Наруто, Хината и Киба получают задание поймать и обезвредить вора Госункуги. Однако выясняется, что за ним охотятся и другие ниндзя, среди которых Садзанами, охотник за головами.

Хината по шраму узнаёт, что Садзанами тоже является разыскиваемым преступником. Садзанами заявляет, что невиновен, и преступление, в котором его обвиняют, совершил Госункуги. Троица помогает Садзанами восстановить доброе имя.

Двое посторонних пытаются проникнуть в Коноху приняв (не очень-то удачно) облик Гая и Рок Ли.

Нэдзи, назначенный капитаном на время миссии, Наруто и Тэн-Тэн отправляются в Страну Птиц чтобы расследовать сообщения о появлении там призрака - Белого Нороимуси. Они узнают, что даймё умер, и вместо него феодалом стал Саги, чья сестра Токи погибла. Подозревают, что к Белому Нороимуси имеет отношение Коумэй, бывший стратег феодала, противившийся вступлению Саги в должность из-за его молодости. Стоило прибыть троице в Страну Птицы, как появился Нороимуся, однако когда ниндзя атакуют его кунаями, доспехи призрака разваливаются и обнаруживается, что внутри них никого нет.

Троицу из Конохи принимает у себя Лорд Мозо, чиновник. На Саги нападают, но ниндзя Конохи спасают его. Команда Нэдзи следит за Коумэем и обнаруживается, что тот ночью встретился с Нороимуси. Коумэя арестовывают.

Мозо объявляет, что миссия синоби закончилась, однако Наруто настроен скептически - он исследует место боя с Нороимуси и находит тайный проход к дому Мозо. Наруто схватывают и помещают в темницу. К нему в камеру проникает Нороимуси, однако оказывается, что под его маской скрывается Саги. К Нэдзи и Тэн-Тэн, также продолжающих расследование, присоединяется посланный Цунадэ Какаси.

Наруто, переодетый в Нороимуси, спасает приговорённого к смерти Коумэя. На Какаси нападает другой копирующий ниндзя.

Какаси побеждает своего противника. Выясняется, что Саги - это переодетая Токи - настоящий Саги погиб, а под личиной Мозо скрывается другой копирующий ниндзя - Хоку. Хоку нападает на команду Нэдзи.

Ниндзя Конохи побеждают Хоку, и Токи становится даймё.

Наруто, Тёдзи и Сакура вызываются добровольцами чтобы помочь Тэути, владельцу Итираку Рамэн, вернуть свою похищенную дочь Аямэ.

Анко Митараси отправляется вместе с Наруто, Сино и Ино в Страну Моря чтобы проверить сообщения о появлении там монстра Каймы. Анко вспоминает, как когда-то была в этих местах вместе с её учителем, Оротимару. В порту группа видит как Ёрои Акадо и Мисуми Цуруги, ранее принимавшими участие в экзаменах на тюнина, нападают на девушку, однако, завидев других синоби, отступают. Во время плавания на лодке к одному из островов, на Команду Анко нападают, в результате чего Наруто оказывается под водой, но его спасает та самая девушка.

В одном из укрытий Оротимару (в присутствии Саскэ) встречается с Амати, под чьим руководством проводятся эксперименты над людьми. Наруто приходит в себя в хижине девушки, представившейся как Исариби. Удзумаки становится свидетелем того, как её закидывают камнями проходящие мимо мальчишки, он их сразу прогоняет. Остальные члены команды Анко знакомятся с планами, какие суда они должны защитить от Каймы. Наруто находит свою команду, проследившую за той загадочной девушкой и понимает, что Исариби и есть Кайма. Появившийся Ёрои позволяет Исариби сбежать, Анко пытается их преследовать, но падает от боли из-за Проклятой печати.

Анко вспоминает, что, возможно, видела эту девушку среди подопытных раньше, когда училась у Оротимару. Команда отправляется на остров, где Оротимару раньше проводил опыты и в тайном убежище встречается лицом к лицу с Исариби и Амати. Ёрои и Мисуми разрушают убежище.

Благодаря призыву Анко гигантской змеи, команде в последний момент удаётся выбраться из убежища. Исариби под руководством Амати нападает на торговые суда. Амати, также как и девушка, принимает форму морского чудища, после чего призывает Морского Босса, гигантское водяное существо, которое берет Наруто в плен, но Наруто благодаря чакре Девятихвостого лиса освобождается и продолжает сражение. А Исариби узнает от Анко, что в Наруто заключен Девятихвостый лис и что к нему долгое время в деревне относились как к чудовищу.

Наруто призывает Гамабунту и вдвоём они одолевают Морского Босса. Амати берут в плен.

Наруто получает задание сопровождать избалованного богатством ребёнка Кунихису, считающего, что за деньги можно всё купить, и показать ему типичный день ниндзя.

Наруто, Хината и Киба получают задание отыскать клад. Однако они попадают в засаду, и трое человек перенимают их облик и запах, чтобы таким образом проникнуть в Коноху.

Наруто, Киба и раненая Хината освобождаются из ловушки и отправляются в город, где уже успели начудить их клоны. Впоследствии выясняется, что это всего лишь проверка способностей троих ниндзя.

Наруто и Дзирайя пытаются предотвратить войну которая может вспыхнуть из-за письма, ошибочно направленного властителю Страны Клыка.

Наруто, Рок Ли, Нэдзи и Тэн-Тэн отправляются на миссию по защите звезды, главной ценности Деревни Скрытой Звезды. По пути они встречают Сумару, с помощью чакры странного пурпурного цвета, помогшего им избежать попадания в ядовитый газ, окружающий со всех сторон селение. Гэнины Конохи встречаются с неофициальным лидером Деревни Звезды, Хосикагэ - Акахоси, который высказывает им своё желание, чтобы Деревня Звезды заняла место в числе пяти крупнейших селений ниндзя. Сумару и Наруто становятся свидетелями похищения звезды, и, судя по специфической пурпурной чакре, понимают, что похитивший её - также из этой Деревни.

Наруто узнаёт, что родители Сумару погибли, защищая звезду от чужеземных ниндзя. Рок Ли и Тэн-Тэн пытаются проследить за двумя подручными Акахоси, однако теряют их след. Ниндзя, похожий на ранее укравшего звезду, похищает Сумару.

Выясняется, что тренировки со звездой были очень опасны для ниндзя, и из-за этого предыдущий, Третий Хосикагэ, запретил их. Рок Ли и Тэн-Тэн проникают в жилище Акахоси и, обнаружив там Сумару, спасают его. Акахоси предлагает Нацухи, похитившей звезду, Сумару в обмен на звезду. Между ними завязывается бой; прибывшие Наруто и Нэдзи вмешиваются, однако Акахоси сталкивает Нацухи и Наруто в ядовитый газ.

Акахоси берёт Сумару в заложники и заставляет Нацухи отдать ему звезду, после чего официально объявляет себя новым, Четвёртым Хосикагэ и отдаёт приказ убить ниндзя Конохи и Сумару.

Жители Деревни узнают полную правду о вреде тренировок со звездой. Наруто уничтожает звезду Расэнганом. Акахоси и его двух подручных ловят.

Киба пытается найти противоядие для внезапно заболевшего Акамару.

Наруто находит в лесу мифическое животное под названием Омбаа, которое мешает ему жить, не желая слазить с его спины. Но главная проблема ещё впереди, ведь, согласно книгам Цунадэ, все виды Омбаа после созревания вырастают до трёх метров и становятся агрессивными. Деревня в опасности.

Сино и Наруто получают задание быть представителями одного из членов семьи Кагэцу, который, согласно странному завещанию своего отца, получит всё наследство только при одном условии — если тот не засмеётся на похоронах.

Наруто, Хината и Тёдзи отправляются в маленькую Страну Нано для защиты её жителей. По пути им встречается группа бродячих торговцев, за которыми охотятся три ниндзя. Тем временем в Стране Нано происходит переворот.

Ниндзя Конохи узнают что в числе бродячих торговцев скрывается единственная дочь правителя Страны Нано - Харуна, она и есть настоящая цель преследователей.

Наруто, Тёдзи и житель Страны Нано, Юринодзи, сражаются с дзёнином, мастером Водяных техник. Принцесса Харуна прячется в лесу.

Хината побеждает дзёнина, владеющего Магнитными Техниками. Наруто находит принцессу. Тёдзи, Хината и Юринодзи становятся заложниками.

Наруто побеждает третьего ниндзя-преступника; прибывает подкрепление в лице Сидзунэ, Сикамару и других ниндзя Конохи, посланных по приказу Цунадэ из-за переворота. Харуна становится правителем Нано.

Ино становится двойником потолстевшей дочери феодала, которая не хочет показывать будущему мужу свою фигуру.

Рок Ли открывает свою школу боевых искусств.

Наруто, Хината и Киба, расследуя исчезновения людей, попадают в проклятый замок.

Майто Гай берёт вернувшегося в деревню синоби, Ягуро, с собой на миссию, однако в Конохе обнаруживается, что это не настоящий Ягуро.

Поддельный Ягуро оказывается сыном когда-то побеждённого Гаем синоби, мечтающим отомстить за своего отца.

Из дома главного плотника Конохи похищены чертежи зданий, единственное объяснение — на деревню готовится атака. Вор взрывает себя в лесу, заявляя, что чертежи спрятаны. Цунадэ создаёт команду под руководством Сикамару для их поиска.

АНБУ допрашивает Наруто в связи с тем, что он был знаком с подозреваемым в краже — Гэнно. Похищенные чертежи при странных обстоятельствах обнаруживаются в Конохе.

Выясняется, что человек, взорвавший себя в лесу, — не Гэнно; на месте взрыва обнаруживают тоннель. Нэдзи и Хината при помощи техники бякугана находят сеть взрывных печатей, установленных по всей деревне.

Устанавливается, что взрывные печати были установлены в деревне 30 лет назад. Наруто обнаруживает Гэнно.

Гэнно признаётся, что его главная цель — взрыв скал, окружающих Коноху. Преступника нейтрализуют.

Специальный выпуск с повтором сцен из лучших на данный момент боёв по итогам зрительского голосования — Наруто против Саскэ (две битвы — на крыше больницы и у статуй двух основателей Конохи), Тёдзи против Дзиробо, Киба и Акамару против Юкона и Сакона, Нэдзи против Кидомару.

Наруто встречает странную девушку по имени Якумо. Курэнай объявляет, что покидает команду №8.

Неизвестные пробираются в поместье, в котором живёт Якумо. Туда же направляется Курэнай.

В поместье для подмоги добирается команда под руководством Гая. Оказывается, что за Якумо охотятся члены её же клана, а её учителем является назначенная ещё Третьим Хокагэ Курэнай.

Наруто, Курэнай и команда №8 становятся заложниками техники иллюзий Якумо.

Осознав, что Курэнай всегда заботилась о ней, Якумо уничтожает монстра Идо, живущего внутри неё.

Наруто и Киба сопровождают редкий и ценный артефакт Катё Фугэцу.

Наруто, Сакура и Рок Ли берутся за новое задание — сопровождение опасного преступника Гантэцу из банды «Синобадзу». Приспешники Гантэцу нападают на корабль, перевозящий его; при помощи различных техник разделяют корабль на две части — одна вместе с Сакурой, Рок Ли и основным экипажем — продолжает плавание по реке, вторая часть судна вместе с Наруто, Гантэцу и капитаном команды охраны, Тодороки, — по её притоку.

Вторая часть судна разбивается при падении с водопада, экипаж из первой части направляется к месту крушения. Наруто, Гантэцу и Тодороки углубляются в лес, который является пристанищем «Синобадзу».

Тодороки рассказывает, как пятью годами ранее видел Гантэцу в горящем доме его родителей, держащим в руках его младшего брата Акио. Тодороки хочет убить Гантэцу ради мести, но Наруто останавливает его. Сакура и Рок Ли встречают в лесу группу детей, вооружённых копьями и мечами, которых, как оказалось, спас Гантэцу от кровожадных членов «Синобадзу»; в это время один из членов группировки устраивает ловушку для Наруто и Тодороки, а самого Гантэцу похищает, но на его пути встают Сакура, Рок Ли и дети.

Ниндзя Конохи уничтожают логово «Синобадзу». Тодороки узнаёт, что его брат жив, и прощает Гантэцу.

Наруто находит на берегу реки человека без сознания, у которого с собой была только флейта; в больнице устанавливают, что у него амнезия. Наруто называет его Мэнмой. Ночью в медучреждение ударяет молния, и начинается пожар, Мэнма спасает ребёнка.

Наруто, Нэдзи и Тэн-Тэн сопровождают Мэнму в Страну Рисовых Полей, где, как предполагается, он ранее жил. По дороге они обнаруживают сожжённую дотла деревню, жители которой рассказывают о нападавших и узнают в одном из них Мэнму.

На деревню снова нападают. Мэнма жертвует собой, чтобы спасти жителей.

Тэмари оповещает Коноху о том, что в Деревне Песка также сформирована своя школа ниндзя: инструкторами в ней являются сама Тэмари, Канкуро и Гаара. Группа четырёх ниндзя, называющих себя «Ситэнсёунин», бросают вызов Гааре и похищают его ученицу, Мацури. Цель группировки — Сюкаку, однохвостый бидзю, живущий в Гааре. Деревня Песка просит помощи у Конохи; Сикамару собирает команду, включающую Наруто, Кибу, Тёдзи, Ино и Рок Ли, параллельно с ними отправляются в путь Сино, Сакура, Нэджи и Хината.

На помощь сражающимся с «Ситэнсёунин» Тэмари, Канкуро и Гааре прибывают ниндзя Конохи.

Ниндзя Конохи побеждают троих членов «Ситэнсёунин».

Четвёртый член «Ситэнсёунин» пробуждает основателя деревни Такуми, родины «Ситэнсёунин» — Сэймэя, Совершенного Оружия, чья мечта — победа над Пятью Великими Селениями Ниндзя. Сюкаку начинает пробуждаться.

На место боя прибывает команда Сикамару. Гаара силой воли подавляет Сюкаку и побеждает Сэймэя. Возвращается Дзирайя для того, чтобы тренировать Наруто.