Il manga racconta la storia di Naruto Uzumaki, un bambino di dodici anni con il sogno di diventare Hokage - il capo, nonché il ninja più forte, del suo villaggio. Il protagonista vive tuttavia l'infanzia nell'emarginazione a causa della Volpe a Nove Code che porta dentro di sé, sigillata - quando era ancora un neonato - dal Quarto Hokage nella speranza che un giorno riuscisse a controllarla.

Iscrittosi all'accademia ninja come studente, va presto a completare il Team 7 insieme a Sasuke Uchiha (suo eterno rivale) e Sakura Haruno (di cui è follemente innamorato), sotto la guida del maestro Kakashi Hatake. Da qui cominciano le sue gesta per scalare i vari ranghi ninja, tra mille avventure, combattimenti e colpi di scena, come il tradimento di Sasuke o l'estenuante allenamento con Jiraiya per padroneggiare la tecnica del Richiamo.

In un crescendo di emozioni, il manga vede Naruto protagonista di imprese eroiche e di scontri memorabili, che lo portano a difendere se stesso e il proprio villaggio dall'Akatsuki (Organizzazione Alba), i cui membri sono i veri antagonisti dell'opera.