Han robat el pergamí sagrat de la Vila Oculta de la Fulla i el culpable és el Naruto Uzumaki, un jove de dotze anys aspirant a hokage que acaba de suspendre l'examen de graduació de l'acadèmia de ninges i que amaga dins seu un secret terrible: es tracta del Kyubi, l'esperit de la guineu de nou cues.

Després de graduar-se de l'Acadèmia Ninja, el Naruto coneix el Konohamaru, que és el net del tercer hokage, el líder suprem de la Vila Oculta de la Fulla. El nen, impressionat perquè el Naruto no el tracta de manera especial, comença a admirar-lo, a seguir-lo a tot arreu i a imitar-lo. El Naruto, però, li diu que algun dia tots dos s'enfrontaran pel títol de mestre hokage.

Ara el Naruto és ninja de la categoria genin. Per continuar formant-los, divideixen els genins en equips de tres membres, i posen el Naruto en l'equip 7 juntament amb el Sasuke, el millor alumne de l'Acadèmia, i la Sakura, una noia que li agrada i que està enamorada del Sasuke. El tercer hokage informa l'instructor Kakashi Hatake que haurà de formar aquests tres genins que no s'avenen gaire.

El Naruto, la Sakura i el Sasuke coneixen el seu nou instructor jonin, el Kakashi, que els informa que per convertir-se en genins han de superar una prova de supervivència en què un d'ells quedarà necessàriament descartat. L'instructor, que sembla un dropo, els convoca ben d'hora i els demana que no esmorzin per no vomitar.

El Kakashi considera que cap dels alumnes que li han tocat està prou preparat per dur una vida de ninja perquè tots tres són massa infantils i perquè demostren que no saben treballar en equip. De totes maneres, els dona una altra oportunitat i el Naruto, la Sakura i el Sasuke es juguen el seu futur com a ninges.

Avorrit de les missions fàcils, el Naruto li demana al Hiruzen Sarutobi que els assigni una missió de nivell superior. El mestre hokage cedeix i ara hauran d'acompanyar un constructor de ponts que es diu Tazuna a casa seva, al País de les Onades. Durant la missió, s'enfrontaran a chuunins de la Vila Oculta de la Boira, entre d'altres.

El Tazuna el busca un home molt perillós, el Gato, que vol impedir la construcció del pont que unirà el País de les Onades amb terra ferma. El Zabuza Momochi, un ninja perillosíssim i líder del cos d'assassins de la Vila Oculta de la Boira, treballa per a ell, i el Kakashi ha de recórrer al seu sharingan per enfrontar-se a aquest rival inesperat.

El Kakashi cau en el parany del Zabuza i el Naruto i els seus amics han de protegir el Tazuna dels atacs del ninja de la Vila Oculta de la Boira. Malgrat que el seu instructor els demana que fugin, el Naruto recorda el jurament que va fer i decideix unir forces amb el Sasuke per alliberar el seu mestre.

Un cop alliberat, el Kakashi reprèn la lluita contra el Zabuza per demostrar-li la força del seu sharingan, que li serveix per reproduir la tècnica dels seus enemics, en aquest cas, els atacs d'aigua. De totes maneres, al final sembla que és un jove de la Vila Oculta de la Boira el que derrota el Zabuza.

Amb la mort del Zabuza, el Tazuna pot començar a construir el pont sense por que el matin, i el Kakashi aprofita per portar els seus tres alumnes al bosc, on els ensenyarà a controlar millor el txakra. Allà l'instructor s'adona que el Naruto té més txakra que el Sasuke i que ell, fins i tot.

Mentre el Naruto i el Sasuke competeixen al bosc, la Sakura s'ocupa de protegir el Tazuna. A casa del constructor de ponts, la jove ninja s'interessa per la història d'un heroi local que sembla que és font de tristesa per als habitants del País de les Onades, especialment per a la Tsunami, la filla del Tazuna, i per a l'Inari, el net.

El Naruto està esgotat després de l'entrenament i es queda descansant amb l'Inari, a qui acusa de ser un covard i de fer el ploramiques tot el dia. Mentrestant, el Sasuke i la Sakura acompanyen el Tazuna fins al pont. Allà els espera el Zabuzo, que resulta que no era mort, tal com deia el Kakashi.

Mentre el Naruto defensa la filla i el net del Tazuna dels sequaços del Gato, el Sasuke descobreix que, gràcies a la velocitat adquirida en els últims entrenaments, ara té avantatge en la lluita contra el Haku, el deixeble del Zabuza. De totes maneres el Haku l'atrapa en el seu mirall de gel diabòlic i les coses en compliquen.

El Naruto finalment va al pont i participa en la batalla que s'hi està produint tot atacant els miralls de gel del Haku des de fora; mentrestant, el Sasuke els ataca des de dins. Malauradament, però, la tàctica no funciona i el Haku atrapa també el Naruto. El Sasuke i el Naruto, doncs, han de col·laborar per mirar de derrotar el ninja de la Vila Oculta de la Boira.

El Naruto i el Sasuke no acaben de trobar la manera de deslliurar-se dels miralls de gel del Haku. D'altra banda, el Kakashi decideix fer servir el sharingan per posar fi al seu enfrontament amb el Zabuza, que utilitza la boira per contrarestar l'atac de l'instructor de la Vila Oculta de la Fulla. És evident que els tres s'enfronten a enemics molt complicats.

El Sasuke activa el seu sharingan i arrisca la vida per protegir el Naruto dels atacs del Haku. El Naruto, però, es pensa que el seu amic és mort i allibera tot el txakra que té. El Kakashi té por que alliberi el Kyubi, el dimoni que s'oculta dins seu. Mentrestant, la Sakura protegeix el Tazuna.

Just abans de donar el cop de gràcia al Haku, el Naruto s'adona que és el jove que va conèixer al bosc i s'atura. El Haku li explica la seva història i la seva teoria que una persona només té importància a través dels altres: si no importes a ningú, és com si no existissis.

El Haku decideix sacrificar-se per protegir el seu mentor del raikiri del Kakashi i el Zabuza, indiferent al sacrifici del seu deixeble, no vessa ni una llàgrima. Mentrestant, la Sakura toca el cos fred del Sasuke i pensa que és mort. A casa, l'Inari vol anar sol al pont per ajudar en la lluita. La seva mare intenta impedir-li-ho.

El Gato decideix prescindir dels serveis del Zabuza i aquest, després de sentir el Naruto, que li fa entendre que el Haku li ha dedicat la vida, ataca en solitari el Gato i els seus homes. D'aquesta manera, es redimeix com a ninja. El Sasuke, d'altra banda, es desperta i pregunta pel seu company Naruto.

Després de l'aventura al País de les Onades, l'equip de genins de la Vila Oculta de la Fulla torna a ocupar-se de missions avorrides. El Konohamaru i els seus amics, l'Udon i la Moegi, volen jugar amb el Naruto i el segueixen a tot arreu. El mestre hokage convoca els tres genins per comunicar-los que participaran en l'examen d'ascens a chuunin.

La Temari explica que ella i els altres dos ninges misteriosos venen de la Vila de la Sorra per participar en l'examen d'ascens a chuunin. D'altra banda, l'Iruka i el Kakashi no es posen d'acord: el primer pensa que és massa aviat per als exalumnes de l'acadèmia i el segon recomana que participin en l'examen. Finalment, el Hiruzen Sarutobi decideix que el millor és fer una prova preliminar especial.

El Rock Lee, un altre genin que es presenta a l'examen d'ascens a chuunin, desafia el Sasuke a un combat i el Naruto decideix atacar-lo. Tanmateix, el Lee el derrota de seguida. El Sasuke accepta el desafiament, però no té res a fer contra un rival que utilitza una tècnica prohibida i el mestre del qual és el Gai, etern rival del Kakashi.

Abans d'entrar a la sala de l'examen, el Kakashi informa l'equip 7 que per poder participar en la prova s'han d'inscriure tots tres aspirants, és a dir, l'equip complet. La Sakura, que ha tingut força dubtes, finalment decideix participar-hi. Dins de la sala, el Naruto, el Sasuke i ella reconeixen companys de l'acadèmia. El Kabuto Yakushi, que és la setena vegada que es presenta a l'examen, els explica molts detalls de la prova.

Un cop dins de la sala, l'Ibiki Morino, instructor de la prova, comunica a tots els participants que l'examen funciona amb un sistema de reducció de punts, que els participants aprovaran o suspendran en funció de la puntuació total de l'equip i que, evidentment, està prohibit copiar. La Sakura i el Sasuke pateixen pel Naruto perquè els exàmens escrits no són el seu punt fort precisament.

Quan han passat 45 minuts, l'Ibiki anuncia que és l'hora de fer la desena i última pregunta i que els aspirants a chuunin són lliures de contestar-la o no. Si no la contesten, tindran un zero, com la resta de l'equip; si la contesten malament, no només suspendran, sinó que no podran tornar a presentar-se a l'examen. El Naruto decideix quedar-se i continuar fent l'examen, però molts altres aspirants abandonen la sala.

Abans que comenci la segona part de l'examen d'ascens a chuunin, el Konohamaru entrevista en exclusiva, per al diari de l'acadèmia de ninges, el Naruto i la resta de membres de l'equip 7 sobre el que han viscut fins llavors i sobre el que vol dir ser ninja per a ells.

El Sasuke decideix que l'equip ha de tenir una contrasenya per garantir que són ells els que fan servir el jutsu de transformació. Els tres companys l'han de memoritzar, i al Sasuke li estranya molt que el Naruto la recordi perfectament, perquè és molt despistat i no té gens de memòria. D'altra banda, el Naruto s'enfronta a una serp enorme que se l'empassa.

Dins del Bosc de la Mort, el Sasuke decideix lliurar el rotlle a l'enemic per no morir, però el Naruto, que ha aconseguit desempallegar-se de la serp gegant, es nega a rendir-se. Com que el provoquen, allibera txakra del Kyubi i es deixa la pell per protegir els interessos de l'equip 7.

Finalment, el Sasuke s'enfronta al ninja misteriós i fa servir la tècnica de les flames del drac per atacar-lo. Durant l'enfrontament, descobreix que el seu enemic és, en realitat, l'Orochimaru, un shinobi que havia estat mestre de l'Anko Mitarashi, una professora de l'acadèmia. L'Orochimaru confessa a l'Anko que ha descobert que el Sasuke podria ser l'hereu que busca.

La Sakura atén els seus dos companys ferits i, per evitar més ensurts, para tot de trampes al seu voltant. D'aquesta manera, s'hi pot dedicar en cos i ànima. Tanmateix, els membres de l'equip de la Vila Oculta del So els vigilen i ataquen la Sakura. El Rock Lee, que està enamorat de la genin, apareix per ajudar-la.

La Sakura s'adona que fins ara, el Naruto i el Sasuke sempre l'havien protegit i que avui li toca a ella estar a l'altura i ocupar-se d'ells. A més, en Lee ha demostrat que la protegirà costi el que costi. La Sakura, doncs, decideix prendre la iniciativa, tallar-se els cabells i atacar el Zaku. Motivats per la determinació de la genin, l'Ino i la resta de l'equip 10 decideixen ajudar-la.

L'equip 10, format per la Ino, el Shikamaru i el Choji, s'enfronta a l'equip de la Vila Oculta del So perquè la Sakura pugui continuar cuidant els seus companys. El Zaku i el Dosu confessen que no volen els rotlles ni aprovar l'examen, sinó que volen el Sasuke. Mentrestant, el Sasuke es desperta i diu que per fi entén que és un venjador i que ho sap gràcies a l'Orochimaru.

Mentre els equips de la Ino, la Sakura i el Lee es recuperen, l'equip 8, format pel Shino Aburame, la Hinata Hyuga, el Kiba Inuzuka i l'Akamaru, és testimoni de com el Gaara mata sense pietat un equip de genins de la Vila Oculta de la Pluja. L'equip de la Sorra per fi té tots dos rotlles i el Kankuro proposa anar cap a la torre, però el Gaara no vol.

Com que el temps s'esgota, el Naruto proposa falsificar un manual de ninjutsu perquè sembli un rotlle del cel. Per fer-ho, però, cal llegir el rotlle de la terra, i les normes de la prova ho prohibeixen específicament. Abans que l'obri, apareix el Kabuto i els adverteix del que passa a la gent que intenta llegir els rotlles.

L'equip 7 és víctima d'un jutsu il·lusori i topa amb un exèrcit de clons que els demanen el rotlle. El Naruto, però, no s'empetiteix i s'hi enfronta. La Sakura, el Sasuke i el Kabuto no saben si val la pena lluitar-hi, però finalment decideixen ajudar el seu company. El Kabuto s'adona que el Naruto té un txakra increïble i que si aconsegueix dominar-lo, serà imparable, i ho explica a la persona per a la qual treballa.

El Naruto, el Sasuke i la Sakura obren els rotlles dins de la torre i l'Iruka els informa que han acabat la prova dins del temps establert. A continuació, passen a una gran sala, on es reuneixen amb la resta d'equips que també ho han aconseguit. El Hiruzen Sarutobi, el tercer hokage, explica a tots els participants quins són els veritables motius de les proves d'ascens a chuunin.

Com que el nombre de genins que han superat la prova és elevat, s'anuncia que es duran a terme combats individuals per reduir la xifra de participants en la fase final de l'examen d'ascens a chuunin. En aquests combats no hi haurà normes: els candidats lluitaran fins que un dels dos es rendeixi o fins que el Hayate Gekko consideri que algú no pot continuar.

El Sasuke lluita contra el Yoroi Akado, que li xucla el txakra perquè no té prou velocitat. De totes maneres, el Sasuke aconsegueix fer retrocedir el segell maleït, utilitzar un moviment que li ha copiat al Lee i, finalment, derrotar el rival. D'altra banda, el Naruto s'adona que el Sasuke té una marca estranya al coll i ho comenta a la Sakura, que dissimula i diu que no ha vist res.

Se celebra un altre combat i el Shino Aburame derrota el Zaku Abumi amb uns insectes que, pel que sembla, viuen dins seu, i és que a la Vila de la Fulla hi ha un clan de domadors d'insectes. D'altra banda, i després que el Kakashi alliberi el Sasuke de la maledicció del segell, l'Orochimaru expressa el seu desig d'obtenir el poder del sharingan que té el clan Uchida.

Amb el seu titella, el Kankuro derrota fàcilment el Misumi. En el quart combat s'enfronten la Sakura i la Ino, que eren amigues abans de saber que les dues estaven enamorades del Sasuke. La Ino es reprimeix precisament pel passat que comparteixen, però com que la Sakura no ho fa, al final decideix prendre's la batalla seriosament. El combat està molt igualat.

La Sakura és una gran ninja, però la Ino també, i fa servir un jutsu molt potent que es diu shintenshin i que, en teoria, és per espiar i no es pot utilitzar en combats. Encara que sembla que al final el jutsu li funciona, la Sakura aconsegueix desempallegar-se'n i el seu mestre, el Kakashi, n'està molt orgullós.

En el cinquè combat s'enfronten la Temari i la Tenten. Encara que la Tenten té força recursos i el Gai i el Lee no paren d'animar-la, la Temari la derrota. En el sisè combat s'enfronten el Shikamaru i la Kin, que col·loca uns cascavells a les seves agulles i aconsegueix paralitzar el temut Shikamaru. El Shikamaru, però, té les seves pròpies armes per defensar-se.

En el setè combat s'enfronten el Naruto i el Kiba, que lluitarà, com sempre, amb el seu gos Akamaru. El Kiba para una trampa al Naruto, que sembla que mossega l'ham, però en realitat fa servir un jutsu de transformació i una multiplicació alhora, amb la qual cosa demostra que ja no és el ninja maldestre d'abans.

El Naruto es transforma en el Kiba i ara el seu rival no sap a qui atacar. El ninja de la Fulla recorda la seva infantesa i les ganes que tenia de ser hokage, i quan el Kiba el torna a acorralar, no es rendeix i es transforma en l'Akamaru. El combat està molt igualat i el Naruto ha de recórrer al jutsu de les quatre grapes i a una tècnica que sembla que ha après observant el seu company Sasuke.

Ara s'enfronten la Hinata i el Neji, dos membres del clan Hyuga, una de les famílies més antigues de la Vila de la Fulla. La Hinata pertany a la branca principal de la família i el Neji, a una de secundària. El Neji li diu a la Hinata que no està feta per ser ninja i que tampoc ho vol. La Hinata s'enrabia i fa servir el byakugan, com ell.

La Hinata no està disposada a rendir-se fàcilment, i menys amb el Naruto observant-la des de la graderia, però els cops del Neji als seus buits de txakra aturen tot el flux de la ninja. La Hinata, però, mira el Naruto i sent que pot guanyar, que val molt més del que es pensa.

En el novè i penúltim combat s'enfronten el Rock Lee, de la Vila Oculta de la Fulla, i el Gaara, de la Vila Oculta de la Sorra. El Lee no pot fer servir ninjutsus ni jutsus il·lusoris i, per tant, totes les seves tècniques són físiques. En canvi, el Gaara utilitza un gran jutsu defensar-se: el sarcòfag de sorra.

Tothom pensa que el Lee tindrà sort si sobreviu, però el seu mestre, el Gai, recorda que el seu deixeble sempre s'ha entrenat amb molta dedicació malgrat les limitacions. Tanmateix, l'única possibilitat que té el Lee de derrotar el Gaara és fent servir la tècnica que el seu mestre li va dir que només podia utilitzar amb una condició.

El combat entre el Gaara i el Lee s'apropa a la seva fi, perquè el Lee obre la cinquena porta corporal i podrà fer servir la flor de lotus oculta, amb la qual espera derrotar definitivament el Gaara. El Gaara, però, sobreviu a aquest atac mortal i encara té forces per contraatacar. Finalment, el Gai es veu obligat a intervenir en el combat.

El combat entre el Choji i el Dosu és el desè i últim de la prova eliminatòria i acaba amb la victòria del Dosu. L'organització concedeix als nou finalistes un mes per preparar la fase següent. Mentrestant, l'Orochimaru i el Kabuto decideixen segrestar el Sasuke per provocar una guerra entre les viles ocultes.

El Naruto vol que el Kakashi el prepari per a la ronda final, però el shinobi li diu que s'entreni amb l'Ebisu. El Naruto accepta a contracor perquè creu que l'Ebisu és dèbil. El nou instructor, però, li demostra que és digne de preparar-lo i es proposa ensenyar-li a controlar més bé el txakra.