat achtergelaten is door de vier grote rassen.

Rya'c, de zoon van Teal'c, heeft de leeftijd bereikt dat hij een Goa'uld larve geïmplanteerd moet krijgen. Tea'c reist af naar Chulak om dat te voorkomen.

Hathor, een onweerstaanbare Goa'uld-koningin, probeert de mannen van Stargate Command onder haar invloed te brengen en een nieuw soort Goa'uld te kweken.

Een Naquadah-bom is door de Goa'uld Nirrti geïmplanteerd in een jong meisje. Carter raakt bevriend met het meisje.

Teal'c wordt beschuldigd van oorlogsmisdaden, begaan in de tijd dat hij nog First Prime van Apophis was.

SG-1 redt een groep Tollan van hun verwoeste planeet. De NID wil misbruik maken van de Tollan, een technisch geavanceerd ras, maar Daniel Jackson steekt er een stokje voor.

Jack en Samantha raken gescheiden van Daniel en Teal'c en worden naar een andere plek door de Stargate getransporteerd. Een plek diep onder het ijs, zonder mogelijkheid om daaruit te ontsnappen.

De leden van SG-1 komen aan op P3X-989, waar ze direct buiten bewustzijn worden geslagen. Ze worden wakker en keren terug naar Aarde, waar ze er achter komen dat ze niet helemaal zichzelf zijn.

Daniel Jackson komt terecht in een parallel universum waarin de aarde wordt aangevallen door de Goa'uld.

Senator Robert Kinsey wil het Stargate programma beëindigen vanwege de wereldwijde risico's.

Het SG-1 team ontsnapt door de Stargate voor deze buiten werking wordt gesteld. Aan de andere kant komen ze tot de ontdekking dat de visioenen van Daniel waar zijn. Apophis is onderweg naar de Aarde om deze te vernietigen. Aan het team de taak om Apophis en diens zoon, de Goa'uld Klorel, die het lichaam van hun vriend Skaara heeft overgenomen.