司掌創造之力的「起始之樹」，以及破壞之力的「絕園之樹」。受到「起始之樹」庇佑的魔法師一族，族裡的公主兼最強魔法師鎖部葉風，因同為族人的左門的計謀而被裝進木桶中流放到了孤島。另一方面，高中生瀧川吉野追尋著一個月前失蹤的好友不破真廣，而遇見了一名神秘女子。真廣為了替遭不明人士殺害的妹妹報仇，與葉風進行了「某項交易」──

「絕園的果實」因左門與鎖部一族而現身。若聚集所有果實，「絕園之樹」將會復活，世界便會告終。葉風為了阻止族人，透過魔具從孤島對真廣下達指示，朝果實飛去的方向追尋「絕園之樹」。真廣為了掌握愛花遇害的犯人線索，和吉野兩人回到自家的案發現場，沒想到新發現的事實遠超出兩人的預料。

好不容易甩掉夏村的吉野和真廣，為了回收葉風藏起的魔具，造訪某座山村附近的神社。擔心葉風歸來的左門急著加快儀式進度，於是果實偶然在山村的附近覺醒。兩人因魔具之力而倖免於黑鐵病，並在無人的村裡民宅裡度過一晚雨夜，葉風並趁他們休息時問了關於兩人的往事。

根據絕園果實飛往的方向，葉風漸漸掌握出左門執行儀式的地點，而左門也意識到葉風正確實地逼近。吉野和真廣在葉風的指示下，前往水族館回收新的魔具，卻巧合碰上左門的部下鎖部哲馬。在哲馬人多勢眾的追趕下，吉野在水族館憶起了與愛花的往事。

「我已經確認過她的遺體了」，潤一郎宣告讓人難以置信的事實。他說葉風的遺體已在孤島化為白骨，也早已被回收了。自幼就認識葉風的潤一郎堅定地斷言那就是葉風的頭蓋骨。聽聞了衝擊的事實，吉野與真廣帶著特製魔具前往富士樹海，卻在半途紮營時受到神秘集團襲擊 ──

吉野和真廣朝著左部和鎖部一族執行儀式的富士山麓出發。為了捱過寒冷，他們在山中廢車場的一輛巴士上度過了一晚。「等到一切結束之後……」連不自覺說出這句話連的吉野本人不禁也呆住了，連真廣對他問話也沒有反應。此時在吉野腦中浮現的，是與愛花一同度過的往日回憶。

打著「演習」的名義，國防軍對鎖部一族和絕園之樹發動攻擊。真廣和吉野帶著從潤一郎那裡拿到的「特製魔具」，悄悄地踏進左門制執行儀式的富士山麓。穿越結界之後，等待著兩人的是鎖部左門及一個木桶。正當左門與葉風展開唇槍舌戰，吉野和真廣得之了關於起始之樹的驚人事實 ──

葉風在兩年前就已經死了 ── 左門所宣布的事實太過令人難以理解。葉風原來是超越時空與他們連繫，吉野對此感到困惑，但對照之下真廣卻似乎全然無所謂，拿著手中的魔具逼進左門。正當吉野打算放棄一切，此時卻想起了愛花曾經說過的故事，名字就叫做「暴風雨」──

吉野宣言將證明能讓兩年前的葉風活著回到現在，並且對真廣開出了讓左門意想不到的條件，就是告訴真廣「愛花的男朋友是誰」，而真廣光是聽到「男朋友」這個字眼便答應了，左門與葉風皆對情勢的顛覆驚訝不已。但是左門仍然斷言時之牢籠絕無法打破，於是吉野開始展開證論。

打破了「兩年」這個時間牢籠，吉野確信葉風有辦法能回到現代。真廣詢問葉風，得知透過魔具人偶交談所必備的條件，於是便想到要利用葉風的全身骨骼，讓她的血肉突破矛盾超越時空來到現代。為了實現這個方法，葉風在島上尋找能發動魔法的供品。但就在同時，左門也收到了哲馬有關殺害愛花犯人的報告。

如同葉風隨著起始之樹的覺醒而誕生，感應到絕園之樹復活將近，絕園的魔法使也會誕生到世間。眾人懷疑是否就是這號人物殺害了愛花。雖然這樣讓左門陷入了進退兩難的處境，但情勢對葉風太過有理，卻反而讓真廣心生疑念。此時葉風終於找到供品，順利回到現代。可是起始之樹呼應著絕園之樹的復活而跟著於全世界覺醒，招致了毀滅性性的事態。

真廣獨自於沉眠之中，回憶起至今以來所遭遇的事。包括愛花不合理地被殺、為了揪出殺害愛花的犯人而和葉風交易、在一片混亂中與吉野再會，踏上復仇之旅 ── 至今的記憶於夢境中一一重現。自從富士山麓的決戰結束後已過了一個多月，世界正確實受到起始之樹的「支配」──

在元旦早晨醒過來的真廣，聽見左門問了他一句意外的話：「你殺得了瀧川吉野嗎？」另一方面，吉野和葉風前往過去曾經生活、現卻已空無一人的城鎮為愛花掃墓。之後一位名叫羽村惠的人出現在兩人面前，自稱是「絕園的魔法師」。對於事態感到困惑的三人所下的結論是 ──

自稱是「絕園的魔法師」的羽村惠，在吉野與葉風的仲介下拜訪真廣他們，並由左門和山本證明了他真的是「絕園的魔法師」。吉野與葉風為了繼續調查果實的所在之處而繼續旅行，途中繞到一座遊樂園，突然出現的潤一郎對葉風留下了一句意外之言。

「絕園的魔法師」遵守事前預告消滅了起始之樹的一部分。正當人們訝異地看著眼前的光景之時，葉風與吉野前往據說有諜報員潛入的鎖部之村。村裡的孩子們謠傳著在神社看見幽靈，葉風猜測那會不會就是前去調查的諜報員。另一方面，山本和夏村為了看清吉野是否就是「擁有絕園之心的人」，也偷偷造訪了村子。

由於「絕園的魔法師」出現，世界再次陷入混亂。為了整頓秩序，早河被叫回政府中央。此時羽村也以「絕園的魔法師」的身分與山本和夏村飛到世界各地破壞起始之樹。另一方面，葉風想盡辦法要使自己放棄對吉野的愛慕之心，然而卻從他本人口中聽到他女朋友的事。

「瀧川吉野的女朋友會不會就是不破愛花？」真廣等人想到了這個可能性。同一時間，吉野也對葉風表明了自己就是愛花的男朋友。與真廣相形之下，即便不合理地失去了戀人，卻未將對犯人的復仇心或憎惡、憤怒表露於外；對於這樣的吉野，葉風要她更加正視自己的願望。於是吉野便像是決堤般，對她表白了一直以來的心境。

繼「絕園的魔法師」，葉風也作為新的魔法師「舞姬」登場，為人們帶來新的混亂。山本與葉風會合，向她說明起始之樹和絕園之樹或許是破壞文明的超兵器。同一時間，為了履行「公布愛花的男朋友」的約定，吉野前去見真廣，兩人偶然於墓地再度重逢。

由於葉風提議想再次回到過去，拜訪愛花被殺害的現場揪出犯人與犯行動機，眾人臉上難掩驚訝。由於能從過去回到未來，因次葉風思考由未來折返過去的魔法邏輯應該也是可行。於是她收齊了必要的魔具與供品，再次穿越了時空。

為了查明不破愛花遇害的真相，葉風回到過去，但卻巧遇到愛花，並從她口中聽到意外的事實。另一方面，左門他們所待的現代出現了一株超過100公里高度的起始之樹，矗立在太平洋上。左門與早河、山本他們猜測那是否正是起史之樹的主核心，決定前去探究真相。同一時間，葉風與愛花正一起思考著，可能行兇殺人的究竟是誰？

某天真廣邀吉野「要不要一起去吃飯？」帶他來到了一間飯店餐廳。在那裡，吉野初次邂逅名叫愛花的少女。回到現代的葉風將出乎意料的真相告訴了吉野和真廣，兩人表面上看似平靜地接受了事實。接受了這一切的真廣，於是下定決心要打倒起始之樹、拯救世界。

為了打倒起始之樹，羽村等人前往「御柱」，但吉野和真廣也參加了破壞御柱的行列。無法使用魔法的兩人只為礙手礙腳，因此曾遭到拒絕，但由於提議作戰的人是真廣，兩人擔心「在那中心點似乎有什麼事即將發生」，因此還是出發了。作戰終於開始實行，故事正加速邁向結局。

獨自對付御柱的羽村，由於其真正姿態過於強大而陷入了苦戰。保護艦隊的葉風與鎖部一族也遭受了砲擊的重創。覺得「在中心點似乎即將發生什麼事」而前往見證一切的吉野和真廣，回憶起了在某一日的愛花……