나뭇잎 마을 밖으로 나가버린 사스케와 나루토가 걱정된 사쿠라는 카카시에게 이를 상의 한다. 두명이 정말 서로를 죽일지도 모른다고 생각한 카카시는 그들의 동향을 살피기 위해 닌자견을 파견한다. 어떻게 해서든 힘을 손에 넣고싶은 사스케는 나루토를 진심으로 쓰러뜨리려 하고 있었다. 가장 친한 친구를 쓰러뜨리면 만화경 사륜안을 가질 수 있다는 형 이타치의 말이 있었기 때문이다. 나루토는 '너는 나에게 있어서 가장 친한 친구가 되었다...'라는 사스케의 말에 감동을 받으면서도 그를 마을로 데리고 돌아가기 위해 응전한다. 치도리를 발동시키는 사스케, 나루토는 그림자분신으로 나선환을 만들어 반격, 두 사람은 서로 격렬하게 맞서지만....

나루토와 사스케의 싸움은 그 강도를 더해가고 있었다. 굉장한 구미호의 기운으로 사스케를 날려버리는 나루토. 쓰러진 사스케의 멱살을 잡아 일으키며, 팔다리를 부러뜨려서라도 억지로 끌고 가겠다는 나루토에게 부모도 형제도 없는 네가 나의 무엇을 아느냐고 질문한다. 그러나 사스케를 특별한 친구라고 생각하고 있는 나루토는, 마치 형제와도 같이 보내온 지난 날들을 떠올리는 것이었다. 자세를 고쳐잡은 사스케는 나루토와의 관계를 끓으려는 결심을 하지만....

나루토가 가진 구미호의 차크라는 마치 의지를 가진것처럼 멋대로 움직여, 사스케에게 강렬한 공격을 퍼붓고 있었다. 그리고 드디어 사스케의 몸에도 변화가 나타난다. 솟아오른 등에서 마치 손과 같은 날개가 뻗어 나온 생긴 것이다. 아픔에 전신을 떨면서 더이상 시간이 없다는 것을 직감한 사스케. 한편, 나루토는 왼손의 감각이 없어지고 있었다. 힘을 얻은 대가로 데미지를 입었던 것이다. 폭포를 사이에 둔「종말의 골짜기」에서 과연 두 사람의 결판은…!?

사스케와의 격투끝에 쓰러져버린 나루토에게 카카시가 급히 달려왔다. 한편 의료반에서는 호송된 부상자들의 치료가 계속 되고 있었다. 시카마루는 경상. 키바는 상처가 깊지만 생명에 별 지장이 없지만 쵸지와 네지 두명이 중태... 임무에 희생은 부속물처럼 따라오는 것이라고 알고는 있었지만 시카마루는 심하게 흔들리고 있었다. 소대장으로서의 힘의 부족함을 실감하며 '자신은 닌자에 어울리지 않다'고 테마리에게 말하는 시카마루. 거기에 나루토가 돌아왔다는 소식이 들려오지만...

빨리 수행을 시작하고 싶어서 병실을 빠져 나가는 나루토. 그러나, 의료반에게 발각되어 잡혀와 침대에 꽁꽁 묶이는 신세가 되어버린다. 몰래 마을을 빠져나가려는 사쿠라. 그녀의 결심을 알아차린 나루토는 줄을 잡아뜯고 사쿠라를 쫓아간다. '말려도 소용없어'라는 사쿠라에게 자신도 함께 간다고 하는 나루토. 바로 그때 나무그늘에서 지라이야가 나타났다! 지라이야는 '사스케가 가버린 소리마을이 있는 밭의 나라를 조사하고, 보고하라' 는 호카게로부터의 임무가 내려졌다고 하는데...

수상한 가게에서 즐기고 있는 것 같은 지라이야를 버려두고, 나루토와 사쿠라는 변두리로 향한다. 그곳에서 두 사람은 부상을 당한채로 누군가에게 쫓기는 사사메를 만난다. 눈 깜짝할 사이에 사사메를 구하는 나루토. 한편 지라이야는 호스티스에게서 소리마을의 소문을 잘 아는 인물이 있다는 말을 듣고, 골목길로 향한다. 그곳에 돌연 도둑으로 전략한 닌자 한자키 일행이 습격하기 시작한다. 그러나, 상대가 나뭇잎마을의 전설의 세 닌자인 지라이야 라는 것을 안 한자키는 급히 항복한다. 그리고 지라이야는 한자키로 부터 소리마을의 닌자 일족들의 이야기를 듣게 되는데...

거미줄을 이용해 찾아온 후우마 일족의 카미키리, 지쿠모, 카게로에게 공격당하는 나루토, 사쿠라, 사사메. 그 순간 지라이야가 찾아와 싸움에 박차를 가하고, 자신들이 열세하다고 판단된 카미키리 들은 순식간에 멀리 도망가는 것이었다. 사사메의 안내로 나루토 일행은 오로치마루의 아지트가 있는 소리마을의 입구에 다다른다. 의욕이 넘쳐서 어서 빨리 가자고 재촉하는 나루토 들이었지만, 지라이야에 의해 단번에 제지. 본격적이기에 앞서 우선은 배를 채우자고 하는 지라이야의 말에 할수없이 순순히 따르는 나루토 들이었는데....

우여곡절 끝에 사사메의 안내로 인해 나루토, 사쿠라, 지라이야는 오로치마루의 아지트의 도착했다. 지라이야는 정찰을 위해 소환술을 이용, 가마키치를 불러내 앞세워 보낸다. 모두들 가마키치의 뒤를 따라 구불구불한 계단이나 긴 통로들을 지나가지만 갈림길을 만나 나루토와 사쿠라, 그리고 지라이야 두 패로 나뉘어 버렸다. 나루토들은 위험한 함정들을 통과하며 지나간다, 그러나 함정에 빠지는 사쿠라를 감싸고 나루토는 그만 대신 빠져버리는데…

오로치마루에게 압박 당하는 사쿠라. 그리고 카부토가 사쿠라를 향해 수리검을 던졌을때 나루토가 나타난다. 나루토는 그림자 분신술로 카부토를 농락하며 쿠나이를 다 써버리게 만든다. 한편 카부토는 화둔 안개 연무술을 이용해 반격, 나루토의 분신들은 연기가 되어 사라져 버린다. 그러나 나루토의 나선환이 카부토의 가슴에 직격, 승부가 결정 되는듯하는데…

카미키리, 지쿠모와 한 몸이 되버린 끔찍한 모습의 아라시. 공격당하는 사쿠라를 감싸는 나루토의 등에 카미키리의 가위가 꽂혀버린다. 자신이 아무 도움도 못되고 나루토에게 상처를 입히자 괴로워 하는 사쿠라. 하지만, 그런 사쿠라를 위로하고 다시 아라시를 공격하는 나루토! 그러나 부상을 당한 나루토는 그림자 분신으로 대항하지만 점차 밀려가는데…

의료닌자를 목표로 하는 사쿠라는 차크라의 미묘한 컨트롤을 수련하고 있었다. 한편 부상을 회복하고 기운이 넘치는 나루토는, 갑작스러운 임무로 외출하게 된 지라이야 때문에 심기가 불편하다. 지라이야는 그런 나루토에게 자신이 부재중에 있을때 할 특별 트레이닝 이라며 두루마기를 건네 주는 것이었다. 그 때, 호카게 집무실에서 서류 처리에 임하던 츠나데는 나뭇잎마을의 엄중경계시설 자료를 보게된다. 그곳은 중죄를 저지른 닌자들을 수용하는 시설로, 죄수들에게 굴을 파는 노동을 시키고 있는 것이었는데...

톤톤의 후각을 이용하여 탈옥한 미즈키를 쫓아가는 시즈네 일행. 그러나 후진과 라이진에 의해 시즈네가 당해버린다. 나뭇잎 마을에서는 미즈키 사건에 오로치마루가 얽혀있는 것을 알아차린 나루토가 츠나데에게 따진다. 바로 그때 톤톤이 돌아와 필사적으로 무언가를 전하려고 하는데… 나루토는 시즈네의 위기를 직감하고 츠나데의 제지도 듣지 않고 '시즈네를 구하고 오로치마루를 쓰러뜨려 사스케를 데리고 돌아온다' 라고 뛰쳐 나가버리는 것이었다.

미련하면서도 괴력의 소유자인 후진, 라이진 에게는 나루토의 공격이 통하지 않는다. 그림자 분신을 이용한 미끼작전으로 시간벌기를 하고있는 나루토의 앞에 최강 트리오가 등장하는데..!? 한편 이루카는 미즈키에게 공격을 받고있었다. 미즈키의 수리검을 막아내면서 '같이 불의 의지를 계승할 나뭇잎마을의 가족' 이라고 설득을 계속하는 이루카. 그러나 미즈키에게는 먹히지 않고 진심으로 이루카를 쓰러뜨리려 하는데…

후진, 라이진에게 고전을 면치 못하는 나루토의 앞에 시카마루, 이노, 쵸지가 등장! 츠나데의 명령을 받고 온 세명에게 뒤를 맡기고, 나루토와 파쿤은 미즈키를 쫓는다. 후진, 라이진의 움직임을 시카마루가 그림자 흉내술로 잡아두고 있는 사이 이노가 이혼술로 후진의 몸에 들어가고, 쵸지가 라이진과 맞붙는다. 이리하여 그들은 '포메이션, 이노시카쵸'를 완성하는 것이었다! 그 때 이루카는 피가 묻은 대나무 잎으로 키즈키를 쫓고 있었는데....

츠바키가 미즈키의 약혼녀 라는 것을 알게된 나루토. 미즈키를 말리고 싶은 츠바키는 함께 데려가 달라고 나루토들에게 부탁한다. 미즈키가 갈 장소로 짐작가는 곳이 있다고 하는 츠바키. 이전에 봉인의 서를 훔치기로 한 미즈키는 '오로치마루의 힘을 손에 넣어 그에게로 간다' 라고 이야기 한적이 있었다는 것이다. 미즈키의 진짜 목적을 알고 놀라는 나루토들. 그 때, 나라 일족의 사슴 목장에 있는 연구시설에 미즈키가 나타나 연구원 들을 습격하고, 약제를 훔져 멀리 달아나는데...

미즈키가 펼치는 차크라의 질과 파워에 나루토와 이루카는 압도된다. 나루토는 그림자 분신술로 맞서지만, 미즈키에게 당할뿐이다. 나루토를 지키기 위해 결국 이루카는 수리검을 꺼내드는데… 한창의 싸움 중에 미즈키의 몸에 변화가 일어나 호랑이 인간과 같은 모습으로 변신, 파워업한 미즈키였지만 파쿤과 이루카는 그 스피드가 미묘하게 약해진것을 민감하게 알아채고 있었다.

어느날 호카게에게 미향충을 이용해서 사스케를 찾는다는 아이디어를 전하기 위해 키바, 시노, 히나타가 찾아온다. 미향충은 닌자견의 몇천배의 후각을 지닌 벌레로, 냄새의 끝을 어디까지라도 쫓아간다. 일찍이 아부라메 일족이 사용하던 모양이었지만, 지금은 멸종위기로 인해 지극히 극 소수로 서식하는 환상의 벌레인 것이다. 산란은 몇 년에 한번으로, 올해가 산란의 해, 지금이 정확히 부화 시기에 해당한다고 한다. 키바, 시노, 히나타 세명. 그리고 그 이야기를 엿들은 나루토까지! 호카게는 미향충 찾기를 명하는데...

닌자견의 몇천배의 후각을 지닌 미향충을 찾는 임무로 키바, 시노, 히나타와 함께 나루토는 벌레들이 사는 바위 마을로 향한다. 사진을 단서로 미향충을 찾아다니는 일행이지만, 나루토는 벌레의 차이를 모른채 장수풍뎅이 같은 엉뚱한 벌레를 찾아내서는 시노들에게 핀잔만 듣는다. 그런 나루토들의 모습을, 뒤어서 몰래 지켜보는 닌자들이 있었는데…

카미즈루일족의 말벌들에게 히나타가 끌려가 버린다. 카미즈루일족은 땅의 나라 바위마을에서 주로 벌을 조종하는 일족. 지금은 불과 몇 명밖에 없다고 한다. 그들은 다양한 비술을 기록한 초대의 비전서를 찾아내기 위해서 미향충을 손에 넣으려 하는 것이었다.카미즈루일족은 나루토들이 잡은 미향충과 인질인 히나타와의 교환을 요구한다. 고민하던 나루토들... 결론은 히나타를 되찾고 미향충도 지키기 위해 스즈메바치들과 대결을 벌이는 것! 그리고 나루토들은 미향충이라고 속이고 변신한 장수풍뎅이를 건네는 것이었는데....

카미즈루일족의 말벌들에 의해 나루토, 키바, 시노는 여왕벌의 벌집에 갇힌다. 화가 난 여왕벌이 토해내는 밀납에 갇혀 나루토 일행은 꼼짝도 못하게 된다. 그러나 시노는 인질이 된 히나타와의 교환이 아니면 미향충을 건네지 않겠다고 선언한다. 부화의 시간이 다가오자, 스즈메바치는 시노의 요구를 받아들이기로 한다. 히나타가 잡혀있는 장소로 향하는 일동. 그러나 그곳에 히나타의 모습은 없었다....

나뭇잎마을에서 수행 중이던 나루토는 급류에서 로쿠스케, 하치다이, 산고로를 구조하게 된다. 세명은 강의 나라 카타바미 광산에서 나뭇잎 마을에 임무를 의뢰하러 왔다고 한다. 유수의 광산촌인 카타바미 광산에는 마을의 경호를 핑계삼아 '쿠로스키 패밀리'라 자칭하는 사악한 자들이 쳐들어와 마을을 지배하고, 이유도없이 사람들을 죽인다고 한다. 츠나데는 나루토, 리, 네지, 텐텐에게 '로쿠스케 일행을 카타바미 광산으로 바래다 주고, 쿠로스키 패밀리를 제거하라'는 임무를 명하는데....

카타바미 광산의 묘지에 생매장 된 동료를 기도하는 마음으로 파내는 로쿠스케. 그러나 쿠로스키 무리에 둘러싸여 잡히고 만다. '너의 장례식을 치뤄주마' 라고 로쿠스케에게 선언하는 라이가. 그동안 '장례식'을 목적으로 마을사람들을 죽여 왔던 것이다. 한편 나루토는 광산에서 활개 치는 쿠로스키 무리들을 보고 분노를 억누를 수 없는데....

네지는 백안으로 적의 위치를 파악하지만 이는 란마루가 만들어낸 허상일뿐, 나루도들의 공격도 허사로 돌아간다. 하지만 네지의 백안으로 적의 모습을 발견, 공격하지만 그것들의 정체는 말라죽은 나무나 바위였을 뿐… 사물에도 경락계가 보인다는 사실에 네지는 놀라는데.... 곧이어 이어지는 라이가의 공격에 아이들은 기절해버린다.

쿠로스키 패밀리가 도망가고 카타바미 광산에도 평화가 온 듯 보였다. 그러나 카라시는 무언가를 계획하고 있는 듯 한데… 이윽고 낭떠러지 위에 숨어 있던 쿠로스키 무리가 커다란 바위를 떨어뜨리며 나루토 일행에게 기습을 걸어 왔다! 쿠로스키 무리는 연달아 공격을 퍼붓는데...!

되살아난 라이가가 본 것은 죽은 듯이 누워있는 란마루. 절망한 라이가는 숨길 수 없는 분노를 내뿜고, 격렬한 번개를 부른다. 라이가를 막기위해 필사적으로 응전하는 텐텐. 그러나 라이가의 분노와 슬픔은 좀처럼 가라앉지 않는다. '나뭇잎마을에서 나루토 일행 놈들만 오지 않았더라면 나와 란마루는 영원히 함께 할 수 있었는데' 라고 생각한 라이가는…

라이가와 맞서 싸우던 리는 라이가의 공격에 절벽에서 떨어진다. 카라시 일행은 카레를 가지고 라이가에게 향하고 란마루와 할머니는 리에게 카레를 먹이고 텐텐은 나루토를 찾아나서고 카라시는 네지를 찾아나선다. 리는 카레를 먹고 정신을 차리지만 실수로 와인이 들어간 카레로 인해 만취하고 나루토는 정신을 차리지만 네지는 술 때문에 기절하고 만다. 란마루는 죄값을 치르기 위해서 라이가와 죽으려고 하지만 만취한 리가 나타나 수포로 돌아간다. 란마루는 라이가에게 생명의 카레를 먹고 사람을 해치는 일은 그만두자고 하지만 배신감에 불탄 라이가는 란마루를 공격한다. 나루토는 라이가에게서 란마루를 구하고 란마루를 보내주기 위해 연기까지 한 라이가는 스스로 죽음을 맞는다. 란마루는 생명의 카레집에서 일하게 되고 아이들은 나뭇잎마을을 향해 떠난다

닌자학교학생들과 조를 이뤄서 서바이벌 훈련을 가게 된 나루토, 처음에는 싫다고 성질을 부리지만 츠나데의 말솜씨에 넘어가 코노하마루 모에기 우돈과 함께 연습에 참가한다. 서바이벌 내용은 다쿠라미산 정상의 바위에 있는 기밀문서를 가지고 1등으로 도착할 것. 승부욕에 불타는 나루토는 지도를 못 읽고 길을 잃자 1등을 할 욕심에 아이들을 이끌고 비가 쏟아지는데도 지정된 루트외의 위험한 길로 향한다. 폭우 소식에 이루카와 교관들은 연습을 중지결정을 내리지만 나루토의 조가 루트를 벗어난 것을 알고 찾아나선다. 동굴에서 비를 피하던 코노하마루와 아이들은 닌자에게 중요한 건 팀욱이란 나루토의 말에 감명을 받고 다시 목적지로 향하지만 나루토가 바위에 깔려 위험에 처한다. 힘을 합쳐 나루토를 구한 아이들와 나루토는 마을로 돌아오지만 나루토는 사고 때문에 츠나데에게 혼줄이 난다.

츠나데는 한 영주의 다기를 훔쳐간 도둑 고슨쿠기를 잡아오라는 임무를 내리고 나루토는 좀도둑 잡는 시시한 임무라며 툴툴거린다. 마침내 고슨쿠기가 숨어있다는 돌의 나라에 도착한 나루토와 키바, 히나타는 곳곳에 붙어있는 고슨쿠기의 현상수배포스터를 본다. 그리고 술집에 들어간 아이들은 술집에 있던 불량배와 시비가 붙고 한 남자가 아이들을 구해준다. 자신을 현상금 사냥꾼이라고 소개한 남자는 고슨쿠기를 잡기 위해 나뭇잎마을에서 온 닌자라는 아이들의 말에 아이들을 마을 밖으로 유인해서 정신을 잃게 만든다. 정신을 차린 아이들은 고슨쿠기를 찾아 뒤를 쫓고 남자는 고슨쿠기를 만나 공격하지만 고슨쿠기에 당하고 아이들은 남자를 구하지만 그가 일가족을 살해해 수배중이라는 포스터를 보고 깜짝 놀란다.

깨어난 사자나미는 자신의 과거사를 털어놓는다. 작은 마을의 대장장이로 살다가 축제날 주문받은 칼을 전해주러 갔다가 고슨쿠기와 마주친 일, 고슨쿠기가 저지른 죄를 뒤집어쓰고 마을 떠난 고슨쿠기를 잡아 누명을 벗기 위해 현상금사냥꾼이 되었다는 얘기를 털어놓는다. 그리고 고슨쿠기를 양보해주겠냐고 하지만 아이들은 거절하고 고슨쿠기를 뒤쫓는다. 분신에게 유인당한 아이들은 고슨쿠기가 오케이절의 황금종을 훔쳐 달아나는 것을 보고 뒤쫓는다. 아이들을 따돌린 고슨쿠기는 사자나미에게 잡히지만 사자나미는 자신을 뒤쫓던 가츠라는 현상금사냥꾼에게 잡히고 만다. 하지만 가츠의 도움으로 사자나미는 누명을 벗고 무죄를 입증한다.

가이와 리가 원정임무를 떠나는 날, 나뭇잎마을의 기밀문서를 빼내 마을의 영웅이 되어서 되겠다는 꿈을 가진 어설픈 두 닌자 몬다이와 폿챠가 가이와 리로 변장해서 마을로 잠입한다. 어설픈 변장 탓에 모두 가이와 리가 아니란 걸 알아보지만 둘은 그 사실을 꿈에도 모른 채 마을을 돌아다니고 결국 이 사실은 츠나데의 귀에까지 들어간다. 한편 나루토는 둘을 가이와 리로 착각해서 같이 체술수행을 하자고 졸라대고 결국 둘은 허락하고 만다. 그러던 중 텐텐이 나타나 세 사람을 농가로 보내고 둘은 거머리에 피를 빨리며 모내기를 하고 거름까지 뒤집어쓴다. 그 후 사쿠라가 나타나 바람에 날아간 빨래를 찾아달라는 통에 고생을 한다. 마지막으로 츠나데까지 나타나 감기에 걸린 카츠유를 돌봐달라고 하고 카츠유의 콧물에 혼줄이 난다. 결국 모든 것을 포기하고 마을을 빠져나가려 하지만 가이와 리를 만나 공격 한방에 날려가고 만다.

새의 나라라는 가난한 먼 나라에서 유령을 퇴치해달라며 찾아온 치시마, 츠나데는 자기 돈까지 털털 털어 부탁하는 치시마 탓에 할 수 없이 의뢰를 받아들인다. 나루토는 돈이 없어 라면가게 근처를 어슬렁거리던 치시마를 만나 라면을 사주고 친구인 영주를 걱정하는 모습에 임무를 맡겠다고 나서지만 유령 얘기에 겁을 먹는다. 텐텐 네지와 함께 길을 나선 나루토는, 현 영주인 치시마의 친구 사기는 아버지의 의문의 죽음 이후 책사 코메이의 방해로 힘들게 영주에 취임했고 그 후 여동생마저 죽은 뒤 실의에 빠졌으면 저주받은 무사라는 유령은 선대 영주라는 소문이 돈다는 얘기를 듣고 저주받은 무사의 뒤에 코메이가 있다고 확신한다. 마을에 도착한 아이들은 저주받은 무사와 마주치고 쓰러진 갑옷 안이 텅 빈 것을 보고 깜짝 놀란다.

아이들은 모소의 집으로 찾아가고 모소는 반드시 무사의 정체를 밝혀달라며 정중히 부탁한다. 아이들은 무사의 출현에 대해 얘기하며 모든 것이 코메이의 짓이라 결론내리고 사기를 만나기 위해 사기의 추억의 장소로 향한다. 호수에서 여동생과의 추억을 되새기는 사기, 하지만 자객이 나타나 사기를 해치려 하고 사기는 아이들의 도움으로 목숨을 구한다. 그러나 사기는 아이들과 치시마에게 차갑게 대하고 치시마는 아버지와 여동생의 죽음으로 사기가 변했다고 말한다. 자객들이 던진 수리검이 코메이가 이끄는 근위병이 쓰는 것임을 알고 아이들은 코메이가 범인이라 확신하고 코메이의 집으로 가 어디론가 향하는 코메이를 뒤쫓는다. 코메이가 무사와 마주치는 순간, 무사에게서 이전과는 달리 인간의 기척이 느껴지지만 쓰러트린 후 열어본 갑옷 안은 다시 비어있다. 코메이는 체포당하고 네지는 무사는 둘이라는 결론을 내린다.

모소는 코메이가 자백했으니 사건이 다 해결되었다며 모두 돌아가라고 하지만 납즉할 수 없다며 나루토는 의문을 제기한다. 만류하던 네지도 나루토의 말에 일리가 있다며 재조사에 응하고 나루토는 무사가 나왔던 낡은 사당으로 간다. 소환술로 불러낸 가마키치, 가마타츠와 함께 사당을 둘러보던 나루토는 검은 연을 발견해 하늘을 나는 무사의 비밀을 푼다. 또 비밀통로를 발견해 그 통로를 따라가자 영주의 집으로 나온다. 영주의 집에서 들킨 나루토는 지하감옥에 갇히고 그 곳에서 저주받은 무사의 정체가 사기라는 사실을 알게 된다. 사기는 복수를 하기 위해서 죽어도 좋다며 비밀을 아는 나루토를 죽이겠다고 한다. 한편 영주의 묘에 간 네지와 텐텐은 선대 영주가 독살됐음을 눈치채고 영주의 병사에게 쫓기다 카카시와 마주친다. 하지만 카카시는 나루토를 구하러 가자는 말에 냉정하게 임무 이외의 일은 하지 말라고 한다.

카카시는 아이들에게 마을로 돌아갈 것을 명하고 이를 몰래 지켜보던 닌자는 이들을 뒤쫓는다. 하지만 카카시는 바꿔치기술로 이를 따돌린다. 모소는 코메이를 반역자로 칭하며 처형하려 하지만 저주받은 무사가 나타나 코메이를 데려가고 병사로 변장했던 카카시와 아이들도 이를 뒤쫓는다. 카카시는 추적자를 눈치채고 아이들을 보내고 혼자 남고 아이들은 무사를 쫓아 사당으로 간다. 카카시는 특이한 술법을 가진 닌자 나가레와 맞붙고 아이들은 사당의 지하통로를 들어간다. 아이들과 코메이를 데려온 무사는 나루토로 부상을 입고 쫓아온 치사마의 말에 모든 사실을 알게 된 나루토가 코메이를 구하러 갔던 것. 사기는 코메이에게 사과의 말을 전하고 자기 손으로 원한을 갚겠다며 다짐한다.

복수를 다짐하는 사기를 본 나루토는 사스케를 떠올리고 말리려하지만 사기는 나루토일행을 가두고 떠나고 나가레는 결국 카카시의 손에 쓰러진다. 한편 사기의 죽음 후 복수를 위해 사기행세를 했던 토키는 저주받은 무사로 변장해서 모소를 치러 가지만 잡히고 정체까지 발각된다. 뒤이어 쫓아온 나루토일행이 위기에서 토키를 구해내지만 덕망높은 모소로 가장했던 떠돌이닌자의 우두머리 호키는 떠돌이닌자로 떠돌며 훔쳐낸 술법과 속임수로 눈을 돌리게 한 후 토키를 데려간다. 뒤이어 쫓아간 나루토는 병풍에서 나온 배를 타고 병풍속의 세계로 들어간다.

모소의 환술에 홀려 위험에 빠졌던 나루토는 치시마덕에 정신을 차리고 토키를 인질로 잡고 있던 모소는 떠돌이닌자의 우두머리인 자신, 호키의 본모습을 드러내고 나루토를 공격한다. 하지만 치시마가 대신 공격을 받고 쓰러지며 토키를 지켜달라고 한다. 나루토는 호키를 공격하다 물에 빠지고 그 곳에서 사기의 영혼을 만난다. 사기는 토키가 복수가 아니라 새의 나라를 맡아주길 원했다며 멈춰버린 시간을 다시 움직여달라고 부탁한다. 물밖으로 나온 나루토는 그림자분신으로 호키를 쓰러트리고 토키에게 사기의 얘기를 전해준다. 그 후 토키는 다시 영주의 자리에 올라 새의 나라를 잘 다스릴 것을 다짐한다.

쵸지와 라면을 먹으러 간 나루토는 가게문을 닫고 라면을 끓이는 라면집 주인 테우치와 마주친다. 새 라면을 맛본 두 사람은 수프는 훌륭하지만 면이 별로라고 평하고 테우치는 핫카쿠라는 요리닌자가 환상의 요리법을 요구하며 딸인 아야메를 데려가서 새 메뉴를 개발중이었다고 한다. 아이들은 아야메를 되찾기 위해 테우치로부터 면 뽑기를 배운다. 다음날 대결이 시작되고 첫 번째 반죽을 망친 나루토는 번째 반죽을 닌자스타일로 해서 쫄깃한 면을 뽑아내는데 성공하고 결국 요리닌자들은 항복한다. 그리고 요리닌자가 살아남기 위해 테우치가 가지고 있다는 환상의 요리법이 필요했다고 하지만 그 요리법이 그저 국물의 쓴맛 없애는 요리법일 뿐이란 것을 알고 절망한다. 한편 요리닌자의 맛있는 요리를 먹고 살이 찐 아야메는 테우치가 개발한 다이어트라면 덕에 다시 날씬해지지만 테우치는 뼈만 남은 꼴이 되고 만다.

나루토는 앙코를 따라 시노 이노와 함께 해마를 퇴치하고 현금수송선을 경호하라는 임무를 맡도 바다의 나라로 떠난다. 한편 오로치마루를 따랐던 앙코는 어린 시절 오로치마루가 지워버린 기억 때문에 괴로워한다. 바다의 나라로 가기 위해 바닷마을로 온 아이들은 그 곳에서 바다의 나라의 중심인 엄마섬에 산다는 소녀 이사리비를 만난다. 이사리비는 많은 사람들과 실종됐다가 혼자 나타나는 바람에 마을 사람들에 섞이지 못 하고 혼자 살아가는 소녀다. 해마 때문에 배를 태워줄 수 없다는 말에 아이들은 배를 빌리고 밤바다를 배로 건넌다. 하지만 미스미와 요로이의 공격을 받아 배는 침몰하고 나루토는 혼자 바다에 빠지고 만다. 그리고 어디선가 헤엄쳐온 이사리비가 나루토를 구해낸다.

나루토를 찾지 못 한 앙코와 시노는 일단 숙소로 가고 오로치마루는 자신을 위해 실험중이라는 아마치라는 사내를 만난다. 한편 바다의 나라측은 현금수송선의 출발이 내일로 앞당겨졌다고 얘기한다. 나루토는 이사리비가 구해준 것을 알고 살갑게 대하지만 이사리비는 냉담하고 동네 아이들의 장난에서 구해줘도 차갑기만 하다. 한편 나루토를 찾아 다니던 이노와 시노는 마을 주민들로부터 귀계섬과 귀신놀음이 상관있다는 얘기를 듣고 이사리비의 집으로 향한다. 어디론가 향하는 이사리비의 뒤를 쫓던 앙코와 이노 시노는 이상한 몸으로 변한 이사리비를 해마로 간주하고 생포한다. 앙코는 이사리비를 보고 10년 전 오로치마루가 지워버린 자신의 기억 속에서 오로치마루의 실험을 기억해낸다. 한편 달려온 나루토는 이노가 잡은 해마가 이사리비란 것을 눈치채지만 요로이가 나타나 이사리비를 데리고 사라진다.

나루토는 이사리비가 자신을 구해줬다며 역성을 들지만 아이들은 귀 기울이려 하지 않는다. 한편 기절했다가 눈을 뜬 앙코는 사건의 범인은 해마가 아니고 오로치마루의 실험시설에서 생체실험을 통해 몸을 변형시킨 것이라고 인간이라 말하고 함께 귀계섬으로 향한다. 귀계섬에 도착한 앙코와 아이들은 기다리고 있던 닌자와 괴생물체의 습격을 받는다. 나루토는 아마치로부터 수중닌자부대를 만들기 위해 생체시험을 했다는 말에 아마치를 해치우려 하지만 이사리비는 다시 인간으로 돌아가고 싶다며 나루토를 막고 아마치는 이사리비와 함께 떠난다. 무너지는 건물에 갇힌 나루토와 아이들은 출구를 찾아 달린다.

겨우 빠져나온 아이들은 현금수송선에 타기 위해 항구로 향하지만 현금수송선은 해마를 퇴치했다는 거짓전갈을 받고 출발하지만 결국 이사리비와 아마치를 만나 위기에 처한다. 뒤늦게 나루토 일행이 나타나고 나루토는 이사리비를 말리지만 이사리비는 다시 인간이 될 수만 있다면 누가 죽든 말든 상관없다고 한다. 이상한 약품으로 앙코는 정신을 잃고 아마치는 자신도 이상한 모습으로 변신한다. 이사리비에게 해부자료로 쓰려고 했다는 아마치의 말에 나루토는 분노하지만 아마치의 공격에 번번히 당하고 아마치가 불러낸 괴물에 잡힌다. 이사리비는 아마치의 말에 나루토를 공격하려 하고 앙코는 이사리비에게 구미호에 얽힌 나루토의 비밀을 알려주고 나루토 안의 구미호의 본성이 깨어난다.

이노와 시노는 힘을 합쳐서 요로이를 해치운다. 도망가려던 아마치는 붙잡히지만 바다괴물이 다시 살아나 공격하고 나루토는 가마분타를 불러내지만 바닷물에 몸이 가려운 가마분타는 화를 낸다. 그러나 자신을 무시하는 아마치의 말에 화가 난 가마분타는 나루토와 힘을 합쳐 바다괴물을 처치한다. 이사리비는 나루토를 해치라는 아마치의 말을 거절하고 앙코는 아마치에게 오로치마루가 어디 갔는지를 묻지만 모른다고 대답한다. 앙코는 잃어버린 기억을 되찾기 위해 둘째섬으로 향하고 그 곳에서 주인을 남긴 열명의 아이 중 자신만이 살아남았고 자신은 오로치마루에게 버려진 것이 아니라 같이 가자는 오로치마루를 스스로 거절했다는 것을 기억해내고 기뻐한다. 나루토는 앙코와 아이들 그리고 이사리비와 함께 나뭇잎마을로 향한다.

나루토는 요인이라는 말에 신나서 임무를 맡겠다고 하지만 그 임무가 자신이 생각하던 요인경호가 아니라 닌자를 동경하는 버릇없는 부잣집 꼬마의 1일 닌자체험놀이를 봐주는 일이란 것에 치를 떤다. 여느 때처럼 D등급 임무를 수행하는 나루토곁에서 버릇없는 꼬마는 돈으로 경호원들을 마구 부리고 친구도 돈으로 사면 된다고 한다. 나루토는 꼬마에게 돈 쓰지 않고 자기 힘으로 원하는 것을 손에 얻는 법을 가르쳐주려고 하고 잘 따르던 아이는 그만 돈을 노리는 악당들에게 잡히고 경호원들은 돈을 쫓아 꼬마를 배신한다. 나루토와 도망친 꼬마는 나루토가 위험한 순간에 용기를 내서 나루토를 구하고 돈이 다가 아니라는 사실을 깨닫는다.

임무 없는 생활에 지루해하던 나루토와 키바는 츠나데가 부른다는 말에 신나게 달려간다. 츠나데는 자신의 지인이라는 아가리가 의뢰한 보물 찾기를 하라면서 세사람의 임무성공률이 낮다며 실패하는 경우 닌자학교로 돌려보내겠다고 한다. 나루토와 키바는 서로 상대 탓이라며 싸우고 나루토는 자기가 선택한 길을 맞다며 키바와 따로 다니다 고생만 한다. 그러다 종유동굴을 발견하고 키바의 만류에도 불구 동굴에 들어갔다가 동굴 붕괴를 겪는다. 이 일로 히나타는 다리를 다치고 키바는 아카마루와 둘이 보물을 찾아오겠다고 떠나고 남아있던 나루토는 불시의 공격으로 정신을 잃는다. 정신을 차려보니 히나타가 둘이고 당황한 나루토 앞에 아가리와 자신의 가짜까지 나타난다. 가짜 히나타와 가짜 나루토는 키바에게 가고 키바까지 잡아온다. 그리고 키바얼굴까지 베낀 세 명의 가짜는 나뭇잎마을로 가서 엉망으로 만들 것이라과 경고한다.

아가리와 가짜일행은 동굴에 기폭찰을 설치한채로 동굴을 떠난다. 나루토와 키바는 또 빠져나갈 방법에 대해 얘기하며 싸움을 벌이고 히나타가 수호팔괘로 폭발로부터 아이들을 지켜낸다. 억지로 부상을 티내지 않고 따라가려던 히나타를 본 나루토와 키바는 지나치게 둘을 의식하는 히나타와 너무 솔직한 말로 싸움을 벌이는 자신들의 문제를 깨닫고 히나타를 두고 먼저 출발한다. 하지만 이미 가짜들은 감쪽같이 마을로 들어간 상황, 이 소식은 급히 츠나데에게 보고된다. 나루토와 키바는 가짜들을 찾아내지만 생각외로 약한 그들에게 놀라고 가짜 나루토가 깔아놓은 외상값 때문에 나루토는 혼쭐이 난다. 결국 가짜를 잡는데 성공하지만 그것이 팀웍을 알아보기 위한 시험이었다는 얘기에 모두 깜짝 놀란다. 그리고 나루토가 가져온 가방을 열어본 츠나데는 시험을 함께 한 일족이 발급한 청구서를 보고 절규한다.

임무를 수행하고 돌아가던 나루토는 우연히 파발닌자를 만나게 된다. 그리고 잠시 들린 온천마을에서 지라이야를 만나는데 원고를 쓰기 위해 체류중이던 지라이야는 아카츠키 멤버가 모레 오기로 했다며 수행을 하자는 말에 시간이 없다고 거절한다. 결국 나루토는 멋대로 원고를 쓰고 파발닌자에게 출판사로 보내달라고 전하는데 이 과정에서 그만 다른 파발닌자와 내용물이 바뀌고 만다. 원고를 멋대로 써서 보냈다는 말에 화가 난 지라이야는 나루토와 파발닌자를 쫓아 우편물을 뺏지만 거기에 전운이 감도는 두 나라에 전쟁을 막을 화친의 밀서가 있음을 알고 다시 우편물을 바꾸기 위해 어금니의 나라로 가는 닌자를 다시 찾아나선다. 가까스로 따라잡지만 파발닌자와 동료들은 우편물을 전하기 위해 안간힘을 쓰고 결국 우편물이 전달되고 만다. 하지만 러브러브 시리즈 원고를 본 영주는 기분이 좋아져서 전쟁을 그만두고 화해를 결정하고 두 사람은 넋이 나간다.

100년 전 별이 떨어진 별마을에서 의뢰가 들어온다. 차크라에 영향을 주는 별을 노리는 자가 있기 때문. 나루토는 사스케에 대한 정보를 얻을까 하는 마음에 네지 리 텐텐으로 결정된 팀에 츠나데에게 뇌물로 양갱을 주고 따라나선다. 독가스에 당하지 않도록 별마을에서 마중나온 소년 스마루는 마을 수장에게 아이들을 안내하고 호시카게의 대리라는 아카호시와의 대화 중 스마루는 외부사람에 대한 적의와 마을을 일으킬 강한 열망을 드러낸다. 스마루는 나루토와 별이 있는 수행장으로 향하고 별을 훔쳐나오는 사람을 발견한다. 나루토가 쫓아가지만 스마루와 똑같은 인법을 쓴 사람은 별을 가지고 달아나고 스마루는 그 인법은 별의 수행을 한 사람만 쓸 수 있는 인법이라고 말한다.

스마루와 아이들은 별의 도난사실을 아카호시에게 알린다. 별을 가져간 자가 공작묘법을 썼다는 말에 반응을 보이는 아카호시를 본 네지는 뭔가 내막이 있음을 직감하고 리와 텐텐에게 아카호시를 감시하라고 한다. 나루토는 별마을 아이들을 찾아가지만 모두 스마루와 별을 찾아 나갔다는 얘기와 10년 전 스마루의 부모가 별을 지키다 죽음을 맞았다는 얘기를 듣게 된다. 한편 리와 텐텐은 아카호시를 감시하다 아카호시가 만나는 사람들을 뒤쫓지만 들키고 별은 자신들이 찾을테니 방해나 하지 말라는 말을 듣는다. 스마루와 친구들은 차크라를 뒤쫓아 죽음의 계곡으로 가서 정체불명의 닌자를 만나지만 오히려 당하고 그 자는 스마루를 데려간다.