El pergamino sagrado de la Villa Oculta de la Hoja ha sido robado y el culpable no es otro que Naruto, un joven aspirante a ninja que acaba de suspender el examen de graduación y alberga un terrible secreto en su interior.

Tras graduarse en la Academia Ninja, Naruto conoce a Konohamaru, el nieto del tercer Hokage. Impresionado por el hecho de que Naruto no le trate de forma especial, Konohamaru comienza a seguirle a todas partes y a imitarle.

Como parte de su formación, Naruto es asignado al Grupo 7 junto a Sakura, la chica de sus sueños, y Sasuke, su rival por el que Sakura parece sentir algo. ¿Serán capaces de dejar de lado sus diferencias y funcionar como equipo?

Naruto, Sakura y Sasuke conocen a su nuevo instructor, Kakashi Hatake, que les informa de que para convertirse en genin tendrán que superar una prueba de supervivencia en la que uno de ellos quedará obligatoriamente descartado.

Tan sólo Sasuke sigue teniendo opciones de derrotar a Kakashi en una prueba que parece imposible de superar. ¿Cuál es el verdadero objetivo de la prueba? Y lo más importante, ¿serán Naruto y sus amigos capaces de superarla?

Aburrido de misiones fáciles, Naruto le pide al tercer maestro Hokage que les asigne una de mayor nivel. Finalmente, este cede y les encarga la misión de escoltar al constructor de puentes Tazuna hasta el País de las Olas.

Lo que prometía ser una misión fácil acaba complicándose cuando en el camino del Grupo 7 se cruza un ninja llamado Zabuza Momochi. Kakashi se ve obligado a recurrir a su Sharingan para poder hacer frente a su poderoso adversario.

Cuando Kakashi es capturado por Zabuza en una prisión de agua, Naruto y sus amigos deben proteger a Tazuna de los ataques de Zabuza. A pesar de que su instructor les insta a huir, Naruto recuerda el juramento que hizo y decide unir fuerzas con Sasuke para liberarle usando un shuriken de viento endemoniado

Una vez liberado, Kakashi reanuda su lucha contra Zabuza dispuesto a demostrarle de lo que es capaz su Sharingan. Para comenzar, utiliza su Sharingan para replicar los ataques de agua de su enemigo.

Tras la muerte de Zabuza, Tazuna puede comenzar a construir su puente sin miedo. Al mismo tiempo, Kakashi lleva a sus alumnos al bosque para enseñarles a controlar mejor su chakra, por lo que les pide que suban por unos árboles sin usar las manos, para lo que deberán aprender a enfocar su chakra en los pies. Sasuke y Naruto tienen problemas en subirlos, pero Sakura lo logra sin ninguna dificultad.

Mientras Naruto y Sasuke compiten en el bosque, Sakura se encarga de proteger a Tazuna. En casa de Tazuna, Sakura se interesa por la historia de un héroe local, asesinado por Gato y sus secuaces, que parece ser motivo de dolor para los habitantes del lugar.

Completamente agotado tras completar su entrenamiento, Naruto se queda descansado mientras sus compañeros acompañan a Tazuna hasta el puente. Allí les está esperando Zabuza, vivo y dispuesto a librar una nueva batalla.

Naruto se une finalmente a la batalla en el puente… sólo para cometer una estupidez y quedar atrapado junto a Sasuke en el Makyo Hyosho (Espejo de Hielo Diabólico). ¿Serán capaces de trabajar en equipo para liberarse del jutsu de su enemigo?

Naruto y Sasuke tratan inútilmente de liberarse del Makyo Hyosho (Espejo de Hielo Diabólico) de Haku. Al mismo tiempo, Kakashi se ve en serios aprietos cuando Zabuza emplea el Kirigakure no Jutsu (Técnica del Banco de Niebla) para neutralizar la visión del Sharingan.

Sasuke despierta su Sharingan y arriesga la vida para salvar a Naruto de los ataques de Haku. Tras creer que su amigo ha muerto, Naruto libera todo su poder y Kakashi teme que se libere el demonio sellado en su interior.

Justo antes de asestarle el golpe de gracia a Haku, Naruto se da cuenta de que es el joven que conoció en el bosque y se detiene. Entonces, Haku le revela a Naruto la historia de su pasado y cómo ha sido odiado a causa de su poder.

Haku decide sacrificar la vida para salvar a Zabuza del Raikiri (Relámpagos Cortantes) de Kakashi. La batalla entre Kakashi y Zabuza alcanza su clímax, pero antes de que llegue a su conclusión, Gato decide tomar cartas en el asunto.

Después de quedar liberado de su contrato y conmoverse al escuchar un pequeño discurso de Naruto, Zabuza reconoce el sacrificio de Haku y decide redimirse como ninja enfrentándose en solitario a los hombres de Gato.

Una vez finalizada su aventura en el País de las Olas, el Equipo 7 regresa a la aldea. Se anuncian los exámenes de acceso a grado medio (Chunin) y todos los Genin de la Villa Oculta de la Hoja y otras aldeas llegan para participar en ellos. Iruka pone una prueba a Naruto, Sakura y Sasuke para ver si son capaces de participar en los exámenes Chunin, disfrazándose de un ninja de la lluvia.

Después de descubrir que los ninjas misteriosos han venido de la Villa de la Arena para participar en el examen Chunin, Kakashi anuncia a Naruto, Sakura y Sasuke que les ha recomendado a los tres para participar en dicho examen.

Cuando Rock Lee desafía a Sasuke a un combate, Naruto decide atacarle… sólo para caer derrotado de un solo golpe. Sasuke acepta el desafío, pero se encuentra completamente indefenso ante un rival que emplea el taijutsu.

Naruto, Sasuke y Sakura se apuntan para el examen Chunin. Se forman equipos de tres miembros por equipo y para aprobar ningún miembro puede fracasar. Una reunión de los nueve novatos deriva en una acalorada discusión antes de la llegada de Kabuto, un ninja veterano que les informa acerca de todos los rivales llegados de las diferentes villas para participar en el examen Chunin.

Para sorpresa de todos, la primera prueba del examen Chunin consiste precisamente en un examen escrito en el que si uno de los miembros del grupo suspende, todo el grupo suspenderá. ¿Comprenderá Naruto cuál es el verdadero objetivo de la prueba antes de que se agote el tiempo?

Naruto se enfrenta al dilema de la pregunta número 10. Si no responde a la pregunta, puede volver a presentarse al examen Chunin en el futuro, pero si responde y se equivoca, nunca más podrá volver a participar en la prueba.

Antes de que dé comienzo la segunda fase del examen de acceso a Chunin, Konohamaru entrevista a Naruto y al resto de miembros del Grupo 7 acerca de lo que han vivido hasta el momento y lo que significa ser un ninja para ellos.

Antes de entrar en el Bosque del Terror, cada equipo recibe un rollo de cielo o tierra. Sólo pasarán a la siguiente fase aquellos que se apoderen del rollo de un equipo contrario y lleguen hasta la torre del centro del bosque con ambos.

Sasuke decide usar una contraseña para distinguir a amigos de enemigos, pero Naruto despierta sus sospechas cuando la recuerda a la perfección… Al mismo tiempo, el auténtico Naturo trata de no ser devorado por una serpiente gigante.

Sasuke decide entregar el rollo a Shiore a cambio de su vida y la de sus compañeros, pero Naruto se niega a rendirse. A punto de ser devorado por una de las serpientes, Naruto se ve obligado a recurrir al poder del Nueve Colas.

Sasuke se enfrenta finalmente a Shiore con todas sus fuerzas y consigue incinerarlo con el Ryuka no Jutsu (Llamas de Dragón). Pero para su desgracia, pronto comprende que el ninja derrotado era mucho más de lo que aparentaba…

Sakura tiende todo tipo de trampas a su alrededor para poder atender como es debido a sus camaradas heridos. Pero cuando las trampas fallan, el único que puede protegerla de los tres ninjas del Sonido es Rock Lee…

Con sus camaradas fuera de combate, Sakura se ve obligada a enfrentarse sola a los ninjas del Sonido. La joven kunoichi comprende que hasta ahora siempre la habían protegido y que es el momento de proteger a los demás.

El grupo de Ino que ha acudido en ayuda de Sakura parece tener ventaja sobre los ninjas del Sonido, pero todo cambia cuando Sasuke despierta convertido en un monstruo cruel y sádico a causa de la maldición de Orochimaru.

Mientras Naruto y compañía se recuperan, Akamaru observa la batalla entre el Grupo de la Lluvia y los ninjas de la Arena. Tras ver a Gaara asesinar a sus adversarios, comprenden que tendrán suerte si consiguen escapar con vida.

Tras despertar, Naruto decide forjar por su cuenta el rollo que necesitan para superar la prueba. Pero antes de que pueda hacerlo, aparece Kabuto y le advierte del destino que han corrido todos los que han intentado leer los rollos.

Cuando el grupo se da cuenta de que los clones que los atacan forman parte de una técnica ilusoria, Naruto crea sus propios clones sombra y los disfraza como sus compañeros para obligar a salir a la luz a sus enemigos.

El Grupo 7 abre el pergamino dentro de la torre e Iruka les informa de que han conseguido superar la prueba a tiempo. A continuación pasan a una gran sala en la que se reúnen con el resto de equipos que han pasado el corte.

Dado el gran número de Genin que han superado la segunda fase, se anuncia que se llevarán a cabo combates individuales para reducir el número de aspirantes que participarán en la fase final del examen de acceso a Chunin.

Sasuke se encuentra contra las cuerdas en su combate contra Yoroi debido a su incapacidad para usar su chakra por miedo a la maldición. En medio del combate, Sasuke recuerda un ataque de Rock Lee y decide crear su propia variante.

Mientras Shino y Zaku se enfrentan, Kakashi libera a Sasuke de su maldición y Orochimaru le expresa su deseo de obtener el poder del Sharingan que ostenta el Clan Uchida con la intención de poder llevar a cabo sus propias ambiciones.

Después de que Kankuro se deshaga rápidamente de Misumi, da comienzo el combate que enfrenta a Sakura contra Ino. Tras unos primeros compases en los que ambas parecen contenerse, las dos ninjas deciden luchar en serio.

La lucha con la que Sakura e Ino pretenden zanjar cuentas de una vez por todas es muy igualada. Pero, ¿qué podrá impedir que Sakura se rinda cuando cae bajo el influjo del Shintenshin no Jutsu (Técnica del Traspaso Mental) de Ino?

Después de que Temari de la Villa de la Arena consiga derrotar a Tenten de la Villa de la Hoja, Shikamaru se enfrenta a Kin de la Villa del Sonido, pero, ¿será capaz de derrotar a un oponente que ya ha visto todas sus técnicas?

El séptimo combate enfrenta a Naruto contra Kiba, quien ha decidido traerse consigo a su perro Akamaru. Aunque Naruto tiene las de perder, sabe que ha llegado la hora de demostrar que ya no es el mismo ninja débil de siempre.

Tras ser engañado por Naruto, Kiba ya no puede seguir dependiendo de la ayuda de Akamaru. Ha llegado el momento de que Naruto libere su arma secreta, pero Kiba no parece estar por la labor de darle tiempo para prepararla.

A pesar de las advertencias de Kiba acerca de Gaara y Neji, Hinata decide seguir adelante cuando la emparejan con Neji para el siguiente combate. ¿Hasta dónde estará dispuesta a llegar Hinata para demostrar su valía?

Hinata no está dispuesta a rendirse fácilmente, especialmente con Naruto observándola. ¿Acabará Hinata sacrificando su vida para demostrar su valía o alguien detendrá el combate antes de que Neji aseste un golpe mortal?

El noveno y penúltimo combate enfrenta al especialista en taijutsu de cejas pobladas Rock Lee contra Gaara, un misterioso y peligroso ninja del que se dice que jamás ha resultado herido en combate.

Mientras el combate entre Gaara y Rock Lee sigue adelante, Gai recuerda lo duro que entrenaba Lee a pesar de sus limitaciones. La única posibilidad que tiene Lee de derrotar a Gaara pasa por emplear la técnica que Gai le prohibió.

El combate entre Gaara y Rock Lee se aproxima a su fin con Lee abriendo la quinta puerta y liberando su ataque definitivo. Pero, ¿será suficiente para sobrevivir de una sola pieza a un adversario tan poderoso como mortífero?

El combate entre Choji y Dosu pone fin a las eliminatorias y a los 9 finalistas se les concede un mes para entrenarse para la siguiente fase. Mientras tanto, Kabuto se dispone a secuestrar a Sasuke siguiendo órdenes de Orochimaru.

Naruto quiere que Kakashi le entrene de cara a la tercera fase, pero este prefiere ayudar a Sasuke y escoge a otro instructor para él. Para sorpresa del joven ninja, este resulta ser Ebisu, quien le desafía a escapar de él.