Kurz vor dem Absturz gelingt es Zane, die Astraeus zu landen. Als die Besatzung das Raumschiff verlässt, muss sie feststellen, dass sie auf der Erde gelandet ist – Sheriff Andy nimmt sie in Empfang. Es stellt sich heraus, dass Andy Eurekas Sicherheitschef ist, und dass ihm zahlreiche weitere Andys unterstehen. S.A.R.A.H. ist inzwischen Chefin von G. D. – schnell ist klar, dass sich Eureka fest in der Hand künstlicher Intelligenzen befindet…

Beverly Barlowe, die inzwischen an Senatorin Wens Integrität zweifelt, stellt sich auf Carters Seite. Da die Besatzung der Astraeus nicht aus dem Programm geholt werden kann, muss Carter in das System einsteigen, um die Crew-Mitglieder auf direktem Weg auswerfen zu lassen. Als er in der virtuellen Welt auftaucht, ist Zane bereits klar, dass die Matrix nicht real ist. Um die Mannschaft aus dem Programm zu befreien, beschließt Carter, die Astraeus zu sprengen…

Parrish und Zane kriegen sich über Geräte in die Haare, die Zane in die Labors bringt, obwohl sie da nichts verloren haben. Bei einem Handgemenge fällt eine von Parrish entwickelte hochmoderne Brandbekämpfungstechnologie auf den Boden und beginnt, sich auf Energiequellen zu stürzen, und deren Energie in sich aufzunehmen. Infolge geraten einige Häuser in Brand – auch S.A.R.A.H. bleibt davon nicht verschont…

Warren Hughes will offiziell klären, ob die Besatzung der Astraeus nach ihrem Abenteuer wieder fit genug ist, an ihre Arbeitsplätze zurückzukehren. Während er Fargo testet und Carter gerade dabei ist, Allison zu küssen, tauschen Fargo und Carter plötzlich ihre Körper. Es beginnt eine fieberhafte Suche nach der Ursache des Vorgangs. Doch Carter und Fargo bleiben nicht die einzigen Opfer des ungewöhnlichen Phänomens…

Nach den Ereignissen rund um die Astraeus will das Verteidigungsministerium sichergehen, dass bei General Dynamics alles reibungslos funktioniert. Dr. Michael Clark, ein Phänomenologe für schwere Unfälle, fungiert als Katastrophen-Test-Initiator. Schnell ist klar, dass sich Clarks Computer KATI selbstständig gemacht hat und immer weitere Katastrophen herbeiführt, um zu testen, ob wirklich alles funktioniert. Schließlich sieht sich Eureka mit einem Raketenangriff konfrontiert…

Major Shaw erhält den Auftrag, bei General Dynamics ein Sicherheitssystem namens PanOp zu installieren. Außerdem soll er alles beschlagnahmen, was in Zusammenhang mit der Entführung der Astraeus steht – so auch den Photonen-Plasma-Computer, in dem Holly immer noch eingeschlossen ist. Um Holly zu retten, spielt Zane den entsprechenden Teil auf eine Partition des Hauptcomputer. Doch wenig später ist die entsprechende Partition leer…

In Eureka wird der Feynman-Tag gefeiert. Der Clou: Die Wissenschaftler bei Global Dynamics spielen sich gegenseitig Streiche. Indes soll Allison das neue Unterwasser-Labor, eine Art U-Boot, testen. Als sie dort eintrifft, wartet Carter als Überraschung mit einem kleinen Candlelight-Dinner auf sie. Vincent ist als virtueller Küchenchef auch dabei. Leider macht sich das Labor aufgrund eines Streiches bald selbstständig und stürzt in einen tiefen Graben…

Allisons Bruder Kevin hat sich in Eureka angekündigt, um Carter endlich kennen zu lernen. Kevin ist anderen Männern gegenüber sehr voreingenommen, weil er sie prinzipiell für dumm hält. So mischt er Carter ein paar Tropfen einer Substanz in ein Getränk, die ihn nun immer schlauer werden lässt – mit verheerenden Folgen. Bald kritisiert Carter das neueste wissenschaftliche Werk von Marcus, tauscht bei Andy einen Prozessor aus und selbst vor S.A.R.A.H. will er nicht haltmachen…

Carter (Colin Ferguson) versucht die perfekten Flitterwochen zu organisieren. Aber seine Vorstellungen von Romantik haben gar nichts mit Allisons (Salli Richardson-Whitfield) gemein. Schließlich müssen sie ihre Hochzeitsreise abbrechen, als man in Eureka eine Sabotage entdeckt. Holly (Felicia Day) muss erneut Schwierigkeit überwinden, die ihre Existenz bedrohen.

Eureka ist vom Rest der Welt abgeschnitten, nachdem ein Experiment schief gegangen ist und mikroskopisch kleine Elektroteilchen außer Kontrolle geraten sind. Carter (Colin Ferguson) und Fargo (Neil Grayston) versuchen sie einzufangen, bevor sie die Hirnfunktionen der Bewohner von Eureka beeinträchtigen. Holly (Felicia Day) bekommt eine mysteriöse Nachricht, die alarmierende Auswirkungen auf ihr Verhalten hat: Sie beginnt mit dem Körper-Drucker einen neuen Körper nach dem anderen zu erschaffen um die Menschen von Eureka zu ersetzen.

Die Bewohner von Eureka werden verschleppt und einer nach dem andern durch Doppelgänger ersetzt. Fargo (Neil Grayston), Allison (Salli Richardson-Whitfield) und Zane (Niall Matter) versuchen herauszufinden, wie sich die Entführung verhindern lassen und die Stadt gerettet werden kann.

Das Verteidigungsministerium will Eureka schließen und isoliert die Stadt: Keiner kommt in die Stadt oder aus ihr heraus. An verschiedenen Orten entstehen Wurmlöcher und Eureka droht auseinanderzureißen. Nur Carter (Colin Ferguson) kann die Stadt retten…