여기는 닌자의 나라 나뭇잎 마을. 닌자 학교의 낙제생 소년 나루토는 오늘도 장난이 한창이다. 그리고, 또다시 졸업시험에 낙제해 버린다. 그러던 어느날, 마을의 영웅인 초대 호카게가 남긴 봉인의 서를 도둑맞는 사건이 발생했다!! 범인은 나루토였지만…

나뭇잎 마을의 대표는 대대로「호카게」라는 이름으로 불리고 있다. 현재 호카게는 3대. 그리고 이 3대 호카게 에게는 코노하마루 라고하는 손자가 있다. 우여곡절끝에 닌자 학교를 졸업할 수 있던 나루토가 닌자 등록서를 제출하러 갔을 때, 코노하마루와 마주치게 된다. 코노하마루는 곧바로 나루토를 「두목」이라고 부르더니, 마음대로 뒤를 따라 다니기 시작한다. 그것은, 나루토만이 코노하마루를 「호카게의 손자」로서 특별 취급 하지 않았기 때문이다. 그리고 코노하마루는, 어서 빨리 호카게가 되어 모두에게 인정할 수 있는 닌자가 되고 싶다고 생각하고 있었지만…

드디어 닌자가 된 나루토는, 새로운 수업을 위해 3인 1조가 되었다. 나루토와 같은 조가 된 것은, 「하루노 사쿠라」와「우치하 사스케」. 나루토는 귀여운 사쿠라를 좋아하고 있지만, 그 중요한 사쿠라는 사스케에게만 열중한다. 게다가 사스케는 나루토와 다르게, 쿨하고 멋질 뿐만이 아니라 실력도 뛰어난 엘리트. 이에 심술이 난 나루토는, 사스케를 골탕먹이려고 뭔가를 준비하는데.......

3인 1조로 팀을 짜게 된 나루토, 사스케, 사쿠라. 이들을 지도하기위해 새로운 선생님, 「하다케 카카시」가 왔다!! 어딘가 수상한 카카시는, 첫날부터 지각을 한다. 게다가 나루토가 설치해 놓은 장난에 간단하게 걸려 버릴 정도로 수상한 냄새가 풀풀~ 그런데 그 카카시가 갑자기 어려운 수련을 나루토들에게 내놓는다. 그것은, 셋 중 한명 밖에 합격할 수 없다고 하는 「서바이벌 연습」이었다!? 게다가 이 시험에 떨어지면 다시 학교로 되돌아가게 된다니!!?

카카시가 내놓은 수련은 굉장한 것이었다. 그리고, 나루토들을 상대하는 카카시는 지금까지와는 완전히 다른사람!? 온 힘을 다해 달려드는 나루토를 가볍게 다루고, 학교 제일의 엘리트인 사스케조차도 당해 낼 도리가 없다. 사쿠라는 이미 말 다했다! 상급닌자인 카카시의 진정한 실력 앞에, 하늘과 땅 정도의 차이를 느껴 어찌할 방법이 없는 셋. 이대로는 셋다 전원 학교로 돌아가게 되어 버린다! 서두르기 시작하는 나루토들이었지만, 실은 카카시는 이 수련 안에 숨겨져있는 중요한 일을 모두에게 깨닫게 하려는 것이었는데…

드디어 첫번째 임무를 맡게 된 나루토들. 그러나 그 임무 라는 것은, 잃어버린 고양이를 찾아주는 등등 따분한 일들 뿐이었다. 차츰 불만이 쌓이는 나루토는, 마침내 3대 호카게 앞에서 때를쓰기 시작한다. 토라진 나루토에게 조금 당황한 호카게 였지만, 나루토의 의지를 느끼고는 보다 중요한 임무를 내리기로 한다. 새로운 임무는, 타즈나 라고 하는 인물을 조국의 「파도의 나라」까지 호위 하는 것. 첫 본격적인 호위 임무에 의욕이 넘치는 나루토였는데......

파도의 나라에 가까스로 도착한 나루토들은, 이 나라가 가토라고 하는 악덕 상인에게 지배되고 있는 것을 알게된다. 방금전의 추격자도, 타즈나의 생명을 노린 가토가 보낸 자객이었던 것이다. 게다가, 다음에 나타난 적은「무음살인술의 달인」이라고 불리는 안개마을의 탈주닌자 모모치 자부자. 생각치 못한 강적 출현에 흥분하는 나루토! 하지만 그런 나루토에게 카카시는 아까와는 비교도 안될만큼 강한 상대라며 물러서게 한다. 평상시와는 다른 모습의 카카시에게 보통이 아닌 살기를 느끼는 나루토들···!

자부자의 뒤를 노린 카카시! 마침내 자부자의 목에 쿠나이를 들이댄다. 배후로부터 자부자을 막은 카카시의 승리는 틀림없는 것으로 생각되었다. 그러나, 이 자부자의 육체는 또 「물 분신술」에 의해서 만들어진 가짜였다! 한순간에 형세는 역전, 이번에는 카카시가 자부자에게 몰려 「물감옥」에 갇혀 버린다. 이미 타즈나를 지키는 것은 나루토들 3인뿐, 게다가 나루토와 사스케의 공격도 전혀 통하지 않는다. 압도적인 힘의 차이에 당하기만 하는 나루토들은 패닉이 되어 도망치려고 한다. 그러나 왼손의 맹세, 두 번 다시 도망치지 않겠다고 한 일을 생각해 내어 용기를 내는 나루토였다.

나루토의 작전에 의해 물감옥이 깨져 자유롭게 된 카카시가 다시 자부자를 공격한다. 마침내 사륜안의 진정한 힘이 발휘될 때가 온 것이다! 카카시는 자부자의 기술을 한순간에 카피해, 자부자를 쓰러트린다. 자신의 행동의 모든 것을 읽어낸 자신의 기술로, 그것도 수배의 파괴력을 가지는 카카시의 공격에 의해 중상을 입은 자부자. 마지막으로 끝을 내려는 그 순간. 어디선가 갑자기 날아 온 철침이 자부자의 목을 관통하고...!!

간신히 타즈나의 집에 도착한 나루토들. 사륜안을 사용했기 때문에 힘을 소진한 카카시는 당분간은 꼼짝 못하게 되었지만, 자부자을 쓰러뜨렸다는 사실이 나루토들에게는 안도감과 여유를 주었다. 그러나, 냉정한 카카시에게는 하나의 의문이 있었다. 본래의 헌터닌자 라면, 죽인 상대를 그 자리에서 흔적도 없이 처리 할텐데, 왜 그 소년은 자부자의 사체를 가지고 돌아갔지...? 라고...

타즈나와 함께 파도의 나라의 거리에 나간 사쿠라는, 가토에 의해서 사람들의 생활이 몹시 괴롭힘 당하고 있는 것을 알게된다. 그러한 이유로 타즈나는, 바다를 건너는 다리를 건설하려고 목숨을 걸어 노력하고 있는것이었다. 이 다리가 생기면 해운 교통을 지배하는 가토로부터 사람들을 구해낼 수 있다고 굳게 믿으면서.... 한편 나루토와 사스케는 카카시가 낸 과제, 차크라를 이용한 나무 타기 수업에 여념이 없었다. 그날의 수련을 마치고 타즈나의 집에 돌아온 두 사람은 너덜너덜. 그런 두 사람을 차갑게 바라보는 아이 이나리는, 나루토에게 「가토에게 이길 수 있는 날은 오지 않는다」라고 해 버리는데...

차크라를 컨트롤하기 위한 수업에 돌진하는 나루토의 앞에, 수수께끼의 인물이 모습을 나타냈다. 「소중한 것을 지키기 위해서는 어디까지나 강하게 될 수 있다」라고, 말하는 인물. 그것은, 나루토가 가슴속에 품고있던 것과 완전히 같은 기분이었다. 서로 어딘가 공감하는 두 사람. 하지만 그 이상은 말하지 않고, 어딘가로 사라져 갔다. 그 인물은 누구인가?　그리고, 무엇 때문에 나루토에게 나타난 것 일까!?

마침내 자부자와의 재결전의 날이 찾아 왔다. 게다가 요전날의 「가면의 소년」도 자부자과 함께 나타났다. 자부자들은 사스케를 보고 한눈에 그 실력을 깨닫고 사스케 또한 가면의 소년이 보통 사람은 아닌 것을 실감하게 된다. 그리고, 마치 서로의 힘에 이끌리는 것 처럼 사스케와 소년이 전투를 개시한다. 그 시각, 가토의 부하가 츠나미를 인질로 하려고 타즈나의 집으로 찾아오고 있었다. 악당들이 엄마를 데려갈 것 같지만 공포에 질려 무서워만 하는 이나리. 그러나 나루토의 말을 떠올려, 이나리는 용기를 내어 악당들에게 향한다.

하쿠의 비술 마경빙정에 의해, 핀치에 빠진 사스케. 거기에 돌연 나루토가 뛰어들어 왔다! 그러나, 마경빙정을 안과 밖에서 동시에 공격하려고 했던 사스케의 작전은, 나루토의 생각치 못한 행동으로 엉망이 되어 버리고...!!

카카시는 알고 있었다. 「닌자」에게 가장 필요한 「실전」의 경험이 없는 지금의 나루토들에게는, 자부자과 함께 몇번이나 죽음의 선을 넘어 온 하쿠를 쓰러뜨릴 힘이 없다는 것을… 시간이 얼마 남지 않은 것을 깨달은 카카시는, 자부자를 쓰러뜨리기 위해서 다시한번 사륜안을 사용할 결심을 한다. 그러나, 자부자는「사륜안은 이제 통하지 않는다」라고 말한다! 자부자 또한 수많은 아수라장을 빠져 나온 닌자! 한 번 본 사륜안에 대항하는 방법을 벌써 마련해 놓았던 것인데.....!?

하쿠의 마경빙정에 의한 공격을 계속 받는 나루토와 사스케! 나루토는 벌써 일어서는 것도 할 수 없게 되었다. 그러나 사스케는 이 싸움 중에 자신이 가지고 있는 「사륜안」의 능력에 눈을 떠, 조금씩이지만 확실히 하쿠를 공격하고, 방어도 할수 있게 되었다. 그것을 눈치챈 하쿠는, 사스케가 싸우면서 자신의 능력에 눈떠 가는 것에 놀란다. 그리고 이대로 장기전이 되면 사스케에게 유리하다고 판단해, 단번에 승부할것을 결심하는데…

마침내 나루토가 각성 했다! 적에게 공격당해 사스케가 쓰러졌다는 것에대한 분노가 봉인되어 있던 구미호의 능력을 깨워버린 것이다. 나루토의 굉장한 차크라는 밖에서 싸우던 카카시와 자부자에게도 느껴질만큼 강력한 것이었다. 나루토의 압도적인 힘 앞에 꼼짝없이 쓰러지는 하쿠. 패배를 깨닫은 하쿠는 나루토에게 자신을 죽여달라고 부탁한다. 이기는 것만이 자부자의 기대에 부응하는 것이고 하는 하쿠는 나루토에게 진 지금, 자신의 가치가 없어진 것을 알고 있었던 것이다...

하쿠는 망설이고 있는 나루토에게 계속 자신을 죽여줄것을 강요한다. 하지만, 싸우는 것, 이기는 것만이 자신의 존재 이유라고 하는 하쿠 생각에 나루토는 격렬한 의문을 가진다. 그것이 닌자의 길이라고 하는 것을 알고 있지만… 그 무렵, 자부자과 카카시의 싸움도 마지막을 맞으려 하고 있었다.

하쿠를 생각하며 치미는 분노를 이기지 못해 자부자를 추궁하는 나루토. 그런데 아무것도 느끼고 있지 않는 것처럼 보이는 자부자 였지만, 실은 눈물을 흘리고 있었다. 말과는 반대로 자부자는 하쿠를 누구보다 소중히 생각했다. 마음을 기댈수 있는 단 한명의 존재였던 하쿠를 잃은 자부자의 분노와 슬픔은 매우 큰 것이었다. 그리고, 이 비정함 이야말로 닌자의 숙명인 것을 나루토는 알게된다.