Naruto cerca di attirare l'attenzione su di sé, creando caos e confusione nel Villaggio della Foglia.

Konohamaru, nipote del Terzo Hokage, decide di seguire Naruto per superare la fama di suo nonno.

Naruto, Sakura e Sasuke sono membri del Team 7 dell'Accademia dei Ninja. Naruto farà di tutto per attirare l'attenzione di Sakura la quale, invece, preferisce Sasuke.

I membri del Team 7 incontrano il loro Jonin, Hatake Kakashi e iniziano l'esercitazione di sopravvivenza.

Il Team 7 continua l'esercitazione di sopravvivenza. Il gruppo scopre qual è il modo di superare il test.

Dopo sette missioni classificate D, al Team 7 viene data la possibilità di affrontare una missione di livello C: proteggere un costruttore di ponti, Tazuna. Un attacco da parte di ninja sconosciuti fa precipitare la situazione, portando la missione ad un livello di pericolosità superiore (livello B).

Il Team 7 è costretta ad affrontare il potentissimo ninja Zabuza Momochi, inviato da Gatō per uccidere Tazuna. Kakashi utilizzando il potere dello Sharingan riesce a sopraffare Zabuza arrivandogli alle spalle.

La battaglia contro Zabusa prosegue. Naruto si impegna a non aver più timore delle battaglie ed è determinato a dimostrare a Sasuke di non essere un vigliacco. Kakashi dopo un primo momento che lo vedeva vincente, viene imprigionato da Zabuza nella prigione acquatica. Dopo qualche attimo di timore, Naruto e Sasuke escogitano una tattica per tentare di liberare il loro maestro.

Kakashi esce dalla Prigione Acquatica di Zabuza grazie alla strategia combinata di Naruto e Sasuke, e la battaglia continua. Kakashi grazie allo Sharingan inizia a copiare tutti i movimenti di Zabuza prevedendo addirittura una tecnica che non aveva ancora usato, mettendolo alle strette e nella più totale agitazione. A questo punto compare un misterioso ragazzino che uccide Zabuza.

Dopo la battaglia contro Zabusa, il Team 7 continua la sua missione di protezione del costruttore di ponti Tazuna. Il maestro Kakashi è in fase di guarigione per via dell'abuso dello sharingan, nel frattempo i componenti della squadra iniziano un allenamento per controllare meglio il chakra in preparazione alle future battaglie, poiché intuiscono che Zabuza è ancora vivo. Infatti quella del ragazzino Haku era tutta una messa in scena, egli in verità è un fedele aiutante del nemico.

Il Team 7 viene a conoscenza della storia di Kaiza, un eroe locale, e di Inari, suo figlio. Kaiza era considerato da tutti un eroe, finché gli uomini di Gato non lo hanno malmenato e infine crocifisso e ucciso davanti a tutti i paesani; per questo Inari non crede più negli eroi.

Naruto e Sasuke riescono finalmente a controllare perfettamente Il Chakra riuscendo ad arrampicarsi alle cime più alte degli alberi. Mentre si allena, Naruto incontra Haku privo della maschera per tanto non lo riconosce e ci scambia amichevolmente due chiacchiere. Gli scagnozzi di Gatō stanno per rapire Tsunami e uccidere Inari, intanto il Team 7 (tranne Naruto) inizia a combattere contro Zabusa e Haku che ha teso loro una trappola.

Haku rivela la sua abilità innata (Kekkei Genkai) a Sasuke. La battaglia fra il Team 7 ed il duo Zabusa/Haku si intensifica. Gli scagnozzi di Gatoo rapiscono la figlia di Tazuna, ma grazie a Naruto e Inari viene salvata. Sasuke nel frattempo viene ferito dagli specchi diabolici di Haku, a questo punto interviene Naruto.

Kakashi intensifica il suo combattimento contro Zabuza, quest'ultimo adesso conosce perfettamente le abilità di ipnosi e preveggenza dello Sharingan, e grazie al Velo di Nebbia e alla Tecnica dell'omicidio silenzioso, riese a mettere Kakashi con le spalle al muro. Intanto grazie alla moltiplicazione superiore di Naruto, Sasuke riesce ad individuare piano piano i movimenti di Haku negli specchi diabolici.

Mentre Kakashi viene ferito dall'alabarda di Zabuza per difendere Tazuna e Sakura, continua la battaglia tra Naruto e Sasuke contro Haku, che si dimostra troppo veloce per gli avversari. Naruto lottando, rimane privo di chakra e crolla a terra svenuto, così rimane solo Sasuke a lottare e messo alle strette, libera finalmente la sua abilità innata: lo Sharingan. Sasuke ora riesce a percepire i movimenti di Haku che decide di finire Naruto, ma Sasuke usando il suo corpo para gli spiedi. Naruto osserva inorridito Sasuke crollare esanime a terra e per la rabbia sprigiona una potenza inaudita: lo spirito della Volpe a Nove Code.

Il potere del Cercoterio rimargina tutte le ferite di Naruto e attacca Haku, riuscendo a rompere tutti gli specchi diabolici. Con un pugno stende completamente Haku rompendogli la maschera. Haku rivela a Naruto il motivo per il quale è diventato il braccio destro di Zabusa. Nel frattempo Kakashi e Zabusa continuano la loro battaglia all'ultimo sangue.

Haku implora Naruto di ucciderlo, in quanto unico modo di fermarlo. Tuttavia, quando Naruto va per dargli il colpo di grazia, Haku risce a blocca e sfugge dal combattimento, sacrificandosi per salvare Zabusa che stava per essere ucciso da Kakashi. Zabuza pur di colpire Kakashi, è disposto ad attraversare il corpo dell'ormai morto Haku, ma Kakashi abilmente riesce a saltare indietro e si prepara a sferrare l'attacco finale dopo avergli immobilizzato le braccia. Nel frattempo Inari cerca di convincere i paesani a ribellarsi a Gato.

Gato sopraggiunge sul luogo per uccidere tutti, ma gli abitanti del villaggio spronati da Inari si preparano a combatterlo, intanto Zabuza, rimproverato da Naruto che non sopporta la sua indifferenza verso il suo socio, comprende la genuinità del legame che c'era fra lui e Haku, dimostrando il suo dolore, e decide di compiere la sua ultima missione: uccidere Gatō. Una volta fatto, si accascia al suolo chiedendo di poter morire accanto ad Haku. Dopo la sepoltura dei due shinobi avversari, il team lascia il villaggio, e Tazuna decide di chiamare il ponte "Naruto".

Viene annunciato l'esame dei Chūnin a cui possono partecipare tutti i Genin dei villaggi dei vari paesi.

Il Team 7 capisce di avere dei potentissimi rivali per l'esame Chūnin.

L'eccentrico Rock Lee sfida Sasuke Uchiha prima dell'inizio dell'esame Chūnin. Il giovane ninja riesce a mettere facilmente in difficoltà Sasuke solo con le arti marziali, nonostante questi utilizzi lo Sharingan.

Tutti i Genin di Konoha sono impegnati nel test d'introduzione per determinare chi possa effettivamente continuare l'esame.

Tutti i candidati devono sostenere il primo test dell'esame Chūnin che consiste in una prova scritta. Sasuke comprende che il reale scopo del test è individuare chi riesca a barare senza farsi scoprire dagli esaminatori. Mentre Naruto, non avendo capito l'inghippo, è in crisi, Sakura risponde a tutte le domande con poca difficoltà. Invece Sasuke, una volta individuato uno dei Chūnin infiltrati, sfrutta lo Sharingan per copiare il movimento della mano del ninja per copiare tutte le risposte.

Naruto attende con ansia l'esposizione del decimo problema, non avendo saputo rispondere agli altri nove.

Gli allievi che hanno superato il primo test degli esami di selezione dei Chūnin si apprestano ad affrontare il secondo.

L'esaminatrice Anko spiega le regole del secondo test degli esami di selezione dei Chūnin.

I Team Genin continuano la ricerca dei due rotoli del cielo e della terra all'interno della Foresta della Morte. Nel frattempo il Team 7 è inseguito da un nemico molto potente.

Naruto ed il resto del Team 7 continuano la loro battaglia contro Orochimaru all'interno della Foresta della Morte. Per salvarsi Sasuke decide di consegnare al nemico il Rotolo ma Naruto glielo impedisce e poi esprime la delusione per il comportamento da coniglio dimostrato dal suo compagno. Orochimaru evoca un altro serpente gigante e, contro di lui, Naruto rivela la forza dello Spirito del Volpe a nove code sorprendendo Orochimaru. Quando il serpente attacca Sasuke Naruto riesce a fermarlo con le braccia ma, per aver salvato Sasuke, viene bloccato dal nemico che usa il sigillo pentastico sul sigillo del 4° Hokage facendo svenire Naruto. Per fortuna le parole di Naruto fanno riprendere fiducia a Sasuke che, ripensando a suo fratello, decide di continuare a lottare.

Sasuke cerca di sconfiggere il Kusanin con il Triplice attacco del Mulino Sharingan combinato alla tecnica del Drago di Fuoco e, proprio quando pensa di esserci riuscito, l'uomo rivela le sue vere sembianze: si tratta in realtà di Orochimaru.

Sakura ha passato la notte ad assistere Naruto e Sasuke, ancora svenuti. All'alba viene sorpresa dal gruppo di Dosu che ha intenzione di eliminare tutto il team 7.

Rock Lee e Sakura si alleano per riuscire a sconfiggere i Genin del Suono e proteggere Naruto e Sasuke.

I ragazzi del Team 10 prendono coraggio ed tentano di aiutare Sakura a tenere a bada i ninja del Suono. Non riescono e in loro soccorso arrivano anche Neji e Tenten, che non hanno però bisogno di intervenire in quanto il Segno Maledetto prende il sopravvento su Sasuke, che dimostra una personalità totalmente diversa, perversa, e riesce a calmarsi solo quando Sakura lo fronteggia.

Gli altri Genin continuano la ricerca dei rotoli. Nel frattempo il Team 8 scopre la grande potenza di Gaara. Il giovane ninja è in grado di controllare la Sabbia, e senza battere ciglio fa fuori con la massima facilità 3 ninja più grandi del villaggio della Pioggia.

Naruto pensa di aprire il rotolo. Kabuto si unisce al Team 7 per riuscire a raggiungere la torre al centro della Foresta della Morte.

Il Team 7 e Kabuto combattono contro i ninja della Pioggia dopo essere riusciti a smascherare le loro tecniche illusorie.

Il Team 7 recupera l'ultimo rotolo e completa la seconda fase dell'esame Chūnin. Tuttavia, i Genin restanti devono affrontare un esame preliminare per riuscire ad entrare nella terza fase dell'esame Chūnin.

Viene scoperta la vera identità di Kabuto, ossia quella di un traditore di Konoha. Nel frattempo inizia l'incontro tra Sasuke e Yoroi Akado.

Prosegue lo scontro tra Sasuke e Yoroi Akado. Sasuke resiste, nonostante il forte dolore provocato dal Segno Maledetto. Sasuke è in difficoltà e ricordandosi di Rock Lee nel loro precedente scontro, usa lo stesso calcio che il ragazzo usò contro di lui e che Sasuke aveva copiato con lo Sharingan, che sfrutta per una nuova tecnica inventata da lui. Kakashi decide di aiutare Sasuke alla fine dello scontro creando un ulteriore sigillo attorno al Sigillo Maledetto.

Misumi e Kankuro si preparano alla sfida per le eliminatorie. Sasuke e Kakashi incontrano Orochimaru, che decide di venire allo scoperto.

Kankuro riesce a sconfiggere Misumi grazie alla tecnica del marionettista. Naruto non è molto d’accordo, ma il maestro Kakashi gli fa notare che rientra tutto nelle regole. Intanto sta per cominciare lo scontro tra Ino e Sakura.

La battaglia tra Sakura e Ino si intensifica man mano che vengono svelati i legami di amicizia e rivalità tra le due ragazze. Lo scontro si conclude in parità.

Le sfide preliminari continuano con lo scontro tra Temari e Tenten e con la sfida tra Shikamaru Nara e Kin Tsuchi.

Naruto ha finalmente la possibilità di combattere contro Kiba Inuzuka del Team 8 e durante lo scontro dimostra il suo notevole miglioramento rispetto all'accademia. Ma Kiba e il suo cane Akamaru sono molto forti agendo in coppia.

Lo scontro tra Naruto e Kiba continua. Naruto riesce a liberarsi di Akamaru facendolo colpire dallo stesso Kiba grazie ad un trucco geniale. Naruto vince lo scontro con la sua nuova tecnica.

Neji Hyuga ed Hinata Hyuga combattono per difendere il proprio onore e quello delle rispettive famiglie.

Hinata è decisa a dimostrare il proprio valore a Naruto, continuando a combattere.

Rock Lee viene sorteggiato per combattere contro il potente e pericoloso Gaara della Sabbia. Durante lo scontro Rock Lee si libera dei pesi che aveva sulle gambe e diventa rapidissimo. Rock Lee usa il Loto frontale su Gaara.

L'attacco di Rock Lee è andato a vuoto e Gaara inizia a colpirlo ripetutamente con la sabbia. Rock Lee, ormai prossimo alla sconfitta, sceglie di sbloccare le porte del chakra giocandosi il tutto per tutto.

Rock Lee finalmente mostra la sua tecnica migliore: l'apertura delle Otto Porte. Gaara si prepara per una prova di forza sanguinaria. Rock Lee colpisce Gaara con la potentissima tecnica, ma lui risponde stritolando il braccio e la gamba sinistra di Rock Lee con la sabbia, vincendo lo scontro: I medici dicono che a causa delle ferite provocate da Gaara, Rock Lee non sarebbe più potuto essere un ninja.

L'ultimo incontro dei preliminari del terzo esame vede come sfidanti Choji Akimichi e Dosu Kinuta. Naruto scopre che avrà un nuovo maestro per prepararsi al terzo esame per diventare Chūnin.

Naruto, per prepararsi al terzo esame Chūnin, inizia ad allenarsi con Ebisu, con alcune conseguenze inaspettate.