鳴人們在綱手的指派下，出發前往石之國緝捕一名偷走茶之國諸侯名壺的小偷－五寸釘，本以為只是小事一樁，沒想到在抵達石之國後，才發現此行的任務並沒有想像中的容易，再加上與一名自稱是漣漪的獎金獵人邂逅後，讓鳴人他們更覺得事有蹊蹺…

鳴人一行人在得知漣漪的身世之後，還是決定繼續逮捕五寸釘，而漣漪則是帶傷和鳴人他們競爭，經過一番纏鬥竟然讓同是獎金獵人的月給漁翁得利，一舉抓住五寸釘和漣漪，並且扭送官府，也因此使得鳴人他們不敢出手。但是，後來在月的幫助之下，總算還是還給了漣漪一個公道…

木葉忍者村某日有一對自稱是來自超菁英份子忍者村的男子潛入，竟然還喬裝成遠行出任務的阿凱與小李的模樣，經卡卡西發現後向綱手報告，綱手於是決定藉此機會惡整兩人，沒想到鳴人居然以為破綻百出的兩人真的是阿凱與小李本人，還死纏著要和他們一起修練，也因此讓那兩人吃足了更多苦頭…

地處的偏鄙的鳥之國，因為飽受在夜裡出現的詛咒武士的困擾，身為諸侯兒時好友的地馬隻身前來木葉忍者村求助，綱手雖然不怎麼願意接受這個酬勞微薄的託委，卻也因為道義也勉強接下，並指派由寧次領軍，天天和鳴人為輔的三人小組前去執行任務…

就在寧次懷疑策士•紅明可能就是這起詛咒武士的幕後黑手，並要求地馬帶他們去見鷺，沒想到就在湖畔邊看到鷺的同時，出現了刺客要刺殺鷺，後來所有的證據都指向是紅明所為，但寧次他們也從中發現了蹊蹺…

詛咒武士出沒的傳聞與鷺大人的暗殺事件，隨著紅明的招供而告一段落，但寧次他們也因為事情進行得太過順利，而懷疑事有蹊蹺，於是決定分頭調查，沒想到卻因此而惹來殺身之禍…

卡卡西現身後竟然要寧次他們打消營救鳴人的念頭，並隨即轉身趕回木葉忍者村，其實卡卡西是為甩開在後面跟蹤的忍者，再伺機回頭營救鳴人，並刺探整起事件的真相…

心中充滿了仇恨的朱鷺，執意要為自己的父親與兄長報仇，任憑鳴人再怎麼勸也勸不動。但是，就在朱鷺化身詛咒武士，前去找孟宗報仇時，終於露出自己其實是妹妹朱鷺的真實身份…

鳴人中了孟宗，其實是流浪忍者頭目——法器的幻術，在地馬的大聲呼喚下，終於清醒過來，雖然如此還是差點葬身在湖底，還好朱鷺的哥哥鷺及時顯靈，不但再次喚醒鳴人，更透過鳴人的傳話，讓朱鷺從仇恨中清醒…

鳴人和丁次都想嚐嚐很久沒吃到的一樂拉麵，沒想到一樂拉麵居然臨時休息，但是不死心的丁次，聞到一樂傳出拉麵的味道，於是和鳴人一起查探真相。沒想到他們因此得知菖蒲被料理忍者擄走的消息，於是決定助手打一臂之力…

由於海之國委託木葉忍者村護送御用金船與消滅海魔，於是綱手便巧妙地集合村子裡手邊沒事的下忍，並由紅豆帶隊前往海之國執行任務。然而曾經跟過大蛇丸的紅豆，似乎和海之國有過一段淵源。但是他們才搭上船之後沒多久，就遭到傳說中的海魔攻擊…

鳴人因為受困海中跟大家失散了，還好有漁火出手相救，總算撿回了一命…。至於紅豆他們則是一邊追查鳴人的下落，同時也搜索有關海魔的消息，他們在得知有關漁火的消息後，便即刻前往漁火的住處，沒想到也因此發現漁火就是海魔的事實，而鳴人也在這時候與紅豆他們會合…

紅豆憑藉著昔日的記憶，解開了在海之國的發生神隱事件的真相，並帶領鳴人他們一同前往鬼界島尋找大蛇丸的下落，沒想到那裡只剩下仍然堅持拿人體做實驗的阿馬奇等人，大蛇丸早已不知去向。雖然大蛇丸已離開，但由於阿馬奇對實驗結果與力量的執著，才會讓海之國籠罩在海魔騷動的紛擾之中…

鳴人不希望漁火受到阿馬奇的控制，於是使出渾身解數，就是為了喚醒漁火蘊藏在內心深處的那顆善良的心，但是漁火已下定決心，為了讓自己恢復原狀，就算不擇手段也在所不惜…。然而當漁火發現鳴人的際遇也跟自己類似的時候，終於…

鳴人召喚出蝦蟆文太來對付阿馬奇的海怪，沒想到蝦蟆文太因為不習慣海水而頗多抱怨，雖然如此最後還是和鳴人一起合作打敗了海怪。漁火在鳴人他們的建議下決定跟他們回木葉忍者村去接受治療。紅豆則是前往次郎島，想找出記憶空白的那一頁…

鳴人在綱手的連哄帶騙之下，接下珠寶商之子邦日左的一日忍者體驗遊，雖然因此見識到有人錢出手之闊綽，卻也從中證實不是所有的事物都能用金錢買到。而邦日左在跟著鳴人見習忍者生活，也學習到了全新的價值觀…

正當在鳴人吵著無任務可執行之際，綱手突然召見鳴人、牙與雛田三人，要他們去尋找祁答院一族的海鮮上所委託的尋寶任務。但是若無法成功達成任務，就必須回忍者學校重修，鳴人他們也因此下決定心絕對要成功完成任務，只不過這趟任務並沒有他們想像中的容易…

受困的鳴人他們，在合作無間下終於平安脫困，也立即趕回木葉忍者村通知大家，有人冒充他們，打算大鬧村子的消息。沒想到在一陣忙亂與波折之後，才知道原來是綱手藉這個機會考驗他們…

鳴人在完成任務的回程中巧遇自來也，於是立刻要求自來也指導自己修練，但自來也以必須趕稿為由拒絕了鳴人，鳴人為了達到目的，於是自己幫自來也寫稿，並直接委託飛腳忍者送到出版社，但忙中有錯，也因此引發了一陣騷動…

綱手同意星忍者村支援護衛的委託後，立刻派由寧次領軍的三人小組前往執行任務，鳴人在得知此消息後也運用脆計成功說服綱手。沒想到才剛到達星忍者村就因為當地的特殊地形發生了意外插曲，也因此邂逅了一位名叫「斯麥爾」的少年，然而就在他們進入星忍者村之後，更發現似乎事事都透露著玄機…

星忍者村的「星星」遭竊之後，寧次他們也展開調查行動，雖然早已隱約察覺到事有蹊蹺，但在追蹤之後更發現諸多疑點。然而斯麥爾也在這時候遭到蒙面忍者擄走，這到底是怎麼一回事…

寧次他們雖然是受委託前來星忍者村執行任務，卻在過程中發現疑點重重，於是分頭展開調查，也因此掌握到該村首領赤星的可疑事證…

隨著鳴人跟夏日一起墜落山谷，寧次他們也決定開始搜尋的行動，除此之外，因為小李他們救出了被赤星軟禁的斯麥爾，於是斯麥爾決定帶著寧次他們前往森林裡尋找鳴人的下落。然而赤星他們卻已早一步追循夏日的査克拉，找到了「星星」的所在，他們過去因為「星星」所衍生的事實也因此逐一現出了原形…

隨著赤星找到夏日的下落後，一場無法避免的戰鬥就此展開，赤星卑鄙地利斯麥爾當要脅，夏日只好乖乖的交出「星星」，但也因此身體重傷。然而一對多年不見的母子，也因此再度重逢，沒想到好景不常，一心想阻止星忍者村進行「星星」修練的夏日，竟然不告而別…

一心想報仇的斯麥爾，發現母親夏日已經在修行場內身亡，而赤星則是打算藉機殺了斯麥爾，沒想到夏日利用身前最後一氣，使出可以保護斯麥爾的忍術…。而赤星的醜行也在北斗與三連星的揭發下敗露，雖然赤星想利用星星的力量反擊，但是鳴人在夏日靈魂的協助下，終於打敗赤星…。而斯麥爾一行人，則是在綱手的治療下，全都恢復了健康…。

赤丸因為有感染罕見病毒的可能性，鳴人便在綱手的命令下開始執行監視的任務，沒想到赤丸真的受到病毒感染，異常的症狀越來越明顯，雖然綱手想盡力搶救，卻也做了最壞的打算…。然而，誤以為綱手要殺了赤丸的牙，竟然強行帶走赤丸逃亡…。

鳴人在森林裡修練的時候，以為遭到鷲的糞便攻擊，沒想到那竟然是傳說中的翁巴的小孩。而翁巴的小孩會把張開眼第一個看到的人當作是自己的親人，於是鳴人就得忍耐翁巴的小孩一直趴在他背上直到長大為止。沒想到這個傳說背後，還暗藏著綱手與自來也在年少時的一段賭注…。眼看著翁巴的小孩以驚人的速度成長，綱手只好派鳴人單獨前往深山裡，執行掃蕩山賊的任務…。

因為人手不足，綱手於是派鳴人跟著志乃一起執行任務，本來是最適合志乃的任務，卻因為志乃中了笑不停的藥笑個不停，所以只好由鳴人硬著頭皮代替志乃上場擔任代理喪主，不能在葬禮進行中笑出聲音來…。還好鳴人算是很爭氣的強忍住不笑，雖然在最後一刻破了功，但還算是有了圓滿的結局…。

鳴人一行人在綱手的指派下前往菜之國護衛行商小販，沒想到到達目的地後才發現自己被綱手擺了一道，成了木葉搬家中心的員工，雖然心有不甘，卻也只能硬著頭皮幫忙搬東西。然而上路後不久，鳴人即發現事有蹊蹺，但是在丁次大而化之的解釋之下，潛藏的危機立刻成了事不關己的烏龍。然而行商小販中的百合之丞與菊介卻早已心知肚明，菊介甚至還單獨採取行動…。

隨著菊介的死亡被發現後，鳴人他們終於知道自己護衛的對象並非單純的行商小販，而是菜之國的城主的女兒春菜，至於菊介與百合之介則是負責保護她的忍者，菊之丞與百合之丞。面對菊之丞已死的事實，與利用老弱婦孺當掩護的策略曝光，春菜仍然堅持為了自己的安全，做任何犧牲都是值得的，雖然鳴人無法認同，卻還是堅持做好自己的任務…。

經過一番激戰，鳴人似乎察覺到類我所施展的水忍術的弱點，再加上百合之丞的建議，最後總算是打敗了類我。然而打敗類我之後，還有另外兩個邪忍仍然威脅著春菜的安危，即使雛田提議最好先回木葉忍者村向火影大人報備，但鳴人卻堅持必須保護春菜，也因此吃了不少苦頭…。

鳴人被磁鐵忍者打得毫無招架的餘地，雛田不忍心愛的鳴人就此喪命，於是拼了命也要救鳴人，後來利用白眼找到磁鐵忍者的弱點，並孤注一擲，甚至不惜與自我同歸於盡，最後終於打敗自我。而鳴人則是在丁次們的呼喚下醒來，也因此得以順利救出雛田…。

鳴人跟春菜眼看著就要逃到國境外的村莊，沒想到卻遭到煉瓦的阻撓，再加上煉瓦施展奇特的忍術，鳴人根本無招架之力，雖然如此鳴人還是全力保護春菜，在追打過程鳴人終於發現煉瓦忍術的破綻…。

綱手指派新的任務給井野執行，並派遣鳴人擔任助理工作，沒想到委託人指定井野當她的替身，代替發福後的自己去相親，而接下來的發展更是出乎人意料之外…

小李為了讓自己的功夫更上一層樓，蓋了一間道場等人上門踢館。鳴人為了擺脫小李的糾纏，找來阿凱老師假冒踢館者，但在陰錯陽差之下，又出現一個冒牌的阿凱老師…

由於蜜之國的夫人離奇失蹤，綱手找上牙、雛田與鳴人組成一隊前往搜尋，雖然鳴人最害怕幽靈，但也只好硬著頭皮出任務。沒想到才剛到達目的地，傳聞中的城池就出現在眼前…

小李到醫院做定期檢查，沒想到診療的結果相當不樂觀，更糟糕的是小李在與一名新手過招練習時受傷，再加上阿凱決定帶櫓同行出任務，此舉幾乎讓小李的心情跌至谷底…

阿凱為了尋找失足的櫓跳下山崖，沒想到卻遭到一大群木人的圍攻，甚至還被困在木人圍堵的城堡裡，原來那是阿凱昔日的手下敗將的三個兒子，想要為死去的父親報仇所設下的陷阱。沒想到這個陷阱最後竟然演變成阿凱與小李之間的師徒對戰…。

木工玄翁偷走村內重要的設計圖，事跡敗露後，他立即引爆自殺。綱手驚覺木葉村已陷入空前的危機，決定啟動超Ｓ級非常警戒，任命鹿丸為首的11名中下忍負責追蹤設計圖下落…

暗部決定利用逆向催眠，問出鳴人與玄翁兩星期前的談話內容，但鳴人的記憶力讓暗部們大失所望…。另一方面，在鹿丸的指揮下，大家開始找到了一些蛛絲馬跡…

鳴人跟小李他們在檢查忍者學校時，發現道場裡有個奇怪的原木，學生們還利用原木練習苦無，後來鳴人覺得不太對勁，找來寧次用白眼深入追查，竟發現了一項可怕的事實…

在人手不足的情況下，木葉村的資深前輩們也出面幫忙，沒想到他們竟然帶回了舊式引爆符，原來引爆符在三十年前就已設置好，一段不為人知的過往雲煙也因此逐漸明朗化…

在鹿丸看出引爆符只是玄翁的欺敵策略，以及鳴人發現玄能的蹤跡後，整起事件的輪廓似乎已逐漸成形，以鹿丸為首的小組在跟玄翁幾番交手之後，總算讓這起事件劃下句點…

為了慶祝火影忍者堂堂邁入第五年，由鳴人跟小櫻連袂為大家介紹大家心中前五名的戰鬥場景，甚至還邀請了特別來賓到節目的現場，和觀眾見面一起回顧過去的精采片段…

紅突然決定不再擔任指導第8小組的上忍，此舉讓牙他們很錯愕，鳴人自告奮勇要幫忙解決，並且在無意之中發現，紅與自己在里見之丘遇到的神秘女孩，似乎有所關聯…

鳴人為了向八雲求證紅老師的事，卻也因此身陷於幻術之中，雖然如此，清醒後的鳴人仍然死纏著紅不放，因而再次身陷幻術中。另一方面，有不明人士圍攻里見山莊，綱手從飛鴿傳書中得知此事，立刻派阿凱率領雛田等人前往救援，也命令小櫻一同前往，負責醫療八雲。沒想到小櫻竟然在途中踢到身陷幻術中的鳴人…。

紅帶著八雲逃避雲海的追擊，後來在阿凱他們的協助之下，總算擊退雲海，得以全身而退。然而紅也在八雲的心情暫時平息後，開始訴說自己如何與八雲結緣的一段過往，看似單純的一族興衰，背地裡卻又暗潮洶湧，一場各說各話的過往，考驗著鳴人他們如何下判斷的智慧…。

八雲想殺了紅以洩心頭之恨，而鳴人則在雲海的協助下從幻術中脫困，後來不但救了大家，也即時阻止八雲殺死紅。然而，就在八雲回想起事實真相時，有了輕生的打算，就在此刻，始作俑者終於出現，原來那就是住在八雲內心深處的無我意識…。

某日綱手交待鳴人跟牙一起執行護送珍貴寶物的任務，但鳴人他們沒想到委託人竟然是個吊兒郎當的傢伙，不但態度漫不輕心，甚至還一直把寶物看得比自己的性命還重要，也因此惹來了一身麻煩，卻又怪鳴人他們無能。雖然如此，鳴人他們還是竭盡全力執行護送的任務…。

森之國內有一個由逃亡忍者所組成的不忍集團，以相當殘忍的手段四處燒殺掠奪，後來官方終於在一次圍捕行動中，逮到了其中的一名成員－丸鐵，經商議後決定將他押送至森之國首都接受偵訊。然而，為了防止其他不忍成員半路攔截，木葉忍者村也派出鳴人、小李以及小櫻隨行護衛，沒想到大老遠跑來的鳴人一行人，竟遭到極冷淡的對待，就在鳴人按捺不住情緒時，不忍成員也採取了行動…。

押送丸鐵的船被切斷後，順著土岐所切割出的支流前進，沒想到後來竟從瀑布摔落，因而全毀，鳴人不但跟小櫻他們走散了，還因此跟丸鐵和轟一起被困在迷惑森林裡。後來丸鐵說出自己因偷走不忍集團的不義之財而遭到排擠時，轟完全無法接受，而鳴人則是選擇相信，認為丸鐵可以帶他們走出迷惑森林，但土岐就在此時發動攻擊…。

丸鐵想帶鳴人他們離開迷惑的森林，無法揮別過去夢魘的轟，則是時時刻刻都想殺了丸鐵為家人報仇…。後來不忍文殊出面困住了鳴人他們，丸鐵因此被文殊帶走。而小櫻他們則是遭遇到為了尋找丸鐵下落而來的明雄一行人，小櫻他們也因此得知，原來明雄他們平常都是丸鐵在照顧的…。打算將丸鐵帶回不忍巢穴的文殊，卻在途中巧遇明雄他們…一場無法避免的衝突就因此引燃…。

鳴人他們在丸鐵的帶領下，前往不忍的巢穴救明雄。修羅雖然佈下了天羅地網打算困住鳴人他們，但最後還是沒有得逞，甚至還被鳴人的螺旋丸擊敗，不忍也就此瓦解。在順利救出明雄後，轟決定放丸鐵一條生路，讓丸鐵可以繼續照顧明雄和那些孩子們…。

鳴人為了吃到手打口中的夢幻麵麻，於是便在完成任務的回程中，跑到崖邊去摘麻竹，沒想到也因此救了一名失去的記憶的少年到忍者村，雖然大家都不贊成少年繼續留在村子裡，但是在鳴人的大力保證下，綱手也只好勉為其難的同意了，沒想到後來村子裡真的開始出現異狀…。

綱手從麵麻施展的忍術判斷，他可能跟田之國的音忍者村有關，麵麻隨即表示願意前往田之國搜尋失去的回憶，除了鳴人同行之外，綱手還派了寧次跟天天一同前往。沒想到才到了途中，便發現一處深受盜賊之襲，而且幾乎被燒光的村落，麵麻直覺自己跟這個村落似乎有關聯，並決定留下來協助村落預防盜賊入侵…。

當阿南與村裡的人發現麵麻就是襲擊村子的同夥時，大家都不願意接納他，甚至還攻擊他，後來麵麻向鳴人說出自己的記憶並未喪失的真相，同時說明自己跟死韻等人的一段因緣。麵麻為了替沾滿血腥的過去贖罪，不惜與死韻對上，最後甚至不惜犧牲自己的性命拯救村子…。

綱手得到匠忍者村有異狀的情報，便派卡卡西前往察訪。經證實後，情況的確有異，於是派貴多位上忍與中忍出擊。沒想到卻也在此時收到砂忍者村的求援傳令，在情報資源有限的情況，便指派鹿丸帶領村子裡僅存的下忍，攔截向我愛羅下戰帖，並挾持了一名砂忍的不明對手。而足智多謀的鹿丸在確保任務成功與不得有任何犧牲者的前提下，已擬定出一套萬全的策略…。

四天象人擄走小祭後，為了達成某種目的開始兵三分路將我愛羅與手鞠、勘九郎他們區隔開來。手鞠跟勘九郎本來以為可以輕鬆解決對手，沒想到最後竟必須靠木葉忍者及時出現，才得以化解危機。而鳴人跟小李則是火速前往支援我愛羅…。

打算各個擊破的四象天人，也的確讓手鞠跟勘九郎陷入困境，還好鹿丸與牙他們即時趕到，不但化解了危機，也幫助手鞠與勘九郎擊敗對手。而鳴人跟小李，則是火速趕往我愛羅與水虎打鬥的地點，雖然外表看起來是我愛羅佔盡優勢，但實際上我愛羅已面臨了極大的危機…。

寶龜眼看著已經控制住了我愛羅，認為時機已成熟，便開始進行將匠忍者村的極致武器完成化的過程，雖然鳴人執意阻止卻還是徒勞無功。後來匠忍者村的極致武器真的甦醒過來，那就是匠忍者村的始祖－晴明，起死回生。當晴明復活後，便開始吸取我愛羅的査克拉，就在我愛羅漸漸失去意識的時候，守鶴開始慢慢地成形了…。

眼看著我愛羅被晴明逼入了絕境，雖然鳴人努力的想幫助我愛羅，卻還是無法如願，而鹿丸一行人也是完全插不上手，然而我愛羅就在一籌莫展之際，回想起昔日與鳴人對打時的對話，因為想保護最重要的人的意念，讓我愛羅擊敗晴明…。雖然卡卡西與自來也即時趕到，但事情已解決，根本無用武之地。回木葉忍者村後，自來也決定帶著鳴人踏上修練之旅，一心想精進修練的鳴人，簡單收拾行囊便與自來也踏上旅程…。