Naruto asciende las escaleras hasta la cima del Templo Modoroki cargando con Idate, pero allí les espera Aoi con su Espada del Dios del Trueno, que es capaz de repeler fácilmente tanto el Rasengan de Naruto como el Chidori de Sasuke.

Con Sasuke y Sakura fuera de combate, Naruto es el único que puede vencer a Aoi para que Idate pueda continuar la carrera. Pero, ¿será capaz Idate de ganar la carrera y salvar a su clan con Fukusuke a punto de cruzar la línea de meta?

Sintiendo que la diferencia de fuerza entre ambos es cada vez mayor, Sasuke desafía a Naruto a un combate cuando este y Sakura vienen a visitarlo al hospital. Tras intercambiar algunos golpes, ambos se preparan para darlo todo.

Cuando Naruto y Sasuke están a punto de chocar, aparece Kakashi y los separa. Kakashi trata de convencer a Sasuke de que la venganza no es el camino, pero antes de que este tome una decisión, aparecen los Cuatro del Sonido y le atacan.

Tras derrotarlo fácilmente, los Cuatro del Sonido le explican a Sasuke que la única forma de aumentar su fuerza es unirse a Orochimaru. A pesar de las súplicas de Sakura, Sasuke parece dispuesto a aceptar la oferta.

En cuanto Sakura informa de la deserción de Sasuke, Tsunade ordena a Shikamaru que reúna un equipo de Genin para ir en su busca. Entre los elegidos se encuentran Neji, Choji, Kiba y, por recomendación de Tsunade, Naruto.

Para poder aumentar su fuerza, el Sello de Maldición de Sasuke debe avanzar a su segundo nivel. Para ello, se toma una píldora que lo deja en un estado de muerte aparente. Sellado dentro de un tonel mientras el sello avanza de nivel, Sasuke es llevado lejos de la Hoja. Después de que Raidô y Genma de la Villa Oculta de la Hoja traten de detener inútilmente a los Cuatro del Sonido, el grupo de Shikamaru se prepara para lanzar un ataque furtivo sobre ellos con la intención de recuperar a Sasuke.

Cuando el grupo de rescate queda atrapado dentro del domo de piedra de Jirobo, Shikamaru trata de convencer a su enemigo para que le deje salir solo a él. ¿Significa esto que Shikamaru está dispuesto a traicionar a sus amigos?

Tras quedar liberados del domo de piedra, Chôji ingiere una misteriosa píldora y se enfrenta en solitario a Jirobo para que el resto del grupo pueda seguir adelante con la persecución de los otros miembros de los Cuatro del Sonido y Sasuke.

Choji toma ventaja sobre su adversario gracias a la segunda píldora, pero Jirobo da la vuelta a la tortilla otra vez con el nivel 2 de su sello maldito. La tercera píldora puede permitir a Choji derrotar a Jirobo, pero también significará su muerte.

Shikamaru trata de engañar a los tres ninjas del Sonido haciéndose pasar por Jirobo, pero su plan fracasa y Neji decide enfrentarse a Kidomaru mientras los otros persiguen a los dos últimos miembros de los Cuatro del Sonido y a Sasuke.

Tras decidir atacar a su enemigo desde la distancia, Kidomaru envía múltiples arañas contra Neji. Neji consigue rechazarlas, pero Kidomaru detecta un ángulo muerto en su defensa y decide utilizar ese punto débil para acabar con él.

Kidomaru crea un arco y unas flechas con sus telarañas y comienza a disparar contra el punto débil de Neji. Neji, malherido, se dispone a jugarse el todo por el todo cuando Kidomaru dispara la más mortífera de sus flechas contra su corazón.

Mientras Orochimaru espera ansioso la llegada de Sasuke para intercambiar su cuerpo con el de este, Shikamaru piensa en un plan para emboscar a los dos miembros de los Cuatro del Sonido restantes y robarles el tonel.

Naruto y Shikamaru corren de vuelta a la Villa Oculta de la Hoja con el barril mientras Akamaru y Kiba retrasan a sus enemigos, pero no cuentan con la aparición de Orochimaru, que ha intercambiado su cuerpo con el de Kimimaro.

Mientras Shikamaru se ocupa de Tayuya y Naruto hace lo propio con Kimimaro, Kiba y Akamaru se ven obligados a combinarse en un gigantesco lobo de dos cabezas para hacer frente al ataque combinado de Sakon y su hermano Ukon.

Kiba y Akamaru escapan a duras penas con vida de los hermanos Sakon y Ukon, mientras que Naruto no puede asestar ni un solo golpe a Kimimaro. En otra parte, Tayuya cambia de melodía antes de que Shikamaru pueda anticiparse a sus criaturas.

Shikamaru emplea el jutsu Kagemane (Sombra imitadora) para volver a las criaturas de Tayuya en contra de ella. Cuando Tayuya activa el segundo nivel de su sello maldito para liberarse, Shikamaru decide usar su propia sombra para estrangularla.

Mientras Naruto se enfrenta a Kimimaro, el sello de Sasuke alcanza el segundo nivel, lo que le permite liberarse del tonel y huir. Justo entonces, aparece Rock Lee y accede a contener a Kimimaro para que Naruto pueda ir tras Sasuke.

Después de beber accidentalmente una botella de sake, Rock Lee desencadena su Suiken (puño borracho) lanzando ataques imprevisibles contra Kimimaro y obligando a este a activar el primer nivel de su sello maldito para dar la vuelta a la situación.

Justo cuando parece que los ninjas de la Villa Oculta de la Hoja van a perder contra los ninjas del Sonido, aparecen los ninjas de la Arena para salvar la situación. ¿Serán capaces de lograr lo que Shikamaru, Kiba y Rock Lee no han podido?

Tras pedirle a Lee que no intervenga, Gaara desata su Sabaku Soso (Funeral del Desierto) contra Kimimaro, pero este sobrevive endureciendo los huesos bajo la piel y, con una determinación renovada, pasa al primer y segundo nivel de su sello maldito.

Sabiendo que su tiempo se agota, Kimimaro decide usar el hueso más grueso de su cuerpo a modo de lanza para acabar con Gaara, quien se protege con su Shukaku no Tate (Escudo de Shukaku). ¿Conseguirá superar el mejor ataque a la mejor defensa?

Cuando Naruto finalmente alcanza a Sasuke, le pregunta si está dispuesto a traicionar a sus amigos para hacerse más fuerte y este le responde que sí. Entonces, Naruto comprende que la única manera de detenerle es por la fuerza.

Después de que Naruto salga ileso de su Ryuka no Jutsu (Llamas del dragón), Sasuke recuerda la época en la que Itachi era un buen hermano y un buen capitán antes de que comenzara a distanciarse del clan e iniciara una rebelión contra los Uchida.

Sasuke y Naruto continúan con se enfrentamiento mientras el primero recuerda su infancia. Su memoria viaja al día en que dominó el Gokakyu no Jutsu (Bola de fuego), llamando la atención de su padre, que le pidió que no siguiera los pasos de su hermano.

Sasuke recuerda el día en que encontró a todos los miembros de su clan asesinados. Tras mostrarle la muerte de sus padres con el Mangekyo Sharingan (Sharingan Caleidoscopio), Itachi le emplazó a hacerse más fuerte para poder vengarse.

Tras descubrir la deserción de Sasuke, Kakashi parte en su busca y en la de Naruto. Mientras tanto, Sasuke parece dispuesto a asesinar a su mejor amigo, Naruto, para conseguir el mismo poder que su hermano.

Como muestra de respeto hacia Naruto, Sasuke se coloca su protector de frente y desarrolla al máximo su Sharingan. Cuando todo parece perdido, Naruto invoca el poder del Nueve Colas y experimenta una sorprendente transformación.

El combate alcanza su clímax cuando el Rasengan de Naruto con el poder del Nueve Colas choca contra el Chidori de un Sasuke que ha activado el segundo nivel de su sello maldito. Pero, ¿quién es el misterioso ninja que lo observa todo?

Mientras el equipo de Shikamaru se recupera de sus heridas, Naruto despierta y descubre que Sasuke se ha marchado. A pesar de las dudas de todos, Naruto quiere cumplir la promesa que le hizo a Sakura de traer a Sasuke de vuelta.

Preocupado por el bienestar de Naruto y Sakura, Jiraiya le pide a Tsunade que los envíe a una misión con él. La misión consiste en viajar al País de los Campos de Arroz para encontrar la Villa Oculta del Sonido y quién sabe si a Sasuke.

Tras llegar a una ciudad de renegados, Naruto y Sakura salvan a la joven ninja que les atacó de un grupo de ninjas del Sonido. Su nombre es Sasame y busca a su primo Arashi, que quiere unirse a Orochimaru para revivir al Clan Fuma.

Sasame droga a Naruto, Sakura y Jiraiya con la intención de entregarlos a Orochimaru a cambio de que la lleven hasta Arashi. Pero cuando descubre que tienen intención de matarlos, Sasame suplica al grupo Fuma que no lo haga.

Después de que Sasame les conduzca hasta la guarida de Orochimaru, Jiraiya por un lado y Naruto y Sakura por el otro tratan de sobrevivir a los túneles repletos de trampas que supuestamente conducen hasta su enemigo.

Naruto llega a tiempo de salvar a Sakura y a continuación se enzarza en un combate contra Kabuto. Naruto tiene las de ganar, pero Kabuto emplea una técnica que hace que si su corazón se detiene, el de Naruto también lo haga.

Cuando el grupo finalmente encuentra a Arashi, este ya no es el mismo que Sasame conocía. Mientras, Sakura comprende lo lejos que está dispuesto a llegar Naruto para protegerla y decide que es el momento de tomar una decisión.

De regreso a la Villa Oculta de la Hoja, Mizuki planea escapar de la institución penitenciaria de máxima seguridad con la ayuda de dos hermanos. La amenaza merecer ser tomada en serio porque Orochimaru parece estar detrás de todo.

Iruka trata de traer de vuelta al antiguo Mizuki, pero este le revela que sólo era amable con él para ganarse el afecto del maestro Hokage. Al mismo tiempo, Naruto tiene serias dificultades para derrotar a los hermanos Fujin y Raijin.

Justo cuando Fujin y Raijin se disponen a darle el golpe de gracia a Naruto, aparecen Shikamaru, Ino y Choji y le salvan. Mientras ellos se ocupan de los hermanos, Naruto trata de llegar hasta Iruka antes de que Mizuki acabe con él.

Tsunade descubre una sorprendente información acerca de Orochimaru y Mizuki y decide tomar cartas en el asunto. Cuando Naruto, Iruka y Pakkun llegan finalmente hasta Mizuki, son testigos de una monstruosa transformación.

Justo cuando Ino-Shika-Cho se encuentran al límite de sus fuerzas contra los hermanos Fujin y Raijin, aparece Tsunade. Al mismo tiempo, Naruto e Iruka se ven completamente superados por la fuerza y velocidad mejoradas de Mizuki.

Después de que Tsunade prohíba a Naruto ir en busca de Sasuke, Kiba y Hinata se proponen ayudarlo. Shino recuerda un escarabajo llamado gorgojo rastreador que podría localizar a Sasuke y se organiza un grupo para tratar de encontrarlo.

El Grupo 8 se da cuenta de que unos cazadores de bichos del Clan Kamizuru les están siguiendo, pero deciden no enfrentarse a ellos ni decirle nada a Naruto por miedo a poner en peligro su misión de encontrar al gorgojo rastreador.

Después de que Hinata sea secuestrada por el Clan Kamizuru, Naruto, Kina y Shino deben encontrar una forma de rescatar a Hinata y al mismo tiempo proteger al gorgojo rastreador, pero acaban cayendo en una trampa.

El Clan Kamizuru se dispone a acabar con Naruto, Shino y Kiba después de que Hinata consiga escapar. Por suerte, la kunoichi reaparece dispuesta a salvar a sus amigos con una nueva técnica que acaba de desarrollar.

Naruto es reluctante a participar en una misión que no está relacionada con la búsqueda de Sasuke. Sin embargo, tras descubrir que Raiga, el líder de la familia Kurosoki, puede tener alguna conexión con Itachi, decide participar.

Naruto y sus compañeros tratan de emboscar a los miembros de la familia Kurosoki para rescatar a Rokusuke. Sin embargo, Lee descubre que Karashi forma parte del grupo y trata de convencerle para que regrese a su antigua vida.

A pesar de que Neji no es capaz de ver a través de la niebla, Lee y Naruto son capaces de derrotar a Raiga. Al abrir la bolsa que llevaba a su espalda, encuentran a un joven llamado Ranmaru que asegura ser los ojos de Raiga.

Tras derrotar a Raiga, Lee debe interceder por Karashi para que los aldeanos no desaten su ira contra él. Más tarde, Ranmaru hace que Karashi le lleve hasta el cañón por el que cayó Raiga y utiliza su propio chakra para revivirle.

El renacido Raiga derrota fácilmente a Tenten y exige a Karashi que atraiga hasta él a Naruto, Lee y Neji amenazándole con matarles a su madre y a él. Después de conducirlos hasta la trampa, Karashi trata de escapar con su madre.

Naruto, Lee y Neji tienen serias dificultades contra un Karashi, que emplea una tormenta para aumentar su poder. Por fortuna, Sansho, Tenten, Karashi y Ranmaru les entregan el curry de la vida… intoxicando a Lee en el proceso.

A cada uno de los Genin de la Villa Oculta de la Hoja les asignan tres alumnos para una prueba de supervivencia. Naruto tiene serias dificultades para liderar a Konohamaru y compañía hasta que la prueba se convierte en cuestión de vida o muerte.