A Equipe SG-1 é sequestrada enquanto protegiam um grupo de cientista numa escavação. O Dr. Felger, um cientista um tanto atrapalhado, decide resgatar seus heróis.

Daniel avisa SG-1 dos planos de Anubis: a construção de uma poderosa arma que o tornará invencível. Para impedi-lo, eles devem voltar para Abydos e encontrar o Olho de Rá, a última peça da arma de Anubis.

Os Tok'ra e o Tau'ri preparam uma armadilha para destruir a Arma Principal da Super Ha'tak de Anubis. No entanto, o plano é arriscado e pode custar a vida de todos que tentarem.

Anúbis está furioso com a perda da sua arma principal, mas a partir do conhecimento de Jonas, ele descobre outra fonte para energizar sua arma: o Naquadriah de Kelowna. Agora é o planeta de Jonas Quinn que corre perigo.

Quando a equipe SG-1 descobre um segundo repositório dos Antigos, O'Neill tem a grande tarefa de impedir que o conhecimento dos Antigos caiam nas mãos dos Goa'uld. O Presidente substitui o General Hammond por um diplomata civil. Anubis começa um ataque sistemático na Terra, e a única esperança do planeta de salvação, depende do SG-1 poder encontrar a mítica cidade perdida dos Antigos

O'Neill permite que o conhecimento dos Antigos seja transferido para o seu cérebro novamente, mesmo que ele quase tenha morrido da primeira vez. O SG-1 precisa correr contra o tempo para descobrir o segredo da Cidade Perdida dos Antigos.

O destino da galáxia está na balança quando Sam e Jacob partem em busca da única arma capaz de parar o ataque dos Replicadores. O'Neill fica na defesa do SGC, enquanto Daniel luta contra o Replicante da Carter.