El General Hammond, al mando del Complejo de la Montaña Cheyenne hace llamar a los miembros del equipo original de la primera misión, viajan y se encuentran con el Dr. Jackson.

En ese momento el dios Goa'uld Apophis cruza la puerta y secuestra a Sha're y Skaara. Pero en el último instante, el jefe de la guardia de Apophis, el Jaffa Teal'c, les ayuda a escapar y se une a la huida viajando a la Tierra.

Kawalsky es poseído por un Goa'uld que intenta regresar a Chulak, es detenido y operado. Logran extraer algo de él, y cuando creen haberse librado del demonio Goa'uld, Kawalsky ataca a Teal'c.

El SG-1 llega a un planeta de mongoles, donde las mujeres son tratadas como objetos. Carter es secuestrada y vendida a un jefe. Intenta escapar y es detenida. El resto del equipo, conseguirán salvar a Carter.

El SG-1 viaja a un planeta en el que contraen una grave enfermedad que les hace convertirse en hombres primitivos. Tienen que encontrar la cura, antes de que se propague por todo la Tierra.

El SG-1 recibe un mensaje de auxilio del SG-3, que estaba explorando un planeta primitivo. Al llegar se dan cuenta de que el Comandante en Jefe del SG-3 se ha vuelto loco y se cree el dios de los habitantes de ese mundo.

Durante una misión rutinaria por un planeta desértico descubren unos cristales azules. O'neill es herido por una descarga eléctrica de uno de ellos. Al regresar a la Tierra O'neill desaparece.

El SG-1 va en busca de una tecnología que los Goa'uld no poseen, la invisibilidad, Durante la misión, viajan a un planeta donde conocen a unos seres superiores, que se hace llamar los Nox.

En un planeta llamado Argos, el SG-1 encuentra una civilización de origen griego, en el que todos los dias son fiesta. Todos los días de sus vidas, que no superan los 100. O'neill es infectado y comienza a envejecer.

Revisando material del StarGate, Daniel descubre que en 1945, alguien activó y cruzó la puerta. Va a visitar a Catherine, y se entera de que fue su novio Ernest Littlefield.

Teal'c revela que tiene mujer e hijos, y que a este le van a implantar un Goa'uld para convertirlo en Jaffa. El SG-1 va en su busca para salvarle. Cuando Teal'c llega, parece que aun puede evitarlo.

Jack, Sam y Teal'c regresan de un planeta en el que creen que ha muerto Daniel Jackson abrasado en un volcán. Todos ellos tienen la creencia de que está vivo, pero son incapaces de regresar.

Daniel Jackson recibe un sarcófago Goa'uld, capaz de resucitar y curar. Poco después aparece una mujer asegurando que conoce la existencia del StarGate.

El SG-7 no responde. Hammond envía al SG-1 en su busca y descubre que todo el planeta, SG-7 incluido ha muerto. Todos menos una joven niña llamada Cassandra. Carter vuelve con Daniel y la niña.

Durante un viaje de exploración, Teal'c es acusado de matar al padre de un de los habitantes de Carthago. Durante el Cor-Ai, el juicio, los Goa'uld atacan el planeta, y creen que ha sido Teal'c el que ha ordenado el ataque.

El SG-1 trae a la Tierra a unos seres que agonizaban delante de la puerta debido a una nube volcánica tóxica. Cuando despiertan en la Tierra, se comportan de modo extraño, poseen tecnología superior, y huyen atravesando una pared.

Tras un emboscada el SG-1 regresa corriendo por el Stargate, pero solo Teal'c y Daniel llegan a la Tierra. Se organiza entonces un búsqueda por toda la Galaxia.

Tras llegar a un planeta llamado Altair, el SG-1 queda inconsciente debido a un rayo. Al despertar descubre que han cambiado su ropa, les han quitado las armas.

Al llegar a un planeta recién exterminado por los Goa'uld, Daniel descubre un espejo alienígena. Tras mirarlo un rato, le da un escalofrío. Al volver al StarGate.

El Senador Kinsey, cree que el programa StarGate solo produce gastos y es necesario cerrarlo. El SG-1 trata de mantenerlo abierto, pero la decisión ya está tomada.

El SG-1 con intención de salvar la Tierra, y antes de que se cierre el StarGate, viajan a unas coordenadas que Daniel trajo del Mundo Paralelo. Cuando llegan descubren que están a bordo de la nave de Klorel, el hijo de Apophis.