Miután sikerült helyreállítani az idővonalat, Eureka városában ezúttal kivételesen nem a misztikus dolgok keltenek pánikot, és okoznak fejtörést Carter serifnek. Bár az mégiscsak valami furcsa erőnek tudható be, hogy sorra haláloznak el a város lakosai.

Allison-t kinevezik, és ezzel ő lesz Eureka legbefolyásosabb embere. Az első napja azonban nem telik zökkenőmentesen, mert a probléma, amit meg kell oldania, úgy tűnik, hogy túlnő rajta is. A probléma neve pedig: Fargo. A fiú élete veszélyben van, így a serifnek gyorsan ki kell derítenie, hogy mi is történt valójában. Ehhez viszont együtt kell dolgoznia az "ellenséggel", mert ami bajba sodorta Fargo-t, az egy vörös kódú erőtér készülék.

Amióta még különösebb dolgok történnek Eureka városában, mint amiket már megszoktak az ott lakó emberek, aki csak teheti, az okok feltárásával foglalkozik. Hamarosan kiderül, hogy egy teljesen egyszerű berendezés okozza az időjárás-változásokat, és ezek furcsa következményeit.

A serif egyszerre veszít el mindenkit, akit szeret, mégpedig egy fény megjelenésével. Ugyanis amikor az feltűnik, akkor valaki eltűnik és utána már rajta kívül senki sem emlékszik rájuk. Aztán rádöbben, hogy mindenki rendben van, kivéve őt. Eureka pedig egy emberként aggódik érte és Zoéért.

Amikor Carter serif autója súlyosan megrongálódik, először mindenki az iskola diákjaira gyanakszik. Ám hamarosan kiderül, hogy a sérülést meteorit okozhatta, amely feltételezhetően Eureka felett halmozódott fel egy felhőben. Carter így a városlakók segítségével minden erejével azon van, hogy megfékezzenek egy nagyobb méretű katasztrófát.

Eureka-ban egy baleset után egyre több embernek lesznek azonos álmaik. Carter, a balesetben a patakba kerülő mérgező anyagot tartja a jelenség okozójának, ám ezt a lehetőséget hamar kizárják. Közben Stark egy speciális eszközt készít, amelynek a segítségével Allison közelebb kerülhet Kevin-hez. Hamarosan pedig pár ember az álmában életét veszti...

Egy nap szokatlan dolog történik, még, ha ez nem is mondható annyira különösnek Eureka városában?Fargo nagyapját ugyanis véletlenül felébresztik az évek óta tartó álmából, miközben Carter nehezményezi, hogy eddig senki nem beszélt neki a kriosztázisról. Kiderül, hogy ezt az eljárást már az '50-es évektől alkalmazzák a gyógyíthatatlan betegeken, vagyis mindaddig lefagyasztva tartják őket, amíg a betegségükre nincs meg a gyógymód.

Egy újabb zsenit kerítenek Eureka-ba, Allison megbízásából. A fiatal srác azonban először rács mögött ül és Carter vigyáz rá, azaz csak próbál, mert a fiú túljár az eszén. Eközben az ősrobbanást próbálják modellezni a kutatóközpontban, azonban valami oknál fogva mindenki elbutul - sajnos szó szerint. Az összes tudós, akinek köze van a fizikához, köztük a legokosabbak is, hirtelen gyerekké fejlődnek vissza és játszóteret csinálnak a laborból. Így egy ember marad csak, aki meg tudja állítani a kísérlet katasztrofális végkifejletét, mégpedig az, aki éppen a rácsok mögött van.

A Global Dynamics-nál történt különös esetek és a megmagyarázhatatlan sugárzás arra engedi következtetni a serifet, hogy talán olyan kísérleteket is folytatnak ott, amelyekről eddig nem tudott a nyilvánosság. Carter feltételezései pedig rövidesen be is igazolódnak, amikor egyik pillanatról a másikra mindenki számára láthatatlanná válik.

Carter serif hirtelen nagyon vonzó lesz Eureka összes női lakójának számára. Olyannyira, hogy valósággal betegesen rajonganak érte és üldözik őt. Így viszont Carter nehezen tudja ellátni a munkáját és kideríteni, hogy mi okozta Eureka szennyvíz- és hulladék újra-feldolgozójának meghibásodását.

Egy szobor arannyá válik a város egyik utcáján, majd nem sokkal ezután több fémtárgy is átalakul. Az embereken kitör az aranyláz, s mindenki vinné, ami a keze ügyébe kerül. Eközben Nathan visszahozatja Beverly-t a városba, amiről Henry is tudomást szerez. Megkeresi hát Beverly-t és miután beszél vele, összeáll a kép Kevin-nel kapcsolatban.

Nathan Starknak és Jack Carternek félre kell tenniük a rivalizálást, hogy megállíthassák a halálos vírust, amik elpusztítaná a várost és Allison fiát is megölné. De vajon Carter is szemet tud hunyni Stark bűncselekményei felett?