Naruto muss seine Grundkenntnisse verbessern. Er entscheidet sich statt Ebisu, den kauzigen Berg-Eremiten Jiraiya als seinen Trainer anzunehmen. Dieser interessiert sich allerdings nur für die Frauen, welche in einem kleinen See baden. Nach einiger Zeit, willigt der Berg-Eremit ein, Narutos Training zumindest anzusehen.

Statt Naruto zu unterrichten, ist der Berg-Eremit Jiraiya mehr an Frauen interessiert. Naruto möchte von dem legendären Sanin eine spezielle Technik erlernen: Das Jutsu des vertrauten Geistes. Nachdem Jiraiya ihm die Technik gezeigt hat, versucht Naruto den König der Kröten Gamabunta herbeizurufen. Statt des Königs der Kröten, kann Naruto nur unzählige Kaulquappen herbeirufen.

Naruto hat beim Herbeirufen des Jutsus des vertrauten Geistes große Schwierigkeiten. Nach unzähligen Versuchen steht auch sein Trainer Jiraiya kurz vor der Verzweiflung. Auf dem Weg ins Krankenhaus trifft Sakura ihre ehemalige Kindheitsfreundin Ino. Nach einem kurzen Streit beschließen die zwei Mädchen, Sasuke gemeinsam im Krankenhaus zu besuchen.

Das Training mit dem kauzigen Berg-Eremiten Jiraiya geht für Naruto weiter. Immer noch möchte der junge Ninja das Jutsu des vertrauten Geistes lernen. Daraufhin entschließt sich Jiraiya zu einem gefährlichen Experiment. Naruto soll dem neunschwänzigen Fuchsgeist, welcher in seinen Körper verschlossen ist, begegnen.

Nach unzähligen Versuchen ist es Naruto endlich gelungen das Jutsu des vertrauten Geistes anzuwenden. Somit kann er nun den König der Kröten Gamabunta herbeirufen. Durch diese Beschwörung ist Naruto eigentlich der Sensei des Frosches. Doch dieser erkennt Naruto nicht als dessen Sensei an.

Naruto und Sakura befinden sich im Krankenhaus. Naruto, um sich nachdem Kampf gegen Gamabunta zu regenerieren und Sakura aufgrund eines Besuchs beim verletzten Rock Lee. Sakura und die Freunde bemerken, dass in der Klinik seltsame Dinge vor sich gehen. Wie sich herausstellt, ist Gaara der Verursacher.

Der letzte Teil der Chūnin-Auswahlprüfung findet in einer Arena in Konohagakure statt. Die Prüfungsleitung übernimmt der Spezial-Jonin Genma Shiranui. Gleich in der ersten Runde muss sich Naruto Neji Hyuuga stellen. Neji ist das Supertalent des Hyuuga-Clans und gilt als unbesiegbar. Tatsächlich können Narutos erste Attacken sowie seine Schattendoppelgänger seinem Gegenüber nichts anhaben.

In der ersten Finalrunde stehen sich Naruto und Neji Hyuuga auf dem Feld gegenüber. Obwohl es so scheint, als wäre Naruto machtlos gegen das Byakugan von Neji, versucht Naruto Alles um den Kampf zu gewinnen. Vor allem, da Neji Narutos Freundin Hinata in der Vorausscheidungsrunde wie ein Stück Dreck behandelt hat.

Noch immer kämpfen Naruto und der vom Hyuuga-Clan abstammende Neji in der Finalrunde gegeneinander. Neji ist es gelungen, die Chakra-Punkte von Naruto zu blockieren. Daraufhin kann Naruto sein Chakra nicht mehr fokussieren und ist somit machtlos. Bis zu dem Moment, als ihm einfällt, dass Neji das zweite Chakra in Naruto nicht blockiert hat.

Der Gewinner in der ersten Finalrunde ist Naruto. Sein Kontrahent Neji ist infolgedessen sehr niedergeschlagen. Der Stammhalter des Hyuuga-Clan, Hiashi Hyuuga übergibt Naruto eine Schriftrolle. Diese offenbart die wahre Geschichte über Nejis Vater Hizashi und warum dieser freiwillig anstelle von Hiashi in die Gefangenschaft ging.

Sasuke ist immer noch verschwunden und somit muss der Zweikampf zwischen ihm und Gaara verschoben werden. Anstelle von Gaara, muss sich seine Schwester Temari Nara gegen Shikamaru beweisen. Doch Shikamaru hat keine Lust auf ein weiteres Duell gegen ein Mädchen. Obwohl sich Temari als eine würdige Gegnerin erweist, dominiert Shikamaru den Zweikampf.

In den finalen Zweikämpfen konnte Shikamaru den Kampf gegen Temari Nara gewinnen. Zum Erstaunen Aller hat der junge Ninja frühzeitig das Handtuch geworfen und Temari geht als Gewinnerin heraus. Des Weiteren werden die Zuschauer ungeduldig. Denn Sasuke ist immer noch nicht zu seinem, von allen lang ersehnten, finalen Kampf gegen Gaara erschienen.

Kurz vor der Disqualifizierung von der Chūnin-Auswahlprüfung taucht Sasuke plötzlich auf. Somit kann, der von allen Anwesenden lang ersehnte Kampf zwischen Sasuke und Gaara, beginnen. Durch seine Schnelligkeit und unter Anwendung des gleichen Tai-Jutsus wie Rock Lee, beherrscht Sasuke das Feld.

Sensei Maito Gai wundert sich über die Dominanz, welche Sasuke im Kampf gegen Gaara vorweisen kann. Sasuke verwendet das gleiche Tai-Jutsu, wie Rock Lee. Dieser hat aber den Kampf gegen Gaara mit dem Tai-Jutsu verloren. Maito Gai erkennt seinen Erzfeind Kakashi als den besseren Trainer an. Gaara muss sich schließlich in seinen Sand-Kokon zurückziehen.

Der Kampf zwischen Sasuke und Gaara wird von der Invasion auf Konoha unterbrochen. Während der kompletten Finalrunde saß der Kazekage neben dem Hokage. Doch plötzlich entpuppt sich der Kazekage als Orochimaru. Dieser will mit der Unterstützung von Sunagakure ganz Konohagakure in seine Gewalt bringen. Alle Anwesenden fallen durch ein Gen-Jutsu in Ohnmacht.

Konoha wird angegriffen. Es scheint, als wäre Orochimaru der Verantwortliche. Während die meisten Anwesenden bewusstlos sind, kommt es zu einem Kampf zwischen Orochimaru und dem Sandaime Hokage. Orochimaru beschwört das Jutsu des vertrauten Geistes. Zum Entsetzen des Hokages sind die vertrauten Geister von Orochimaru die Geister der Hokage der ersten und zweiten Generation.

Sensei Kakashi gibt seinen zwei Schülern Naruto und Sakura sowie Shikamaru einen neuen Auftrag. Die jungen Ninjas sollen das dritte Mitglied von „Team 7" Sasuke finden. Unterstützung bei ihrer Suche erhalten sie von dem Hund namens Pakkun. Dieser kann sofort die Spur von Sasuke aufnehmen. Schnell bemerken sie, dass ihnen Oto-Nins auf den Fersen sind.

Der Kampf zwischen dem Sandaime Hokage und Orochimaru geht weiter. Orochimaru konnte das Jutsu der vertrauten Geister beschwören. Demzufolge kämpft nicht er persönlich, sondern die herbeigerufenen Hokage der ersten und zweiten Generation. Der dritte Hokage Hiruzen Sarutobi hat wenig Chancen gegen den übermächtigen Orochimaru und seine vertrauten Geister.

Orochimaru kämpft immer noch gegen den dritten Hokage Hiruzen Sarutobi. Orochimaru verachtet schon seit Langem Sandaime Hokage. Obwohl Orochimaru ein talentierter Shinobi mit großen Fähigkeiten war, erkannte der dritte Hokage die Finsternis in dem jungen Ninja. Der Hokage ahnt, dass sein Gegner das Jutsu der Unsterblichkeit perfektioniert hat. Damit ist er in der Lage ewig zu leben.

Um Orochimaru zu besiegen, greift der dritte Hokage zu einem sehr mächtigen Jutsu: Die Versiegelung des Totengottes. Durch dieses Jutsu wird die Seele von Orochimaru, aber auch die Seele des Hokage, an den Totengott übergeben. Der Hokage ist bereit, dieses Opfer für sein Dorf zu bringen.

Der dritte Hokage ist im Kampf gegen Orochimaru mittlerweile völlig kraftlos. Er sieht sich nicht als Gewinner aus dem Duell herausgehen. Derweil kämpft anstelle von Sasuke Shino gegen Kankurou. In diesem Kampf liegt Kankurou klar im Vorteil. Denn dieser ist ein hervorragender Marionettenspieler.

Nach wie vor, versucht der dritte Hokage Orochimaru zu besiegen, doch seine Kräfte schwinden dahin. Währenddessen besteht der Kampf zwischen Sasuke und Gaara fort. Gaara entwickelt sich langsam zu einem entsetzlichen Monster und stellt Sasuke auf eine harte Bewährungsprobe.

Sasuke kämpft weiterhin gegen Gaara. Kurz vor einer Niederlage konnten Naruto und Sakura zur Situation dazu stoßen und ihrem Teamkameraden helfen. Auch mit vereinten Kräften ist es schwierig gegen die starken Attacken von Gaara standhaft zu bleiben. In der Prüfungsarena stellen sich Kakashi und Guy weiterhin den Eindringlingen.

Während des Kampfes mit Naruto, wird die Vergangenheit von Gaara offen gelegt. Das einschneidende Erlebnis mit seinem Onkel Yashamaru, ist die Grundlage für seine Verbitterung. Der Junge mochte seinen Onkel sehr gerne und vertraute ihm in vollem Maße. Er dachte, dies beruht auf Gegenseitigkeit, doch sein Onkel zeigte schnell seine Verachtung.

Weiterhin versucht Naruto Gaara zu besiegen. Aufgrund des Schutzkranich des Sandes, welcher in Gaaras Körper steckt, erweist sich Narutos Vorhaben als beschwerlich. Naruto ruft das Jutsu des vertrauten Geistes herbei. Dies misslingt jedoch, wodurch Naruto versehentlich statt des Königs der Kröten, den kleinen Sohn Gamakichi auf das Schlachtfeld ruft.

Shukaku, der Schutzkranich des Sandes ist vollständig erwacht. Demzufolge kämpft Naruto eigentlich nicht mehr gegen den echten Gaara, sondern muss sich dem in Gaaras Körper versiegelten Ichibi, stellen. Um Gaara zu besiegen, muss Naruto auf das Chakra des Geistes in ihm zurückgreifen. Nur mithilfe des Neunschwänzigen Fuchses könnte er noch das Blatt im Kampf gegen Gaara wenden.

Der dritte Hokage Hiruzen Sarutobi konnte Orochimaru aufhalten, indem er das Jutsu Shiki Fuujin anwendete. Dadurch konnte einerseits Orochimaru seine Arme nicht mehr benutzen, andererseits hatte die Verbindung mit dem Totengott den Tod des Hokages zur Folge. Die begabtesten Heiler des Dorfes versuchen zwar den alten Mann zu retten, jedoch bleibt jeder Versuch ohne Erfolg.

Nach dem Tod des dritten Hokages suchen die Ältesten des Dorfes Konohagakure nach einem qualifizierten Nachfolger. Schnell fällt die Entscheidung auf Jiraiya. Dieser empfindet sich selbst nicht als geeignet und schlägt infolgedessen Tsunade vor. Allerdings weiß keiner den aktuellen Aufenthaltsort des Mädchens. Jiraiya erklärt sich bereit, mit Naruto auf die Suche nach Tsunade zu gehen.

Wie sich herausstellt, sind die zwei Unbekannten, welche für Unruhe in Konohagakure sorgen, die altbekannten Itachi und Kisame. Kakashi möchte herausfinden, was die Zwei im Schilde führen. Deswegen tritt Kakashi einen Kampf an, jedoch scheint das Sharingan von Itachi unüberwindbar zu sein.

Naruto ist mit Jiraiya auf der Suche nach Tsunade. Naruto möchte zudem von Jiraiya weitere Jutsus erlernen. Auf ihrer Reise gelangen sie in ein Dorf, in welchem Jiraiya unbedingt übernachten möchte. Sasuke findet heraus, dass sein Bruder Itachi hinter Naruto her ist. Sofort macht sich Sasuke auf den Weg Naruto zu finden und zu beschützen.

Auf der Suche nach Tsunade steigen Naruto und Sensei Jiraiya in einem Hotel ab. Während Jiraiya noch mal das Hotel verlässt, muss Naruto allein im Zimmer zurückbleiben. Als es an der Tür klopft, denkt Naruto Jiraiya sei zurückgekommen. Vor der Tür steht Narutos Verfolger Itachi Uchiha. Noch bevor es zu einem Kampf kommt, erscheint Sasuke.

In einem Hotel kommt es zu einem Aufeinandertreffen der beiden Brüder Itachi und Sasuke Uchiha. Sasuke möchte unbedingt gegen seinen älteren Bruder antreten. Im Kampf der Geschwister, quält Itachi seinen kleineren Bruder mit seinem Sharingan. Er zeigt Sasuke immer wieder den Tod ihrer Eltern. Nur mit der Hilfe von Sensei Jiraiyas Kuchiyose kann schlimmeres verhindert werden.

Nach dem Angriff von Otogakure und Sunagakure auf Konohagakure befinden sich Naruto und Jiraiya immer noch auf der Suche nach Tsunade, welche Godaime Hokage werden soll. Sie begeben sich in ein städtisches Spielcasino. Obwohl die Enkelin des ersten Hokage ständig beim Glücksspiel verliert, stellt sie ihr Glück immer wieder auf die Probe.

Sensei Jiraiya möchte seinem Schützling ein kompliziertes Jutsu beibringen. Das Rasengan ist eine A-Rang-Technik, welche man in drei Stufen erlernt. Es wurde einst vom Hokage der vierten Generation erfunden und innerhalb von drei Jahren perfektioniert. Naruto fällt es sichtlich schwer, das Rasengan anzuwenden. Schon bei der ersten Stufe ist Naruto am Verzweifeln.

Naruto versucht weiterhin die erste Stufe des Rasengan zu erlernen. Hierfür muss Naruto einen Wasserballon durch die präzise Bewegung seines Chakras zum Platzen bringen. Währenddessen sucht Jiraiya weiterhin nach der nächsten Godaime Hokage, Tsunade. Aber auch Orochimaru ist auf der Suche nach Tsunade.

Nachdem Naruto die erste und zweite Stufe des Rasengan-Trainings erfolgreich absolviert hat, stellt er sich der dritten und schwierigsten Stufe. Der junge Ninja muss das drehende Chakra in eine Kugelform bringen, um so die Geschwindigkeit zu maximieren. Hierfür benutzt Naruto einen Luftballon, welcher bei der Übung nicht platzen oder zittern darf.

Jiraiya und Naruto konnten endlich Tsunade finden. Diese soll, nach der Meinung der Bewohner, die nächste Godaime Hokage von Konohagakure werden. Tsunade lehnt das Angebot ab und äußert sich zudem abfällig über die Position und Tätigkeiten eines Hokages. In seiner Wut, über die Äußerungen Tsunades, fordert Naruto Tsunade zu einem Zweikampf heraus.

Naruto erinnert Tsunade sehr an ihren jüngeren Bruder Nawaki. Nicht nur rein äußerlich, sondern auch in der Tatsache, dass Naruto ebenfalls Hokage werden möchte. Daraufhin schließt Tsunade mit Naruto eine Wette ab: falls es Naruto schafft, das Rasengan innerhalb einer Woche zu beherrschen, bekommt er die Halskette von Tsunade.

Aufgrund einer abgeschlossenen Wette mit Tsunade muss Naruto innerhalb einer Woche das Rasengan beherrschen. Um als Gewinner aus der Wette herauszugehen und somit die Halskette von Tsunade zu bekommen, trainiert Naruto mit vollem Einsatz. Obwohl Jiraiya der Sensei von Naruto ist, macht er sich nicht um seinen Schützling Sorgen, sondern um Tsunade.

Orochimaru machte Tsunade ein verlockendes Angebot. Falls sie seinen Arm heilen kann, würde Orochimaru die verstorbenen Dan und Nawaki wiederbeleben. Im letzten Moment entscheidet sich Tsunade gegen den Deal. Im Anschluss daran fordert Kabuto das Mädchen zu einem Zweikampf heraus.

Jiraiya, Naruto und Shizune erreichen den Austragungsort von Tsunades und Kabutos Zweikampf. Jiraiya entschließt sich in das Kampfgeschehen einzugreifen. Auch Naruto möchte einschreiten, erhält aber von Jiraiya den Auftrag auf Tsunade und Schwein Ton-Ton aufzupassen. Während des Duells spottet Kabuto über Narutos Träume.

Tsunade ist in der Lage Kabuto außer Gefecht zu setzen. Anschließend muss sie nur noch den Kampf gegen Orochimaru gewinnen. Ein spannender Zweikampf beginnt, indem Orochimaru zunächst das Feld beherrscht. Erst als Tsunade in sich geht und die Entscheidung fällt, zum Wohl der Bevölkerung, der Berufung zur nächsten Hokage nachzugehen, kann sie ihren Gegenüber ausstechen.

Die ehemaligen Teammitglieder Jiraiya, Tsunade und Orochimaru sowie Orochimarus Assistent Kabuto stehen sich auf dem Schlachtfeld gegenüber. Dabei rufen die drei legendären Sannin ihre vertrauten Geister herbei: Jiraiya den König der Kröten Gamabunta, Tsunade ihre Schnecke Katsuyu und Orochimaru die Schlange Manda. Tsunade ist es möglich, Orochimaru in die Flucht zu schlagen.

Auf dem Weg nach Konohagakure machen Naruto, Jiraiya, Tsunade und Shizune in einer Stadt halt. Dort suchen Tsunade und Shizune erst einmal eine Spielhalle auf, um ihr Glück herauszufordern. Nachdem Tsunade alles verspielt hat, fordert sie Shizune auf, ihren Koffer aus dem Hotel zu holen. Doch statt Geld befinden sich nur Schuldscheine in dem Gepäckstück.

Die Vorbereitung zur Amtseinführung von Tsunade laufen auf Hochtouren. Innerhalb der Bevölkerung ist die Meinung über die Godaime Hokage gespalten. Einerseits erwarten die Menschen von Konoha mehr Sicherheit für das Dorf, andererseits sehen viele Personen keine Frau an dieser hohen Position. Als erste Amtshandlung erfüllt sie den Wunsch von Naruto.

Als neue Godaime Hokage steht Tsunade vor einigen neuen Herausforderungen. In einem Dorf zu leben, in dem es weder Spielcasinos noch Bars gibt, ist für die passionierte Glücksspielerin ein Albtraum. Als sie das erste Mal ihr Büro betreten will, wird ihr zudem der Zugang von Konohamaru versperrt, welcher sich in das Büro eingeschlossen hat.

Der Tai-Jutsu Experte Rock Lee leidet sehr an seinen schweren Verletzungen. Der junge Ninja möchte mit allen möglichen Mitteln gesund werden. Angesichts einer maximalen Erfolgschance von 50 Prozent möchte Tsunade den Jungen nicht operieren. Rock Lee erinnert sich an seine erste Begegnung mit seinem Sensei Maito Guy.

„Team 7" möchte endlich erfahren, was unter der Maske ihres Senseis steckt. Um dies herauszufinden, entwickeln Naruto, Sakura und Sasuke einige ausgefallene Pläne, wie sie ihrem Lehrer das Tuch entreißen können. Sensei Kakashi riecht den Braten und kann sämtliche Versuche niederschlagen.

„Team 7" wird von der Godaime Hokage beauftragt, in das benachbarte Tee-Reich zu gehen. In diesem gibt es das Todoroki-Schrein-Rennen, ein Wettbewerb zwischen zwei rivalisierenden Familien: dem Wagarashi-Clan und dem Wasabi-Clan. Der Gewinner wird für die nächsten vier Jahre der Anführer der Hafenstadt Degarashi an der südöstlichen Küste des Tee-Reichs sein.

Das Todoroki-Schrein-Rennen, welches zwischen den befeindeten Familien des Wagarashi-Clans und des Wasabi-Clans ausgetragen wird, beginnt. Der Läufer für den Wasabi-Clan ist der aus Konohagakure stammende Idate Morino. Nach dem Startschuss rennt dieser nicht wie gedacht zum Hafen, sondern schlägt den Weg in den Wald ein.

Nach dem Angriff auf die Fähre zum ersten Etappenziel des Todoroki-Schrein-Rennen, konnte sich Idate sicher an das Ufer retten. Am Ufer angekommen, wartet jedoch schon Aoi auf Idate. Vor langer Zeit hat Idate, ohne es zu wissen, Konoha hintergangen. Dieser Verrat beruhte jedoch auf einer Falle von Aoi. Sofort kommt es zu einem Kampf zwischen den zwei Erzfeinden.