Год назад полковник Джек О'Нилл и его команда на планете Абидос сражались c воинами Ра и смертоносными планерами, вооружёнными плазменными пушками. Нападение на базу существа с горящими глазами показалось Джеку подозрительно знакомым, и он решил, что на Землю с местью вернулся давний враг.

Преследуя на планете Чулак противника, похитившего близких им людей, Джек и его команда попали в плен к гоа'улду Апофису. Теперь у них только один шанс на спасение — Тил'к.

После возвращения с Чулака майор Кавальский начал жаловаться на постоянные головные боли. Медицинский осмотр выявил личинку гоа’улда, спасшуюся из тела убитого на Чулаке джаффа и прикрепившуюся к шейному отделу позвоночника майора. С помощью Тил'ка врачи смогли подобрать оптимальную анестезию, но единственный выход — это хирургическая операция, которая из-за своей сложности почти нереальна.

Попав на планету, капитан Картер оказалась в весьма сложном положении. Законы этого мира, где жили люди, похожие на древних монголов, запрещали женщинам всякое самовыражение. Сын вождя Абу похитил Саманту, чтобы обменять златовласую иностранку на свою любовь.

Команда ЗВ-1 попадает на планету, чья звезда разделяет планету на две части — вечной ночи и вечного дня. На светлой стороне живут люди, чья цивилизация весьма схожа с минойской цивилизацией уровня бронзового века, а на тёмной стороне живут первобытные существа. После возвращения на Землю оказывается, что причиной отсталости последних является инфекция, заразившая и команду ЗВ-1, а позже и остальной персонал «Звёздных врат».

Команда ЗВ-9 открыла Врата на Землю, однако назад через них никто не прошёл. Команда ЗВ-1 послана для выяснения причин. Прибыв на планету, они обнаруживают, что командир ЗВ-9 капитан Хансон провозгласил себя богом. Он заставляет жителей планеты строить себе дворец, а всех ропщущих выставляет на открытое солнце, лучи которого убивают за семь дней.

На одной из планет команда ЗВ-1 обнаруживает массу разбитых кристаллов. Полковник О’Нилл, найдя один целый и дотронувшись до него, был отброшен непонятной силой и потерял сознание. Возникший из кристалла его абсолютный двойник возвращается на Землю в составе ничего не подозревающей команды.

Для поиска новых военных технологий Тил'к предлагает отправиться на планету, где обитают существа по имени Фенри, обладающие способностью становиться невидимыми. Прибыв на планету, команда ЗВ-1 встречает своего заклятого врага Апофиса, который тоже охотится на Фенри.

Команда ЗВ-1 попадает на планету Аргос, смоделированную по образу классической Греции. Живущие на ней люди всегда счастливы и веселы. Однако выясняется, что срок их жизни чрезвычайно короток — лишь сто дней. О’Нилл заражается этой странной болезнью и начинает очень быстро стареть. По оценкам врачей, ему осталось жить не более двух недель.

Пентагон рассекретил плёнки, связанные с экспериментами над Вратами полувековой давности. Просматривая видеозаписи экспериментов, Дэниэл Джексон обнаружил, что они увенчались успехом и Врата были открыты, после чего через них был послан доброволец — доктор Эрнест Литлфилд. За разъяснениями Дэниел обращается к бывшей руководительнице проекта «Звёздных врат» Катрине Ленфорд, чей отец когда-то обнаружил Врата и занимался дальнейшими исследованиями.

Тил'к рассказывает О’Ниллу о том, что у него на Чулаке есть сын. Мальчик достиг возраста, когда ему должны имплантировать гоа’улда и сделать его джаффой. Тил'к должен помешать этой церемонии для того, чтобы спасти Раека от рабства, на которое обрекает его служение го’аулдам. ЗВ-1 отправляется на Чулак.

Команда ЗВ-1 возвращается в сильном шоке с очередного задания через четыре часа после его начала. Они рассказали генералу Хаммонду о том, что гейзеры, находящиеся на планете, начали спонтанно выбрасывать пламя. Дэниел находился в этот момент слишком близко возле опасного источника и тут же сгорел. Но команда ЗВ-1 не может избавиться от чувства, что Дэниел жив и ещё раз отправляется на планету.

При исследовании пирамид в Мексике археологи обнаружили саркофаг с египетскими иероглифами. Открыв его, они выпустили на свободу сильного гоа’улда — Хатор, которая находилась в анабиозе десять тысяч лет. Хатор направляется к базе с Вратами, чтобы, пользуясь своей властью над мужчинами, создать собственную армию.

Команда ЗВ-1 отправилась на планету P8X-987, чтобы во время солнечного затмения наблюдать чёрные дыры, однако, прибыв туда, они обнаруживают, что все её обитатели и команда ЗВ-9 погибли от непонятной болезни. И только десятилетняя девочка чудом осталась в живых.

На очередном задании ЗВ-1 попадает на планету, на которой раньше был Тил'к. Это — место, облюбованное гоа’улдами как место сбора будущих носителей гоа’улдов. Бирса, местные жители, привыкли спасаться бегством, но на этот раз они решили осудить Тил'ка за его преступления на службе у Апофиса. Тил'к должен ответить на суде Кор-ай перед юношей, чьего отца он убил. Наказание за это преступление — смерть.

На планете Толлан команда полковника О’Нилла попадает в самое сердце катастрофы — извергающийся вулкан выбрасывает огненные потоки лавы и удушающие газы. Около Врат под слоем пепла лежат тела тех, кто не успел выбраться из этого ада. ЗВ-1 спасает всех оставшихся в живых толланцев. Однако те не спешат благодарить землян за спасение.

Во время очередного задания команда ЗВ-1 подверглась нападению. При переходе сквозь Врата домой вернулись только Дэниэл и Тил'к. Капитан Картер и полковник О’Нилл оказались в ледяной пещере. Дэниел и Тил'к продолжают искать их, не теряя надежды на то, что их друзья всё ещё живы.

На одной из «ржавых» планет ЗВ-1 попадает под удар электрошока. Придя в себя, они обнаруживают себя в обществе добродушного и весёлого человека по имени Харлом, который утверждает, что ему 11000 лет, а члены команды ЗВ-1 теперь стали «лучше».

На планете P3R-233 команда ЗВ-1 обнаруживает пустующую базу, на которой когда-то была борьба с гоа’улдами и чьи защитники были побеждены. Дэниел находит там странное зеркало. Он дотрагивается до него и, вернувшись на Землю, обнаруживает, что здесь всё совсем по-другому.

Сенатор Кинси считает, что проект «Звёздные врата» не оправдывает затраченных средств и намеревается закрыть проект. На слушаниях команда ЗВ-1 пытается его переубедить, но безуспешно, и проект «Звёздные врата» готовят к закрытию.

После официального свёртывания проекта Врата должны быть демонтированы, однако ЗВ-1, не подчинившись приказу, предпринимает отчаянную попытку использовать добытые Дэниелом координаты и спасти родную планету от массированной атаки гоа’улдов.