아오이의 방해에도 굴하지 않고, 필사적으로 골을 향하는 이다테. 나루토들에게 도움을 받으면서도 결코 아무도 믿지 않으려하는 이다테의 슬픈 과거가 밝혀진다. 일찍이 닌자를 목표로 하고있었던 이다테는 중급 닌자시험때에 시험관이었던 형 이비키가 낸, 열번째의 문제에서 탈락하고 말았던 것이다. 결국 아오이의 꾀임에 넘어가 마을에서 달아나다 이비키와 마주치게 되고, 이비키는 자신의 목숨을 걸고 이다테를 구해주지만, 이다테는…

와사비 일가와 와가라시 일가의 불꽃 튀기는 토도로키 신사의 봉납의식. 그 레이스도 드디어 종반에 이른다. 이다테를 믿고 골에서 기다리는 와사비 일가의 두목 지로쵸. 그러나 이다테 앞에는 와가라시 일가가 고용한 닌자, 아오이가 가로막고있다. 골을 눈 앞에 두고 아오이에게 당하는 사스케. 그 사스케를 도우려고하던 사쿠라도 함께 벼랑 아래로 떨어져버린다. 한편, 상처입은 나루토는 남은 힘을 쥐어짜 일어선다. 이다테를 지키고, 사스케와 사쿠라를 돕기위해... 그리고 드리어 나루토와 아오이의 마지막 대결이 시작되었다!!

중급 닌자를 목표로 뜨겁게 펼쳐졌던 선발시험. 그러나 최종 시험이 중단된 탓에 합격자가 없는 것인가.. 하고 생각되었지만, 시카마루가 추천되어 중급닌자로 승격이 결정. 즐거운 듯한 시카마루 들에 아랑곳 않고, 리는 다시 닌자로써 움직일 수 있는 몸을 되찾기 위해 위험한 수술을 받을 결심을 더욱 확고히 하고 있었다. 그 시기 사스케는 병실에서 생각에 몰두하고 있었다. 나루토는 새로운 기술을 익히고 나날히 강해져 간다...사스케는 그런 나루토에게 심한 질투를 느끼고 있었던 것이다. 거기에 또 다시 오로치마루의 그림자가 드리우는데...

드디어 시작된 나루토와 사스케의 진지한 승부. 두 사람은 서로 심하게 흥분한 나머지, 결국 나루토는 나선환을, 사스케는 치도리를 발동한다. 이미 기술을 멈출 수 없을 그때, 두 사람 사이에 사쿠라가 뛰어들어온다!! 그리고 간발의 차로 카카시가 나타나 위기는 넘어가지만, 이미 나루토와 사스케의 사이에는 균열이 생겨버린 뒤... 나루토의 성장 속도를 느끼고 열등감을 품는 사스케, 형인 이타치의 복수에 불타 올라 나루토의 실력을 인정할 수 없다. 그러던 중 돌연 그 앞에 소리의 닌자 4명이 나타나는데....

이타치에게 복수를 하는 것에 불타오르고 있었던 사스케는, 그 분노를 소리의 닌자들에게 표출하고만다. 그러나, 소리의 닌자들은 압도적인 힘으로 사스케에게 맞서온다. 한편, 사쿠라와 나루토는 라면집에 있었다. 사스케의 몸에 새겨져있는 오로치마루의 주인에 대해 걱정하는 사쿠라에게 괜찮다고 밝게 당언하는 나루토. '사스케는 그런 녀석의 권유는 받아들이지 않을 것이다' 라고 하는 나루토의 말에, 사쿠라는 마치 구제된 양 함께 미소짓는 것이었다…

필사적으로 만류하는 사쿠라의 말에 귀를 귀울이지 않고, 소리의 닌자 들의 유혹에 결국 나뭇잎 마을을 떠나고 마는 사스케. 그것을 안 츠나데는 사스케를 마을로 데리고 오기 위해 시카마루를 불러들인다. 그러나, 시카마루의 중급닌자로서의 첫 임무는 배후에 오로치마루가 있어 꽤나 성가신것. 게다가, 대부분의 상급 닌자들은 임무로 인해 마을 밖에 있다... 그리하여 시카마루는 나루토, 쵸지, 네지, 키바와 아카마루 인 '5명+1마리'를 모아 사스케를 쫓기로 한다. 시카마루의 재빠른 판단으로 철벽의 포메이션을 만든 나루토들은, '반드시 사스케를 데리고 돌아온다' 고 사쿠라에게 약속하고 출발하는 것이었다...

소리의 닌자 4명과 함께 소리 마을로 향하는 도중, 사스케는 주인의 힘을 증폭시키기 위해 성심환을 먹고 가사상태가 된다. 소리의 닌자들은 사스케를 통안에 넣어 봉인하고, 오로치마루에게로 향한다. 그때 임무를 마치고 돌아오던 라이도와 겐마가 이들을 막아서지만 당하고 만다. 상급 닌자와의 싸움에 지쳐 쉬고 있는 소리의 닌자들을 따라잡는 나루토들. 그러나 기색을 눈치챈 상대에 의해 선제공격을 받아버리는데!

상황을 염탐하러 간 시카마루와 네지, 그러나 기색을 눈치채버린 상대에 의해 선제공격을 받고 만다. 결국 모두 들켜 꼼짝달싹 못하는 상태!? 인줄 알았지만 시카마루의 그림자 흉내술을 쓰기위한 작전이었다. 그러나 성공한줄 알았던 작전이 역으로 뒤바껴 지로보의 술법으로 흙벽의 결계 안에 갇혀버리는데… 게다가 그 갇힌 상태에서 차크라도 흡수 당하고 있다..!

시카마루의 판단과 쵸지의 파워로 다섯명은 결계로부터 탈출하는 것에 성공한다. 지로보의 우롱에 화가 나, 반격을 시작하는 나루토와 키바였지만 간단히 당해버리고... 이대로는 사스케가 국경을 넘어버려 자신들의 손이 닿지 않는 곳으로 가버린다고 판단한 시카마루는, 사스케를 쫓는 팀과 지로보의 발을 묶는 팀으로 나눠야 한다고 판단. 그리고 쵸지가 혼자 남는다고 자진 하는데…

먹으면 폭발적인 힘을 발휘할 수 있는 파랑, 노랑, 빨강 삼색의 비약을 가지고 이번 임무에 임하던 쵸지. 그 비약에는, 약의 효과가 없어지면 온몸이 아프다는 부작용이 있었다. 우선 파란 시금치 환, 이어 노란 카레 환 을 먹으며 공격하지만 지로보는 지금까지의 10배 이상의 힘으로 반격해온다. 비약의 부작용으로 움직일 수 없게 된 쵸지에게 지로보는 사정없이 덤벼들어 차크라를 흡수한다. 멀어지는 의식 속에서, 쵸지는 어린날의 시카마루와의 만남을 떠올리고 있었다.....

사스케를 넣은 관을 가지고 서두르는 소리의 닌자들은, 나루토들이 지로보를 쓰러뜨리고 쫓아올거라고는 생각지도 못한채 함정도 설치하지 않고 서두른다. 그 헛점을 찔러서 공격하기로 하고 둔갑술로 지로보로 변신한 시카마루가 소리의 닌자들과 합류한다. 그러나 곧 간파되어 거미줄을 토하는 키도마루의 거미줄 술법에 잡혀 버리고 마는데…

나루토의 재치로 겨우 거미줄에서 빠져 나오지만 여전히 키도마루의 공격에는 밀린다. 키도마루의 공격패턴을 파악한 네지는 여기는 자신에게 맡기고 떠나라며 아이들을 먼저 보낸다. 서로의 기술이 먹히지 않는 양자의 공방. 서로 한 발짝도 불러서지 않는 상태가 계속되는데…

백안의 비밀도 들켜버리고, 몸의 한계를 느끼는 네지. 키도마루의 화살이 백안의 사각지대로 인해 보이지 않는 네지는 온 몸의 챠크라를 방출해 겨우겨우 이를 막아내고 있는데… 백안의 사각을 막아낼 방법도 없고 약점을 들긴 네지는 이대로 키도마루에게 당해버리는 것인가...!

사스케를 내일중으로 오로치마루의 수중에 넘기지 않으면 안되는 소리의 닌자들과, 그 뒤를 쫓는 나루토, 시카마루, 키바&아카마루 세명과 한마리. 계속 소리의 닌자들을 따라잡지 못하자 조바심내는 나루토와 키바는, 밤 사이에 기습공격을 하자고 제안한다. 그러나 시카마루는 밤의 공격은 위험하여 불리한 점이 많다고 판단, 아침까지 기다려서 기습공격을 하자는 작전을 세운다. 그 때, 나뭇잎 마을의 3대 호카게에 의해 깊은 상처를 입은 오로치마루는 죽음의 문턱을 넘나드는 고통으로 괴로워 하고 있었는데...

결국 사스케를 되찾는 것에 성공한 나루토들, 그러나 그 뒤에 사스케를 빼앗겨 투지에 타오르는 사콘과 타유야가 다가온다. 아카마루는 퇴각 하면서도 나무에 기폭찰을 붙혀 사콘을 함정에 빠트린다. 그러나, 분노에 정신이 나간 사콘에게 붙잡히고 나무에 묶여 버린다. 간발의 차로 키바가 아카마루를 구출해 내지만, 그 순간 기폭찰이 폭발! 키바와 아카마루는 사콘과 함께 골짜기 아래쪽으로 추락하는 것이었다.

숲 속에서 타유야의 발을 묶으려는 시카마루는, 타유야의 술법이 불러낸 세명의 거인들로 인해 맥을 못 추고 있었다. 거인들의 공격을 겨우 막아내는 것이 한계인 시카마루… 한편, 초원에서는 키미마로와 나루토의 싸움이 시작되려 하고있었다. 나루토의 그림자 분신들에게 둘러싸인 상황에서도 대담한 미소를 짓는 키미마로. 그리고 그 때, 골짜기의 아래쪽에서 싸우는 키바와 아카마루 앞에는 새로운 적이 모습을 나타내고 있었는데…

다른 사람의 몸에 침입할 수 있는 우콘은, 키바의 몸에 들어가 그 세포를 파괴하려 하고 있었다. 이에, 키바는 우콘을 자신의 몸에 잡아놓은뒤 자결을 결심하고 수리검으로 복부를 찌른다. 아픔에 괴로워하는 키바와 우콘. 그리고 키바가 숨통을 끊으려 한 순간, 우콘은 키바의 몸으로부터 나온다. 같은 상처에서 피를 흘리며 괴로워하는 우콘에게, 키바를 남은 힘을 쥐어짜내서 수리검과 연기구슬을 던지고 몸을 숨긴다. 그 때, 나루토는 키미마로의 혈계한계를 눈으로 확인하고 두려움에 놀라고 있었는데...

우콘과 사콘에게 상처를 입히고 아카마루를 안고 탈출한 키바. 같은 시기 나루토는 키미마로의 힘 앞에 고전을 면치 못하고 있었다. 한 편 시카마루는 타유야가 조종하는 세명의 거인에게 애를 먹고 있었다. 타유야가 부는 피리의 곡조가 바뀌자마자, 거인들의 입으로부터 물질화 영혼이 토해져 나오기 시작한다. 물질화 영혼들은 시카마루의 팔에서 신체 에너지를 뜯어 먹으며 공격에 박차를 가하는데...!

결국 타유야를 그림자 속박술로 붙잡는 것에 성공한 시카마루. 그러나 '상태2' 가 된 타유야는 막강한 파워로 다시한번 역공을 펼친다. 한번 더 공격당하면 이번에야 말로 당한다고 확신한 시카마루는 최후의 수단으로 결판을 낼 것을 다짐한다. 그 때, 키바는 아카마루의 상처를 치료하고 자신의 상처에도 약을 바르고 있었다. 그러나 그 뒤로 다가오는 그림자가...! 한 편 나루토는 수 많은 그림자 분신술로 맞서보지만 키미마로에게 한방 먹이는 것도 힘든 상태... 키미마로의 막강한 힘에 놀라는 나루토! 그 순간 봉인 되어있던 통 안에서 연기와 함께 사스케가 나왔다!! 그러나 사스케는 숲 안쪽으로 떠나버리고...

돌연 모습을 나타낸 리 에게 키미마로를 맡기고, 눈을 뜬 사스케의 뒤를 쫓는 나루토. 그러나, 사스케는 그런 나루토를 비웃기라도 하는듯한 미소를 띄우며, 이를 무시하고 숲 안쪽으로 들어가 버린다. 키미마로의 발을 묶고 있던 리는 약이라고 생각해서 잘못 가져온 츠나데의 술을 바셔버린다. 사실 리는 굉장한 주정쟁이로 술을 마시면 취권을 쓰는 사람으로 돌변한다. 취하면 취한만큼 강해지는 취권. 리는 휘청거리면서도 강렬한 공격을 퍼붓는데…

소리 닌자의 압도적인 강함에 절체절명의 시카마루, 키바, 리 앞에 나타난것은 모래의 닌자, 가아라, 테마리, 칸쿠로 였다!! 리에게 덤벼드는 키미마로를 모래의 벽으로 막아낸 가아라. 그런 가아라의 태도를 의심하는 리 였지만, 사실은 나뭇잎의 5대 호카게 츠나데가 모래마을에 도움을 요청했던 것이다. 같은 시각, 타유야의 힘에 밀리고 있었던 시카마루는 테마리의 술법에 놀라고 있었다. 그리고, 이미 세명의 낌새를 눈치 채고 있었던 키바는, 칸쿠로의 등장에 그다지 놀라지 않는 모습인데...

가아라의 철벽의 모래 가드를 부수는 것이 곤란한데다가, 컨트롤 할 수 있는 모래의 양이 한정되어 있다고 생각한 키미마로는 접근전을 포기하고 원거리에서 공격을 가한다. 그러나, 자신의 뼈를 손가락 끝으로 연달아 날리는 키미마로의 공격에도 가아라는 물러서지 않고 방어와 공격을 동시에 펼쳤다. 모래로 흙 속의 암석이나 광물을 부수어 모래로 만들어, 대량의 모래를 구사해 마침내 키미마로를 모래 안에 감금하는데 성공한다. 기뻐하는 리였지만 가아라는 '키미마로는 사스케와 같은 눈을 하고 있다' 라고 하는 것이었다...

그 시각 키미마로의 카구야 일족에 대해 떠올리는 오로치마루와 카부토... 한 편 가아라를 지키는 절대방어인 모래의 벽을 뚫고 훌륭하게 공격을 성공시킨 키미마로는, 자신의 등뼈를 채찍으로 만들어 가아라에게 덤벼들어왔다. 하지만 아직 가아라의 모래 공격에 맞서기에는 역부족... 다시한번 더 깊은 땅속으로 키미마로를 뭍어버리지만 키미마로는 고사리의 춤을 구사하며 역공을 펼친다. 땅속에 모래와 함께 뭍혀버린 키미마로는 오로치마루를 따랐던 지난날을 되새기는 것이었다. 모두와 함께 나뭇잎 부수기에 동참했었지만 몸이 약했던 탓에 중도 하차할수 밖에 없었던 그날... 처음으로 오로치마루를 만났던 그날을...

그 때 나루토는 오로치마루에게 향하는 것을 서두르는 사스케를 겨우 따라잡았다. 그러나 사스케는 이미 예전의 사스케가 아니라 반신은 주인표식으로 뒤덮히고, 어쩐지 기분나쁘게 변한 왼쪽 눈은 이상한 빛을 발하고 있었다. 울면서 '사스케를 데리고 돌아와 줘'라고 부탁한 사쿠라. 목숨까지 걸고 여기까지 온 시카마루, 그리고 쵸지, 네지, 키바, 록 리… 그런 동료들의 마음을 짓밟는 사스케에게 분노를 느끼는 나루토 였는데…

오로치마루에게 향하는 사스케를 막기위해 애써보는 나루토. 그러나 사스케는 사륜안을 사용하지도 않고 나루토의 공격을 매우 간단히 막아내어, 반대로 공격을 걸어왔다. 그리고 사스케는 형인 이타치를 따라잡기 위해서는, 더욱더 강한 힘과 미움이 필요하다고 하는 것이었다. 어린 날의 사스케의 기억에는. 동생을 생각하는 상냥한 이타치의 모습이 있었다. 사스케는 그런 이타치를 동경하면서도, 아버지의 기대를 한몸에 받는 이타치가 부럽기도하고, 또 얄밉기도 했던 것이다. 우수한 닌자인 이타치를 따라잡기 위해서 어린 사스케는 한결같이 그 등만을 바라보며 계속 쫓고 있었지만...

사스케를 나뭇잎마을로 데리고 돌아가기 위해 필사적인 나루토. 그러나 나루토의 그림자 분신술도 사스케의 사륜안에 간파되어 반대로 호화구술에 당해버린다. 사스케에게는, 이 호화구술에 깊은 추억이 깃들어있었다. 그 술법은 우치하 일족 대대로 전해지는 것으로, 이 것을 쓸 수 있어야 일족의 한 사람으로 인정 받을 수 있게 되는 것이다. 어린 시절, 사스케가 처음으로 아버지에게 가르침 받은 술법도 이것으로, 그때까지 형인 이타치에게만 관심을 가져준 아버지가 처음으로 자신을 바라봐 준것이 사스케는 기뻤다. 그러나, 사스케는 아버지의 눈 앞에서 술법에 실패해 버린다. 그 날 이후로, 너덜너덜해지면서도 필사적으로 수행하여 술법을 습득한 사스케는 드디어 아버지에게 칭찬받게 되지만...

나루토를 폭포아래로 떨어뜨린 사스케. 물 밑으로 가라앉아 가는 나루토를, 사스케는 '그 어떤 것이 있더라도, 힘을 손에 넣는다' 라고 조용히 내려다본다. 그리고 그 날의 일들을 떠올리는 것이었다. 친했던 마을 사람들, 그리고 양친마저도 쓰러뜨린 것은 어떠한 방법으로 만화경 사륜안을 쓸 수 있게 된 이타치였다. 충격을 받은 사스케는 이타치에게 캐묻지만, 그는 '자신의 그릇을 알아보기 위해 모두 죽였다'라고 차갑에 답하는데…

나뭇잎 마을 밖으로 나가버린 사스케와 나루토가 걱정된 사쿠라는 카카시에게 이를 상의 한다. 두명이 정말 서로를 죽일지도 모른다고 생각한 카카시는 그들의 동향을 살피기 위해 닌자견을 파견한다. 어떻게 해서든 힘을 손에 넣고싶은 사스케는 나루토를 진심으로 쓰러뜨리려 하고 있었다. 가장 친한 친구를 쓰러뜨리면 만화경 사륜안을 가질 수 있다는 형 이타치의 말이 있었기 때문이다. 나루토는 '너는 나에게 있어서 가장 친한 친구가 되었다...'라는 사스케의 말에 감동을 받으면서도 그를 마을로 데리고 돌아가기 위해 응전한다. 치도리를 발동시키는 사스케, 나루토는 그림자분신으로 나선환을 만들어 반격, 두 사람은 서로 격렬하게 맞서지만....

나루토와 사스케의 싸움은 그 강도를 더해가고 있었다. 굉장한 구미호의 기운으로 사스케를 날려버리는 나루토. 쓰러진 사스케의 멱살을 잡아 일으키며, 팔다리를 부러뜨려서라도 억지로 끌고 가겠다는 나루토에게 부모도 형제도 없는 네가 나의 무엇을 아느냐고 질문한다. 그러나 사스케를 특별한 친구라고 생각하고 있는 나루토는, 마치 형제와도 같이 보내온 지난 날들을 떠올리는 것이었다. 자세를 고쳐잡은 사스케는 나루토와의 관계를 끓으려는 결심을 하지만....

나루토가 가진 구미호의 차크라는 마치 의지를 가진것처럼 멋대로 움직여, 사스케에게 강렬한 공격을 퍼붓고 있었다. 그리고 드디어 사스케의 몸에도 변화가 나타난다. 솟아오른 등에서 마치 손과 같은 날개가 뻗어 나온 생긴 것이다. 아픔에 전신을 떨면서 더이상 시간이 없다는 것을 직감한 사스케. 한편, 나루토는 왼손의 감각이 없어지고 있었다. 힘을 얻은 대가로 데미지를 입었던 것이다. 폭포를 사이에 둔「종말의 골짜기」에서 과연 두 사람의 결판은…!?

사스케와의 격투끝에 쓰러져버린 나루토에게 카카시가 급히 달려왔다. 한편 의료반에서는 호송된 부상자들의 치료가 계속 되고 있었다. 시카마루는 경상. 키바는 상처가 깊지만 생명에 별 지장이 없지만 쵸지와 네지 두명이 중태... 임무에 희생은 부속물처럼 따라오는 것이라고 알고는 있었지만 시카마루는 심하게 흔들리고 있었다. 소대장으로서의 힘의 부족함을 실감하며 '자신은 닌자에 어울리지 않다'고 테마리에게 말하는 시카마루. 거기에 나루토가 돌아왔다는 소식이 들려오지만...

빨리 수행을 시작하고 싶어서 병실을 빠져 나가는 나루토. 그러나, 의료반에게 발각되어 잡혀와 침대에 꽁꽁 묶이는 신세가 되어버린다. 몰래 마을을 빠져나가려는 사쿠라. 그녀의 결심을 알아차린 나루토는 줄을 잡아뜯고 사쿠라를 쫓아간다. '말려도 소용없어'라는 사쿠라에게 자신도 함께 간다고 하는 나루토. 바로 그때 나무그늘에서 지라이야가 나타났다! 지라이야는 '사스케가 가버린 소리마을이 있는 밭의 나라를 조사하고, 보고하라' 는 호카게로부터의 임무가 내려졌다고 하는데...

수상한 가게에서 즐기고 있는 것 같은 지라이야를 버려두고, 나루토와 사쿠라는 변두리로 향한다. 그곳에서 두 사람은 부상을 당한채로 누군가에게 쫓기는 사사메를 만난다. 눈 깜짝할 사이에 사사메를 구하는 나루토. 한편 지라이야는 호스티스에게서 소리마을의 소문을 잘 아는 인물이 있다는 말을 듣고, 골목길로 향한다. 그곳에 돌연 도둑으로 전략한 닌자 한자키 일행이 습격하기 시작한다. 그러나, 상대가 나뭇잎마을의 전설의 세 닌자인 지라이야 라는 것을 안 한자키는 급히 항복한다. 그리고 지라이야는 한자키로 부터 소리마을의 닌자 일족들의 이야기를 듣게 되는데...

거미줄을 이용해 찾아온 후우마 일족의 카미키리, 지쿠모, 카게로에게 공격당하는 나루토, 사쿠라, 사사메. 그 순간 지라이야가 찾아와 싸움에 박차를 가하고, 자신들이 열세하다고 판단된 카미키리 들은 순식간에 멀리 도망가는 것이었다. 사사메의 안내로 나루토 일행은 오로치마루의 아지트가 있는 소리마을의 입구에 다다른다. 의욕이 넘쳐서 어서 빨리 가자고 재촉하는 나루토 들이었지만, 지라이야에 의해 단번에 제지. 본격적이기에 앞서 우선은 배를 채우자고 하는 지라이야의 말에 할수없이 순순히 따르는 나루토 들이었는데....

우여곡절 끝에 사사메의 안내로 인해 나루토, 사쿠라, 지라이야는 오로치마루의 아지트의 도착했다. 지라이야는 정찰을 위해 소환술을 이용, 가마키치를 불러내 앞세워 보낸다. 모두들 가마키치의 뒤를 따라 구불구불한 계단이나 긴 통로들을 지나가지만 갈림길을 만나 나루토와 사쿠라, 그리고 지라이야 두 패로 나뉘어 버렸다. 나루토들은 위험한 함정들을 통과하며 지나간다, 그러나 함정에 빠지는 사쿠라를 감싸고 나루토는 그만 대신 빠져버리는데…

카미키리, 지쿠모와 한 몸이 되버린 끔찍한 모습의 아라시. 공격당하는 사쿠라를 감싸는 나루토의 등에 카미키리의 가위가 꽂혀버린다. 자신이 아무 도움도 못되고 나루토에게 상처를 입히자 괴로워 하는 사쿠라. 하지만, 그런 사쿠라를 위로하고 다시 아라시를 공격하는 나루토! 그러나 부상을 당한 나루토는 그림자 분신으로 대항하지만 점차 밀려가는데…

의료닌자를 목표로 하는 사쿠라는 차크라의 미묘한 컨트롤을 수련하고 있었다. 한편 부상을 회복하고 기운이 넘치는 나루토는, 갑작스러운 임무로 외출하게 된 지라이야 때문에 심기가 불편하다. 지라이야는 그런 나루토에게 자신이 부재중에 있을때 할 특별 트레이닝 이라며 두루마기를 건네 주는 것이었다. 그 때, 호카게 집무실에서 서류 처리에 임하던 츠나데는 나뭇잎마을의 엄중경계시설 자료를 보게된다. 그곳은 중죄를 저지른 닌자들을 수용하는 시설로, 죄수들에게 굴을 파는 노동을 시키고 있는 것이었는데...

톤톤의 후각을 이용하여 탈옥한 미즈키를 쫓아가는 시즈네 일행. 그러나 후진과 라이진에 의해 시즈네가 당해버린다. 나뭇잎 마을에서는 미즈키 사건에 오로치마루가 얽혀있는 것을 알아차린 나루토가 츠나데에게 따진다. 바로 그때 톤톤이 돌아와 필사적으로 무언가를 전하려고 하는데… 나루토는 시즈네의 위기를 직감하고 츠나데의 제지도 듣지 않고 '시즈네를 구하고 오로치마루를 쓰러뜨려 사스케를 데리고 돌아온다' 라고 뛰쳐 나가버리는 것이었다.

미련하면서도 괴력의 소유자인 후진, 라이진 에게는 나루토의 공격이 통하지 않는다. 그림자 분신을 이용한 미끼작전으로 시간벌기를 하고있는 나루토의 앞에 최강 트리오가 등장하는데..!? 한편 이루카는 미즈키에게 공격을 받고있었다. 미즈키의 수리검을 막아내면서 '같이 불의 의지를 계승할 나뭇잎마을의 가족' 이라고 설득을 계속하는 이루카. 그러나 미즈키에게는 먹히지 않고 진심으로 이루카를 쓰러뜨리려 하는데…

후진, 라이진에게 고전을 면치 못하는 나루토의 앞에 시카마루, 이노, 쵸지가 등장! 츠나데의 명령을 받고 온 세명에게 뒤를 맡기고, 나루토와 파쿤은 미즈키를 쫓는다. 후진, 라이진의 움직임을 시카마루가 그림자 흉내술로 잡아두고 있는 사이 이노가 이혼술로 후진의 몸에 들어가고, 쵸지가 라이진과 맞붙는다. 이리하여 그들은 '포메이션, 이노시카쵸'를 완성하는 것이었다! 그 때 이루카는 피가 묻은 대나무 잎으로 키즈키를 쫓고 있었는데....

츠바키가 미즈키의 약혼녀 라는 것을 알게된 나루토. 미즈키를 말리고 싶은 츠바키는 함께 데려가 달라고 나루토들에게 부탁한다. 미즈키가 갈 장소로 짐작가는 곳이 있다고 하는 츠바키. 이전에 봉인의 서를 훔치기로 한 미즈키는 '오로치마루의 힘을 손에 넣어 그에게로 간다' 라고 이야기 한적이 있었다는 것이다. 미즈키의 진짜 목적을 알고 놀라는 나루토들. 그 때, 나라 일족의 사슴 목장에 있는 연구시설에 미즈키가 나타나 연구원 들을 습격하고, 약제를 훔져 멀리 달아나는데...

미즈키가 펼치는 차크라의 질과 파워에 나루토와 이루카는 압도된다. 나루토는 그림자 분신술로 맞서지만, 미즈키에게 당할뿐이다. 나루토를 지키기 위해 결국 이루카는 수리검을 꺼내드는데… 한창의 싸움 중에 미즈키의 몸에 변화가 일어나 호랑이 인간과 같은 모습으로 변신, 파워업한 미즈키였지만 파쿤과 이루카는 그 스피드가 미묘하게 약해진것을 민감하게 알아채고 있었다.

어느날 호카게에게 미향충을 이용해서 사스케를 찾는다는 아이디어를 전하기 위해 키바, 시노, 히나타가 찾아온다. 미향충은 닌자견의 몇천배의 후각을 지닌 벌레로, 냄새의 끝을 어디까지라도 쫓아간다. 일찍이 아부라메 일족이 사용하던 모양이었지만, 지금은 멸종위기로 인해 지극히 극 소수로 서식하는 환상의 벌레인 것이다. 산란은 몇 년에 한번으로, 올해가 산란의 해, 지금이 정확히 부화 시기에 해당한다고 한다. 키바, 시노, 히나타 세명. 그리고 그 이야기를 엿들은 나루토까지! 호카게는 미향충 찾기를 명하는데...

닌자견의 몇천배의 후각을 지닌 미향충을 찾는 임무로 키바, 시노, 히나타와 함께 나루토는 벌레들이 사는 바위 마을로 향한다. 사진을 단서로 미향충을 찾아다니는 일행이지만, 나루토는 벌레의 차이를 모른채 장수풍뎅이 같은 엉뚱한 벌레를 찾아내서는 시노들에게 핀잔만 듣는다. 그런 나루토들의 모습을, 뒤어서 몰래 지켜보는 닌자들이 있었는데…

카미즈루일족의 말벌들에게 히나타가 끌려가 버린다. 카미즈루일족은 땅의 나라 바위마을에서 주로 벌을 조종하는 일족. 지금은 불과 몇 명밖에 없다고 한다. 그들은 다양한 비술을 기록한 초대의 비전서를 찾아내기 위해서 미향충을 손에 넣으려 하는 것이었다.카미즈루일족은 나루토들이 잡은 미향충과 인질인 히나타와의 교환을 요구한다. 고민하던 나루토들... 결론은 히나타를 되찾고 미향충도 지키기 위해 스즈메바치들과 대결을 벌이는 것! 그리고 나루토들은 미향충이라고 속이고 변신한 장수풍뎅이를 건네는 것이었는데....

카미즈루일족의 말벌들에 의해 나루토, 키바, 시노는 여왕벌의 벌집에 갇힌다. 화가 난 여왕벌이 토해내는 밀납에 갇혀 나루토 일행은 꼼짝도 못하게 된다. 그러나 시노는 인질이 된 히나타와의 교환이 아니면 미향충을 건네지 않겠다고 선언한다. 부화의 시간이 다가오자, 스즈메바치는 시노의 요구를 받아들이기로 한다. 히나타가 잡혀있는 장소로 향하는 일동. 그러나 그곳에 히나타의 모습은 없었다....

나뭇잎마을에서 수행 중이던 나루토는 급류에서 로쿠스케, 하치다이, 산고로를 구조하게 된다. 세명은 강의 나라 카타바미 광산에서 나뭇잎 마을에 임무를 의뢰하러 왔다고 한다. 유수의 광산촌인 카타바미 광산에는 마을의 경호를 핑계삼아 '쿠로스키 패밀리'라 자칭하는 사악한 자들이 쳐들어와 마을을 지배하고, 이유도없이 사람들을 죽인다고 한다. 츠나데는 나루토, 리, 네지, 텐텐에게 '로쿠스케 일행을 카타바미 광산으로 바래다 주고, 쿠로스키 패밀리를 제거하라'는 임무를 명하는데....

카타바미 광산의 묘지에 생매장 된 동료를 기도하는 마음으로 파내는 로쿠스케. 그러나 쿠로스키 무리에 둘러싸여 잡히고 만다. '너의 장례식을 치뤄주마' 라고 로쿠스케에게 선언하는 라이가. 그동안 '장례식'을 목적으로 마을사람들을 죽여 왔던 것이다. 한편 나루토는 광산에서 활개 치는 쿠로스키 무리들을 보고 분노를 억누를 수 없는데....

네지는 백안으로 적의 위치를 파악하지만 이는 란마루가 만들어낸 허상일뿐, 나루도들의 공격도 허사로 돌아간다. 하지만 네지의 백안으로 적의 모습을 발견, 공격하지만 그것들의 정체는 말라죽은 나무나 바위였을 뿐… 사물에도 경락계가 보인다는 사실에 네지는 놀라는데.... 곧이어 이어지는 라이가의 공격에 아이들은 기절해버린다.

쿠로스키 패밀리가 도망가고 카타바미 광산에도 평화가 온 듯 보였다. 그러나 카라시는 무언가를 계획하고 있는 듯 한데… 이윽고 낭떠러지 위에 숨어 있던 쿠로스키 무리가 커다란 바위를 떨어뜨리며 나루토 일행에게 기습을 걸어 왔다! 쿠로스키 무리는 연달아 공격을 퍼붓는데...!

되살아난 라이가가 본 것은 죽은 듯이 누워있는 란마루. 절망한 라이가는 숨길 수 없는 분노를 내뿜고, 격렬한 번개를 부른다. 라이가를 막기위해 필사적으로 응전하는 텐텐. 그러나 라이가의 분노와 슬픔은 좀처럼 가라앉지 않는다. '나뭇잎마을에서 나루토 일행 놈들만 오지 않았더라면 나와 란마루는 영원히 함께 할 수 있었는데' 라고 생각한 라이가는…

라이가와 맞서 싸우던 리는 라이가의 공격에 절벽에서 떨어진다. 카라시 일행은 카레를 가지고 라이가에게 향하고 란마루와 할머니는 리에게 카레를 먹이고 텐텐은 나루토를 찾아나서고 카라시는 네지를 찾아나선다. 리는 카레를 먹고 정신을 차리지만 실수로 와인이 들어간 카레로 인해 만취하고 나루토는 정신을 차리지만 네지는 술 때문에 기절하고 만다. 란마루는 죄값을 치르기 위해서 라이가와 죽으려고 하지만 만취한 리가 나타나 수포로 돌아간다. 란마루는 라이가에게 생명의 카레를 먹고 사람을 해치는 일은 그만두자고 하지만 배신감에 불탄 라이가는 란마루를 공격한다. 나루토는 라이가에게서 란마루를 구하고 란마루를 보내주기 위해 연기까지 한 라이가는 스스로 죽음을 맞는다. 란마루는 생명의 카레집에서 일하게 되고 아이들은 나뭇잎마을을 향해 떠난다

닌자학교학생들과 조를 이뤄서 서바이벌 훈련을 가게 된 나루토, 처음에는 싫다고 성질을 부리지만 츠나데의 말솜씨에 넘어가 코노하마루 모에기 우돈과 함께 연습에 참가한다. 서바이벌 내용은 다쿠라미산 정상의 바위에 있는 기밀문서를 가지고 1등으로 도착할 것. 승부욕에 불타는 나루토는 지도를 못 읽고 길을 잃자 1등을 할 욕심에 아이들을 이끌고 비가 쏟아지는데도 지정된 루트외의 위험한 길로 향한다. 폭우 소식에 이루카와 교관들은 연습을 중지결정을 내리지만 나루토의 조가 루트를 벗어난 것을 알고 찾아나선다. 동굴에서 비를 피하던 코노하마루와 아이들은 닌자에게 중요한 건 팀욱이란 나루토의 말에 감명을 받고 다시 목적지로 향하지만 나루토가 바위에 깔려 위험에 처한다. 힘을 합쳐 나루토를 구한 아이들와 나루토는 마을로 돌아오지만 나루토는 사고 때문에 츠나데에게 혼줄이 난다.