Com recurso a dados enviados pela rede por Franz Hopper, Jeremy e Aélita conseguem reconstruir parte do Setor 5 de Lyoko.

Jeremy cria um espetro polimórfico de si mesmo para ir no seu lugar à aula de educação física e permitir-lhe concentrar-se em trazer William de volta de Lyoko.

A Academia Kadic está em pulgas: o baterista de uma famosa banda de rock vai visitar a escola!

Os alunos da academia já têm uma sala de convívio. O duplo de William é eleito representante dos alunos.

Jeremy e Aélita estão a poucos passos de criar uma nave virtual capaz de transportar os Guerreiros de Lyoko até às profundezas da Internet.

Pressionado pelos impacientes Guerreiros de Lyoko, Jeremy concorda lançar a nova nave na sua viagem de estreia.

O XANA tem apontado baterias a Jeremy e Aelita — o que preocupa Jeremy, já que os outros não sabem usar o supercomputador sozinhos.

Os Guerreiros de Lyoko regressam ao mar digital numa missão para explorar um novo mundo virtual que o XANA aparentemente criou baseado em Lyoko.

Jeremy está convencido de que os Guerreiros de Lyoko têm de ficar em forma para poderem combater melhor o XANA.

Com recurso a um satélite militar, a XANA consegue alterar a trajetória de um cometa, que agora ameaça colidir com a academia e a fábrica!

Numa aula sobre ecossistemas, a turma inteira viaja até uma ilha isolada no meio de um lago para participar num acampamento.

Hiroki tenta impressionar Milly oferecendo-lhe um furo para o jornal dela. Para isso, lê o diário da irmã, na esperança de descobrir algum segredo.

Os Guerreiros de Lyoko planeiam uma missão para destruir o supercomputador que criou a primeira Réplica.

Os nossos heróis regressam ao laboratório na Amazónia decididos a finalmente destruir o supercomputador lá instalado.

Durante uma missão de rotina, Odd decide trazer Kiwi para Lyoko com ele, por conta própria e contra a vontade Jeremy.

Jeremy confessa aos amigos que se sente envergonhado e preocupado com o comportamento cada vez mais humano do clone de William.

Os Guerreiros de Lyoko regressam para junto das famílias nas férias de Natal, exceto Aelita, cujo passado permanece uma dolorosa memória.

Os nossos heróis viajam novamente até à base do deserto e deparam-se com uma descoberta perturbadora. Odd parece ter trazido má sorte com ele.

Graças a Odd, Jeremy ganha uma viagem no assento traseiro de um avião a jato. Mas o que poderá ele fazer a bordo de um caça se o XANA atacar?

Sissi recebe em casa a sua linda e elegante amiga por correspondência, uma verdadeira brasa da Islândia que deixa todos os rapazes da academia de cabeça perdida.

Os Guerreiros de Lyoko estão fartos do cão de Odd, Kiwi, e decidem banir o cachorro por alguns dias.

Durante uma inspeção surpresa no dormitório, Odd implora a Yumi para esconder Kiwi na casa dos pais dela. Entretanto, Jeremy encontra outra Réplica.

Patrick, o primo de Jeremy, chega à Academia Kadic. Os restantes Guerreiros de Lyoko acham-no encantador, mas Jeremy sempre odiou o primo.

Chegou o momento de brilhar: Aélita vai atuar como DJ na abertura do concerto de uma banda!

Aelita encontra uma foto de si mesma com Franz Hopper, e Jeremy tenta conseguir mais informações a esse respeito.

Durante uma visita dos pais de Odd, o XANA ataca, utilizando os telemóveis das pessoas para as tornar especialmente agressivas.

Enquanto Ulrich e Aélita combatem um novo monstro gigante e indestrutível, Odd e Yumi são teletransportados para uma base na Sibéria.

Os Guerreiros de Lyoko regressam à Sibéria numa tentativa de libertar finalmente William das garras do XANA.

Ao desistir da ideia de destruir todas as Replikas, Jeremy volta a concentrar esforços nos sistemas multiagentes.

No seguimento da vitória contra o XANA, os nossos heróis voltam a reunir-se uma última vez para desligar definitivamente o supercomputador.