Después de que el misterioso pervertido deje fuera de combate a Ebisu, Naruto descubre que se trata de Jiraiya. Impresionado por su habilidad, Naruto emplea su Oiroke no Jutsu (Técnica Erótica) con la intención de convencerle para que lo entrene.

Mientras Jiraiya trata de enseñar el Kuchiyose no Jutsu (Técnica de invocación) a Naruto, Dosu descubre por las malas el peligro que entraña Gaara. Al mismo tiempo, Baki y Kabuto se reúnen en secreto y discuten un complot siniestro contra la Villa Oculta de la Hoja.

Sabiendo que Naruto sólo puede invocar al Nueve Colas en situaciones de vida o muerte, Jiraiya decide lanzarlo por un precipicio. Ahora, su única posibilidad de supervivencia pasa por un encuentro con el mismísimo Nueve Colas.

El rey sapo Gamabunta no parece dispuesto a aceptar que Naruto le haya invocado, por lo que el joven ninja le desafía a aceptar ser su subordinado si consigue mantenerse sobre su lomo hasta la puesta de sol.

Mientras se encuentra ingresado en el hospital, Naruto recibe la visita inesperada de Shikamaru. Por suerte ambos se encuentran allí cuando Gaara se aproxima al inconsciente Rock Lee con la intención de arrebatarle la vida.

Finalmente ha llegado el día del examen final de acceso a Chunin, pero Naruto se levanta tarde y entre su motivador encuentro con Hinata y la desastrosa ayuda de Konohamaru corre el peligro de llegar tarde y quedarse fuera.

Tras una ceremonia de apertura en la que Sasuke sigue sin dar señales de vida, comienza el combate entre Naruto y Neji. Naruto decide crear un gran número de clones sombra para hacer frente al Ojo Blanco de su adversario.

A pesar de que Neji bloquea el chakra de Naruto impidiéndole seguir luchando, este no se rinde. Incapaz de comprender por qué su adversario no admite la derrota, Neji decide revelarle el origen de su odio hacia el Clan Hyuga.

Dispuesto a demostrar que Neji se equivoca, Naruto decide recurrir al poder del Nueve Colas, impresionando a todos sus superiores con su habilidad para controlarlo a voluntad. ¿Quién saldrá vencedor de este último choque?

Mientras Neji se recupera de sus heridas recibe la visita de Hiashi, quien le revela una impactante verdad acerca de su padre. Al mismo tiempo, los Hokage discuten si descalificar a Sasuke o posponer su combate contra Gaara.

Shikamaru no parece tener ninguna voluntad de luchar, pero finalmente decide enfrentarse a Temari únicamente porque se niega a perder contra una chica. ¿Demostrará finalmente el vago Shikamaru que es más de lo que aparenta?

Ha llegado la hora del combate entre Gaara y Sasuke y este último sigue sin dar señales de vida. La cuenta atrás para su descalificación comienza con todo el mundo haciéndose la misma pregunta… ¿Dónde está Sasuke?

El combate entre Sasuke y Gaara finalmente da comienzo. A pesar de que en un principio es Gaara quien parece tener ventaja, Sasuke pronto empieza a remontar con técnicas de taijutsu que dejan en evidencia a Rock Lee.

Incapaz de superar la defensa definitiva de Gaara, la única esperanza de ganar de Sasuke reside en el jutsu definitivo que Kakashi le enseñó, el Chidori. Pero, ¿cuál será la reacción de Gaara cuando Sasuke le haga sangrar?

El combate entre Sasuke y Gaara se ve interrumpido cuando Orochimaru pone en marcha su plan tomando como rehén al tercer Hokage mientras los ninjas del Sonido y la Arena invaden la Villa Oculta de la Hoja. ¡La guerra ha comenzado!

Mientras Naruto, Sakura, Shikamaru y Pakkun tratan de encontrar y detener a Sasuke siguiendo órdenes de Kakashi, Orochimaru se enfrenta a su antiguo mentor Hiruzen en un despliegue de técnicas poderosas sin precedentes.

Varios ninjas del Sonido persiguen de cerca al grupo de Naruto. Shikamaru decide quedarse atrás y contenerles para que sus amigos puedan encontrar a Sasuke, aunque no se puede decir que le emocione demasiado la idea.

Después de que Orochimaru invoque al primer y al segundo Hokage usando una técnica prohibida, da comienzo una épica batalla entre Hokages. Mientras tanto, Sasuke finalmente alcanza a los tres hermanos de la Arena.

Orochimaru revela la naturaleza del ritual de transferencia que le permite transferir su ser a otro cuerpo cada pocos años. Arrepentido de no haber acabado con él cuando tuvo ocasión, Hiruzen se dispone a enmendar su error.

Mientras la batalla a lo largo de toda la Villa Oculta de la Hoja se intensifica, Hiruzen recurre al Shiki Fujin (Sello de la Parca), el jutsu prohibido que el cuarto Hokage empleó para sellar al Zorro de Nueve Colas al precio de su propia alma.

Kankuro se enfrenta a Shino para que Sasuke pueda seguir persiguiendo a Gaara. Finalmente, Sasuke alcanza a su adversario, pero, ¿está listo para hacer frente al horror de la verdadera forma demoníaca de Gaara?

La transformación parcial de Gaara en el Una Cola incrementa notablemente su fuerza y su velocidad. Incapaz de emplear el Chidori por tercera vez en un día, Sasuke decide recurrir a su sello maldito para sobrepasar todos los límites.

Cuando Sasuke está a punto de ser derrotado por Gaara, aparecen Naruto y Sakura para salvarle. Tras observar la determinación de Sakura por salvar a su amigo, Gaara comienza a recordar su infancia con su tío Yashamaru.

Tras acabar de rememorar su trágico pasado, Gaara le asegura a Naruto que luchando por los demás no se hará más fuerte. Determinado a salvar a Sakura y a Sasuke a cualquier precio, Naruto lanza un furioso ataque contra Gaara.

Ahora que le ha perdido el miedo, Naruto desata todas las técnicas de la guía del ninja y toma ventaja en su enfrentamiento contra Gaara. Pero, ¿tendrá alguna posibilidad cuando este libere el poder completo del Una Cola?

Mientras Gamabunta contiene al Una Cola, Naruto recurre al poder del Nueve Colas para lanzar un duro puñetazo que despierte a Gaara. Al mismo tiempo, los ninjas de la Hoja comienzan su contraataque contra las fuerzas invasoras.

Después de que el tercer Hokage le arrebate el uso de los brazos, Orochimaru se ve obligado a retirarse junto con sus fuerzas. Al día siguiente, los ninjas de la Villa Oculta de la Hoja rinden homenaje a los caídos durante la invasión.

Los ancianos de la Villa Oculta de la Hoja le ofrecen a Jiraiya la posición de quinto Hokage, pero este la rechaza y propone a Tsunade. Mientras, Itachi y Kisame se infiltran en la Villa Oculta de la Hoja con misteriosas intenciones.

Kakashi planta cara a Itachi en un combate en el que ambos sacan el máximo partido a sus respectivos Sharingan. Es entonces cuando Itachi revela que no ha venido a por su hermano, sino a secuestrar a Naruto… ¡y al Nueve Colas!

Naruto y Jiraiya comienzan la búsqueda de Tsunade, pero Jiraiya parece más interesado en ligar con mujeres para desesperación de Naruto. Al mismo tiempo, Sasuke descubre que el objetivo de su hermano Itachi es Naruto.

Mientras busca a Naruto, Sasuke recuerda el fatídico día en que Itachi exterminó él solo a todo el Clan Uchiha. Cuando Itachi y Kisame encuentran finalmente a Naruto, aparece Sasuke y ataca a su hermano con su Chidori.

Jiraiya se dispone a enfrentarse a los dos Akatsuki, pero Sasuke da un paso al frente y asegura que será él el que acabe con Itachi. Cuando el joven ninja es superado claramente por su hermano, Jiraiya se ve obligado a intervenir.

Tras reanudar la búsqueda de Tsunade, Naruto y Jiraiya disfrutan de un día libre en la ciudad. Un accidente provoca que Jiraiya muestre una nueva técnica, el Rasengan, y parece dispuesto a enseñársela a Naruto.

Jiraiya encarga a Naruto la tarea de hacer rotar el agua del globo sobre la palma de la mano hasta hacerlo explotar. Pero no será fácil dominar en tres días una técnica que al cuarto Hokage tardó más de tres años en desarrollar.

Tras pasar a la segunda fase del entrenamiento, Jiraiya pinta una hoja en la palma de la mano de Naruto para ayudarle mejorar su concentración. Mientras, la racha de buena suerte de Tsunade acaba con su encuentro con Orochimaru.

Naruto se enfrenta a la fase más complicada de su entrenamiento para dominar el Rasengan: la del control. En otro lugar, Orochimaru propone a Tsunade que le devuelva el control de sus brazos a cambio de revivir a sus seres queridos.

Jiraiya y Naruto encuentran finalmente a Tsunade, pero esta rechaza la oferta de convertirse en la quinta Hokage. Furioso por la falta de respeto al título de Hokage, Naruto la desafía a un combate sin pensar en las consecuencias.

Naruto se apuesta con Tsunade que si es capaz de dominar el Rasengan en una semana, ella le entregará el colgante del primer Hokage. Poco después descubre que si se lo pone alguien que no sea Tsunade, esa persona morirá…

Mientras Naruto continúa con su entrenamiento, Jiraiya trata de convencer a Tsunade para que no acepte la oferta de Orochimaru. A la mañana siguiente, Tsunade se reúne con Orochimaru dispuesta a curar sus brazos.

Tras comprender que no tiene intención de ayudar a Orochimaru, Kabuto se enzarza en un combate con Tsunade para obligarla a curarle. Justo cuando está a punto de dejarla fuera de combate, aparecen Jiraiya y Naruto.

Con Tsunade paralizada, Jiraiya se enfrenta a Orochimaru y Shizune a Kabuto. Cuando Shizune es derrotada, es Naruto el que debe reunir fuerzas para lanzar un último ataque desesperado que le permita defender a Tsunade de Kabuto.

Tsunade cura a Naruto después de que este quede gravemente herido tras golpear a Kabuto con el Rasengan. Cuando Orochimaru se dispone a acabar con la vida del joven ninja, la única que se interpone en su camino es Tsunade.

Debilitados por sus respectivos hándicaps, Tsunade y Jiraiya deciden unir sus fuerzas para derrotar a Orochimaru en una batalla predestinada en la que los tres antiguos compañeros recurren a sus invocaciones más poderosas.

En el camino de vuelta a la Villa Oculta de la Hoja, el grupo se detiene en una aldea de fuentes termales. Allí Naruto trata de ayudar a dos ninjas que no podrán regresar a su hogar a menos que recuperen lo que Tsunade les debe.

Tras regresar a la Villa Oculta de la Hoja, Naruto lleva a Tsunade al hospital para que cure a Sasuke, Kakashi y Rock Lee. Pero aunque no tiene problemas para curar a los dos primeros, el diagnóstico de Lee resulta descorazonador…

Konohamaru se encierra en el despacho del tercer Hokage para impedir que Tsunade reemplace a su abuelo. Mientras, Tsunade busca medios de incrementar las posibilidades de Rock Lee de sobrevivir a la operación.

Al descubrir que Rock Lee duda sobre si someterse o no a la operación, su maestro Gai decide motivarle. Tras incrementar las posibilidades de éxito de la operación al 58%, Tsunade acepta oficialmente el título de maestra Hokage.

Naruto convence a Sakura y a Sasuke para que lo ayuden a descubrir qué aspecto tiene Kakashi debajo de su máscara. Los tres ponen en marcha disparatados planes para ver el rostro de su maestro con resultados inesperados.

Episodio basado en un especial omake.

A Naruto, Sasuke y Sakura les encargan la misión de viajar al país del té y proteger a un joven llamado Idate durante una carrera que ha de zanjar una disputa con un clan rival. El problema es que Idate parece odiar a los ninjas.

Mientras viajan en un bote durante la parte marítima de la carrera, Naruto, Sasuke y Sakura deben proteger a Idate del ataque de unos viejos conocidos del examen de acceso a Chūnin, los ninjas de la lluvia, que han sido enviados por el clan Wasaragi.

Tras liberarse con el Rasengan de los tres ninjas que les perseguían, Naruto y sus compañeros tratan de rescatar a un malherido Idate de las garras de Aoi, pero son fácilmente derrotados y envenenados por el Jouro Senbon (lluvia de varillas) de este. Finalmente, Idate explica el motivo de su odio a los ninjas.