Alors qu'Ebisu enseigne à Naruto comment marcher sur l'eau, l'ermite Jiraya, ninja légendaire, fait son apparition, et assomme Ebisu.

Un soir, un combat a lieu entre Gaara et Dosu Kinuta. Ce dernier lui avoue qu'en l'éliminant, il affrontera Sasuke à la phase finale. Mais Gaara se débarrasse de lui en un clin d'œil. Pendant ce temps, non loin de là, Kabuto et Baki concluent une alliance entre Suna et Oto pour réduire en cendres le village de Konoha. Après des péripéties, l'ermite accepte d'enseigner à Naruto ses connaissances, et commence par une technique puissante : la technique d'invocation.

Le troisième hokage informe les jōnin et les chūnin de la mort d'Hayate Gekko, l'arbitre des éliminatoires. Son corps a été retrouvé par les membres de l'ANBU. Pendant ce temps, Sakura rend visite à Sasuke et Lee à l'hôpital en compagnie d'Ino.

Le seul moyen pour que Naruto réussisse à concentrer le chakra du démon-renard à neuf queues : une question de vie ou de mort.

Naruto invoque Gamabunta, l'actuel roi des batraciens, mais ce dernier ne croit pas ce petit bonhomme capable de l'avoir invoqué.

Le matin, Gaara reste introuvable. Shikamaru rend visite à Naruto et Sakura cherche Lee, qui devient la cible de Gaara.

Le premier combat de la phase finale de l'examen des chūnin va opposer Naruto Uzumaki à Neji Hyûga. Naruto est prêt à donner le meilleur de lui-même pour venger la défaite d'Hinata.

Neji utilise sa technique défensive du tourbillon divin, et paralyse Naruto avec les 64 poings du hakke. Neji dévoile alors le sort réservé aux membres de la branche parallèle des Hyûga.

Alors que Neji est sur le point de remporter le combat, Naruto puise dans le chakra de Kyûbi et retourne la situation à son avantage, à la surprise générale.

Neji découvre la vérité sur la mort de son père. Pendant ce temps, Sasuke n'est toujours pas arrivé. Les autres combats sont donc avancés.

Le combat suivant oppose Shikamaru à Temari. Bien que peu motivé, Shikamaru finit par dévoiler ses capacités.

Alors qu'il allait être disqualifié, Sasuke fait finalement son apparition dans le stade. Pendant ce temps, en coulisses, Naruto et Shikamaru assistent à une scène terrifiante.

Sasuke prend l'avantage sur Gaara grâce à sa rapidité. Gaara se réfugie dans une carapace de sable, et prépare sa contre-attaque.

Sasuke dévoile sa technique du chidori, enseignée par Kakashi. Pendant ce temps, autour du village, des ninjas ennemis rôdent.

Des ninjas d'Oto et de Suna font leur apparition dans l'enceinte du village. Orochimaru profite de la confusion pour maîtriser le 3e hokage.

Kakashi charge Naruto, Sakura, Pakkun, et Shikamaru de rattraper Sasuke, parti seul à la poursuite de Gaara. Le combat entre Orochimaru et le 3e hokage commence.

Le groupe de Naruto est poursuivi par des ninjas ennemis. Shikamaru décide de préparer une diversion pour semer les poursuivants.

Orochimaru utilise une technique interdite pour ressusciter le 1er et le 2nd hokage et les obliger à le servir. Entre ces deux là et le 3e hokage, un terrible combat commence.

L'affrontement final entre Orochimaru et le 3e hokage se rapproche. Le 3e hokage regrette alors de ne pas avoir pris la vie d'Orochimaru quand il en a eu l'occasion, quelques années auparavant.

Mortellement blessé, le 3e hokage décide d'utiliser une technique de sceau secrète pour éliminer Orochimaru. Pendant ce temps, Sasuke est sur le point de rattraper le groupe de Gaara.

Alors que Kankurô s'interpose pour protéger Gaara, Shino fait son apparition et engage le combat. Sasuke rattrape enfin Gaara, qui commence à se changer en Shukaku.

Sasuke affronte un Gaara de plus en plus puissant. Malgré les avertissements de Kakashi, il décide d'utiliser une fois de plus son chidori, augmentant l'emprise du sceau maudit d'Orochimaru.

Naruto et Sakura arrivent à temps pour protéger Sasuke à la merci de Gaara. Flashback sur l'enfance de Gaara.

Naruto décide tout de même de combattre Gaara afin de protéger ses amis alors qu'il est seul face à lui. Second flashback sur l'enfance de Gaara. Et Naruto finit par comprendre ce que ressent Gaara, étant donné qu'il a vécu la même chose que lui par le passé.

Naruto passe à l'attaque pour sauver Sasuke et Sakura. Alors que le Shukaku a pris sa forme définitive, Naruto invoque Gamabunta.

Face à Gamabunta, Gaara utilise sa dernière technique pour libérer toute la puissance de Shukaku. Naruto et Gamabunta vont devoir trouver de nouvelles ressources.

Le 3e Hokage enlève les bras de l'âme d'Orochimaru et périt sur le coup. Tous les habitants du village sont à son enterrement pour lui rendre hommage et Iruka tente de consoler Konohamaru.

Itachi Uchiwa revient au village de Konoha, pour venir chercher quelque chose.

Kakashi est le seul à pouvoir résister au terrible pouvoir du Sharingan du clan Uchiwa.

Jiraya emmène Naruto à la recherche d'une femme. Arrivé à la première ville, les instincts du ninja légendaire refont surface.

Après tant d'années, les deux frères du clan Uchiwa sont face à face.

Jiraya fait soudainement son apparition et prend part au combat contre Kisame et Itachi. Mais Sasuke refuse de laisser Jiraya se mêler de son combat contre Itachi. Il continue de se battre mais hélas, le pauvre Sasuke ne fait pas le poids face à son grand frère. Il se demande alors pourquoi il a passé ses années à Konoha à s'entraîner sans relâche puisqu'il ne fait aucun progrès. Sasuke subit ensuite la technique d'Itachi : « Les arcanes lunaires » remontrant l'extermination du clan par son frère. Sasuke se retrouve alors sans connaissance et les côtes cassés. Jiraya décide donc de partir à la recherche de Tsunade en compagnie de Naruto afin de lui demander de devenir le 5ème Hokage du village de Konoha.

Naruto et Jiraya se mettent en route à la recherche de Tsunade. Ils décident de s'arrêter dans une ville où un festival a lieu afin d'y séjourner pendant quelques jours et de commencer l'entraînement.

Jiraya enseigne une nouvelle technique de concentration de chakra à Naruto, l'occasion pour ce dernier de se distinguer à nouveau comme un ninja original.

2ème étape de la nouvelle technique enseigné par Jiraya.

Vers la 3e et ultime étape de maitrise de la technique, le 4e Hokage a mis 3 ans à maitriser cette technique, combien en faudra-t-il à Naruto ?

Alors que Tsunade fait face à Orochimaru, Jiraya et Naruto arrivent en ville.

À la suite de la proposition d'Orochimaru, Tsunade se remémore les événements attachés à son pendentif maudit. Jiraya la rejoint pour lui faire également une autre proposition : celle de devenir le 5e Hokage.

Tsunade avoue à Jiraya que Naruto lui fait beaucoup penser à son petit frère Nawaki, mort il y a quelques années. Elle piège ce dernier en ajoutant de la drogue dans son sake. Le lendemain, elle rejoint Orochimaru afin de donner réponse à sa proposition.

Tsunade a fait son choix, et ça n'est pas en faveur d'Orochimaru, la bataille commence Tsunade contre Orochimaru et Kabuto Yakushi. Après quelques minutes de combat, Naruto, Jiraya et Shizune arrivent en renforts pour prêter main-forte à Tsunade.

Jiraya affronte Orochimaru et Shizune s'occupe quant à elle de Kabuto. Mais Shizune n'a aucune chance face à Kabuto et perd le combat en moins de 10 min. Kabuto s'en prend ensuite à Tsunade mais Naruto l'empêche de continuer à la torturer. Il résiste tant bien que mal aux assauts de Kabuto. Kabuto tentant de l'attaquer de front, Naruto utilise sa nouvelle technique.

Naruto parvient finalement à réussir à maîtriser le Rasengan et la lance sur Kabuto. Mais ce dernier parvient à l'affaiblir en lui sectionnant les muscles cardio-vasculaires avant de subir l'assaut du Rasengan. Tsunade soigne Naruto, arrive à le sauver et lui donne son pendentif, reconnaissant avoir perdu son pari. Après avoir soigné Naruto, Tsunade subit les assauts d'Orochimaru qui tente de tuer Naruto. Elle décide de le protéger coûte que coûte en mettant sa vie en jeu. Elle finit par accepter la proposition de Jiraya et devient le 5e Hokage du village de Konoha. S'ensuit ensuite un combat acharné entre Tsunade et Orochimaru.

Face à Orochimaru, Tsunade invoque Katsuyu, une limace géante, Jiraya invoque Gamabunta le maître crapaud. Orochimaru invoque alors Manda le maître des serpents.

Sur le chemin du retour, Tsunade décide de faire une pause aux sources thermales. Naruto découvre alors les aspects négatifs de la faiblesse de Tsunade.

Tsunade arrive au village caché de Konoha, les préparatifs pour son intronisation commence. Pendant ce temps-là, elle se rend à l'hopital, pour soigner Kakashi, Sasuke et Lee.

Naruto est interrompu en pleine conversation avec Lee par Moegi et Udon qui lui apprennent que Konohamaru s'est enfermé dans le bureau de l'Hokage. Naruto décide d'aller le voir et de tenter de le raisonner. Va-t-il réussir ?

Rock Lee, découragé par les propos pessimistes de Tsunade sur le risque élevé de mortalité pendant l'opération qui pourrait le guérir, hésite à accepter cette dernière. Il se rappelle ses rêves de débutant, sa première rencontre avec son maître et modèle, Gaï Maito qui, inspiré par la détermination de ce genin, lui a redonné l'espoir dans les moments les plus difficiles. Encore une fois, Gaï Maito va lui redonner le courage de continuer.

Mais que se cache-t-il sous le masque de Kakashi Hatake ?

Tsunade confie une mission de rang B à Naruto, Sasuke et Sakura au pays du Thé.

Naruto, Sasuke et Sakura s'aperçoivent que leur mission consiste à protéger Idate Morino, le jeune frère d'Ibiki. Ils ont rencontré ce garçon dans un restaurant et se sont faits piéger par ce dernier, soi-disant pour accord de paye des deux additions. Le lendemain, la course a lieu. Mais au lieu de prendre le bateau, Idate décide de se diriger vers le Nord, pensant que c'est le chemin le plus rapide pour aller sur l'île de Nagi. Mais alors qu'ils se dirigent vers l'île de Nagi en bateau, Naruto, Sasuke, Sakura et Idate se font attaquer par les ninjas du pays de la Pluie : Oboro, Kagari et Mubi qu'ils ont déjà rencontrés lors de l'examen de sélection des chûnin.

Leur bateau en feu, nos amis se dirigent vers l'île à la nage. Mais Oboro et son équipe les attaquent à nouveau et Naruto réussit à s'en débarrasser grâce à son Rasengan. Une fois sur l'île, Naruto, Sasuke et Sakura viennent en aide à Idate et se retrouvent face à Aoi. Idate raconte alors à nos amis qu'il était un ancien ninja de Konoha et qu'il était déprimé d'avoir raté l'examen des chûnins. C'est à partir de cet instant qu'Aoi s'est servi de lui pour se rebeller contre le village de Konoha et de rejoindre le pays de la Pluie. Idate n'étant plus en état de courir à cause de ses blessures, Naruto se porte volontaire pour lui donner un petit coup de pouce.