Un géologue expert débarque dans le bureau du shérif Valenti : alors qu'il effectuait des analyses dans le désert, au bord de la nationale, il a trouvé un os avec son détecteur de métal ! Valenti se demande si cette découverte n'a pas un lien avec la disparition de l'agent Pierce, dont il avait pourtant brûlé le corps un an auparavant en présence de Max et Michael. L'agent Hanson décide de procéder à une investigation plus poussée sur les lieux où a été découvert l'os...

Après avoir découvert le corps de Nasedo, Max court alerter Isabel et Tess. Tous trois emportent son cadavre et tentent d'utiliser les pierres de la chambre d'incubation pour le ramener à la vie. En vain. Max et ses amis sont maintenant seuls face à ce mystérieux ennemi...

Les amis d'Isabel lui organisent une petite fête surprise d'anniversaire au Crashdown. Malgré l'émotion plaisante qui règne au début de la soirée, Isabel se montre fortement perturbée quand elle a des hallucinations où elle voit Tess ligotée. Pour essayer de la détendre, Alex, déguisé en policier pour l'occasion, lui fait un strip-tease improvisé ! Cette initiative déplaît à Isabel, persuadée que Tess a des problèmes. Alors que les festivités s'achèvent sur une fausse note, Liz découvre que Mme Whitaker a intercepté à plusieurs reprises ses appels téléphoniques, et qu'elle pourrait être impliquée dans le meurtre de Nasedo...

Michael a raté un contrôle d'histoire, car il était à la recherche du Granilithe. En guise de sanction, son professeur lui ordonne d'écrire la biographie de Hal Carver, un vieux monsieur qui fut l'un des témoins du crash de l'engin spatial à Roswell, durant l'été 1947...

Le Max du futur revient dans le présent pour avertir Liz d'une sombre prédiction. Si le jeune couple ne se sépare pas, Tess pourrait quitter la planète, qui serait alors menacée de chaos...

Michael informe ses amis que Courtney fait partie du gang des Skins ; le député Whitaker aurait donc travaillé avec elle. La mort de ce dernier, assassiné par Isabel, est officiellement attribuée à un accident de voiture. Max croit que les Skins tentent ainsi de masquer la vérité pour empêcher le gouvernement de mener des investigations plus poussées...

La ville de Roswell est déserte : toute la population semble s'être volatisée. Max et ses amis sont convaincus que les skins sont à l'origine de cette disparition. Courtney leur apprend alors que les habitants de la ville ont été projetés dans des mondes parallèles...

Les doubles de Max, Isabel, Michael et Tess viennent sur Terre à l'occasion d'un sommet réunissant à New York les représentants des six planètes du système solaire. Le faux Michael tue le faux Max. Ces doubles doivent alors rencontrer leurs homologues afin de convaincre le vrai Max d'assister au sommet...

Max Evans se rend avec Tess et les doubles de Michael et Isabel à New York pour asssiter au sommet. Restée à Roswell, Liz Parker se demande comment va évoluer sa relation avec Max. Elle révèle à Maria les prémonitions du faux Max...

Un homme est renversé par une voiture en tentant de protéger sa fille. Témoin de la scène, Max refuse d'utiliser ses pouvoirs pour ressusciter ce père de famille car il prendrait le risque de dévoiler son identité...

Isabel a des visions concernant une certaine Laurie Dupree, qui a été enterrée vivante, à Roswell. Elle en informe son frère Max, ainsi que le shérif Valenti. Tous les trois vont essayer de localiser la jeune fille, avant qu'il ne soit trop tard...

Laurie, la femme qui avait été enterrée vivante ,et que Max et ses amis ont sauvée, est persuadée qu'elle a été attaquée par des extraterrestres. Max a découvert qu'elle s'est enfuie de l'hôpital. Laurie le rejoint et, avec Michael, ils tentent d'en savoir plus sur son passé. Qui est vraiment Laurie ?

Laurie apprend à Michael que son grand-père lui a transmis une anomalie génétique qui pousse les aliens à s'intéresser à elle. Ils recherchent, en effet, un porteur pour infecter les humains. Par ailleurs, Grant, que traquent Valenti et Duff, enlève Isabel...

Durant la nuit, Max reçoit la visite de Michael, à qui les Dupree ont donné de l'argent pour qu'il interrompe ses recherches sur le grand-père de Laurie. Avec cette somme, Michael veut s'offrir un week-end à Las Vegas, en compagnie de tous ses amis, afin de ne plus penser aux cauchemars qui le hantent. Seule Liz hésite...

L'extraterrestre Larek s'est introduit dans le corps de Brody Davis pour assister au sommet de New York. Brody ne se sent plus lui-même. Il menace de contacter le FBI si Max ne lui dit pas toute la vérité. A bout de nerfs, il prend en otages des individus dans l'UFO Center...

Liz et Sean ont rendez-vous pour dîner. La soirée finit par un tendre baiser. De son côté, Max plonge dans son passé, sur sa planète, et se souvient de sa relation avec Tess...

Alex est tué dans un accident de voiture. La nouvelle touche particulièrement Isabel. L'enquête conclut à un suicide, mais Liz réfute cette conclusion. L'équipe décide d'en savoir plus...

Liz continue son enquête sur la mort mystérieuse d'Alex. Elle pense avoir trouvé une piste en la personne de Leanna, l'ancienne petite amie du disparu quand il séjournait en Suède...

Tess apprend à Max qu'elle est enceinte de lui. Il l'avoue à sa sur Isabel... Liz vient voir Tess pour lui poser des questions sur son pouvoir de contrôler les esprits...

Max, Isabel, Michael et Tess ont pris leur décision : ils vont quitter la Terre et rejoindre leur planète. Bouleversée, Liz accepte de voir partir celui qu'elle aime : il doit suivre son destin. Max, cependant, est partagé entre son désir de sauver son enfant, qui ne peut vivre sur Terre, et celui de rester auprès d'elle...