Zoe postanawia dorabiać w Cafe Diem. Za złamanie zabezpieczeń firmy Henry zostaje aresztowany. Stark oświadcza się swej byłej żonie Allison. Na zlecenie Ministerstwa Obrony Eva Thorne ma nadzorować działalność GD. Larry, Zan i Fargo przygotowują przeprowadzenie próby systemu antyrakietowego. Bezzałogowe samoloty wymyślone przez dra Edisona mają dokonać ataku. Plan zakłada, że maszyny zniszczy system obronny Viper. Niestety, jednemu z samolotów udaje się przetrwać. Jack musi go odnaleźć. Edison zapewnia go, że komputer Martha na pewno powróci, gdy skończy mu się energia. Jednak gdy maszyna widzi, jak ekipa GD zabiera doktorowi jego wynalazki, postanawia je uwolnić.

Thorne wprowadza cięcia budżetowe. Allison i Stark są zmieszani widząc nowe, bogato wyposażone laboratorium Zane'a. Jack odwiedza Henry'ego w więzieniu. Dostaje pilny telefon od Allison. Okazuje się, że zniknął jeden z naukowców biorących udział w tajnym eksperymencie. Dziesięciu ochotników odizolowano na 11 lat w podziemnym ekosystemie. Jack chce przeprowadzić śledztwo w sprawie zaginionego. Thorne zgadza się, by czynności śledczych dokonali Jack i Allison. Tymczasem Fargo podłącza się w Cafe Diem do podziemnego monitoringu. Po przeprowadzeniu dochodzenia okazuje się, że zaginiony Bob Nobb przekształcił się na skutek promieniowania radioaktywnego w zmutowanego potwora. Wszyscy znajdują się w niebezpieczeństwie. Pomóc im może jedynie Henry, który jest w więzieniu.

W Eurece trwają przygotowania do corocznego pokazu cyberpsów. Ostatnie dwa konkursy wygrała Carol Taylor, lecz w tym roku poważną konkurencję stanowi dla niej Anne Young.

Allison wychodzi za mąż. Dla Jacka poranek tego dnia jest wyjątkowo nieprzyjemny. Bierze zimny prysznic, zacina się przy goleniu, a na mundur wylewa keczup.

Za sprawą Evy Thorne w Global Dynamics pojawia się starożytny sarkofag z mumią. Egiptolog dr Wilding przestrzega przed otwarciem trumny, ale Thorne, kierowana chęcią zysku, lekceważy jego opinię.

Zoe ma pretensje do ojca, że ten za bardzo ingeruje w jej życie. Zane otwiera drzwi prowadzące do wojskowych tuneli i znajdującej się w piwnicach szkoły im. N. Tesli.

W Cafe Diem odbywa się spotkanie wyborcze. Na skutek wybuchu na niebie pojawia się "drugie słońce", które podwyższa temperaturę na Ziemi. Kandydaci wykorzystują zjawisko do pozyskania elektoratu.

S.A.R.A.H., komputer sterujący domem Jacka, mówi, że Zoe jest intruzem i zamyka ją w klatce, twierdząc, że jej DNA zostało zmienione. Jack uświadamia sobie, że córka jest w niebezpieczeństwie.

Jack przystępuje do egzaminu mającego potwierdzić jego zdolność do pełnienia służby. Przez 48 godzin będą sprawdzane jego pomysłowość i męstwo. W tym czasie ma go zastępować Jo.

W mieście pojawia się dr Tess Fontana, która okazuje się przyjaciółką Allison. Kobieta od pierwszego spotkania budzi antypatię Jacka. Fonatna przybyła do Eureki, by nadzorować otwarcie Sekcji 5.

Carter finds himself chasing down creation of blob-ical like proportions when a series of escalating pranks turn deadly. Elsewhere, long-term rivals from Area 51 come to Eureka for a bowling tournament.

Nad głowami mieszkańców Eureki wybucha rakieta. Okazuje się, że to dr Wyman pracuje nad systemem obrony przed tajemniczym sygnałem z kosmosu i jego źródłem, które w szybkim tempie zbliża się do Ziemi. Tymczasem w okolicy ktoś kradnie najróżniejsze i niezwiązane ze sobą przedmioty i zbiera je w miejscu, które przypomina zbudowany ze złomu Stonehenge. Pojawia się podejrzenie, że jest to generator plazmy, który może służyć do zasilania broni. Jack przygotowuje nocną zasadzkę na tajemniczego konstruktora. Zamiast jednej osoby, nakrywa na gorącym uczynku dziesiątki młodych ludzi, w tym własną córkę. Nazajutrz żadne z nich nie pamięta tych zdarzeń. Staje się jasne, że ktoś lub coś nimi steruje.

Henry's ship returns causing Carter to fear it maybe linked to the town's deadly electrical anomalies.

Jedna ze specjalistek Global Dynamics zostaje znaleziona martwa w wypełnionym wodą samochodzie. Podejrzaną o zabójstwo jest rywalizująca ze zmarłą badaczka. Ta zarzeka się, że jest niewinna. Wkrótce sama ginie w łazience pełnej wody. Okazuje się, że płyn znaleziony przy ofiarach to syntetyk. Odpowiedzialna za jego produkcję dr Rivers upiera się, że sztuczna woda nie może nikomu zaszkodzić, gdyż jest pozbawiona jakichkolwiek chemicznych zanieczyszczeń. Z kolei Henry i dr Manlius pracują w laboratorium nad skopiowaniem danych z wewnętrznego komputera robota, który niedawno przybył do Eureki z kosmosu. Maszyna zostaje umieszczona w zbiorniku ze specjalnym roztworem i poddana promieniowaniu.

Dr Tess Fontana wymyśla urządzenie do przechowywania wspomnień mieszkańców Eureki. Jakiś czas później szeryf Carter i Allison spotykają w Global Dynamics kilku zdezorientowanych naukowców. Jack zauważa u jednego z nich rejestrator wspomnień. Henry stwierdza u badaczy częściową utratę pamięci. Jack i Allison chcą skontaktować się z Fontaną, ale zostają uwięzieni. Co gorsza, rozpoczyna się właśnie proces akustycznej sterylizacji gmachu GD. Z kolei niemal wszyscy na zewnątrz cierpią na amnezję, gdyż Fargo chcąc usunąć z systemu kilka niechlubnych faktów, wyczyścił przypadkiem pamięć mieszkańców Eureki. Jeśli Jackowi nie uda się powstrzymać procesu czyszczenia, wszyscy w budynku zginą.

Allison Blake idzie na urlop macierzyński. Szefową Global Dynamics zostaje dr Tess Fontana. Zane Donovan i Jim Taggart przywożą do instytutu próbki lodu z Rosji.

Kwitnie związek Cartera i dr Tess. Zoe dostaje się do szkoły medycznej na Harvardzie. Lucas projektuje urządzenie mające uratować Ziemię przed gwiazdą, która uderzy w glob za około 2000 lat.