La ciudad se une para un último intento de localizar a la desaparecida nave Astraeus antes de que sea demasiado tarde.

Beverly Barlowe necesita la ayuda de Carter para liberar a la tripulación del Astraeus. El plan de rescate llevará a Carter al mundo virtual.

La tripulación del Astraeus trata de recuperarse de su experiencia, mientras Fargo también se enfrenta a la muerte de Holly.

La tripulación trata de sobrellevar el calvario vivido, pero la visita de Warren no hace más que aumentar la presión de todos ellos.

Douglas le ordena al equipo cerrar el sistema principal de Matrix. Entre tanto, Warren, que ha llegado para las evaluaciones, conoce a Jack y a Allison.

Henry trata de reiniciar el reactor principal, pero éste no responde. Mientras, Jack es informado de que Eureka está siendo atacada por un desconocido.

Fargo está convencido de que Holly aún se encuentra dentro del ordenador Matrix y trata de impedir que reformateen el disco duro provocando su desaparición.

Tras consumir una droga inteligente, Carter comienza a reescribir las leyes de la física, lo que pone en peligro a sus amigos y a la ciudad entera.

Jack lleva a Allison de luna de miel a una casa de campo muy cerca de Eureka. Entre tanto, los científicos siguen bio-imprimiendo el cuerpo de Holly.

Carter trata de averiguar quién ha saboteado un experimento que aísla a Eureka del resto del mundo y amenaza con acabar con sus habitantes.

La gente de Eureka está siendo secuestrada y remplazada por dobles. Allison, Fargo y Zane son los únicos que aún no han estado reemplazados e intentan buscar la manera de evitar ser capturados y salvar su pueblo.

Los agujeros de gusano alrededor de Eureka demuestran que el Departamento de Defensa está dispuesto a hacer todo lo que esté en sus manos para intentar cerrar el centro de la ciudad.