Naruto et Idate poursuivent la course ensemble. Arrivés au temple de Todoroki, Naruto se repose tandis qu'Idate continue la course seul. Alors qu'il s'apprête à rattraper Fukuzuke, Aoi empêche Idate de continuer la course. Mais Naruto vient en aide à Idate en compagnie de Sasuke et Sakura. Sasuke défie Aoi en premier mais se fait battre à plats de couture. Sakura lui vient en aide, mais Aoi coupe le pont et les deux équipiers de Naruto tombent de la falaise.

Naruto est maintenant seul contre Aoi et arrive à prendre le dessus. L'arrivée est proche et Idate rattrape Fukuzuke.

L'équipe 10 fête la promotion de Shikamaru qui passe de Genin à Chûnin. Mais à l'hôpital, Sasuke provoque Naruto en duel.

Le combat entre Naruto et Sasuke est interrompu par Kakashi alors qu'ils étaient sur le point de s'entretuer. Sasuke ne supportant pas le fait que Naruto soit devenu plus fort que lui, se met en colère et part. Pendant ce temps, à la recherche de Sasuke, quatre ninjas d'Oto réussissent à s'infiltrer dans le village de Konoha sans se faire repérer. Après que Kakashi a fini sa discussion avec Sasuke, Kidômarô, Jirôbô, Sakon et Tayuya s'attaquent à lui et tentent de le convaincre de changer de camp.

Kidômarô, Jirôbô, Sakon et Tayuya expliquent à Sasuke que s'il veut atteindre son objectif, il doit obtenir de la puissance. Ce dernier, prend alors la décision de quitter le village de Konoha pour les suivre et rejoindre Orochimaru. Sakura intercepte son départ et essaye de l'arrêter en lui déclarant son amour, lui demandant de l'emmener avec lui si possible, mais Sasuke reste de marbre et lui adresse un « merci » avant de lui faire perdre conscience.

Tsunade convoque Shikamaru et lui explique la situation. Elle lui dit de former une escouade composée de genin. Shikamaru forme une équipe de 5 avec Naruto, Kiba, Chôji et Neji. Avant le départ de l'équipe, Sakura vient voir le groupe et demande à Naruto en pleurant de ramener Sasuke au village. Naruto accepte la proposition de Sakura et lui fait la promesse de tout faire pour ramener Sasuke.

Sasuke avale un stimulant et entre dans un état comateux le temps d’assimiler le niveau deux du sceau maudit. Il est enfermé dans un tonneau qui le ramènera à la vie grâce à une technique spéciale. Les ninjas d'Oto dévoilent leurs pouvoirs sur les jōnin de Konoha.

L'équipe de Shikamaru se fait prendre au piège dans une prison de terre. Alors que les autres ninjas de Konoha essayent de s'en sortir, Shikamaru discute avec l'ennemi.

Chôji décide de combattre Jirôbô. Grâce à ses pilules, Chôji tient tête au ninja d'Oto. Ce dernier dévoile ses pouvoirs et traite Chôji de déchet.

Chôji augmente sa force et écrase Jirôbô. Celui-ci utilise son sceau démoniaque au niveau 2 et surpasse Chôji. Chôji n'a plus d'autre choix que d'utiliser la pilule mortelle au piment.

L'équipe de Shikamaru rattrape celle des ninjas d'Oto. Kidômarô va se battre et met toute l'équipe en échec. Neji se désigne pour affronter Kidômarô.

Neji continue à combattre Kidômarô, qui a trouvé le point faible du Byakugan de Neji. Pendant ce temps, Shikamaru, Naruto, Kiba et Akamaru continuent leur chemin.

Sakon et Tayuya continuent leur chemin en direction du repère d'Orochimaru. Mais l'état de santé de ce dernier se dégrade, et il doit se résoudre à changer de corps avant l’arrivée de de Sasuke. Shikamaru, Naruto et Kiba finissent par les rattraper et s'emparent du tonneau dans lequel est enfermé Sasuke.

Kiba et Sakon se retrouvent dans le même piège qu'a posé Akamaru et tombent d'une falaise. Alors que Tayuya rattrape Naruto et Shikamaru, un ennemi fait son apparition : il s'agit de Kimimaro, dernier représentant du clan Kaguya et membre du quintet d'Oto, il emporte Sasuke avec lui pour le ramener à Orochimaru. Shikamaru permet à Naruto de rattraper Kimimaro pendant que lui s'apprête à affronter Tayuya.

Le combat entre Kiba et Sakon fait rage. Ukon, le frère de Sakon se réveille et les 2 frères passent directement au stade n°2 de leur sceau maléfique. Kiba et Akamaru décident d'utiliser la redoutable technique du loup bicéphale.

Naruto créé plusieurs clones pour son combat contre Kimimaro. Mais ce dernier les bat facilement. Kiba se blesse lui-même gravement lors de son combat contre Ukon qui a réussi à s'introduire dans son corps. Shikamaru observe le style de combat de Tayuya pour élaborer une stratégie afin de trouver son point faible.

Le combat entre Shikamaru et Tayuya continue. Tayuya envoie ses créatures à l'attaque à l'aide des notes jouées sur sa flûte. Shikamaru met alors son plan en marche et parvient à redresser la situation à son avantage. Mais Tayuya est contrainte de passer au stade n°2 de son sceau maléfique pour inverser la tendance.

Comme prévu, Kimimaro s'est facilement débarrassé des clones de Naruto à l'aide de sa technique de la danse du camélia. Tout à coup, le tonneau se brise en mille morceaux et Sasuke réapparait sous la forme de stade n°2 de sa marque maudite. Alors que Naruto tente de rattraper Sasuke qui a pris la fuite, Kimimaro s'apprête à l'éliminer. Mais Lee intervient à temps et empêche Kimimaro de s'en prendre à Naruto. Lee rappelle à Naruto qu'il a promis à Sakura de ramener Sasuke. Naruto approuve et part donc à la poursuite de Sasuke. Un combat commence entre Lee et Kimimaro. Mais au bout de quelques minutes, Lee interrompt le combat car il doit prendre son médicament. Il boit du saké à la place de son médicament et devient accidentellement ivre.

Lee est accidentellement ivre et sa force augmente. La technique de l'homme ivre est trop puissante pour Kimimaro qui décide d'utiliser ses os. Pendant ce temps, Kiba et Shikamaru sont dans un état critique.

Alors que les combats de Lee, Kiba et Shikamaru vont s'achever, d'autres ninjas viennent y prendre part ; en effet, Temari, Kankuro et Gaara arrivent juste à temps. Pendant que Temari affronte Tayuya, Kankuro doit faire face à Sakon et Ukon.

Pour protéger Lee en mauvaise posture, Gaara se bat contre Kimimaro en utilisant des attaques encore plus puissantes qu'avant. Naruto continue de suivre la trace de Sasuke.

La maîtrise du sable de Gaara pousse Kimimaro à ses limites. Mais celui-ci porteur d'un lourd passé montre toute la puissance héritée de son clan. A la frontière du pays du feu, Naruto rattrape Sasuke et essaye de le raisonner.

Naruto a enfin rattrapé Sasuke mais à sa grande surprise, il s'aperçoit très vite que ce dernier a bel et bien plongé dans les ténèbres et est devenu plus fort que jamais grâce à la puissance de son sceau maléfique. Le dernier combat entre Naruto et Sasuke est sur le point de commencer.

Sasuke affronte Naruto, qui de son côté ne se bat pas sérieusement. Pendant l'affrontement, le jeune Uchiwa se remémore son enfance passée aux côtés de son frère Itachi envers qui il était plein d'admiration. Cependant, Sasuke était quand même jaloux que son père s'intéresse plus à Itachi qu'à lui-même. Il voit Itachi devenir de plus en plus distant avec le reste de son clan.

Sasuke décide de battre Naruto rapidement en activant son Sharingan ; il replonge une nouvelle fois dans ses souvenirs d'enfance, à l’époque où il déployait de nombreux efforts pour prouver sa valeur à son père.

Suite des souvenirs d’enfance de Sasuke. Le jeune garçon découvre que son frère possède une autre version du Sharingan, le « Kaléidoscope hypnotique du Sharingan ». Pour l’obtenir, il faut tuer son meilleur ami. De retour au présent, Sasuke annonce à Naruto qu'il est son meilleur ami et que c'est pour ça qu'il cherche à l'éliminer.

À Konoha, Kakashi apprend que Sasuke a quitté le village. Il part tout de suite à la recherche de Sasuke et Naruto qui ont véritablement commencé leur combat. Sasuke est bien décidé à en finir avec Naruto.

La bataille entre Naruto et Sasuke fait rage, les deux amis découvrent que ce sont leurs liens qui les rendent plus fort. Sasuke fait évoluer la forme de son sharingan et veut trancher ces liens qui le lient à Naruto. Mais ce dernier ne le laisse pas faire et se transforme, sous l'emprise de Kyûbi.

Sasuke utilise son sceau maléfique pour augmenter sa puissance. Le dénouement est tout proche et Naruto et Sasuke tentent le tout pour le tout. Sasuke laisse la vie sauve à son équipier et part en direction du village d'Oto.

Pendant que Kakashi ramène Naruto au village, Shikamaru est inquiet pour Kiba et Akamaru, Chôji et Neji qui se font soigner. la vie d Kiba n'est pas menacée, malgré une blessure grave, mais Neji et Chôji se trouve en situation critique. Shikamaru a échoué dans sa mission et s'en inquiète. Sasuke a rejoint Orochimaru après son combat contre Naruto et ce dernier essaye de se faire pardonner auprès de Sakura en lui promettant de ramener leur ex-compagnon. Jiraya informe Naruto des plans de l'Akatsuki vis-à-vis de lui qui aboutiront dans 3 ans et lui demande d'oublier Sasuke. De nature entêtée, Naruto refuse et déclare qu'il veut toujours sauver Sasuke des griffes d'Orochimaru quoi qu'il puisse arriver.

Sakura ne peut se résoudre au départ de Sasuke et décide de partir à sa recherche. Naruto qui a deviné ses pensées veut l’accompagner. L’ermite réussit à obtenir de Tsunade une mission lui permettant d’accompagner les deux amis au pays du riz afin d’y collecter des informations sur le village caché du Son où se trouverait Orochimaru.

L’Ermite part de son côté collecter des informations et profiter des avantages d’une ville. Il y rencontre des « voyous » autrefois respectables et appartenant au clan des Fûma. De leur côte Sakura et Naruto font la connaissance de Sasame Fûma, faisant également partie du clan des Fûma.

L’Ermite a rejoint Naruto, Sakura et Sasame, cette dernière connaît le chemin qui mène au village caché du Son. Son cousin a suivi Orochimaru qui lui a fait croire qu’il pouvait redonner la gloire au clan des Fûma. Sasame veut le ramener au village même si pour cela elle doit trahir ses nouveaux amis.

Les intentions de Sasame n’étaient pas mauvaises, elle souhaitait seulement sauver son cousin des griffes d’Orochimaru. L’Ermite et ses deux acolytes l’ont bien compris. Elle les mène à l’entrée de l’antre d’Orochimaru et Naruto lui promet de ramener son cousin. Pourra-t-il tenir promesse ? Le palais d’Orochimaru est parsemé de pièges.

Naruto est tombé dans un piège. Sakura se retrouve seule face à Kabuto qui lui apprend que Sasuke a succombé à la suite des effets de la marque maudite. Sasame désobéit et rentre dans la demeure d’Orochimaru, ce qui lui permet de libérer Naruto qui à son tour va porter secours à Sakura. Naruto se retrouve aux prises avec un bien étrange Kabuto, qui en réalité est un membre du clan Fûma ayant revêtu l’apparence de Kabuto.

Sasame retrouve son cousin Arashi, mais ce dernier, sous l’emprise d’Orochimaru s’est transformé en monstre. Sakura est prête donner sa vie pour sauver ses amis, Naruto l’en empêche et vainc Arashi qui se repent avant de disparaître et leur apprend que Sasuke est en vie. Orochimaru le garde pour prendre possession de son corps dans trois ans. L’Ermite qui a combattu de son côté retrouve son équipe. Sakura qui veut trouver sa voie demande à Tsunade de devenir sa disciple.

Alors que tout semble reprendre son cours normal dans le village de Konoha, Tsunade découvre une ordonnance égarée dans ses dossiers. Le vol du rouleau interdit perpétré par Mizuki un an auparavant pourrait bien être commandité par Orochimaru. Tsunade envoie Asuma et Kurenai interroger Mizuki en prison, lorsqu’ils arrivent, les prisonniers sont en liberté…

Shizune qui vient porter renfort à Asuma et Kurenai se fait piéger à son tour par Mizuki accompagné des frères Fûjin et Raïjin. Heureusement TonTon, son goret, s’échappe pour prévenir Tsunade de la situation. Cette dernière dépêche une équipe composée de Iruka Sensei, Naruto, Tonton et Pakkun pour porter secours à Shizune et son équipe.

Naruto doit affronter les deux colosses Fûjin et Raïjin à la force surhumaine. De son côté, Iruka se bat avec Mizuki. Iruka fait appel au souvenir de leur ancienne amitié pour raisonner Mizuki, mais ce dernier qui a toujours été jaloux de l’affection que portait le 3ème Hokage à Iruka compte bien en finir avec lui. La situation semble compromise lorqu’arrivent Ino, Shikamaru et Chôji.

Ino, Shikamaru et Chôji vont combattre les frères Fûjin et Raïjin pendant que Naruto va porter secours à Iruka. Mizuki ne fait pas de cadeau à Iruka, il lui en veut toujours de sa réussite à Konoha alors que lui n’a jamais réussi à se faire accepter.

Mizuki a pris la fuite et cambriole un laboratoire afin de se procurer les composants nécessaires à une potion. Sa relation avec Orochimaru ne fait plus aucun doute. Tsubaki, la fiancée de Mizuki a rejoint Naruto, Iruka et Pakkun et va les aider à retrouver le fugitif, mais lorsqu’ils vont le retrouver il est trop tard, Mizuki a ingurgité la potion prescrite par Orochimaru.

Tsunade vient prendre la relève auprès de la formation Ino, Shikamaru et Chôji qui étaient toujours aux prises avec les frères Fûjin et Raïjin. Naruto se bat avec Mizuki qui subit différentes transformations suite à la prise de la potion censée lui donner du pouvoir. Mais Orochimaru s’est joué de lui et la potion détruit ses cellules, Naruto aura raison de lui avec son Rasengan.

Naruto est toujours aussi déterminé à récupérer Sasuke. Hinata, Shino et Kiba veulent l'aider à le retrouver. Les 4 amis partent alors à la recherche des insectes flaireurs, destinés à retrouver la trace de Sasuke.

Shino, Kiba, Naruto et Hinata arrivent à destination. Ils se mettent donc à la recherche des insectes flaireurs. Pendant leur recherche, Shino, Hinata et Kiba repèrent des personnes eux aussi à la recherche de ces insectes. Ils decident alors de ne rien dire à Naruto.

L'heure de l'échange arrive, alors que Shino, Kiba et Naruto se rendent sur place, ils ont alors à faire à des clones en cire d'abeille et se mettent donc à la recherche d'Hinata, par un autre marché.

Suzume bachi coince Naruto, Kiba et Shino dans le repère des Kamizuru. Shino n'a alors d'autre choix que d'énerver la reine. Hinata tente de se débattre mais la prison de cire qui la retient prisonnière tombe dans les chutes ! Shino propose un marché aux Kamizuru : en échange d'Hinata, ils récupèreront l'insecte flaireur. Ils découvrent avec surprise que Hinata a disparu ! Naruto va se faire achever quand Hinata arrive ! Celle-ci se débarrasse sans difficulté des ninjas ennemis grâce au 64 poings du Hakke protecteur qui tranchent les abeilles et la reine. Mais Suzumebachi revient avec la reine que Naruto neutralise grâce au Rasengan. La mission se terminera par un échec à cause d'un pet émis par Naruto.

Nos héros doivent aider des mineurs opprimés par une famille. Leur chef est Raïga, l'un des sept ninjas renégats, ce qui serait une piste pour retrouver Sasuke car en fait, Raïga permettrait de trouver Kisame afin de trouver Itachi puis trouver Sasuke, mais cette piste est nulle pour 2 raisons car Sasuke à ce moment-là sait qu'il est trop faible pour défier Itachi et Raïga déteste les sept ninjas renégats.

Naruto, Lee, Neji et Tenten sont hébergés chez mémé Sancho, la mère de Karashi. Ils apprennent par cette dernière que son fils est parti de la maison et vont découvrir qu'il a rejoint la famille Kuruzuki.

Les quatre jeunes ninjas affrontent Raïga et après l'avoir battu, ils trouvent un sac où un petit garçon est enfermé à l'intérieur : il s'agit de Ranmaru, l'ami de Raïga. Karashi, bien qu'il ait promis à Lee de rejoindre sa mère, reste chez la famille Kuruzuki.

Naruto, Lee, Neji et Tenten retrouvent Karashi qui est resté chez la famille Kuruzuki et lui passent un savon. Le jeune homme décide finalement de rentrer chez mémé Sancho et se fait pardonner auprès d'elle. Les quatre jeunes ninjas vérifient l'état de Raïga avec l'aide de Ranmaru.

Raiga a été ressuscité par Ranmaru et revient a la charge.

Lee affronte Raïga pendant que Mémé Sancho, Tenten et Ranmaru apportent le curry providentiel à Naruto et Neji. Lee y a aussi droit puisqu'il a subi un assaut de Raïga qui le met hors-combat. Mais il devient ivre en mangeant ce curry et affronte à nouveau Raïga. Ranmaru tente de convaincre son ami de goûter le curry mais ce dernier ne lui pardonne pas de l'avoir trahi. Cette fois-ci, c'est Naruto qui affronte Raïga et le bat avec son Multiclonage.

Les genins sont assignés chef d'équipe aux petits de l'académie. Chacun avec son groupe, ils enseignent tous des choses essentielles aux plus petits, Lee vit un vrai bonheur en se faisant appeler Sensei. Quand Naruto et son équipe arrivent au pied du rocher, les choses se compliquent.