Naruto Uzumaki ist ein Waisenjunge aus dem Dorf Konohagakure. Er wird von allen Einwohnern gemieden, denn in ihm ist der zerstörerische neunschwänzige Fuchsgeist verschlossen. Naruto selbst ahnt nichts von dem Unheil bringenden Geist in seinem Körper. Er möchte unbedingt Hokage seines Dorfes werden.

Nachdem Naruto, das erste Level der Shinobi-Prüfung erfolgreich bestanden hat, erhält der Schüler den entsprechenden Ausweis. Inmitten der Diskussion über Narutos abgegebenes, trotziges Ausweisfoto, erscheint der ehrenwerte Enkel des 3. Hokage: Konohamaru Sarutobi. Um als eigenständige Person anerkannt zu werden, möchte er seinen Großvater mit einem Blitzangriff außer Gefecht setzen.

Naruto gelingt es, die Grundausbildung zu einem Shinobi, zu bestehen. Ab sofort besucht er den Unterricht für Fortgeschrittene. Die Klasse wird in Gruppen aufgeteilt. Naruto wird zusammen mit seiner heimlichen Liebe Sakura und seinem Rivalen Sasuke in ein Team eingeteilt. Immer wieder kommt es zu Streitigkeiten zwischen Naruto und Sasuke.

„Team 7", welches aus Sakura, Sasuke und Naruto besteht, wartet auf ihren neuen Lehrer. Dieser kommt schon am ersten Tag zu spät. Naruto möchte das nicht auf sich sitzen lassen und spielt dem Lehrer einen Streich. Am nächsten Morgen beginnt die erste Unterrichtseinheit. Dafür hat sich Sensei Kakashi etwas besonders überlegt.

Naruto, Sakura und Sasuke absolvieren ihre Ausbildung zum Shinobi bei ihrem Lehrer Sensei Kakashi. Jedoch ist Kakashi von seinen Schülern nicht begeistert. Eine Chance erhalten die Schüler noch. Sakura und Sasuke dürfen ihr Mittagessen nicht mit Naruto teilen. Denn dieser ist aufgrund eines versuchten Diebstahls zur Strafe an einen Baumstamm gefesselt.

Der Brückenbauer Tazuna versucht eine Verbindung zwischen der Insel der Wellen und dem Festland zu errichten. Dieses Projekt trifft nicht auf die Zustimmung aller Bewohner der Insel. Sandaime Hokage schickt deswegen Kakashi und „Team 7" auf die Mission, den Brückenbauer bei seiner Heimreise zu beschützen.

Kakashi und seine Schüler sind auf dem Weg den Brückenbauer Tazuna sicher in sein Heimatland zu bringen. Tazuna erzählt über den Schifffahrtsunternehmer Gato. Dieser möchte seine Vorherrschaft auf der Insel weiter ausbauen und sieht sein Geschäft durch die Verbindung mit dem Festland gefährdet. Darum schickt Gato feindliche Ninjas aus, um die Rückkehr Tazunas auf die Insel zu verhindern.

Der Dämon des versteckten Nebels, Zabuza Momochi ist immer noch Kakashi, seinen Genin und Tazuna auf den Fersen. Der verstoßene Shinobi-Schwertkämpfer ist sehr stark und besitzt zudem außergewöhnliche Fähigkeiten und Fertigkeiten. Im Kampf gegen Kakashi ist es Zabuza möglich, Kakashi außer Gefecht zu setzen.

Kakashi sitzt immer noch in dem von Zabuza Momochi errichteten Wassergefängnis fest. Naruto, Sakura und Sasuke versuchen mit allen Mitteln, sich gegen den Dämon des versteckten Nebels, zu behaupten. Naruto ist in der Lage diesen abzulenken, sodass er nicht mehr seine ganze Kraft auf die Aufrechterhaltung des Gefängnisses richtig.

Der Kampf gegen den Dämon des versteckten Nebels hat Kakashi sehr geschwächt. Deswegen muss der Lehrer die Reise zu Tazuna für kurze Zeit unterbrechen. Seine Schüler hingegen dürfen sich nicht ausruhen, denn diese müssen sich einer weiteren Trainingsaufgabe stellen. Die Aufgabe besteht darin, einen Baum hinaufzuklettern, ohne die Hände zu benutzen.

Naruto, Sakura, Sasuke und Sensei Kakashi können den Brückenbauer Tazuna unbeschadet nach Hause bringen. Infolgedessen kann Tazuna den Brückenbau fortsetzen. Seine Mitarbeiter haben allerdings große Angst vor Gato, der das Land kontrolliert und den Brückenbau sabotiert. Inzwischen konzentriert sich Kakashi auf die weitere Ausbildung seiner Genin.

Naruto versucht immer noch, die von Sensei Kakashi gestellte Aufgabe, zu bewältigen. Der junge Ninja verbringt sehr viel Zeit im Wald und probiert sein Chakra so zu fokussieren, sodass er ohne Füße einen Baum herauf klettern kann. Während seines Trainings im Wald begegnet Naruto einem faszinierenden Mädchen, welches sich schnell als Junge herausstellt.

Die Söldner von dem Reederei Besitzer Gato sind nicht so leicht zu besiegen, wie anfangs von Kakashi und „Team 7", gedacht. Wie sich herausstellt, verfügt Haku über eine besondere Fähigkeit, welche nur innerhalb seines Clans vererbt wird. Das Kekkei Genkai Hyouton, ermöglicht ihm, Eis zu erzeugen und Fingerzeichen mit nur einer Hand zu formen.

Naruto und Sasuke versuchen immer noch, mit verschiedenen Jutsus, Haku zu besiegen und somit die Brücke zu sichern. Angefeuert werden die zwei Jungs von ihrer Teampartnerin Sakura. Nach Sasukes Jutsu der flammenden Feuerkugel ist Haku zumindest sehr überrascht. Währenddessen beschützt Sensei Kakashi den Brückenbauer Tazuna vor Zabuza Momochi.

Naruto und Sasuke sind sehr erschöpft. Trotzdem müssen sie noch immer gegen den starken Söldner kämpfen. Die Situation wird von einem Schrei eines Mädchens unterbrochen. Auch Kakashi war noch nicht in der Lage seinen Gegner Zabuza zu besiegen. Nach einem kurzen Ablenkungsmanöver will er seinen Schützlingen helfen. Er erkennt, dass er das nicht muss, denn in Naruto erwacht etwas.

Haku wird von Narutos energischem Angriff völlig überrascht. Das erste Mal in seinem Leben glaubt er seinem Herrn nicht zufrieden stellen zu können. Nachdem Provokation nichts hilft, versucht Haku Mitleid bei Naruto zu erzeugen. Er erzählt von seiner schwierigen Kindheit und der ersten Begegnung mit Zabuza. Zabuza hingegen erzählt Kakashi, dass er Haku nur als Werkzeug sieht.

Im Kampf gegen Naruto muss sich Haku schließlich geschlagen geben. Obwohl er besiegt wurde, mischt sich Haku in den Zweikampf zwischen Zabuza und Kakashi ein. Es gelingt Haku Kakashis Raikiri von Zabuza abzuhalten, er muss jedoch mit seinen eigenen Leben bezahlen. Zabuza ist über den Verlust seines Freundes nicht traurig und greift Kakashi erneut an.

Der Kampf um die Verbindungsbrücke zwischen dem Festland und dem Land der Wellen ist beendet. Aufgrund der Entlassung aus Gatos Diensten muss Zabuza Momochi nicht weiter gegen Naruto und Kakashi kämpfen. Allerdings stehen schon neue Gegner bereit. Stellvertretend für Zabuza, tritt eine Horde von Gangstern in Erscheinung, welche auch von Gato engagiert wurde.

Naruto möchte endlich seine Fähigkeiten und Fertigkeiten unter Beweis stellen. Zudem will der junge Ninja zeigen, dass er um einiges talentierter ist, wie sein Teamkollege und Rivale Sasuke. Seiner Meinung nach waren die bisherigen Missionen zu leicht. Aber nicht mehr lange und Naruto und seine Teamkollegen müssen sich erneut unter Beweis stellen.

Teilnehmer aus der ganzen Welt treffen für die Chūnin-Auswahlprüfungen ein. Vor Ort herrscht nicht nur unter den Schülern ein großer Konkurrenzkampf, sondern auch unter den Lehrern. Vor allem Kakashi, Kurenai und Asuma möchten unbedingt ihre Schützlinge unter den Teilnehmern sehen.

Der Termin der Chūnin-Auswahlprüfungen rückt näher. Durch das fortwährende Eintreffen neuer Kandidaten steigt die Nervosität der bereits eingetroffenen Teilnehmer. Zudem erscheinen die meisten Teilnehmer nicht vertrauenswürdig sowie unsympathisch. Naruto und Sasuke werden in einen Streit mit Rock Lee verwickelt.

Nachdem Kakashi seinen Schülern viel Glück wünschte, finden sich alle Kandidaten in einem bestimmten Raum ein. In diesem warten allerdings nicht nur Anfänger, sondern auch viele andere seltsame Gestalten. Alle Anfänger sind auf Informationen von Teilnehmer angewiesen, welche sich schon mehrfach an der Chūnin-Auswahlprüfung versucht haben.

Der finster dreinblickende Prüfer Ibiki Morino stellt zu Beginn der Chūnin-Auswahlprüfung die neuen strengeren Regeln vor. Unter anderem wird immer das ganze Team bewertet. Das heißt, sollte ein Mitglied während einer Prüfung versagen, fällt das ganze Team durch die Prüfung. Der erste Teil der Prüfung ist eine schriftliche Beantwortung von Fragen.

Der strenge Prüfer Ibiki Morino kündigt eine neue zusätzliche Regel an. Falls ein Teammitglied die Frage nicht beantwortet, hat dies zur Folge, dass das Team null Punkte erhält und somit durchfällt. Beantwortet ein Kandidat die Frage falsch, dann fällt man nicht nur durch, sondern wird für allezeit von der Chūnin-Auswahlprüfung ausgeschlossen.

Der zweite Teil der Chūnin-Auswahlprüfung steht an. In einem Kampf ohne Regeln müssen alle Teams im „Wald des Todes" gegeneinander kämpfen. Zudem scheint die Prüferin Anko Mitarashi noch strenger zu sein, wie der vorherige Prüfer Ibiki. Die Nervosität der übriggebliebenen Teilnehmer steigt mit jeder Minute an.

Die nächste Prüfung im „Wald des Todes" besteht darin, innerhalb von fünf Tagen einen Turm im Zentrum des Prüfungsbereichs zu erreichen. Zunächst erhielt jedes Team eine Schriftrolle, entweder mit dem Himmels- oder mit dem Erdsiegel. Um die Prüfung zu bestehen, müssen die Teams mindestens zwei unterschiedliche Schriftrollen im Ziel vorzeigen.

Der zweite Teil der Chūnin-Auswahlprüfung im „Wald des Todes" geht weiter. Naruto und seine Teammitglieder müssen sich nicht nur gegen die anderen Teams stellen, sondern auch gegen die Gras-Ninjas. Besonders Sasuke vertraut keinem mehr. Deswegen vereinbaren die drei Mitglieder von „Team 7" ein sehr langes Codewort.

Der „Wald des Todes" hat so einige Hindernisse für „Team 7" bereitgestellt. Nachdem es Naruto gelungen ist, einer Riesenschlange zu entkommen, eilt der junge Ninja zu Sakura und Sasuke. Als er diese endlich findet, stellt er mit Entsetzen fest, dass seine Teamkollegen in viel größere Probleme verwickelt sind.

„Team 7" muss sich gegen einen starken Gegner beweisen. Offensichtlich trägt der Gras-Ninja ein dunkles Geheimnis in sich. Dem Gras-Ninja, war es zuvor schon möglich Naruto außer Gefecht zu setzen. Nachdem er Sasuke am Hals verletzt hat, fällt auch dieser bewusstlos zu Boden. Jetzt liegt es an Sakura, den Gras-Ninja im Alleingang zu besiegen.

Naruto und Sasuke konnten den Kampf gegen Orochimaru nicht gewinnen. Beide brechen bewusstlos zusammen. Jetzt liegt es an Sakura, ihre Teammitglieder vor Überfällen der konkurrierenden Teilnehmer zu beschützen. Sakura fühlt sich überfordert, zumal Orochimaru seine Anhänger auf die drei Schüler angesetzt hat.

Aufgrund des Kampfes mit Orochimaru, liegen Naruto und Sasuke immer noch bewusstlos am Boden. Plötzlich sieht sich Sakura gegenüber von drei Gangstern stehen. Sakura ist völlig verzweifelt. Wie soll sie nur drei Gegner im Alleingang besiegen? Was das Mädchen allerdings nicht weiß, Hilfe ist ganz in der Nähe.

Sakura muss sich allein gegen Dosu und Zaku stellen. Zu ihrem Glück beobachtet „Team 10" die ausweglose Situation und beschließt daraufhin Sakura zu helfen. Aus heiterem Himmel erwacht Sasuke aus seiner Bewusstlosigkeit und ist stärker wie nie zuvor. Er stellt sich ebenfalls Dosu und Zaku entgegen.

Auch das dritte Team, „Team 8" hat einige Probleme in der Prüfung. Sie werden Zeuge, wie ein Schüler aus Sunagakure sein mächtiges Jutsu anwendet. Kiba, Shino und Hinata, sind von diesem starken Chakra so eingeschüchtert, sodass sie im Anschluss die Flucht ergreifen.

Die fünf Tage für das Bestehen der zweiten Prüfung laufen ab. Langsam macht sich bei Naruto, Sakura und Sasuke Frustration breit. Doch als sie Kabuto begegnen, macht dieser ihnen neuen Mut. Daraufhin begeben sich die Teamkollegen zum Turm im Zentrum des Prüfungsbereichs. Dort, nach der Meinung von Kabuto, hätte das Team die besten Möglichkeiten noch an die benötigte Schriftrolle zu kommen.

Naruto, Sakura, Sasuke sowie Kabuto sind auf dem Weg zum Turm im Zentrum des Prüfungsbereichs. Allerdings müssen sie schon nach kurzer Zeit feststellen, dass sie im Kreis gelaufen sind. Und als wäre das nicht genug, stellen sich finstere Gestalten ihnen in den Weg und fordern ihre Schriftrolle ein. Zudem beherrschen die Widersacher ein Jutsu der Doppelgänger.

Naruto, Sakura und Sasuke konnten den Zielort der Prüfung erreichen. Als die Drei eine Wandtafel versuchen zu entziffern, taucht plötzlich Sensei Iruka auf. Dieser hat für das „Team 7" gute Nachrichten. Mit viel Glück haben sie diesen Teil der Chūnin-Auswahlprüfung bestanden und können somit an Teil drei teilnehmen.

Die verbliebenen Teilnehmer der Chūnin-Auswahlprüfung bereiten sich auf die dritte Prüfungsstufe vor. Dabei erhalten sie Unterstützung des Prüfers Hayate Gekkou. Trotzdem betont er, dass jeder Teilnehmer es sich gut überlegen soll, ob er wirklich weiter machen will. Im nächsten Teil der Prüfung werden Zweikämpfe ausgetragen. Den ersten Kampf muss Sasuke gegen Yoroi Akado bestreiten.

Die Ausscheidungskämpfe für den dritten Teil der Chūnin-Auswahlprüfung beginnen. Im ersten Kampf stehen sich Sasuke Uchiha und Yoroi Akado gegenüber. Während des Duells kann Yoroi zunehmend die Oberhand gewinnen. Kritisch beobachtet wird der Kampf von Sensei Kakashi. Dieser befürchtet, dass das Mal des Fluches an Sasukes Hals, negative Auswirkungen auf den Jungen ausüben wird.

Die Kontrahenten, im Ausscheidungskampf für die dritte Runde der Chūnin-Auswahlprüfung, sind Shino Aburame und Zaku Abumi. Dabei nimmt das Duell einen dramatischen Verlauf. Denn Shino kann Insekten in Zakus Körper befehligen. Die Insekten können das Chakra von Zaku aufsaugen. Des Weiteren gibt es ein Aufeinandertreffen von Sensei Kakashi und Orochimaru.

„Team 7" und Sensei Kakashi beobachten gespannt die Ausscheidungskämpfe. Als Nächste muss sich Sakura beweisen. Ausgerechnet ihre ehemalige Freundin Ino Yamanaka ist ihre Rivalin im Zweikampf. Obwohl Sakura oft an die gemeinsame Zeit zurückdenken muss, will sie im Kampf gegen Ino alles geben. Sakura ist sich sicher, dass sie inzwischen genauso stark ist, wie Ino.

Der nächste Wettkampf ist beendet. Kankuro konnte Misumi Tsurugi besiegen. Im Anschluss beginnt das Duell zwischen Sakura und Ino Yamanaka. Die Gegnerinnen versuchen mit allen Mitteln das Duell zu gewinnen, doch es scheint, als wären die Mädchen ebenbürtig. Bis zu dem Zeitpunkt, als Ino ds Jutsu der Übertragung des Geistes anwendet.

Im Zweikampf gegen Temari ist Tenten hoffnungslos unterlegen. Egal was Tenten versucht, Temari kann die Angriffe von ihrer Rivalin mit ihrem Riesenfächer abwehren. Und so geht Temari als Siegerin aus dem Kampf hervor. Im Anschluss stehen sich Shikamaru Nara und Kin Tsuchi gegenüber. Derweil kann es Naruto kaum noch erwarten gegen seinen Kontrahenten anzutreten.

Endlich ist es soweit. Naruto muss in den Ausscheidungskämpfen gegen Kiba Inuzuka antreten. Kiba tritt das Duell mitsamt seinem Nin-Ken Akamaru, einem speziellen Hund der Shinobi, an. Der Chūnin aus Konohagakure und Klassenkamerad von Naruto setzt im Kampf alle erdenklichen Tricks und Trümpfe ein. Dadurch ist es Kiba möglich, den Kampf gegen Naruto zunehmen zu dominieren.

Mit seinen Tricks und Trümpfen ist Kiba klar im Vorteil gegenüber Naruto. Es scheint, als würde Kiba das Duell zu seinen Gunsten entscheiden. Durch einen Zufall kann Naruto das Blatt gerade noch wenden. Zudem hat der junge Ninja noch ein Ass im Ärmel, welches er erst gegen Ende des Wettkampfes einsetzen möchte.

Die letzten Zweikämpfe, für die Qualifikation der dritten Runde der Chūnin-Auswahlprüfung stehen an. Gespannt warten alle Anwesenden auf den nächsten Kampf. Und als die Rivalen bekannt gegeben werden, halten alle Anwesenden gespannt den Atem an. Denn die kleine schüchterne Hinata Hyūga muss gegen das Mitglied von „Team 9", Neji Hyūga antreten.

Immer noch stehen sich Hinata Hyūga und Neji Hyūga in einem Zweikampf gegenüber. Allen Anwesenden ist klar, dass das Mädchen gegen den stärksten Ninja aus dem Hyūga-Clan keine Chance hat. Trotzdem kann Hinata alle durch ihr Durchhaltevermögen überraschen. Denn ihr Chakrasystem ist nach unzähligen Angriffen lahmgelegt, jedoch steht das Mädchen immer wieder auf.

In den Ausscheidungskämpfen müssen Rock Lee und der unheimliche Shinobi aus Sunagakure Gaara gegeneinander antreten. Die Mitglieder von „Team 7" sind überzeugt, dass Rock Lee den Kampf für sich entscheiden wird. Allerdings kann Rock Lee weder Fähigkeiten im Nin- noch in Gen-Jutsu-Bereich aufweisen. Lediglich das Tai-Jutsu beherrscht der junge Ninja.

Zunächst kann Rock Lee den Zweikampf gegen Gaara dominieren. Bis zu dem Moment als Gaara eine Rüstung aus Sand anlegt. Rock Lee beschließt eine Technik anzuwenden, welche er von Sensei Maito Gai erlernte. Das Öffnen der Inneren Tore ist allerdings eine verbotene Technik, denn dieses Jutsu schadet den Anwender. Rock Lee kann eindrucksvoll zeigen, dass er diese Technik beherrscht.

Im Kampf gegen Gaara ist Rock Lee imstande eines der schwierigsten Jutsus anzuwenden. Das Öffnen der Inneren Tore beschränkt den Chakra-Fluss im Körper und kann die eigenen Kräfte steigern. Zudem kann der Gegner, aufgrund der Schnelligkeit des Jutsus, sich kaum verteidigen. Rock Lee kann die ersten fünf Tore öffnen. Um Rock Lee zu stoppen, zerquetscht Gaara seinen linken Arm und ein Bein.

Nachdem Kampf gegen Yoroi Akado, liegt Sasuke immer noch verletzt im Krankenhaus. Sensei Kakashi erkennt die steigende Gefahr, welche durch das Mal des Fluches an Sasukes Hals, droht. Derweil schmiedet Orochimaru weiterhin seine finsteren Pläne. Lediglich Kabuto Yakushi durchschaut seine Pläne und wird somit zu einer großen Bedrohung für Orochimaru.

Bevor Naruto den dritten Teil der Chūnin-Auswahlprüfung antreten darf, muss er seine Grundkenntnisse verbessern. Dafür bittet Sensei Kakashi Ebisu, den Sensei von Konohamaru, Moegi und Udon, um dessen Unterstützung. Anlässlich eines peinlichen Vorfalls in der Vergangenheit kann Naruto Sensei Ebisu nicht mehr ernst nehmen.