Kiedy potężni kosmici przybywają przez Gwiezdne Wrota Ziemi, pułkownik Jack O'Neill wraca do Abydos, aby odzyskać Daniela Jacksona, który odkrył, że system tranzytowy obcego obejmuje znacznie więcej niż dwie planety.

Pułkownik O'Neill, kierujący nowym SG-1, tropił Apophisa z powrotem na planetę Chulak, aby uratować Sha're i Skaarę, i zaprzyjaźnić się ze strażnikiem Jafy Apophisa.

Major Kawalsky jest opętany przez Goa'ulda, a SGC musi znaleźć sposób na usunięcie go bez zabicia go.

Obca cywilizacja jest zmuszona ponownie przemyśleć swoje poglądy na kobiety, gdy Carter buntuje się przeciwko ich zwyczajom społecznym.

Członkowie SG-1 zostają zarażeni obcym wirusem, który zamienia ich w prymitywne istoty. Dr Fraiser musi znaleźć lekarstwo, aby uratować drużynę i obcą populację, od której została zakontraktowana.

SG-1 musi powstrzymać dowódcę Stargate renegata, który oszalał i ustanowił się jako bóg na obcej planecie.

Podczas zlecenia poza światem Jack zostaje uderzony energią z niebieskiego kryształu ... co tworzy jego duplikat, który powraca na Ziemię w miejscu Jacka.

Naciskany przez rząd na zdobywanie nowych technologii, SG-1 jest prowadzony do świata zamieszkałego przez pozornie pierwotną rasę. Kiedy Apophis przybywa, SG-1 zaskakuje go katastrofalnymi konsekwencjami.

SG-1 odkrywa rasę ludzi, którzy szybko się starzeją. Sytuacja staje się osobista, gdy O'Neill zaczyna cierpieć z powodu tego samego przyspieszonego starzenia się i musi przeżyć resztę swojego życia na planecie.

SG-1 śledzi narzeczoną Catherine Langford, która odbyła pierwszą wyprawę Stargate w 1945 roku i odkrywa starożytną salę spotkań, która może posiadać sekrety samego wszechświata.

Teal'c wraca do Chulaka, aby powstrzymać swoich ludzi przed wszczepieniem syna larwom Goa'uldowi.

Daniel zostaje wzięty do niewoli przez kosmitę z ukrytą agendą, podczas gdy SG-1 wierzy, że nie żyje.

Wygnany Goa'uld Hathor znajduje się w starożytnej sarkofagu na Ziemi i przejmuje S.G.C. z nadzieją na stworzenie nowej armii przeciwko Władcom Systemu.

Tajemnicze schorzenie usuwa całą populację planety plus zespół SG - z wyjątkiem jednej młodej dziewczyny. Carter zaprzyjaźnia się z nią, ale dowiaduje się, że jest używana przez Goa'uldów.

Teal'c musi stanąć przed sądem za zbrodnię popełnioną, gdy służył jako pierwsza głowa Apophisa, gdy wieśniak na obcym świecie identyfikuje go jako Jaffa, który zabił jego ojca.

Zespół SG-1 ratuje grupę zaawansowanych ludzi z planety w pobliżu zniszczenia i musi znaleźć nowy dom dla uchodźców, zanim Pentagon dostanie ich w swoje ręce.

Pułkownik O'Neill i kapitan Carter są oddzieleni od Jacksona i Teal'ca podczas podróży do Gwiezdnych Wrót i uwięzieni w odludnym lodowym świecie bez możliwości ucieczki.

Członkowie SG-1 przybywają na P3X-989 i są nieprzytomni. Budzą się i wracają na Ziemię, by odkryć, że nie są całkiem sobą.

Obcy artefakt przenosi Daniela do alternatywnej rzeczywistości, gdzie nie jest częścią programu Stargate, a Goa'uld - kierowany przez Teal'ca - atakują Ziemię.

Senator Kinsey przybywa do SGC w celu zbadania programu i ustalenia, czy wielki wysiłek w budżecie USA jest opłacalny, co skłoniło zespół do przypomnienia sobie misji z zeszłego roku.

SG-1 ucieka przez Gwiezdne Wrota przed jego zamknięciem i dowiaduje się, że wizja alternatywnej rzeczywistości Daniela jest prawdziwa: Apophis porusza się, by zaatakować Ziemię z góry. Zespół musi powstrzymać Apophisa i jego syna, Klorela, który zamieszkuje ciało swojego przyjaciela Skaary.