Наруто пытается обратить на себя внимание окружающих, создавая хаос и беспорядки в своём посёлке. Один из преподавателей Академии ниндзя, Мидзуки, подговаривает его украсть секретный свиток со множеством тайных дзюцу, однако мальчик, поняв, в чём дело, одолевает его, но прежде узнаёт, что внутри него заключён Девятихвостый лис, когда-то разрушивший деревню.

Конохамару, внук Третьего Хокагэ, решает следовать за Наруто, чтобы обрести свободу и превзойти известность своего деда.

Сакура мечтает поцеловать Саскэ, но это делает первым Наруто. Наруто (худший ученик выпуска), Сакура и Саскэ (лучшие ученики выпуска) по итогам выпуска из Академии становятся членами одной команды — №7.

Трио героев знакомятся со своим сэнсэем, опытным джонином Какаси Хатакэ, после чего отправляются на первое задание, смысл которого попытаться отобрать у Копирующего ниндзя колокольчики.

Несмотря на то, что никто из них не справился с заданием, Какаси Хатакэ оценивает их взаимопомощь и становится полноценным руководителем.

После семи миссий уровня D, команде №7 доверяют защиту мостостроителя Тадзуны. Однако выясняется, что за ним охотятся множество ниндзя, и опасность миссии оказывается намного выше чем предполагалось. Какаси тем не менее решает продолжить задание.

Команда №7 вступает в бой с опасным преступником Дзабудзой Момоти, посланного судостроителем Гато, чтобы убить Тадзуну.

Продолжение боя.

Наруто вместе с Саскэ освобождают Какаси из Водяной Тюрьмы (техники Дзабудзы), и бой продолжается. Помощник злодея, Хаку, замаскировавшись под члена АНБУ, забирает тело Дзабудзы для излечения.

Команда №7 продолжает свою миссию по охране Тадзуны, и в то же время Какаси начинает обучать троицу умению ходить по деревьям без использования рук, таким образом тренируя их контролю чакры.

Команда №7 узнаёт историю Кайдзы, героя Страны Волн, казнённого по приказу Гато.

На строящемся мосту Какаси, Саскэ и Сакура начинают бой против Дзабудзы и Хаку.

Прихвостни Гато пытаются похитить родственников Тадзуны, однако их спасает Наруто. Хаку использует против Саскэ свой прирождённый дар — умение управлять льдом.

Наруто присоединяется к Саскэ в борьбе с Хаку.

Какаси продолжает свой бой с Дзабудзой.

В Наруто, считающем, что Саскэ погиб, пробуждается чакра Девятихвостого.

Хаку рассказывает Наруто о цели своего существования — помощь спасшему его от гибели Дзабудзе.

Хаку приносит себя в жертву ради спасения Дзабудзы от техники Какаси, Райкири.

Дзабудза, до глубины души тронутый гибелью Хаку, убивает по-настоящему ответственного за это, Гато, но гибнет сам. Оценив вклад в общую победу, жители селения решают назвать мост именем Наруто.

Третий Хокагэ объявляет о скором начале экзаменов на звание тюнина (следующая ступень ниндзя после гэнина).

Члены команды №7 встречают нескольких сильных противников, приехавших из других стран для участия в экзамене.

Перед началом экзамена эксцентричный Рок Ли бросает вызов Саскэ. Бой между ними останавливает сэнсэй первого, Майто Гай, извечный соперник Какаси.

Члены команды № 7 знакомится с другими участниками будущего экзамена, а также встречают старых друзей по выпуску в Академии ниндзя.

Каждый участник экзамена начинает письменный тест.

Наруто с волнением дожидается десятого вопроса, способного изменить все итоги экзамена. Даже не разгадав (в отличие от Саскэ) смысл экзамена, Наруто удаётся пройти дальше.

Ученики, которые прошли первое испытание, начинают готовиться ко второму.

Экзаменатор Анко объясняет правила второго испытания экзамена - захватить в Лесу Смерти свиток соперника и добраться до башни в середине леса.

На команду №7 нападает Оротимару.

Наруто и его товарищи продолжают бой с Оротимару в Лесу Смерти. Тот отбирает их свиток и сжигает.

Оротимару накладывает на Саскэ Проклятую печать. Анко Митараси, руководитель испытания, пытается остановить злодея, но тому удаётся скрыться.

Сакура проводит ночь, ухаживая за бессознательными Наруто и Саскэ.

Сакура и нашедший её Рок Ли борются против напавших ниндзя Селения Звука.

К борющимся присоединяются синоби команды №10. Саскэ, используя силу Проклятой печати, заставляет ниндзя Звука бежать, оставив им свой свиток.

Команда Кибы, Хинаты и Сино становятся свидетелями того, как Гаара из деревни Песка убивает нескольких гэнинов и забирает их свиток.

Свою помощь команде № 7 предлагает Кабуто Якуси, ранее участвовавший в нескольких экзаменах.

Команда №7 и Кабуто, разоблачив иллюзорные техники ниндзя селения Дождя, сражаются против них.

Команда №7 заполучает последний свиток и, таким образом, переходит в следующий тур.

Из-за большого числа прошедших в третий, финальный, тур, его руководитель, Гэкко Хаятэ, устраивает дополнительное испытание - бой один на один между претендентами. Неожиданно от продолжения борьбы отказывается Кабуто. Саскэ борется против Ёрой Акадо.

Саскэ побеждает Ёрой Акадо. После этого Какаси пытается наложить поверх Проклятой печати мальчика свою, запечатывающую.

Сино побеждает Дзаку, о детстве последнего показываются воспоминания. Какаси встречает Оротимару, который решает выйти из прикрытия с целью поговорить - и утверждает, что печать Копирующего ниндзя ничем не поможет.

Канкуро побеждает Мисуми Цуруги благодаря своим марионеткам.

Бой между Сакурой и Ино приводит к ничье - обе девушки недееспособны, и ни одна из них не проходит в 3 раунд.

Тэмари побеждает в бою Тэн-Тэн, а Сикамару Кин Цути.

Наруто начинает бой против Кибы и Акамару.

Наруто выигрывает бой, использовав все свои силы и случайно атаковавший нюх Кибы «секретным» оружием.

Начинается бой между представителями основной и побочной ветвей клана Хюга - Хинатой и Нэдзи соответственно.

Нэдзи в жестокой манере побеждает Хинату, хотя та до последнего не сдавалась.

Рок Ли начинает бой против Гаары.

Гаара в потрясающем матче одерживает победу над Рок Ли, однако последний получает очень серьёзные травмы, способные помешать его карьере ниндзя.

Тёдзи Акимити проигрывает Досу Кинута. Наруто узнаёт, что к следующей части турнира, которая пройдёт через месяц, его будет тренировать Эбису, сэнсэй Конохамару.

Эбису начинает тренировать Наруто хождению по воде.