L'équipe 10 fête la promotion de Shikamaru qui passe de Genin à Chûnin. Mais à l'hôpital, Sasuke provoque Naruto en duel.

Le combat entre Naruto et Sasuke est interrompu par Kakashi alors qu'ils étaient sur le point de s'entretuer. Sasuke ne supportant pas le fait que Naruto soit devenu plus fort que lui, se met en colère et part. Pendant ce temps, à la recherche de Sasuke, quatre ninjas d'Oto réussissent à s'infiltrer dans le village de Konoha sans se faire repérer. Après que Kakashi a fini sa discussion avec Sasuke, Kidômarô, Jirôbô, Sakon et Tayuya s'attaquent à lui et tentent de le convaincre de changer de camp.

Kidômarô, Jirôbô, Sakon et Tayuya expliquent à Sasuke que s'il veut atteindre son objectif, il doit obtenir de la puissance. Ce dernier, prend alors la décision de quitter le village de Konoha pour les suivre et rejoindre Orochimaru. Sakura intercepte son départ et essaye de l'arrêter en lui déclarant son amour, lui demandant de l'emmener avec lui si possible, mais Sasuke reste de marbre et lui adresse un « merci » avant de lui faire perdre conscience.

Tsunade convoque Shikamaru et lui explique la situation. Elle lui dit de former une escouade composée de genin. Shikamaru forme une équipe de 5 avec Naruto, Kiba, Chôji et Neji. Avant le départ de l'équipe, Sakura vient voir le groupe et demande à Naruto en pleurant de ramener Sasuke au village. Naruto accepte la proposition de Sakura et lui fait la promesse de tout faire pour ramener Sasuke.

Sasuke avale un stimulant et entre dans un état comateux le temps d’assimiler le niveau deux du sceau maudit. Il est enfermé dans un tonneau qui le ramènera à la vie grâce à une technique spéciale. Les ninjas d'Oto dévoilent leurs pouvoirs sur les jōnin de Konoha.

L'équipe de Shikamaru se fait prendre au piège dans une prison de terre. Alors que les autres ninjas de Konoha essayent de s'en sortir, Shikamaru discute avec l'ennemi.

Chôji décide de combattre Jirôbô. Grâce à ses pilules, Chôji tient tête au ninja d'Oto. Ce dernier dévoile ses pouvoirs et traite Chôji de déchet.

Chôji augmente sa force et écrase Jirôbô. Celui-ci utilise son sceau démoniaque au niveau 2 et surpasse Chôji. Chôji n'a plus d'autre choix que d'utiliser la pilule mortelle au piment.

L'équipe de Shikamaru rattrape celle des ninjas d'Oto. Kidômarô va se battre et met toute l'équipe en échec. Neji se désigne pour affronter Kidômarô.

Neji continue à combattre Kidômarô, qui a trouvé le point faible du Byakugan de Neji. Pendant ce temps, Shikamaru, Naruto, Kiba et Akamaru continuent leur chemin.

Le combat entre Neji et Kidômarô se poursuit. Malgré toutes les blessures graves, Neji finit par vaincre son adversaire.

Sakon et Tayuya continuent leur chemin en direction du repère d'Orochimaru. Mais l'état de santé de ce dernier se dégrade, et il doit se résoudre à changer de corps avant l’arrivée de de Sasuke. Shikamaru, Naruto et Kiba finissent par les rattraper et s'emparent du tonneau dans lequel est enfermé Sasuke.

Kiba et Sakon se retrouvent dans le même piège qu'a posé Akamaru et tombent d'une falaise. Alors que Tayuya rattrape Naruto et Shikamaru, un ennemi fait son apparition : il s'agit de Kimimaro, dernier représentant du clan Kaguya et membre du quintet d'Oto, il emporte Sasuke avec lui pour le ramener à Orochimaru. Shikamaru permet à Naruto de rattraper Kimimaro pendant que lui s'apprête à affronter Tayuya.

Le combat entre Kiba et Sakon fait rage. Ukon, le frère de Sakon se réveille et les 2 frères passent directement au stade n°2 de leur sceau maléfique. Kiba et Akamaru décident d'utiliser la redoutable technique du loup bicéphale.

Naruto créé plusieurs clones pour son combat contre Kimimaro. Mais ce dernier les bat facilement. Kiba se blesse lui-même gravement lors de son combat contre Ukon qui a réussi à s'introduire dans son corps. Shikamaru observe le style de combat de Tayuya pour élaborer une stratégie afin de trouver son point faible.

Le combat entre Shikamaru et Tayuya continue. Tayuya envoie ses créatures à l'attaque à l'aide des notes jouées sur sa flûte. Shikamaru met alors son plan en marche et parvient à redresser la situation à son avantage. Mais Tayuya est contrainte de passer au stade n°2 de son sceau maléfique pour inverser la tendance.

Comme prévu, Kimimaro s'est facilement débarrassé des clones de Naruto à l'aide de sa technique de la danse du camélia. Tout à coup, le tonneau se brise en mille morceaux et Sasuke réapparait sous la forme de stade n°2 de sa marque maudite. Alors que Naruto tente de rattraper Sasuke qui a pris la fuite, Kimimaro s'apprête à l'éliminer. Mais Lee intervient à temps et empêche Kimimaro de s'en prendre à Naruto. Lee rappelle à Naruto qu'il a promis à Sakura de ramener Sasuke. Naruto approuve et part donc à la poursuite de Sasuke. Un combat commence entre Lee et Kimimaro. Mais au bout de quelques minutes, Lee interrompt le combat car il doit prendre son médicament. Il boit du saké à la place de son médicament et devient accidentellement ivre.

Lee est accidentellement ivre et sa force augmente. La technique de l'homme ivre est trop puissante pour Kimimaro qui décide d'utiliser ses os. Pendant ce temps, Kiba et Shikamaru sont dans un état critique.

Alors que les combats de Lee, Kiba et Shikamaru vont s'achever, d'autres ninjas viennent y prendre part ; en effet, Temari, Kankuro et Gaara arrivent juste à temps. Pendant que Temari affronte Tayuya, Kankuro doit faire face à Sakon et Ukon.

Pour protéger Lee en mauvaise posture, Gaara se bat contre Kimimaro en utilisant des attaques encore plus puissantes qu'avant. Naruto continue de suivre la trace de Sasuke.

La maîtrise du sable de Gaara pousse Kimimaro à ses limites. Mais celui-ci porteur d'un lourd passé montre toute la puissance héritée de son clan. A la frontière du pays du feu, Naruto rattrape Sasuke et essaye de le raisonner.

Naruto a enfin rattrapé Sasuke mais à sa grande surprise, il s'aperçoit très vite que ce dernier a bel et bien plongé dans les ténèbres et est devenu plus fort que jamais grâce à la puissance de son sceau maléfique. Le dernier combat entre Naruto et Sasuke est sur le point de commencer.

Sasuke affronte Naruto, qui de son côté ne se bat pas sérieusement. Pendant l'affrontement, le jeune Uchiwa se remémore son enfance passée aux côtés de son frère Itachi envers qui il était plein d'admiration. Cependant, Sasuke était quand même jaloux que son père s'intéresse plus à Itachi qu'à lui-même. Il voit Itachi devenir de plus en plus distant avec le reste de son clan.

Sasuke décide de battre Naruto rapidement en activant son Sharingan ; il replonge une nouvelle fois dans ses souvenirs d'enfance, à l’époque où il déployait de nombreux efforts pour prouver sa valeur à son père.

Suite des souvenirs d’enfance de Sasuke. Le jeune garçon découvre que son frère possède une autre version du Sharingan, le « Kaléidoscope hypnotique du Sharingan ». Pour l’obtenir, il faut tuer son meilleur ami. De retour au présent, Sasuke annonce à Naruto qu'il est son meilleur ami et que c'est pour ça qu'il cherche à l'éliminer.

À Konoha, Kakashi apprend que Sasuke a quitté le village. Il part tout de suite à la recherche de Sasuke et Naruto qui ont véritablement commencé leur combat. Sasuke est bien décidé à en finir avec Naruto.

La bataille entre Naruto et Sasuke fait rage, les deux amis découvrent que ce sont leurs liens qui les rendent plus fort. Sasuke fait évoluer la forme de son sharingan et veut trancher ces liens qui le lient à Naruto. Mais ce dernier ne le laisse pas faire et se transforme, sous l'emprise de Kyûbi.

Sasuke utilise son sceau maléfique pour augmenter sa puissance. Le dénouement est tout proche et Naruto et Sasuke tentent le tout pour le tout. Sasuke laisse la vie sauve à son équipier et part en direction du village d'Oto.

Pendant que Kakashi ramène Naruto au village, Shikamaru est inquiet pour Kiba et Akamaru, Chôji et Neji qui se font soigner. la vie d Kiba n'est pas menacée, malgré une blessure grave, mais Neji et Chôji se trouve en situation critique. Shikamaru a échoué dans sa mission et s'en inquiète. Sasuke a rejoint Orochimaru après son combat contre Naruto et ce dernier essaye de se faire pardonner auprès de Sakura en lui promettant de ramener leur ex-compagnon. Jiraya informe Naruto des plans de l'Akatsuki vis-à-vis de lui qui aboutiront dans 3 ans et lui demande d'oublier Sasuke. De nature entêtée, Naruto refuse et déclare qu'il veut toujours sauver Sasuke des griffes d'Orochimaru quoi qu'il puisse arriver.