Доктор Эллисон Блейк, Даглас Фарго, Зейн Донован, Холли Мартин и Грэйс Монро отправились в путешествие на Титан, но через 2 часа корабль потерпел крушение. Как оказалось, они вернулись на Землю. Однако в Эврике прошло 4 года и 2 месяца. Им придется узнать многое и отвоевать город у искусственного интеллекта, который управляет "Глобал Дайнемикс" и всем городом.

Прошел месяц, и город продолжает поиски пропавшего экипажа Астреус после того, как Министерство обороны отказывается от поиска. Картер и Энди на миссии для получения последней части, которая необходима Кевину для сканера, чтобы найти Астреус. После задержания, они спасли Джо, когда она вернулась из своего путешествия и Картер понимает, что экипаж не был потерян в пространстве, что он на Земле. Кевин и Генри пытаются найти Астреус. Картер и Джо привозят спасателей. Когда они приезжают, они находят корабль и симулятор. Тем не менее, команды Беверли и экипажа нет. Джек узнает, что лицом, ответственным за исчезновение является сенатор Вэн Цзябао, которая была начальником Беверли. Между тем, в моделируемой Эврике экипаж идёт разгружать биологические эксперименты с Астреус и обнаруживают дракона. Холли, Эллисон и Грейс начали замечать, что вещи не такие, какими они кажутся в связи с неисправностью процессора тренажера. Холли ставит все воедино и понимает истину.

Беверли Барлоу возвращается в Эврику, чтобы помочь Картеру спасти экипаж, заявив, что она не согласна с сенатором Вэн в её методах; убивать экипаж для того, чтобы держать их в неведении. Она кладет Джека в симулятор для замены компьютерной версии самого себя. Затем он с Зейном уничтожает модель Астреуса, что приводит к перегрузке процессора, необходимой чтобы разыскать членов экипажа и спасти их. В то же время, Беверли похищает сенатора Вэн и запирает её в ловушке - виртуальной версии офиса шерифа.

Экипаж Астреуса пытается преодолеть Матрицу Эврики, Фарго борется со смертью Холли и решает взять экспериментальную терапию, чтобы ускорить его продвижение через пять стадий горя. Между тем аварию в лаборатории вызывает последний проект Пэрриша "Светлячок". "Светлячок"- шар энергии, предназначен для поиска пожаров, и поглощения их. Тем не менее, он становится потенциальной опасностью пожара. Генри обнаруживает, что Пэрриш потерял контроль над "Светлячком" из-за зета-волн, излучаемых людьми, которые были связаны с нейронной сетью сенатора Вэн. После того, как "Светлячок" благополучно пойман, экипаж Астреус, наконец, начинает мириться с их опытом в моделируемом мире.

Экипаж Астреуса готов вернуться к работе. Но действительно ли они готовы? На этот вопрос должен ответить Уорен, вновь прибывший в Эврику с целью аттестовать команду Астреуса. Казалось бы, ничего сложного, но после эксперимента по телепортации живой материи, которым руководил один из бывших членов команды Астреуса, жизнь Джека пошла под откос. Он меняется телами с Фарго, который в этот момент проходит аттестацию у Уорена. Потом возвращается обратно. Второй раз Джек меняется телами уже с Зейном и снова в неподходящий момент: Джек в постели с Элисон, а Зейн в душе с Джо. Впоследствии, поменявшись местами в третий раз, уже с Элисон, Джек, используя разозленного Зейна, выяснил, что виной спонтанного обмена телами включенный компьютер Матрицы, исследованием которого занимался Зейн. После отключении компьютера, а также после реанимации Джека, все возвращается на свои места. Зейн сообщает Фарго что сигнатура Холли Мартин до сих пор действует в Матрице. Картер делает предложение Элисон, которое она принимает.

В Эврику приезжает представитель Министерства Обороны мистер Кларк. С помощью искусственного интеллекта Ады и Генри он моделирует реалистичные учения по спасении людей из атакуемого Глобал. Однако все выходит из под контроля: Ада в целях реалистичности создает серию команд по созданию реальной катастрофы и самоуничтожается. Картер и Элисон бегают по Глобал, пытаясь выполнить свои прямые обязанности и побыстрее попасть в Кафе Дием на дегустацию блюд в честь их помолвки. Тем временем Зейн раз за разом забрасывает Фарго на виртуальный Мейн-стрит, созданный в Матрице, чтобы тот пообщался с Холли.

Глобал стоит на ушах из-за похорон доктора Холли Мартин. Кроме того, прибывают люди в военной форме и пытаются установить новую систему безопасности. Фарго пытается связать Холли с реальным миром через интерактивный проектор голограмм, но возникает системная ошибка которая может стереть Холли навсегда. Холли пытается спасти себя, зайдя в компьютеры Глобал. Подумав, что они потеряли её, она пишет сообщение с помощью лазера. Холли сохраняется в памяти компьютера Сары.

Картер знакомится со старшим братом Эллисон, который является учёным. Сразу по приезде он начинает донимать Картера, что он не такой умный, как все её предыдущие избранники. Кевин предлагает решение для Картера, чтобы повысить его интеллект. Как всегда все выходит из под контроля и сверх умный Картер начинает вытворять технические чудеса.

После того как Картер прошел тест на приезд родственника, они с Элисон решают наконец-то отправится в свадебное путешествие. "И куда бы вы думали?" - Нет, не так далеко, в лес рядом с Эврикой. В старою хижину бывшего шерифа Кобба. Помимо того, что хижина становится проверкой чувств Картера и Элисон на прочность, в ней находятся документы предыдущего шерифа. В этих документах содержится информации о предателе и не одном, которые помогали Беверли.

Майор Шо со своими людьми снова прибывает в эврику. Его цель передать Грэйс Дикон Министерству Юстиции как агента Консорциума. Генри, узнавший, что его двойник из текущего временного потока работает на Консорциум, пытается сдаться. Тем временем доктор Холли Мартин, пытаясь снова вернуться в строй, возвращается в лабораторию биопечати. Все выходит из под контроля, когда ей на компьютер приходит странное сообщение, превратившее её в злую копию себя.

Ситуация в Глобал накаляется. Все больше сотрудников становятся злыми двойниками. Зейн и доктор Пэрриш вовсю работают над спецоружием, оглушающим живые источники зета-волн. Тем временем двойники явно нацелились на экипаж Астреуса, пытаясь вернуть их в матрицу. Сами двойники оказались нипами (НИП - неигровой персонаж, виртуальный обитатель Матрицы). Они забирают экипаж Астреуса один за другим. Пока Зейн, Пэрриш, Эллисон, Фарго и сбежавший от нипов настоящий Джек Картер не найдут способ их уничтожить.

Вся эврика стоит на ушах из-за объявления майора Шо о закрытии города навсегда. Толпы Людей пытаются покинуть город. Винсент пытается скормить жителям весь запас безграничного холодильника "Кафе Дием", чета Картеров решает куда переехать жить, Джо и Зейн решают вопрос выбора карьеры или чувств (выбор решается в пользу последнего). Холли пытается вспомнить дни, проведенные в Эврике, и понимает, почему в своё время влюбилась в Дагласа Фарго. Сам же директор Глобал, протестуя против скорейшего демонтажа, своего здания уселся в холле и выражает протест "в стиле Ганди", попутно обзванивая всех потенциальных источников финансирования города. Кроме того из-за демонтажа стабилизатора квантового компьютера по всему городу возникают червоточины, которые угрожают порезать людей на куски. В это время Генри пытается спасти свою жену от тюрьмы при помощи Беверли, что ему удается, и неожиданно для себя по рекомендации Фарго становится директором Глобал Дайнемикс

В сериал возвращаются Зоуи Картер, которая выпускается с медицинского факультета Гарварда, и доктор Тревор Грант, который живет в 21 веке как миллиардер Трент Роквелл и который покупает Эврику, спасая её от исчезновения.