Egy hónap telt el, és a város tovább folytatja a kutatást az Astraeus legénysége után, annak ellenére, hogy Védelmi Minisztérium leállította azt. Carter és Andy egy küldetésre indulnak, hogy megszerezzék Kevin szkennerének utolsó alkatrészét, amivel megtalálhatják az Astraeust. Miután fogságba esnek, a zarándoklatáról visszatérő Jo menti meg őket. A műszerrel kiderítik, hogy a hajó nem az űrben tűnt el, hanem a Földön van. Kevin és Henry beméri az űrhajót, Carter és Jo pedig a mentőalakulatot vezeti. Amikor megérkeznek megtalálják az űrhajót és a szimulátort, azonban Beverly csapata és a legénység eltűnt. Jack, rájön, hogy az eltűnésért Wen szenátor felel, akiről kiderül, hogy Beverly főnöke. Ezalatt a virtuális Eurékában a legénység kicsomagolja az Astraeus biológiai kísérleteit, és egy sárkányfészket találnak. Holly, Allison és Grace a számítógép mátrix központi processzorának meghibásodása okán kezdik észrevenni, hogy nem minden az, aminek látszik. Holly rájön a titok nyitjára, de még mielőtt elmondhatná bárkinek, Wen szenátor a valóságban megöli őt.

A szimuláció elkezd összeomlani, amikor Fargo elindul a repülőtérre Holly után. Miközben a városból kifelé vezető úton hajt, újra és újra megjelenik a város végét jelző tábla. Zane egy sziklába ragadt madarat lát és nyomozni kezd. A virtuális Carter segít neki és megpróbálja lebeszélni Zane-t, ami hiába valónak bizonyul, mikor a virtuális Carter ikonja meghibásodik. A valóságban Beverly Barlowe visszatér Eurékába, hogy segítsen Carternek megmenteni a legénységet, miután Wen szenátor megölte Hollyt. Épp azelőtt küldi be a szimulációba a valódi Cartert, mielőtt a virtuális megölné Zane-t. Az Astraeus legénységével összefognak, hogy megsemmisítsék a virtuális űrhajót. Egy robbanást próbálnak előidézni, amitől túlmelegszik a központi processzor és Henry a valóságban be tudja mérni a hőjeleket. A tervük működik, azonban a robbanás miatt elkezd összeomlani a szimuláció, miközben a legénység még benne van. Egy elektrosokk segítségével kijuttatják Zane-t, aki Carter kivételével kimenti a legénység tagjait. Wen szenátor kizárja Beverlyt a szimulációból, így ő sem tudja kihozni a sheriffet. Beverlynek Zane segítségével sikerül kihoznia Cartert, majd elrabolja Wen-t, és fogságba ejti őt a sheriff irodájának virtuális változatában.

Miközben az Astraeus legénysége megpróbálja feldolgozni a virtuális Eurékában tapasztaltakat, Fargo nem tudja megemészteni Holly halálát és egy kísérleti tapasz segítségével megpróbálja felgyorsítani a gyász öt fázisát. Egy laborbalesetben elszabadul Parrish legújabb projektje, a Szentjánosbogár. A Szentjánosbogár egy energiagömb, amely tüzeket keres és lenyeli azokat. Henry rájön, hogy Parris a zéta hullámok miatt veszítette el a Szentjánosbogár irányítását, amit az idegi hálózatra kapcsolt emberek sugároznak.

Jack irányítatlanul elkezd testet váltani, ami kínos helyzetekbe sodorja a tudatát. Ezalatt Warren Hughes visszatér a GD-be, hogy értékelje az Astraeus legénységének az elrablásukra adott reakcióját. Zane válaszokat keres a Mátrixból, ami felkavaró eredménnyel jár mind neki, mind Fargo számára.

Katasztrófa gyakorlatot tartanak a GD-ben, és mindenkinek részt kell vennie benne, hogy kiderüljön, milyen jól teljesítenek egy valódi katasztrófa esetén. Sajnos a gyakorlatot vezérlő számítógép valóra váltja a katasztrófát. Fargo eközben nagy veszélyt vállal, amikor igazolni akarja Zane megállapításait.

Fargo biztos abban, hogy Holly még mindig a Mátrix számítógépben van, de a Védelmi Minisztérium továbbra is törölni akarja a merevlemezeket - örökre elveszítve ezzel Dr. Martent.

Carter romantikus meglepetése halálossá fordul, amikor Allisonnal egy süllyedő tengeralatti kutatólaborban ragadnak és az oxigénjük rohamosan fogyni kezd.

Egy okos drog hatása alatt Carter ugyanolyan zsenivé válik, mint a többiek a városban, és hamarosan elkezdi megváltoztatni a fizika törvényeit. Sajnos az állapota hamarosan veszélyezteti Eurékát, beleértve Allison testvérét is, aki azért jött, hogy megismerkedjen jövendő sógorával.

Jack és Allison tökéletes nászútja félbeszakad, amikor egy szabotázst fedeznek fel Eurékában. Holly újabb problémákkal szembesül, amelyek épségét veszélyeztetik.

Az Igazságügyi Minisztérium a városba érkezik, hogy Grace után nyomozzon, és Henry a saját bűntudatával hadakozik. Eurékát egy meghibásodó kísérlet elvágja a külvilágtól, és azzal fenyegeti, hogy elpusztítja a város lakosságát.

Euréka lakóit egymás után elrabolják és klónokra cserélik, hacsak Allison, Fargo és Zane nem derítik ki, hogyan kerülhetik el a fogságot és menthetik meg a várost.

Féreglyukak nyílnak meg véletlenszerűen Euréka területén, ezért a Védelmi Minisztérium végleg be akarja zárni a várost.