Tras descubrir la deserción de Sasuke, Kakashi parte en su busca y en la de Naruto. Mientras tanto, Sasuke parece dispuesto a asesinar a su mejor amigo, Naruto, para conseguir el mismo poder que su hermano.

Como muestra de respeto hacia Naruto, Sasuke se coloca su protector de frente y desarrolla al máximo su Sharingan. Cuando todo parece perdido, Naruto invoca el poder del Nueve Colas y experimenta una sorprendente transformación.

El combate alcanza su clímax cuando el Rasengan de Naruto con el poder del Nueve Colas choca contra el Chidori de un Sasuke que ha activado el segundo nivel de su sello maldito. Pero, ¿quién es el misterioso ninja que lo observa todo?

Mientras el equipo de Shikamaru se recupera de sus heridas, Naruto despierta y descubre que Sasuke se ha marchado. A pesar de las dudas de todos, Naruto quiere cumplir la promesa que le hizo a Sakura de traer a Sasuke de vuelta.

Preocupado por el bienestar de Naruto y Sakura, Jiraiya le pide a Tsunade que los envíe a una misión con él. La misión consiste en viajar al País de los Campos de Arroz para encontrar la Villa Oculta del Sonido y quién sabe si a Sasuke.

Tras llegar a una ciudad de renegados, Naruto y Sakura salvan a la joven ninja que les atacó de un grupo de ninjas del Sonido. Su nombre es Sasame y busca a su primo Arashi, que quiere unirse a Orochimaru para revivir al Clan Fuma.

Sasame droga a Naruto, Sakura y Jiraiya con la intención de entregarlos a Orochimaru a cambio de que la lleven hasta Arashi. Pero cuando descubre que tienen intención de matarlos, Sasame suplica al grupo Fuma que no lo haga.

Después de que Sasame les conduzca hasta la guarida de Orochimaru, Jiraiya por un lado y Naruto y Sakura por el otro tratan de sobrevivir a los túneles repletos de trampas que supuestamente conducen hasta su enemigo.

Naruto llega a tiempo de salvar a Sakura y a continuación se enzarza en un combate contra Kabuto. Naruto tiene las de ganar, pero Kabuto emplea una técnica que hace que si su corazón se detiene, el de Naruto también lo haga.

Cuando el grupo finalmente encuentra a Arashi, este ya no es el mismo que Sasame conocía. Mientras, Sakura comprende lo lejos que está dispuesto a llegar Naruto para protegerla y decide que es el momento de tomar una decisión.

De regreso a la Villa Oculta de la Hoja, Mizuki planea escapar de la institución penitenciaria de máxima seguridad con la ayuda de dos hermanos. La amenaza merecer ser tomada en serio porque Orochimaru parece estar detrás de todo.

El grupo de Shizune es el primero en encontrar a Mizuki, pero son fácilmente derrotados. Cuando TonTon regresa para advertir a Tsunade, Naruto decide por cuenta propia ir en busca de Mizuki con la ayuda de la mascota de Shizune.

Iruka trata de traer de vuelta al antiguo Mizuki, pero este le revela que sólo era amable con él para ganarse el afecto del maestro Hokage. Al mismo tiempo, Naruto tiene serias dificultades para derrotar a los hermanos Fujin y Raijin.

Justo cuando Fujin y Raijin se disponen a darle el golpe de gracia a Naruto, aparecen Shikamaru, Ino y Choji y le salvan. Mientras ellos se ocupan de los hermanos, Naruto trata de llegar hasta Iruka antes de que Mizuki acabe con él.

Tsunade descubre una sorprendente información acerca de Orochimaru y Mizuki y decide tomar cartas en el asunto. Cuando Naruto, Iruka y Pakkun llegan finalmente hasta Mizuki, son testigos de una monstruosa transformación.

Justo cuando Ino-Shika-Cho se encuentran al límite de sus fuerzas contra los hermanos Fujin y Raijin, aparece Tsunade. Al mismo tiempo, Naruto e Iruka se ven completamente superados por la fuerza y velocidad mejoradas de Mizuki.

Después de que Tsunade prohíba a Naruto ir en busca de Sasuke, Kiba y Hinata se proponen ayudarlo. Shino recuerda un escarabajo llamado gorgojo rastreador que podría localizar a Sasuke y se organiza un grupo para tratar de encontrarlo.

El Grupo 8 se da cuenta de que unos cazadores de bichos del Clan Kamizuru les están siguiendo, pero deciden no enfrentarse a ellos ni decirle nada a Naruto por miedo a poner en peligro su misión de encontrar al gorgojo rastreador.

Después de que Hinata sea secuestrada por el Clan Kamizuru, Naruto, Kina y Shino deben encontrar una forma de rescatar a Hinata y al mismo tiempo proteger al gorgojo rastreador, pero acaban cayendo en una trampa.

El Clan Kamizuru se dispone a acabar con Naruto, Shino y Kiba después de que Hinata consiga escapar. Por suerte, la kunoichi reaparece dispuesta a salvar a sus amigos con una nueva técnica que acaba de desarrollar.

Naruto es reluctante a participar en una misión que no está relacionada con la búsqueda de Sasuke. Sin embargo, tras descubrir que Raiga, el líder de la familia Kurosoki, puede tener alguna conexión con Itachi, decide participar.

Naruto y sus compañeros tratan de emboscar a los miembros de la familia Kurosoki para rescatar a Rokusuke. Sin embargo, Lee descubre que Karashi forma parte del grupo y trata de convencerle para que regrese a su antigua vida.

A pesar de que Neji no es capaz de ver a través de la niebla, Lee y Naruto son capaces de derrotar a Raiga. Al abrir la bolsa que llevaba a su espalda, encuentran a un joven llamado Ranmaru que asegura ser los ojos de Raiga.

Tras derrotar a Raiga, Lee debe interceder por Karashi para que los aldeanos no desaten su ira contra él. Más tarde, Ranmaru hace que Karashi le lleve hasta el cañón por el que cayó Raiga y utiliza su propio chakra para revivirle.

El renacido Raiga derrota fácilmente a Tenten y exige a Karashi que atraiga hasta él a Naruto, Lee y Neji amenazándole con matarles a su madre y a él. Después de conducirlos hasta la trampa, Karashi trata de escapar con su madre.

Naruto, Lee y Neji tienen serias dificultades contra un Karashi, que emplea una tormenta para aumentar su poder. Por fortuna, Sansho, Tenten, Karashi y Ranmaru les entregan el curry de la vida… intoxicando a Lee en el proceso.

A cada uno de los Genin de la Villa Oculta de la Hoja les asignan tres alumnos para una prueba de supervivencia. Naruto tiene serias dificultades para liderar a Konohamaru y compañía hasta que la prueba se convierte en cuestión de vida o muerte.

Naruto, Hinata y Kiba aceptan lo que parece ser una misión fácil que consiste en atrapar a un ladrón llamado Gosunkugi, pero pronto descubren que hay un cazarrecompensas que también va tras él y que su presa es un hábil ninja.

El cazarrecompensas revela a Naruto y a sus amigos que trata de capturar a Gosunkugi para limpiar su nombre. Los cuatro localizan a Gosunkugi en una ciudad cercana mientras trata de robar una valiosa campana del templo.

Dos forasteros se infiltran en la Villa Oculta de la Hoja haciéndose pasar por Gai y Lee, pero sólo engañan a Naruto. Tsunade, Sakura y Tenten les encargan misiones absurdas mientras se aseguran de que no descubran ningún secreto de la Villa.

Tsunade envía a Naruto, Neji y Tenten al País de los Pájaros para investigar la aparición de un fantasma conocido como el guerrero blanco. Tras encontrarlo, el Byakugan (Ojo Blanco) de Neji les revela que no es más que una armadura vacía.

Naruto y sus compañeros tratan de demostrar que el estratega Komei es el que se encuentra detrás del guerrero blanco. Sin embargo, sus indagaciones les conducen a unas revelaciones aún más preocupantes.

Naruto decide investigar por su cuenta y acaba descubriendo la verdadera identidad del guerrero blanco. Por desgracia, Sagi no está dispuesto a dejar que la verdad salga a la luz, aunque eso implique condenar a muerte a Naruto.

Cuando Komei está a punto de ser ejecutado, aparece el guerrero blanco y lo salva. Neji y Tenten se enfrentan al fantasma, pero Kakashi les detiene. ¿El guerrero blanco es amigo o enemigo? ¿Y dónde se ha metido Naruto?

Dispuesto a ejecutar su venganza, Sagi, disfrazado de guerrero blanco, se enfrenta a Moso. Los ninjas Watari y el grupo de Naruto no tardan en unirse a la lucha y finalmente salen a la luz las verdaderas identidades de Sagi y Moso.

Después de que Hoki acabe con Shima y derrote a Naruto, Toki parece renunciar a su voluntad de vivir. Es entonces cuando una figura blanca con la forma de Sagi se aparece ante Naruto y le pide que salve a su hermano y derrote a Hoki.

Cuando la hija de Ichiraku es secuestrada, Naruto, Sakura y Choji tratan de ayudarle a ganar un concurso culinario cocinando un nuevo plato de ramen para que no se vea obligado a entregar su legendaria receta a los secuestradores.

Naruto, Ino y Shino se ven obligados a acompañar a Anko en su misión de destruir a un monstruo marino. Pero Anko comienza a comportarse de modo extraño conforme recuerda la conexión que la unió a Orochimaru en el pasado.

Tras haber caído al mar, Naruto se despierta en la choza de su salvadora, una muchacha llamada Isarabi. Mientras, el resto del grupo de Anko continúa con la búsqueda tanto de Naruto como del monstruo marino que deben exterminar.

Después de que Isarabi escape, Naruto y sus compañeros deciden ir a la isla prohibida y enfrentarse a Orochimaru. Pronto descubren que el que mueve los hilos es Amachi, el responsable de haber convertido a Isarabi en un monstruo.

Después de que Isarabi escape, Naruto y sus compañeros deciden ir a la isla prohibida y enfrentarse a Orochimaru. Pronto descubren que el que mueve los hilos es Amachi, el responsable de haber convertido a Isarabi en un monstruo.

Naruto se ve obligado a recurrir al poder del Nueve Colas para enfrentarse a Amachi y su Monstruo de Agua. Isarabi comprende que Naruto la comprende porque también ha sido tratado como un monstruo y finalmente supera su ira.

A Naruto le encargan la misión de cuidar de un niño rico llamado Kunihisa al que le encantan los ninjas. Naruto trata de enseñarle que el dinero no puede comprarlo todo, mientras evita que caiga en las garras de unos secuestradores.

Naruto, Kiba y Hinata son enviados a una particular caza del tesoro en la que si fracasan tendrán que volver a la Academia. Por el camino, se topan con tres ninjas malvados capaces de copiar sus aspectos, pensamientos e incluso olores.

Naruto, Kiba y Hinata se disponen a dejar de lado sus diferencias para escapar de la cueva con el tesoro y regresar a la Villa Oculta de la Hoja a tiempo de impedir que sus dobles malvados arruinen la Villa… y sus reputaciones.

Naruto escribe la siguiente obra de Jiraiya y la envía por error al País del Colmillo en lugar de un tratado de paz. Jiraiya y Naruto deben interceptar a los mensajeros ninja que llevan el manuscrito para evitar que estalle una guerra.

Lee, Tenten y Neji reciben la misión de proteger una estrella caída del cielo en la Villa Oculta de la Estrella y Naruto insiste en acompañarles. De camino hacia allí, conocen a Sumaru, un muchacho que les guía hasta la estrella.

La estrella ha sido robada y el grupo no tiene ninguna pista acerca del misterioso ladrón que usa su chakra para volar. Mientras lo rastrean, Naruto descubre que los padres de Sumaru murieron defendiendo la estrella de un ninja forastero.