Stjärnporten har inte använts på ett tag. Plötsligt vaknar den till liv igen - öppnad från den andra sidan. Plikten kallar åter Jack O'Neill. Goa'uld livar upp den monotona tillvaron på SGC genom att komma igenom Stjärnporten…

Colonel O'Neill, leading the new SG-1, track Apophis back to the planet Chulak to rescue Sha're and Skaara, and befriend one of Apophis' Jaffa guards.

Läkare upptäcker att en Goa'uld-larv har satt sig i Kawalskys hjärna och soldaten måste genomgå en riskfylld operation.

Kapten Samantha Carter kämpar för äkta kärlek på en planet där kvinnor behandlas som egendom.

SG-1 besöker P3X-797, en värld uppdelad i en mörk och en ljus del; de Rörda och de Orörda. De Rörda är en primitiv ras med kraftiga ögonbryn med brutala instinkter som djur, de Orörda liknar den minoanska civilisationen…

SG-1 upptäcker att en planets invånare har accepterat SG-9 som gudar på grund av deras vapen och solskydd.

Vid ankomsten till P3X-562, så upptäcker SG-1 en dalgång fylld med sönderslagna kristaller. När O'Neill rör vid en, så skapas en kopia som återvänder till Jorden i hans ställe.

SG-1 reser till en planet som Teal'c kommit ihåg, för att fånga en fenri, ett djur som kan göra sig själv osynligt. När de anländer upptäcker de att Apophis är där i samma ärende.

Medan de är på Argos förlöser Jackson en baby och alla bjuds in till en festival. Allt är bra ända tills O'Neill förförs av Kynthia.

När de reser till Cimmeria blir Teal'c och O'Neill transporterade till gruvorna, där får de sällskap av ett hemskt monster. Jackson och Carter försöker att räkna ut vart de försvunnit, och Gairwyn leder dem till Kendra.

Teal'c får reda på att hans son skall genomgå en ritual, i vilken han får sin första larv. I ett försök att hindra att han blir värd för en Goa'uld larva, reser SG-1 till Chulak i hemlighet.

O'Neill, Carter och Teal'c återvänder chockade från ett uppdrag: de har just sett Daniel brännas till döds under ett uppdrag.

Arkeologer i Mexiko hittar ett sensationellt fynd: en egyptisk gravkammare. Inuti väntar en mystisk sarkofag, med en egyptisk gudinna som legat i dvala i årtusenden: Hathor.

På en av de världar där SG-grupperna från jorden har etablerat en permanent postering dör plötsligt alla i pest. Det verkar som om ett virus från jorden plötsligt muterat, det finns bara en överlevande: en liten flicka.

SG-1 anländer till en planet som goa'ulderna ofta hemsöker. Det visar sig att Teal'c varit där förut, som soldat för goa'ulderna och gjort saker han inte är stolt över.

SG-1 räddar en grupp människor från en nästan säker död i en annan värld. Men de överlevande är annorlunda än vad O'Neill och de andra är vana vid.

O'Neill och Carter råkar ut för en defekt i stjärnporten och landar i en isgrotta istället för att komma tillbaka till jorden. Och kontrollerna till porten är begravda i is.

SG-1 kliver genom en port rakt in i en underjordisk anläggning. Nästan omedelbart går de in i en fälla och förlorar medvetandet. När de vaknar upp väntar en man på dem och förklarar att allt är bra och de mår bra - bättre än de någonsin gjort.

När han undersöker en främmande planet, kommer Daniel över ett föremål som för honom in i en parallell dimension där Carter och O'Neal är gifta.

Regeringsbyråkratin har hunnit ikapp Stargate-projektet och SG-1 tvingas försvara de miljarder dollar som går åt varje år.

USAs regering ska stänga Stjärnporten, detta trots Daniels varningar om ett hotfullt anfall på jordklotet. Specialstyrkan SG-1 trotsar order och befinner sig plötsligt på Goa'uld skepp, där det är fullt av Jaffa krigare.