司掌创造之力的“起始之树”，以及破坏之力的“绝园之树”。受到“起始之树”庇佑的魔法师一族，族里的公主兼最强魔法师锁部叶风，因同为族人的左门的计谋而被装进木桶中流放到了孤岛。另一方面，高中生泷川吉野追寻着一个月前失踪的好友不破真广，而遇见了一名神秘女子。真广为了替遭不明人士杀害的妹妹报仇，与叶风进行了“某项交易”──

“绝园的果实”因左门与锁部一族而现身。若聚集所有果实，“绝园之树”将会复活，世界便会告终。叶风为了阻止族人，透过魔具从孤岛对真广下达指示，朝果实飞去的方向追寻“绝园之树”。真广为了掌握爱花遇害的犯人线索，和吉野两人回到自家的案发现场，没想到新发现的事实远超出两人的预料。

左门的部下锁部夏村，与真广在化为废墟的街道上展开对峙。面对长枪与魔法并用的夏村，真广只能退为防御的一方，然而理应已离开的吉野却在此时现身。面对锁部一族的坚强实力者夏村，真广陷入苦战。一边从叶风那里学习锁部的魔法，吉野一边想出的对策是？

好不容易甩掉夏村的吉野和真广，为了回收叶风藏起的魔具，造访某座山村附近的神社。担心叶风归来的左门急着加快仪式进度，于是果实偶然在山村的附近觉醒。两人因魔具之力而幸免于黑铁病，并在无人的村里民宅里度过一晚雨夜，叶风并趁他们休息时问了关于两人的往事。

根据绝园果实飞往的方向，叶风渐渐掌握出左门执行仪式的地点，而左门也意识到叶风正确实地逼近。吉野和真广在叶风的指示下，前往水族馆回收新的魔具，却巧合碰上左门的部下锁部哲马。在哲马人多势众的追赶下，吉野在水族馆忆起了与爱花的往事。

“我已经确认过她的遗体了”，润一郎宣告让人难以置信的事实。他说叶风的遗体已在孤岛化为白骨，也早已被回收了。自幼就认识叶风的润一郎坚定地断言那就是叶风的头盖骨。听闻了冲击的事实，吉野与真广带着特制魔具前往富士树海，却在半途扎营时受到神秘集团袭击──

吉野和真广朝著左部和锁部一族执行仪式的富士山麓出发。为了捱过寒冷，他们在山中废车场的一辆巴士上度过了一晚。“等到一切结束之后……”连不自觉说出这句话连的吉野本人不禁也呆住了，连真广对他问话也没有反应。此时在吉野脑中浮现的，是与爱花一同度过的往日回忆。

打着“演习”的名义，国防军对锁部一族和绝园之树发动攻击。真广和吉野带着从润一郎那里拿到的“特制魔具”，悄悄地踏进左门制执行仪式的富士山麓。穿越结界之后，等待着两人的是锁部左门及一个木桶。正当左门与叶风展开唇枪舌战，吉野和真广得之了关于起始之树的惊人事实。

叶风在两年前就已经死了──左门所宣布的事实太过令人难以理解。叶风原来是超越时空与他们连系，吉野对此感到困惑，但对照之下真广却似乎全然无所谓，拿着手中的魔具逼进左门。正当吉野打算放弃一切，此时却想起了爱花曾经说过的故事，名字就叫做“暴风雨”。

吉野宣言将证明能让两年前的叶风活着回到现在，并且对真广开出了让左门意想不到的条件，就是告诉真广“爱花的男朋友是谁”，而真广光是听到“男朋友”这个字眼便答应了，左门与叶风皆对情势的颠覆惊讶不已。但是左门仍然断言时之牢笼绝无法打破，于是吉野开始展开证论。

打破了“两年”这个时间牢笼，吉野确信叶风有办法能回到现代。真广询问叶风，得知透过魔具人偶交谈所必备的条件，于是便想到要利用叶风的全身骨骼，让她的血肉突破矛盾超越时空来到现代。为了实现这个方法，叶风在岛上寻找能发动魔法的供品。但就在同时，左门也收到了哲马有关杀害爱花犯人的报告。

如同叶风随著起始之树的觉醒而诞生，感应到绝园之树复活将近，绝园的魔法使也会诞生到世间。众人怀疑是否就是这号人物杀害了爱花。虽然这样让左门陷入了进退两难的处境，但情势对叶风太过有理，却反而让真广心生疑念。此时叶风终于找到供品，顺利回到现代。可是起始之树呼应着绝园之树的复活而跟着于全世界觉醒，招致了毁灭性性的事态。

真广独自於沉眠之中，回忆起至今以来所遭遇的事。包括爱花不合理地被杀、为了揪出杀害爱花的犯人而和叶风交易、在一片混乱中与吉野再会，踏上复仇之旅──至今的记忆于梦境中一一重现。自从富士山麓的决战结束後已过了一个多月，世界正确实受到起始之树的“支配”。

在元旦早晨醒过来的真广，听见左门问了他一句意外的话：“你杀得了泷川吉野吗？”另一方面，吉野和叶风前往过去曾经生活、现却已空无一人的城镇为爱花扫墓。之后一位名叫羽村惠的人出现在两人面前，自称是“绝园的魔法师”。对于事态感到困惑的三人所下的结论是。

“绝园的魔法师”遵守事前预告消灭了起始之树的一部分。正当人们讶异地看着眼前的光景之时，叶风与吉野前往据说有谍报员潜入的锁部之村。村里的孩子们谣传着在神社看见幽灵，叶风猜测那会不会就是前去调查的谍报员。另一方面，山本和夏村为了看清吉野是否就是“拥有绝园之心的人”，也偷偷造访了村子。

由于“绝园的魔法师”出现，世界再次陷入混乱。为了整顿秩序，早河被叫回政府中央。此时羽村也以“绝园的魔法师”的身分与山本和夏村飞到世界各地破坏起始之树。另一方面，叶风想尽办法要使自己放弃对吉野的爱慕之心，然而却从他本人口中听到他女朋友的事。

“泷川吉野的女朋友会不会就是不破爱花？”真广等人想到了这个可能性。同一时间，吉野也对叶风表明了自己就是爱花的男朋友。与真广相形之下，即便不合理地失去了恋人，却未将对犯人的复仇心或憎恶、愤怒表露于外；对于这样的吉野，叶风要她更加正视自己的愿望。于是吉野便像是决堤般，对她表白了一直以来的心境。

继“绝园的魔法师”，叶风也作为新的魔法师“舞姬”登场，为人们带来新的混乱。山本与叶风会合，向她说明起始之树和绝园之树或许是破坏文明的超兵器。同一时间，为了履行“公布爱花的男朋友”的约定，吉野前去见真广，两人偶然于墓地再度重逢。

由于叶风提议想再次回到过去，拜访爱花被杀害的现场揪出犯人与犯行动机，众人脸上难掩惊讶。由于能从过去回到未来，因次叶风思考由未来折返过去的魔法逻辑应该也是可行。于是她收齐了必要的魔具与供品，再次穿越了时空。

为了查明不破爱花遇害的真相，叶风回到过去，但却巧遇到爱花，并从她口中听到意外的事实。另一方面，左门他们所待的现代出现了一株超过100公里高度的起始之树，矗立在太平洋上。左门与早河、山本他们猜测那是否正是起始之树的主核心，决定前去探究真相。同一时间，叶风与爱花正一起思考着，可能行凶杀人的究竟是谁？

某天真广邀吉野“要不要一起去吃饭？”带他来到了一间饭店餐厅。在那里，吉野初次邂逅名叫爱花的少女。回到现代的叶风将出乎意料的真相告诉了吉野和真广，两人表面上看似平静地接受了事实。接受了这一切的真广，于是下定决心要打倒起始之树、拯救世界。

为了打倒起始之树，羽村等人前往“御柱”，但吉野和真广也参加了破坏御柱的行列。无法使用魔法的两人只为碍手碍脚，因此曾遭到拒绝，但由于提议作战的人是真广，两人担心“在那中心点似乎有什么事即将发生”，因此还是出发了。作战终于开始实行，故事正加速迈向结局。

独自对付御柱的羽村，由于其真正姿态过于强大而陷入了苦战。保护舰队的叶风与锁部一族也遭受了炮击的重创。觉得“在中心点似乎即将发生什么事”而前往见证一切的吉野和真广，回忆起了在某一日的爱花……