Kakashi se pouští po stopách Naruta a Sasukeho. Když sliboval Sakuře, že dá všechno do pořádku - lhal pouze ji, nebo i sebe? Dvě osamělé duše, které na sebe natrefili, aby se stali přáteli, zatím svádějí boj bez limitů a svědků. Sasukeho vražedné úmysly jsou zřejmé, ale Naruto se, ačkoli dostává nakládačku, nemůže vzdát přítele a přenechat ho Orochimarovi. Nenechá se zde zabít a dovede jej zpět.

Kyuubiho čakrou nabuzený Naruto vyráží proti Sasukemu ohromnou rychlostí, kterou ani vrozený Sharingan nestíhá, a s každým dalším úderem ho sráží. Když se Sasuke dozvídá, že ho Naruto bere jako důležitého přítele, získává větší touhu ho zabít. Jeho Sharingan se rozvíjí a následně Naruta drtí víc a víc. Jenže pak Naruta ovládne sám Kyuubi a donutí Sasukeho použít druhý stupeň Prokleté pečeti.

Naruto v liščí formě a Sasuke s Prokletou pečetí. To jsou dva ninjové, kteří bojují za své osudy. Naruto použije Rasengan a Sasuke Chidori. Jejich útoky se setkají a vytvoří kouli, ze které vyjde jeden vítěz, Sasuke. Naruto je v bezvědomí a Sasuke odchází za svýmy sny. Kakashi dorazí na místo příliš pozdě. Kvůli dešti není schopen Sasukeho dál stopovat. Vrací se s Narutem zpět do vesnice.

Kakashi nese Naruta do nemocnice za ostatními. Chouji je vážně zraněn a léčí ho Pátá Hokage. Neji je v kritickém stavu a léčí jej pomocí chakry. Ostatní z pátracího týmu nejsou na tom až tak špatně. Velitel Shikamaru si dělá výčitky svědomí. Jiraiya se snaží rozmluvit Narutovi pátrání po Sasukem ...

Naruto je stále v nemocnici, kde se zotavuje ze svých zranění. Často ho do nemocnice chodí navštěvovat Sakura, která se cítí špatně z toho, že nedokázala při pátrání po Sasuke nijak pomoci. Proto se rozhodne jít na vlastní pěst, opustit Konohu ​​a sama najít Sasukeho za každou cenu. Do cesty se jí postaví Naruto, který se po útěku z nemocnice chce k ní přidat. Ke dvojici se nečekaně připojí i Jiraiya, který oběma seznámí, že jim byla přidělena tajná mise typu S. Trojice tak vyráží do Země Polí s cílem přinést Sasukeho zpátky! Mise se zkomplikuje již v prvním městě.

Trojice dorazila na průzkum do nového města. Zatímco Jiraiya v nevěstincích s lehkými ženami sbírá informace o poloze Orochimarových základny, Naruto a Sakura najdou zraněné dívka a následně jsou přepadení. Oba stihnou is dívkou uprchnout do nedalekého chrámu, kde jim Sasame poví příběh o zániku klanu Fuuma a o jejím ztraceném bratrovi Arashima. Naruto jí slíbí, že vedle hledání Sasukeho se pokusí nalézt i jejího bratra. Neuplyne mnoho času a krátce poté jsou opět pod útokem.

Jiraiya přichází Narutovi na pomoc. Útočníci tak raději berou nohy na ramena a zbaběle utečou. V polovině cesty do Zvučné vesnice si parta rozhodne doplnit síly kvalitním jídlem. To ale nečekají, že jejich Sasame zradí a do nápojů jim přidá uspávací drogu. Výměnou za jejich těla pro Orochimaru výzkum jí totiž dovolí opět vidět její bratra Arashiho. Sasame je ale v momentě také podvedená a upadá do bezvědomí. Trojice však zradu očekávala a na boj se předem připravila. Ninjové z klanu Fuuma tak nebudou mít žádnou šanci zvítězit.

Honba za hledáním Sasukeho, a nově i Arashiho, pokračuje. Sasame po probrání z bezvědomí, jako důkaz díků, zavede Jiraiya, Naruta a Sakuru přímo k Orochimarových sídlu. V podzemní základně se to jen hemží různými pastmi a nástrahami, a tak budou nuceni se rozdělit. Jiraiya a Naruto pastím podlehnou, úspěch mise tak chvíli závisí pouze na Sakuře. Ten pravý problém však nastane tehdy, když jí cestu zkříží Kabuto a později i samotný Orochimaru!

Sakuru na poslední chvíli zachrání Naruto, kterému z pasti pomohla Sasame. Nastává tak dramatický souboj mezi ním a Kabutem. Po porážce Kabuta zjistí, že to ve skutečnosti nebyl Kabuto, jak se na první pohled zdálo, ale jen přestrojený jounin z klanu Fuuma. Nalezení Arashiho nepotrvá dlouho, no Arashi již není tím starým dobrým Arash, jakým byl. Nový Arashi touží po krvi.

Orochimaru kompletně zbavil Arashiho smyslů a přeměnil jej na vraždící mašinu. Ostatním tak nezbývá nic jiného, ​​než Arashimu vzdorovat. Naneštěstí je příliš silný na to, aby ho přemohli fyzickou silou, proto na řadu přijdou obyčejné slova. Arashi nakonec získá zpět své smysly a promění se opět na člověka. Rovněž jim oznámí, že Sasuke v této základně není, ale je stále naživu. Znenadání se začnou ozývat silné exploze a všichni kromě Arashiho, ze základny utečou. Sasame a klan Fuuma je v bezpečí, a tak se trojka Jiraiya, Naruto a Sakura může vrátit do Konohy. V Konoze požádá Sakura novou Hokage o prosbu, zda by se nemohla stát její žačkou.

Další den v Konoze. Každý tým jako obvykle tvrdě trénuje a připravuje se na misi. No ve vysoce střeženém vězení pro problematických ninjů nedaleko Konohy, se schyluje ke vzpouře. Vzpouru nemá vyvolat nikdo jiný než Mizuki, jounin, pro kterého kdysi dávno Naruto ukradl Zakázaný svitek. Naruto se o vzpouře dozví a je odhodlaný jí i zabránit.

Naruto se do vězení dostane příliš pozdě. Všichni vězňové utekli a mezi nimi i obávaný Mizuki s tupými bratry Fuujinom a Raijinom. Naruto celou věc nenechá jen tak plavat a začne s Iruka-senseiem pronásledovat ostatních uprchlíků. Mizuki se mezitím od své bývalé přítelkyně dozví o Narutovi a o tom, jak hrdinsky zachránil Konohu. Proto se rozhodne, že se ještě těsně před odjezdem k Orochimarovi pomstí. Naruta a Iruku proto propadne is tupými bratry v blízkém kaňonu.

Naruto horko těžko bojuje s tupými obézními bratry, zatímco Iruka má problémy s Mizuki. Během jejich souboje se dozvíme něco nového z Irukovej minulosti, konkrétně z období, kdy mu Kyuubi zavraždil rodičů. Iruka tak musí zápolit nejen se špatným Mizuki, ale i se sebou samým a vlastní myslí. Naruto už celý dobyt leží na zemi, a když se bratři chystají zasadit finální úder, na pomoc přichází legendární formace Ino-Shika-Chou!

Shikamaru a jeho týmoví kolegové přicházejí akorát včas. Zastupují Narutovo místo, zatímco on pokračuje v pátrání po Mizukim. Bohužel, síla oponentů je příliš vysoká. Všichni využijí svých nových technik, ale i při nové formaci Ino-Shika-Chou není vítězství zaručeno.

Narutovi se konečně podařilo vystopovat svého bývalého učitele, Mizuki ale na místě není. Tsunade je věcmi okolo uprchlých velice znepokojena a do událostí vstupuje sama. Když se Narutovi podaří dohnat Mizukiho, je už příliš pozdě. Stihl vytvořil směs látek, která mu dodá neuvěřitelnou sílu

U Shikamara to nevypadá nejlépe. Naštěstí je spasí samotná Hokage a situaci vyřeší pouhými pár slovy. Poté se nepřátelé dobrovolně vrátí zpět do cel, odkud uprchli. Mizukiho síla se neuvěřitelně zvýšila. Krátce na to jeho vzhled začne nabírat podoby šelmy. I tak ho Naruto s Irukovou pomocí dostane do pasti a zasáhne svou technikou. Mizukiho tělo začne ohromnou rychlostí stárnout a i zde se objeví Tsunade s vysvětlením.

Poražení Mizukiho nepřineslo žádné informace týkající se Orochimara, a tak Hinata přijde se zcela jiným návrhem. Naruto a Shinův tým se ujme mise, jejíž výsledek by mohl ovlivnit stopování Sasukeho. Cesta k cíli jim zabrala bezmála dva dny. Poté se ocitli v pásu lesů, kde brouci, včetně Bikouchuu, žijí hojně.

Tým z Listové dále pokračuje v misi a čas se rychle krátí. Při pátrání se naskytla další nepříjemnost, a tou jsou pronásledovatelé. Shino však rozhodne, že je prozatím nebudou brát na vědomí a pokračují v pátrání. Nakonec se jim s Hinatinou schopností podaří Bikouchuu najít, ale až do teď neaktivní pronásledovatelé kunoichi z Listové unesou. Jediná možnost, jak ji získat zpět, je výměna za právě nalezeného Bikouchuu.

Hinata je stále v zajetí a tým z Listové zvažuje nabídku výměny. Nakonec se ale raději dohodnou na lsti, kterou ovšem nepřátele snadno prohlédnou a jsou na vše předem připraveni. Proto se Shino s ostatními rozhodne Hinatu najít za pomoci vlastních sil, jsou však uvrženi do pasti. Mezitím je Hinata ponechána na pospas vodopádu..

Všichni jsou stále uvězněni, zatímco Hinata se nekontrolovatelně řítí k vodopádu. I tak Shino trvá na výměně, kunoichi však na místě není. Znenadání se jim však objeví na pomoc, jelikož pád přežila. Hned po příchodu čelí útoku ze strany protivníka, ale předvádí svou zcela novou techniku, se kterou nepřítele poráží. Nyní stačí jen vystavit Bikouchuu pachu Sasukeho. To se ovšem nepodaří díky Narutovu zcela jinému druhu (zá)pachu. Mise tedy končí neúspěchem.

Narutovi je přidělena nová mise, jejíž náplní je doprovodit tři cizince zpět do jejich vesnice, jelikož to byl právě on, kdo je nalezl. Mise se navíc bude účastnit ještě Gaiův tým. Po určité době dojdou k obchodu s kari, který je Leemu velice známý. Vypoví jim příběh, který se odehrál zhruba v době, kdy se stal geninem, a donutí své přátelé k ochutnání pokrmu. Zdá se, že je jediný, kdo tuto chuť snese. Poté se dozvědí, že jeden jejich svěřenec zmizel.

Rodina Kurosuki tyranizuje vesnici, nutí obyvatele dobývat z podzemí rudu k výrobě zlata. V pevném sevření strachu se jim nikdo neopováží postavit. Při pohřbu zrádce vesnice ninjové zakročí, aby ho zachránili, ale musí se postavit schopnostem Raigeho.

Nepřátelé jsou sladěná dvojka. Jeden tvoří smysly a druhý tělo. Rozděleni už nemůžou vzdorovat útokům shinobi. Ranmaru žil sám a opuštěn, Raiga se ho ujal a ukázal mu krásy světa z vaku na svých zádech.

Ve vesnici čeká zákeřné překvapení. Všichni členové rodiny jsou zneškodněni. Ninjové spolu s Ranmarem a Karashim se vrací k babičce, která všechny pohostí svým speciálním kari. Mise se snad chýlí ke konci, ale všechno není, jak se zdá.

Raiga je oživen. Chce se pomstít za smrt svého přítele a využije k tomu zbabělého Karashiho, který je navede do pasti, ale sám má zaječí úmysly. TenTen zachrání malého Ranmara a přinutí ho pochopit smysl života.

Raiga dostal všechny na kolena, ale pomoc je na cestě - „zázračné kari života“. Naruto je probrán spolehlivě, na Nejiho to má uspávací účinky a Lee propadne záchvatu opilosti. Cesta k dobru je ta správná, ale ne všichni po ní chtějí kráčet.

Týmy získávají praktické zkušenosti od svých vedoucích. Pouze Narutův tým se bezhlavě vrhne k cíli, ale mapa je jen malý problém do začátku. Naruto v cestě za vítězstvím zvolí nejobtížnější cestu a nechtěně ohrozí všechny ostatní.

Shánění informací není ve vesnici přijato moc kladně. Pomůže jim lovec odměn, který ovšem nestojí o to, aby mu někdo lezl do zelí. Ninjové jsou přemoženi, ale doženou ho přesně ve chvíli, kdy má sám na kahánku, a pomůžou mu.

Lovec odměn byl v mládí falešně obviněn z hrdelního zločinu. Rozhodl se obnovit vlastní čest a, aby mohl prokázat svou nevinu, chytit Gosunkugiho. Ten má zrovna starosti s krádeží zlatého zvonu, při níž je dopaden.

Do Konohy se snaží vetřít dva chlapíci napodobující Leeho a Maito Gaie, aby získali tajné informace. Všichni kromě Naruta jejich převlek prokouknou. Čeká na ně spousta velmi příjemných úkolů.

Ptačí země žádá Skrytou Listovou o pomoc při zneškodnění ducha Feudálního pána - Bílého Noroimushi. Naruto je přidělen k Nejimu a Tenten, aby tento problém společně vyřešili. Na určené místo je doprovází Chishima, který trojici vypráví celý problém. Když dorazí do Ptačí země, Bílý Noroimushi opět útočí. Naruto s přáteli jsou mu v patách, ale po jejich útoku zbude pouze protivníkovo brnění.

Po prvním střetnutí s Bílým Noroimushou jsou Naruto, Neji a Tenten přivítáni panem Mousou, rádcem Feudálního pána Sagiho. Neji chce zkusit štěstí a skrytě doprovázejí pana Sagiho, aby si počkali na útočníky. Ti skutečně udeří, ale jsou odraženi. Skrze jejich zbraně začínají podezřívat velitele Koumeiho. Toho večera jej sledují až do lesa, kde se setkává s Noroimushou. Naruto nečeká a útočí.

Dopadení Koumeiho bylo podle Naruta až příliš jednoduché, a tak vyráží k místu v lese, kde bojovali s Bílým Noroimushou. Na pomoc si přivolává Gamatatsu a Gamakichiho, s kterými chce prověřit celé okolí. Gamatatsu nachází na stromě obří létající draky, pomocí kterých Noroimusha létal. Gamakichi narazí na tajný průchod v chatrči vedoucí až k domu feudálního pána, kde je však Naruto zajat.

Kakashi odvádí Tenten a Nejiho pryč z Ptačí země, protože mise již byla dokončena. Velitele Koumeiho čeká poprava, při níž se však objevuje Bílý Noroimusha a unáší odsouzeného pryč. Tehdy se však vynoří Neji s Tenten a Kakashim a sledují dvojici až k chatrči v lese. Tam Kakashi posílá ostatní pryč a s Pakkunovou pomocí odhaluje skrytého protivníka. Začíná souboj na život a na smrt.

Pán Sagi žije pouze pro pomstu a odmítá Narutových i Koumeiových rad, prchá zadními dveřmi a nechává budovu zřítit. Ve svých vzpomínkách nám odhaluje, že pán Sagi je ve skutečnosti Toki, jeho sestra. Ta zaútočí na Mousoua, ze kterého se vyklube hlava Toulavých ninjů, kteří chtějí převzít vládu nad Ptačí zemí. Když se snaží zabít i paní Toki, objevuje se Naruto s přáteli, aby ji zachránili.

Naruto pronásleduje velitele Toulavých ninjů, který unesl paní Toki a chce ji zabít. Ona jediná mu stojí v cestě k ovládnutí Ptačí země. Za nimi běží i Tokin věrný sluha Shimi. Naruto je po chvilce chycen do genjutsu, ale z iluze jej probouzí Shimi. Přesto, když se Naruto utkává s Houkim, je tvrdě sražen pod vodní hladinu. Tam se však zjevuje duch pana Sagiho.

Naruto a Chouji se těší po těžkém dnu na rámen u Ichiraku, jenže ten je zavřený. Po tajném vniknutí dovnitř zjišťuje, že stařík vymýšlí nový recept. Chouji však řekne, že nudle jsou pořád stejné, a on padá vyčerpáním. Když ho Sakura léčí, prozrazuje jim důvod své snahy. Jeho dceru unesli kuchařští ninjové toužící po zázračném receptu. Naruto se s přáteli nabídne, že staříkovi pomohou.

Skrytou Listovou prosí Oceánová země o pomoc při boji s mořskou příšerou, která brání obchodním lodím připlouvat a zásobovat je. K misi je přidělen Naruto, Shino, Ino a mistr Anko. Té se cestou vrací vzpomínky na mládí, kdy ji trénoval záludný Orochimaru. Při příchodu do Oceánové země vidí bídu a chudobu, kterou místní obyvatelé zažívají. Když však chtějí pokračovat dál, narazí na dva protivníky.

Zatímco Anko a ostatní hledají Naruta, ten se probudí v chatrči dívky Isaribi, která ho zachránila, a je svědkem toho, jak jí děti nadávají do příšery. Anko se ve městě dozví pověst o ostrově Kikaijima, kde žije obluda Kaima. Vydají se hledat Naruta, ale minou se s ním. Odhalí však, že Isaribi je vlastně Kaima, a polapí ji. Když se vrátí Naruto, chce ji chránit, ale Isaribi zmizí s Yoroim, který si pro ni přišel, a Anko ztratí vědomí kvůli své prokleté pečeti.

Anko a její tým najdou úkryt Kaimy, ale Ino, Naruto a Shino padnou do pasti, kde na ně čeká Yoroi. Z Chuuninské zkoušky znají jeho schopnost brát lidem čakru, proto s ním chce bojovat Shino jako nejvhodnější soupeř. Anko objeví Amachiho a Isaribi ho brání před Narutem, protože chce, aby z ní udělal normálního člověka. Jsou napadeni Amachiho poskokem, kterého Naruto s Ino porazí. Shinův boj je nerozhodný a Yoroi z něho uteče. Jeskyně se začne hroutit.

Zatímco Anko dostane svoji skupinu z hroutící se jeskyně, konvoj už vypluje kvůli zprávě, že Kaima byla zničena. Je to Amachiho trik a uprostřed moře na námořníky zaútočí Yoroi. Shino ho zastaví. Isaribi se vrhne na Naruta, který se ji marně snaží přesvědčit, aby Amachiho neposlouchala. Amachi ukáže svoji dokonalou proměnu a přivolá Mořského vládce, který v sobě uvězní Naruta. Ten se začne topit, dokud ho neobklopí Kyuubiho oranžová čakra. Pak unikne ven.

Naruto díky Kyuubiho síle porazí Amachiho, ale Yoroi stále útočí na Shina, kterého zachrání Ino. Když Yoroi napadne Ino, zneškodní ho Shino svými brouky. Stále je ale ohrožuje Vládce moří, proto Naruto přivolá Gamabuntu. Vládce se jim podaří zničit, když na něho žabí šéf plivne olej, který Naruto podpálí. Anko jede na ostrov, kde míval skrýš Orochimaru, a vrátí se jí vzpomínky na dobu, kdy ji její učitel opustil. Naruto s ostatními jedou domů a berou Isaribi s sebou.

Narutovou novou misí je ukázat po jeden den život ninji chlapci Kunihisovi, který je synem bohatého klenotníka a myslí si, že může mít ze peníze vše. I přátele. Ale Naruto od něho peníze nevezme, naopak ho zachrání, když se chlapce někdo pokusí unést. Únosci se vrátí s posilou, koupenou za chlapcovy odhozené peníze, zatímco Kunihisovi peníze došly. Naruto s ním doběhne k propasti, přes kterou musí Kunihisa skočit, i když se bojí, a nakonec dokonce zachrání Naruta, aby tam nespadl.

Naruto, Kiba a Hinata dostanou jako misi nalézt cenný poklad. Pokud ji však nesplní, vrátí se do Akademie. V jedné jeskyni padající stalaktit poraní Hinatě nohu, proto Kiba pokračuje v hledání sám. Hinatu a Naruta někdo přepadne, Naruto se probudí svázaný a vidí dvě Hinaty. Objeví se jejich klient s Narutovým dvojníkem. Když Kiba poklad najde, je překvapen, jak rychle ho ostatní dohnali. Jeho společníci jsou falešní a omráčí ho, aby mu taky vzali obličej.

Když se Naruto, Kiba a Hinata dostanou z jeskyně, chtějí běžet za těmi podvodníky, co mají jejich tváře, aby jim zabránili v útoku na Konohu. Hinatu přemluví, aby šla kvůli zraněné noze pomaleji. Když podvodníky v Konoze najdou, zjistí, že jsou velice slabí. Začnou je honit a Narutův dvojník se během honičky dokáže krmit na účet toho pravého, až mu vyprázdní peněženku. Nakonec je polapí a dozví se od Tsunade, že je najala, aby ozkoušela jejich týmovou spolupráci.

Naruto cestou z mise potká ninju posla a ve městě s lázněmi objeví Jiraiyu, který ho nechce trénovat, dokud nedopíše svou knihu. Naruto ji v noci dokončí, a když ji nese poslovi, srazí se s jinými muži s obálkou. Jiraiya běží za poslem, ale místo své knihy najde mírovou dohodu z Klepetové země pro Tesákovou zemi, protože se obálky vyměnily, proto musí dohnat druhého posla. Rukopis je doručen a pán Tesákové Země válku zastaví, protože je velkým fanouškem Icha Icha série.

Tsunade posílá do Hvězdné Vesnice Nejiho tým, ke kterému se přidá Naruto. Toho na hranicích zastaví Sumaru, používající silné techniky z podivné čakry. Vesnici vládne zástupce Hoshikageho a Sumaru chce být novým Hoshikagem. Jejich ninjové mají sílu díky Hvězdě (spadlému meteoritu), u které trénují. Když Sumaru ukáže Narutovi dům s Hvězdou, neznámý ninja ji zrovna ukradne. Naruto s ním bojuje, ale proti stejným technikám, jaké používá Sumaru, prohraje a zloděj uteče.

When the mysterious attacker flies away with the star, using only their Chakra, the Konoha group are left in the dust. They swear to reclaim the star but it isn't as simple as they might hope. Meanwhile, Naruto learns some of Subaru's history and Natsuhiboshi...