Uspjeh ima svoju cijenu, kao što otkriva nekolicina stanovnika Eureke kad Ministarstvo obrane u grad pošalje svog čovjeka, kad protuprojektilna testiranja ugroze Eureku.

Efikasnost korporacijskog izaslanika od slabe je pomoći kad stanovnici Globalove izolirane biosfere počnu degenerirati i poprimati osobine prastarih životnih oblika.

U Eureki pritisak raste kad se Zoe priključi ubrzanom programu iz fizike, a godišnja izložba pasa pretvori se u oštro natjecanje. Planovi za vjenčanje iritiraju Allison, a tlo se počinje tresti.

Je li moguće da postoji petlja u samom vremenu? Carter je potpuno zbunjen time što jedino on stalno iznova proživljava Allisonino vjenčanje. Također ga neočekivano posjeti njegova slobodoumna sestra Lexi.

Eva Thorne sponzorira slavnog arheologa koji donese grobnicu egipatske kraljice, zajedno s pratećim prokletstvom. Naravno da mrtvi ostaju mrtvi, zar ne?

Carteru je posao dodatno otežan kad jedan superjunak počne spašavati po Eureki s katastrofalnim posljedicama. Evina potraga za tajnom zakopanom ispod Eureke smrtno ugrožava Zoe i njezine prijatelje.

Zoe se bavi kandidaturom za gradonačelnika, a njezin partner na fizici, prepušten sam sebi, slučajno stvori drugo Sunce. Carter i Zane mogu uništiti vatrenu kuglu, ali trebaju nevjerojatno snažnu zaštitu da bi se dovoljno približili.

Kad na svjetlo dana izađe znanstveno otkriće iz prošlosti koje bi moglo promijeniti svijet, smije li ikomu dospjeti u ruke? Za Cartera to pitanje nije nimalo retoričko: Zoein je život izravno ugrožen, a Eva Thorne zna zašto.

Sve uokolo doslovce se ruši i Carter i Jo moraju spriječiti gravitacijsku katastrofu.

Zamjenica Lupo zamjenjuje šerifa, ali nju kao da je zamijenila druga osoba. Netko joj polako krade identitet: u Eurekinom stilu.

Kad niz sve gorih psina postane ubojit, Carter mora uloviti kreaciju blob-lijskih razmjera.

Carter otkrije da tinejdžeri i ne znajući mijenjaju izgled grada, zato što netko ili nešto upravlja njima dok spavaju.

Henryjev brod se vraća i sa sobom nosi šokantno iznenađenje koje Carteru ulijeva strah.

Znanstvenici se natječu u ekološkim darovima za Allisonino dijete i utapaju na mjestima gdje je utapanje nemoguće.

U Globalu provode sonično čišćenje, a Tess snima bazu podataka s uspomenama stanovnika Eureke. Grad odjednom doživi kolektivni napad Alzheimerove bolesti. Kad zbog problema s pamćenjem ostanu zarobljeni u Global Dynamicsu za vrijeme čišćenja, Allison počne rađati i Carter joj mora pomoći da se sjeti tko je da bi mogli pobjeći.

Allison je na porodiljskom dopustu, a Tess se nada da će joj prvi dan na čelu Global Dynamicsa biti miran. Ali dok veza s Carterom postaje sve vatrenija, zavlada opća hladnoća kad ledena jezgra s Arktika u Eureku donese novo ledeno doba - i Zane bi mogao postati prva žrtva.

U zadnjoj epizodi treće sezone Carter ima loš dan. Zoe odlazi na Harvard, Tess nude posao u Australiji; testiranje čestičnog akceleratora pođe po zlu i nad Eurekom lebdi magnetski poremećaj. Što će se još dogoditi?