Taking after the author's vision of the pilot, visual effects have been enhanced, the soundtrack has been updated to include an entirely original score, and the new final cut features a more self-contained storyline.

Picking up the story nearly a year after the original 1994 Stargate film, Jack O'Neill and Sam Carter join a formidable Stargate team on a mission to Abydos to defeat fierce warriors led by the vicious Ra. With the threat of the brutal Gou'ald hanging over the galaxy, the team must succeed - or General Hammond will unleash an apocalyptic solution!

Seit der ersten Stargate-Mission ist mehr als ein Jahr vergangen. Als feindlich gesinnte Außerirdische unerwartet durch das Sternentor in die Militärbasis dringen, wird das streng geheime Stargate-Programm reaktiviert. Col. O'Neill und sein neu zusammengestelltes Team sollen herausfinden, was hinter dem Angriff steckt. Schon bald müssen sie erfahren, dass weitaus mehr Tore existieren und dass im Universum Gefahren lauern, die jede Vorstellung übersteigen...

כשנה לאחר משימת סטארגייט הראשונה לאבידוס, נפתח השער מבחוץ, ומגיע דרכו צוות תקיפה חוצני, בראשותו של חייזר בעל עיניים זוהרות. הם הורגים 5 מחיילי הבסיס וחוטפים חיילת אחת. חיל האוויר האמריקני מרכיב צוות חדש בראשותו של קולונל ג'ק אוניל היוצא לאבידוס בחיפוש אחר החיילת החטופה.

Год назад полковник Джек О`Нилл и его команда на планете Абидос сражались c воинами Ра и смертоносными планерами, вооружёнными лазерными пушками. Нападение на базу существа с горящими глазами показалось Джеку подозрительно знакомым, и он решил, что на Землю с местью вернулся давний враг. Преследуя на планете Чулак противника, похитившего близких им людей, Джек и его команда попали в плен к гоа`улду Апофиcу. Теперь у них только один шанс на спасение — Тил`к.

Rok po udalostiach filmu Hviezdna brána sa na veliteľstve SGC objaví cudzinec podobný Ra. Pozabíja päť vojakov a unesie ďalšieho. Je zostavený nový tím, vrátane niektorých starých členov, a vydávajú sa hľadať uneseného vojaka, aby zistili, ako môže byť Ra stále nažive. Medzitým mimozemský Gou'ald unesie Sha'ri a Skaaru a implantuje im symbiontov a urobí z nich gou'aldských hostiteľov.