Naruto, Sakura, Sasuke et Kabuto continuent de combattre les clones des ninjas du pays de la Pluie. Alors que les ninjas du pays de la Pluie montrent leur vrai visage, ils se font prendre à leur propre jeu. Mais ces derniers ne s’avouent pas vaincus et recréent des clones. Mais Naruto réussit à les battre et récupère le parchemin du ciel. L’équipe 7 a réussi la seconde épreuve.

Le match entre Kiba et Naruto démarre, avec Kiba qui montre immédiatement qu'il a le dessus durant le combat. Tout le monde continue de croire que Naurto est le ninja faible qu'il a toujours été, tout le monde sauf Hinata, Kakashi, et Sakura. Maintenant c'est le moment pour Naruto de briller, et cette fois... tout le monde va le regarder !

Kakashi confie l'entraînement de Naruto au professeur du petit-fils du troisième Hokage : Ebisu. Naruto n'est pas d'accord et défie Ebisu à lui montrer sa valeur.

Le matin, Gaara reste introuvable. Shikamaru rend visite à Naruto et Sakura cherche Lee, qui devient la cible de Gaara.

Le 3e Hokage enlève les bras de l'âme d'Orochimaru et périt sur le coup. Tous les habitants du village sont à son enterrement pour lui rendre hommage et Iruka tente de consoler Konohamaru.

Tsunade avoue à Jiraya que Naruto lui fait beaucoup penser à son petit frère Nawaki, mort il y a quelques années. Elle piège ce dernier en ajoutant de la drogue dans son sake. Le lendemain, elle rejoint Orochimaru afin de donner réponse à sa proposition.

Tsunade arrive au village caché de Konoha, les préparatifs pour son intronisation commence. Pendant ce temps-là, elle se rend à l'hopital, pour soigner Kakashi, Sasuke et Lee.

Leur bateau en feu, nos amis se dirigent vers l'île à la nage. Mais Oboro et son équipe les attaquent à nouveau et Naruto réussit à s'en débarrasser grâce à son Rasengan. Une fois sur l'île, Naruto, Sasuke et Sakura viennent en aide à Idate et se retrouvent face à Aoi. Idate raconte alors à nos amis qu'il était un ancien ninja de Konoha et qu'il était déprimé d'avoir raté l'examen des chûnins. C'est à partir de cet instant qu'Aoi s'est servi de lui pour se rebeller contre le village de Konoha et de rejoindre le pays de la Pluie. Idate n'étant plus en état de courir à cause de ses blessures, Naruto se porte volontaire pour lui donner un petit coup de pouce.

L'équipe 10 fête la promotion de Shikamaru qui passe de Genin à Chûnin. Mais à l'hôpital, Sasuke provoque Naruto en duel.

L'équipe de Shikamaru se fait prendre au piège dans une prison de terre. Alors que les autres ninjas de Konoha essayent de s'en sortir, Shikamaru discute avec l'ennemi.

Le combat entre Neji et Kidômarô se poursuit. Malgré toutes les blessures graves, Neji finit par vaincre son adversaire.

Le combat entre Shikamaru et Tayuya continue. Tayuya envoie ses créatures à l'attaque à l'aide des notes jouées sur sa flûte. Shikamaru met alors son plan en marche et parvient à redresser la situation à son avantage. Mais Tayuya est contrainte de passer au stade n°2 de son sceau maléfique pour inverser la tendance.

Pour protéger Lee en mauvaise posture, Gaara se bat contre Kimimaro en utilisant des attaques encore plus puissantes qu'avant. Naruto continue de suivre la trace de Sasuke.

Sasuke affronte Naruto, qui de son côté ne se bat pas sérieusement. Pendant l'affrontement, le jeune Uchiwa se remémore son enfance passée aux côtés de son frère Itachi envers qui il était plein d'admiration. Cependant, Sasuke était quand même jaloux que son père s'intéresse plus à Itachi qu'à lui-même. Il voit Itachi devenir de plus en plus distant avec le reste de son clan.

Pendant que Kakashi ramène Naruto au village, Shikamaru est inquiet pour Kiba et Akamaru, Chôji et Neji qui se font soigner. la vie d Kiba n'est pas menacée, malgré une blessure grave, mais Neji et Chôji se trouve en situation critique. Shikamaru a échoué dans sa mission et s'en inquiète. Sasuke a rejoint Orochimaru après son combat contre Naruto et ce dernier essaye de se faire pardonner auprès de Sakura en lui promettant de ramener leur ex-compagnon. Jiraya informe Naruto des plans de l'Akatsuki vis-à-vis de lui qui aboutiront dans 3 ans et lui demande d'oublier Sasuke. De nature entêtée, Naruto refuse et déclare qu'il veut toujours sauver Sasuke des griffes d'Orochimaru quoi qu'il puisse arriver.

Les intentions de Sasame n’étaient pas mauvaises, elle souhaitait seulement sauver son cousin des griffes d’Orochimaru. L’Ermite et ses deux acolytes l’ont bien compris. Elle les mène à l’entrée de l’antre d’Orochimaru et Naruto lui promet de ramener son cousin. Pourra-t-il tenir promesse ? Le palais d’Orochimaru est parsemé de pièges.

Shizune qui vient porter renfort à Asuma et Kurenai se fait piéger à son tour par Mizuki accompagné des frères Fûjin et Raïjin. Heureusement TonTon, son goret, s’échappe pour prévenir Tsunade de la situation. Cette dernière dépêche une équipe composée de Iruka Sensei, Naruto, Tonton et Pakkun pour porter secours à Shizune et son équipe.

Naruto doit affronter les deux colosses Fûjin et Raïjin à la force surhumaine. De son côté, Iruka se bat avec Mizuki. Iruka fait appel au souvenir de leur ancienne amitié pour raisonner Mizuki, mais ce dernier qui a toujours été jaloux de l’affection que portait le 3ème Hokage à Iruka compte bien en finir avec lui. La situation semble compromise lorqu’arrivent Ino, Shikamaru et Chôji.

Mizuki a pris la fuite et cambriole un laboratoire afin de se procurer les composants nécessaires à une potion. Sa relation avec Orochimaru ne fait plus aucun doute. Tsubaki, la fiancée de Mizuki a rejoint Naruto, Iruka et Pakkun et va les aider à retrouver le fugitif, mais lorsqu’ils vont le retrouver il est trop tard, Mizuki a ingurgité la potion prescrite par Orochimaru.

L'heure de l'échange arrive, alors que Shino, Kiba et Naruto se rendent sur place, ils ont alors à faire à des clones en cire d'abeille et se mettent donc à la recherche d'Hinata, par un autre marché.

Les quatre jeunes ninjas affrontent Raïga et après l'avoir battu, ils trouvent un sac où un petit garçon est enfermé à l'intérieur : il s'agit de Ranmaru, l'ami de Raïga. Karashi, bien qu'il ait promis à Lee de rejoindre sa mère, reste chez la famille Kuruzuki.

Lee affronte Raïga pendant que Mémé Sancho, Tenten et Ranmaru apportent le curry providentiel à Naruto et Neji. Lee y a aussi droit puisqu'il a subi un assaut de Raïga qui le met hors-combat. Mais il devient ivre en mangeant ce curry et affronte à nouveau Raïga. Ranmaru tente de convaincre son ami de goûter le curry mais ce dernier ne lui pardonne pas de l'avoir trahi. Cette fois-ci, c'est Naruto qui affronte Raïga et le bat avec son Multiclonage.

Dans l'auberge au petit matin, Sazanami essayera de tuer Naruto, Kiba et Hinata, de peur qu'il révèle qu'il est un dangereux criminel et qu'il se cache dans cette auberge. Sans succès, Kiba, Naruto et Hinata décident alors de l'aider à retrouver Gosunkougi, qui veut récupérer la cloche d'or.

Shima délivre Naruto du piège genjutsu de Ooki, avant de le protéger d’une attaque. Au moment où Naruto semble vaincu, Toki abandonne toute volonté de vivre. Naruto voit une silhouette blanche surgir devant lui. C’est Sagi. Sagi demande à Naruto d’avancer le Temps afin d’aider à nouveau sa soeur. Naruto s’apprête à exaucer son voeu et à protéger Toki. Après la défaite d’Ooki, le Pays des Oiseaux retrouve son calme d’antan. En tant que gouverneur du Pays des Oiseaux, Toki veut améliorer la situation générale. Cependant, il subsiste une question : Naruto a-t-il rêvé qu’il voyait Sagi, ou bien s’agissait-il après tout vraiment d’un fantôme ?

Les doubles de Naruto, Kiba et Hinata sont prêts à partir pour le village de Konoha. Pendant que Kiba, Naruto et Hinata essayent de sortir de leur prison, Naruto et Kiba sont encore en train de se disputer. Grâce à la brillante intervention d'Hinata et de son Hakke, ils s'en sortent indemne. Kiba utilise alors « La morsure de l'homme bête » pour sortir de la grotte pendant que Naruto prend le coffre et ils laissent Hinata se remettre de sa blessure. Arrivés au village, Naruto et Kiba rencontrent leurs clones, qui sont aussi fragiles que de la porcelaine.

Infecté par un virus, Akamaru devient une menace pour Konoha, et devient la cible d'une traque impitoyable. Malgré le danger, Kiba Inuzuka est prêt à tout pour le protéger, et il s’enfuit avec lui. Tsunade donne alors l'ordre de le poursuivre, afin d'injecter à Akamaru un antidote fabriqué par l'équipe médicale. Hanna, sa grande sœur, décide de prendre cette responsabilité, et lorsqu'elle arrive à destination, elle est étonnée de voir qu'Akamaru a bien changé… Celui-ci ne se laissant pas faire, malgré les efforts de Naruto et elle-même, Hanna décide de le tuer, affirmant qu'il n'y a pas d'autres solutions. Mais Kiba, prêt à tout pour son chien, décide de raisonner ce dernier, qui le blesse alors gravement. Kiba est alors hospitalisé, et à peine réveillé, il explique à Tsunade, Naruto et sa sœur aînée, que si Akamaru l'a laissé en vie, ce n'est que par volonté.

À la suite de la prise de contrôle de Nano no Kuni par les trois jōnin, et la mort de l'une des personnes que le trio de Konoha devait protéger, la vérité est révélée : ce qui devait être une mission de rang D est en fait une mission de rang A.

Rock Lee ouvre un dojo afin que les ninjas expérimentés puissent le défier, et pour qu'il puisse ainsi perfectionner son entraînement. Tandis que son premier adversaire est Naruto, Maito Gai se déguise pour défier incognito son élève.

Gai est retenu prisonnier dans une forteresse faite de batons d’entraînement. Yagura apparaît à l’extérieur et révèle qu’il n’est pas le vrai Yagura. Il est Genshou, l’aîné des frères Ryuudoin qui ont voulu se venger de Gai, car Gai a vaincu leur père, Ryuudin Agira. Naruto, Neji et Tenten arrivent alors pour sauver Gai. Les trois frères multiplient les batons d’entraînement. Neji trouve comment vaincre ces batons. Naruto, Neji et Tenten commencent à en démonter quelques uns mais les frères ordonnent d’autres actions aux batons. Lee arrive alors pour sauver ses amis. Lee pourra-t-il vaincre tous les batons et sauver Gai des mains des frères Ryuudoin ?

Naruto trouve l'occasion de parler à Yakumo d'elle et de Kurenai. Yakumo lui révèle alors que Kurenai ne voulait pas qu'elle devienne une shinobi. Mais elle, de son côté, veut prouver à ses parents qu'elle est capable de devenir une jounin. Naruto apprend que le troisième Hokage et Kurenai ont prévu de sceller ses pouvoirs.

En apercevant la marque que Menma a au bras, Ran veut le tuer. Mais Neji s’interpose, en disant qu’il serait injuste de tuer un criminel qui n’a aucune mémoire de ses crimes. Ran finit par se ranger de son avis. Il opère Menma et lui sauve la vie. Mais les villageois sont mécontents. Sont-ils préparés à la deuxième attaque d’un groupe shinobi étranger ?