Naruto konnte dem bewegungsunfähigen Idate helfen und ihn wieder ins Todoroki-Schrein-Rennen zurückbringen. Immer noch ist ihm Aoi, welcher für Fukusuke arbeitet, auf den Fersen. Zudem erfährt Naruto die wahre Geschichte über den Hinterhalt von Aoi. Idate hat damals nicht nur Konohagakure hintergangen, sondern auch seinen eigenen Bruder Ibiki.

Das Todoroki-Schrein-Rennen kommt zu seinem Höhepunkt. Idate, welcher ein großes Stück der Etappe von Naruto getragen wurde, möchte nun endlich alleine weiterlaufen. Doch weiterhin werden die zwei Ninjas von Idates Erzfeind verfolgt. Aoi versucht immer wieder Idate anzugreifen. Unterstützung erhält Idate von Sasuke, doch er geht als Verlierer aus dem Duell mit Aoi hervor.

Obwohl eine Operation sehr risikobehaftet ist, möchte Lee sich dem Eingriff unterziehen. Auch Sasuke ist verletzt und liegt deswegen im Krankenhaus. Aufgrund des verlorenen Kampfes gegen Aoi ist Sasuke sehr frustriert. Zudem war die Rettung durch Naruto für Sasuke zusätzlich erniedrigend.

Der Kampf zwischen Naruto und Sasuke geht weiter. Sensei Kakashi greift in das Kampfgeschehen ein und kann dadurch Schlimmeres verhindern. Kakashi muss erkennen, dass der Hass von Sasuke kaum zu bändigen ist. In der Hoffnung, dass Sasuke bei Orochimaru um Kraft bittet, hetzt Orochimaru das Oto-Quartett auf Sasuke.

Orochimaru hat das Oto-Quartett, welches aus Sakon, Tayuya, Jirobo und Kidomaru besteht, hinter Sasuke hergeschickt. Infolgedessen muss sich Sasuke einem unmöglichen Kampf gegen die vier starken Shinobi stellen. Orochimaru erhofft sich aus Sasukes aussichtloser Situation, dass Sasuke ihn um mehr Kraft bittet. Orochimarus Plan geht auf. Denn kurz darauf macht sich Sasuke auf den Weg zu ihm.

Auf Biegen und Brechen versucht Sakura, ihren Freund Sasuke vor dem Verlassen des Dorfes zu hindern. Doch alle Maßnahmen sind zwecklos. Sasuke verlässt mit den Oto-Nins das Dorf. Daraufhin schickt Tsunade den jungen Shikamaru los, um Sasuke zurückzuholen. Obwohl Shikamaru kein fortgeschrittener Ninja ist, ist er bis jetzt der einzige Chūnin und muss in kürzester Zeit ein Team zusammenstellen.

Sasukes eigentliches Ziel ist es, seinen Bruder Itchi zu besiegen. Deswegen macht er sich, gemeinsam mit dem Oto-Quartett, auf den Weg nach Otogakure. Dort möchte er eine Ausbildung bei Orochimaru beginnen. Zunächst nimmt Sasuke Tabletten ein, welche die Kraft seines Mal des Fluches vergrößern sollen.

Shikamaru, Naruto, Choji, Neji und Kiba werden von den Oto-Nins in eine Falle gelockt. Anschließend findet sich das Team umschlossen von einem Erdwall wieder. Kiba startet mehrfach den Versuch die Wand zu durchbrechen, jedoch ohne Erfolg. Jirobo, ein Mitglied der Oto-Nins, zapft von außen das Chakra an, dadurch werden alle Eingeschlossenen schwächer und schwächer.

Shikamaru und seinem Team, war es möglich einen Ausweg aus dem Erdwall zu finden. Doch wartet außerhalb des Erdwalls der Oto-Nin Jirobo. Dieser ist im Besitz sehr starker Kräfte, mit denen er das ganze Team besiegen könnte. Den Teammitgliedern ist bewusst, dass bei einer Verwicklung in einem Kampf das Einholen von Sasuke unmöglich ist.

Damit das restliche Team Sasuke einholen kann, stellt sich Choji einem Zweikampf gegen Jirobo. Dieser fordert Choji auf, ihm sein komplettes Chakra zu übergeben. Selbstverständlich geht Choji auf die Forderung nicht ein. Während des Kampfes wird Choji immer schwächer, kann aber trotzdem, mit dem letzten Rest seines Chakras, sein Gegenüber besiegen.

Um eine Ausbildung bei Orochimaru zu beginnen, ist Sasuke zusammen mit dem Oto-Quartett auf dem Weg nach Otogakure. Shikamaru möchte sich in das Oto-Quartett einschleichen, indem er die Gestalt von Jirobo annimmt. Das Oto-Quartett kann den Trick schnell durchschauen. Aus diesem Grund müssen sich alle Kidomaru stellen. Mit seinen klebrigen Fäden kann er jede Bewegung lahmlegen.

Damit die restlichen Teammitglieder Sasukes Spur nicht verlieren, kämpft Neji allein gegen Kidomaru. Neji ist in der Lage das Chakra in den klebrigen Fäden von Kidomaru zu sehen und kann diese jeweils an der schwächsten Stelle durchtrennen. Wie es scheint, sind die Fähigkeiten von Kidomaru ausgeprägter wie Neji zunächst angenommen hat.

Der Zweikampf zwischen Neji und Kidomaru geht weiter. Kidomaru konnte während des Kampfes die Schwachstelle von Neji herausfinden. Neji besitzt in seinem Sichtfeld einen blinden Fleck. Wenn Kidomaru aus einer bestimmten Position Neji angreift, kann dieser die bevorstehende Attacke nicht erkennen und darauf reagieren.

Orochimaru ist, hinsichtlich des Kampfes gegen den dritten Hokage, sehr geschwächt. Aus diesem Grund benötigt er einen neuen starken Körper. Er versucht Sasuke als Schüler zu gewinnen, um daraufhin seinen Körper und dessen Fähigkeiten zu übernehmen. Bis Sasuke in Otogakure eintrifft, denkt sich Kabuto einen Rettungsplan für seinen Meister aus.

Shikamarus Team und das Oto-Quartett treffen aufeinander. Kurz darauf kommt es zu einem Kampf zwischen den verfeindeten Gruppen. Während des Kampfes stürzen Kiba und das Oto-Quartett-Mitglied Sakon in einen Abgrund. Auf dem Feld sieht sich Tayuya gegenüber Shikamaru und Naruto stehen. Doch sie erhält unerwartete Unterstützung von Kimimaro.

Während der Auseinandersetzung zwischen Kiba und Sakon fallen beide eine Schlucht hinunter. Dort beginnt der eigentliche Kampf. Sakon kann eine besondere Fähigkeit aufweisen. Denn in ihm befindet sich noch eine weitere Seele, welche immer während eines Kampfes in Erscheinung tritt. Demzufolge hat Kiba es mit zwei Gegnern zu tun und hat zunehmend schlechtere Chancen im Kampf gegen Sakon.

Die drei verbliebenen Teammitglieder des Rettungsteams von Sasuke sind in Kampfhandlungen involviert. Kiba und sein Hund Akamaru gehen aus der Auseinandersetzung mit Sakon und dessen Bruder sehr geschwächt heraus. Währenddessen versucht Shikamaru Tayuya zu besiegen und Naruto steht nach wie vor Kimimaro auf dem Schlachtfeld gegenüber.

In einem Kampf setzt Tayuya stets ihre Flöte ein. Dadurch ist sie in der Lage, Gen-Jutsus auszulösen. Zudem kann sie mithilfe ihrer Melodien, Chakra-Geister heraufbeschwören, welche sich von dem Chakra des Gegners ernähren. Diese Fähigkeiten bekommt Shikamaru im Zweikampf gegen das Mädchen zu spüren.

Obwohl Shikamaru es anfangs nicht dachte, ist Tayuya eine sehr mächtige Gegnerin, die ihm sehr zusetzt. Auch Narutos Gegner Kimimaro ist sehr mächtig. Kurz vor einer Niederlage kommt Lee seinem Freund Naruto zur Hilfe. Im weiteren Verlauf öffnet Kimimaro das Gefäß, in welchem Sasuke transportiert wird.

Kiba und Akamaru konnten sich vor Sakons Angriffen retten, indem sie in einen Fluss gesprungen sind. Doch schon kurz darauf kann sich Ukon mit einem Trick an den Jungen heranschleichen. Inzwischen versucht Shikamaru, mit einer neuen Strategie das Blatt im Kampf gegen Tayuya zu wenden. Auch Rock Lee duelliert sich weiterhin mit Kimimaro. Aufgrund von Alkohol sinken seine Chancen jedoch zunehmend.

Durch die Vereinbarungen innerhalb eines Kooperationsvertrages zwischen den ehemals verfeindeten Sunagakure und Konohagakure, konnten die Suna-Nins den Konoha-Nins Shikamaru, Kiba und Lee zu Hilfe kommen. Dabei wird Shikamaru von Temari und Kiba von Kankuro unterstützt. Der alkoholisierte Rock Lee erhält Rückendeckung von Gaara.

Während der Suche nach seinem Freund Sasuke, ist Naruto an einer Höhle angelangt. In dieser begegnet er Neji, welcher Naruto bestärkt, die Verfolgung nicht aufzugeben. Obwohl Rock Lee den Kampf gegen Kimimaro nicht aufgeben will, ist der junge Ninja zu schwach, um diesen weiter fortzuführen. Gaara schaltet sich in das Kampfgeschehen mit ein.

Der Kampf zwischen Gaara und Kimimaro geht in die entscheidende Phase. Kimimaro startet den Versuch, Gaara mit seinem stärksten Knochen anzugreifen, doch dieser zersplittert. Gaara kann Kimimaro in eine Sandfalle locken. Als Kimimaro scheinbar schon besiegt ist, setzt er schließlich den Tanz der Farnknospen ein.

Die Verfolgungsjagd hat endlich ein Ende. Nachdem Naruto Sasuke eingeholt hat, stellt er seinen Freund zur Rede. Sasuke offenbart, dass er seinen Teamkollegen nie besonders leiden konnte. Zudem möchte er sich an der Macht von Orochimaru bereichern, umso seinen älteren Bruder Itachi Uchiha zu besiegen.

Der Kampf zwischen den ehemaligen Teamkollegen Naruto und Sasuke geht weiter. Immer wieder erinnert sich Sasuke an seine Kindheit in Konohagakure zurück. Seit damals hat Sasuke ein zwiespältiges Verhältnis zu seinem älteren Bruder. Itachi war schon früh der bevorzugte Sohn und Stolz der Familie.

Nach wie vor kämpfen Naruto und Sasuke gegeneinander. Sasuke besinnt sich auf ein Ereignis zurück. Der Moment, als er nach der Schule zu seinem Elternhaus kam und seinen Bruder beobachtete, wie dieser ihre Eltern tötete. Wie er erfuhr, gibt es eine weitere Variation des Sharingan. Um dieses zu erwecken, muss man jedoch seinen besten Freund töten.

Obwohl Sasuke im Kampf gegen Naruto erwähnte, dass Naruto sein bester Freund ist, ist sich Naruto unsicher, ob die Aussage der Wahrheit entspricht. Denn welches Ziel verfolgt Sasuke, wenn er seinen besten Freund so hart bekämpft? Sasukes unglaubliche Kräfte setzen Naruto ziemlich zu. Deswegen beschließt Naruto ebenfalls alles zu geben und aktiviert das Chakra des Neunschwänzigen Fuchses.

Kakashi ist mit dem Spürhund Pakkun auf der Suche nach seinen Schülern Naruto und Sasuke. Diese setzen währenddessen ihren Kampf weiter fort. Sasuke kann sein Sharingan mit doppelten Tomoe zu einem mit dreifachen Tomoe entwickeln, dadurch beherrscht er zunehmend das Feld. Durch dieses ist Sasuke in der Lage, Narutos Bewegungen vorherzusagen.

Der Kampf zwischen den Teamkollegen Naruto und Sasuke geht in die entscheidende Phase. Wie es scheint, sind die Kräfte des Mal des Fluches, welches sich an Sasukes Hals befindet, viel größer als die Kräfte des Neunschwänzigen Fuchses. Naruto muss sich geschlagen geben und geht als Verlierer aus dem Duell heraus. Sasuke stellt fest, dass er sich von Orochimaru nicht fernsteuern lassen will.

Kakashi konnte mit dem Spürhund Pakkun die Shunin Shikamaru, Choji, Neji, Kiba und Naruto ausfindig machen. Shikamaru und seine Teamkollegen konnten ihre Mission nicht erfolgreich abschließen. Alle Mitglieder sind aufgrund der Misserfolge während der Mission sehr deprimiert und erschöpft.

Sakura möchte sich auch endlich an der Suche nach Sasuke beteiligen. Nachdem Naruto von ihren Plänen Wind bekommen hat, flieht er mithilfe eines Tricks aus dem Krankenhaus und begleitet seine Teamkollegin. Jiraiya hat den Plan von Sakura und Naruto schon frühzeitig durchschaut. Nach Absprache mit Tsunade macht er sich mit den zwei jungen Shinobi auf den Weg in das Reich der Reisfelder.

Immer noch suchen Jiraiya, Naruto sowie Sakura nach Sasuke und somit Orochimarus Dorf Otogakure. Auf ihrem Weg gelangen sie in ein Dorf, in welchem nicht gerade viel los ist. Kurz nach der Ankunft, geht Jiraiya los, um weitere Informationen über Otogakure einzuholen. Bei seinen Nachforschungen kommt er in eine Bar. In dieser trifft der Lehrer auf eine Frau, welche behauptet ihm helfen zu können.

Naruto, Sakura und Jiraiya treffen auf Sasame. Wie sich herausstellt geht es dem Mädchen nicht gut und Sakura kümmert sich um sie. Natürlich interessiert sich auch Jiraiya für das Mädchen vom Fuuma-Clan. Während eines Picknicks wird Sasame von den Fuuma-Clan-Mitgliedern Kamikiri Jigumo und Kager festgehalten. Die drei Nukenin arbeiten für Orochimaru, der ihnen ein Versprechen gegeben hat.

Jiraiya, Sakura und Naruto erfahren endlich den genauen Standort von Orochimarus Versteck. Nachdem sie am Versteck angekommen sind, wissen sie nicht, welcher der drei Eingänge der Richtige ist. Um das herauszufinden, beschwört Jiraiya den Sohn des Froschkönigs Gamabunta, Gamakichi. Jedoch beschließt Jiraiya kurz darauf, dass sich das Team trennen soll.

Endlich konnten Naruto und Sakura die Machtzentrale von Orochimaru ausfindig machen. Dort treffen die Shinobi auf Kabuto, der Naruto zu einem Duell herausfordert. Kabuto ist in der Lage einen Chakra-Faden direkt aus seinem Herzen zu spinnen und mit diesem Naruto einzuwickeln. Dadurch schlagen die Herzen von Naruto und Kabuto binnen weniger Minuten synchron.

Sasame muss schon kurz nach dem Aufeinandertreffen mit ihrem Cousin feststellen, dass Arashi nicht mehr der Mensch ist, der er einmal war. Seit er in den Diensten von Orochimaru steht, ist er zu einem Monster geworden. Naruto und Sakura stellen sich einem Kampf gegen Arashi. Die jungen Shinobi können in Erfahrung bringen, dass es Sasuke gut geht und machen sich daraufhin auf den Heimweg.

Naruto, Sakura und Jiraiya sind wohlbehalten in Konoha angekommen. Direkt nach der Ankunft führen sie ihr Training fort. Tsunades ständige Begleiterin Shizune besteht auf die Sortierung von Unterlagen. Der Godaime Hokage fällt während der Sortierung ein Zettel in die Hand, auf welchem eine Formel geschrieben wurde. Sofort erkennt sie die Handschrift von Orochimaru.

Mizuki, Fuujin und Raijin konnten aus der Hochsicherheitseinrichtung fliehen. Iruka, Naruto und Spürhund Pakkun nehmen die Verfolgung auf. Pakkun kann die Fährte der Flüchtigen aufnehmen, doch statt der Flüchtigen treffen sie auf Shizune. Sie erzählt von einem Überfall auf ihr Team, ausgeübt von den drei Ausbrechern.

Naruto, Iruka und Pakkun treffen auf die Flüchtigen Mizuki, Fuujin und Raijin. Auf dem Feld stehen sich infolgedessen Iruka und Mizuki sowie Naruto, Fuujin und Raijin gegenüber. Im Gegensatz zu Naruto, kann Iruka die Oberhand im Kampf gegen seinen ehemaligen Kindheitsfreund Mizuki gewinnen.

Obwohl sich Ino, Shikamaru und Choji im Kampf abwechseln und mit immer neuen Jutsus kämpfen, können sie den Kampf gegen die Brüder Fuujin und Rajiin nicht dominieren. Inzwischen kämpfen Iruka und sein Kindheitsfreund Mizuki weiter. Mizuki ist es möglich, Iruka in ein Gebäude zu locken, welches wie ein Gefängnis aufgebaut ist.

Gemeinsam mit Naruto und Pakkun, nimmt Iruka die Verfolgung von Mizuki auf. Die Drei erhalten Unterstützung von Tsubaki, die sie kurz davor kennen gelernt haben. Die Verlobte von Mizuki, möchte ihren Freund vor neuen Verbrechen abhalten. Mizuki ist unterwegs zu einer Höhle. In dieser möchte er etwas Spezielles herstellen.

Mizuki konnte seine Substanz herstellen und diese zu sich nehmen. Die Essenz weckt in Mizuki zunächst unglaubliche Kräfte, welche Iruka und Naruto sofort zu spüren bekommen. Schon kurze Zeit darauf fällt Pakkun auf, dass Mizukis neu erlangte Kräfte nachlassen und er sich langsam in einen alten Mann verwandelt. Daraufhin wird er von Iruka in eine Falle gelockt.

Naruto möchte immer noch Sasuke ausfindig machen. Allerdings gibt es keine Anhaltspunkte zum Aufenthaltsort von Sasuke und Orochimaru. Deswegen findet Tsunade die Idee von Naruto, Sasuke zu finden, für unsinnig. Shino schlägt eine weitere Vorgehensweise bei der Suche nach Sasuke vor.

Shino, Kiba, Hinata und Naruto suchen nach dem speziellen Käfer, der noch den schwächsten Duft riechen und die zugehörige Person somit finden kann. Mithilfe dieses Käfers wollen die Freunde Sasuke finden. Die Suche erweist sich schwieriger als gedacht, denn es gibt einfach zu viele ähnliche Käfer. Verfolgt werden die Freunde von Mitgliedern des Kamizuru-Clans.

Hinata wurde von Mitgliedern des Kamizuru-Clan entführt. Diese sind schon seit langer Zeit Rivalen des Aburame-Clans. Mithilfe eines speziellen Käfers wollen sie den Ruhm von früher widerherstellen. Die Begleiter von Hinata wollen den wertvollen Käfer verstecken. Bevor sie ein sicheres Versteck finden, werden sie in eine Falle gelockt.

Kurz bevor der wertvolle Käfer schlüpft, ist es Shino und seinen Freunden möglich, die Mitglieder des Kamizuru-Clans zu besiegen und sich aus den Kokons zu befreien. Um den vermissten Sasuke zu finden, muss das Erste, was der Käfer riecht, der Geruch von Sasuke sein. Hierfür hat Naruto das Stirnband von Sasuke parat.

Drei völlig erschöpfte Männer erscheinen vor Tsunade. Die Männer arbeiten in der Katabami Goldmine, welche schon länger vom Kurosuki-Clan geführt wird. Sie bitten Tsunade um Hilfe, um der Gewaltherrschaft in der Mine ein Ende zu setzen. Der Anführer des Clans soll Kontakte zu den sieben Schwert-Ninjas haben, zu welchen auch der Bruder von Sasuke zählen soll.

Tsunade schickt ein Team los, um die vor kurzem in Konoha eingetroffenen Männer, nach Hause zu begleiten. Zunächst schlagen Neji, Naruto, Tenten, Lee und die drei Männer ihr Lager in Großmutter Sanshos Restaurant auf. Ihr eigentliches Ziel, die Katabami Goldmine wird vom Kurosuki-Clan und dessen Anführer Raiga terrorisiert.

Naruto und das restliche Team müssen sich einen Kampf gegen den Anführer des Kurosuki-Clan stellen. Aufgrund Raigas Zugehörigkeit zu den sieben Schwert-Ninjas, ist der Kampf für Naruto von besonderer Bedeutung. Er erhofft sich durch ihn, Itachi und somit dessen Bruder Sasuke ausfindig zu machen. Während des Kampfes, fällt ein kleines Päckchen aus Raigas Umhang.

Naruto und seine Freunde kehren in das Dorf zurück. Dort erwartet sie schon Karashi, welcher noch eine Rechnung mit den jungen Shinobi offen hat. Obwohl Karashi Lee und den anderen Teammitgliedern nicht wohlgesinnt ist, verteidigt ihn Rock Lee vor den Dorfbewohnern. Diese unterstützen das Verhalten von Karashi nicht und wollen diesen aus dem Dorf jagen.

In der Auseinandersetzung mit Naruto, Lee und Neji kann Raiga seine wahren Kräfte zeigen. Dadurch ist es Naruto und seinen Freunden nicht möglich das Feld zu beherrschen. Angesichts der Trennung von Raiga, leidet Ranmaru sehr. Er wird von Tenten zurück in die Hütte gebracht, in welcher sie sich rührend um den Jungen kümmert.

Der Kampf zwischen Rock Lee und Raiga geht weiter. Infolge eines Angriffs von Raiga, liegt Lee kampfunfähig auf dem Boden. Sanshou tritt in Erscheinung und kann mithilfe des „Currys des Lebens" Lee für einen kurzen Moment wieder beleben. Daraufhin führt Naruto den Kampf an Stelle von Lee fort.

Für ein anstehendes Überlebenstraining werden jedem Genin drei junge Ninjas zugeteilt. Narutos Team besteht aus Konohamaru, Moegi sowie Udon. Das Ziel der vorgetäuschten Mission ist es, eine versteckte Schriftrolle auf dem Berg Takurami zu finden und diese nach Konohagakure zurückzubringen. Damit es den Teams nicht zu leicht gemacht wird, werden sie von Shinobis angegriffen.