לאחר שתאונה מוזרה מביאה אותו לשולי העיירה אאוריקה, ג'ק קרטר יוצא לטפל בחקירת מוות הקשורה לתופעה מסתורית. הוא מכיר את אליסון בלייק, לומד על סודות העיירה ופוגש בכמה מתושביה המוזרים.

לאחר שנכח בהלוויתה של סוזן פרקינס, חוזר קרטר למשרדו ומוצא אותה שם, חיה וכועסת. כעת על קרטר והנרי לגלות מה קרה וכיצד זה קרה. קרטר עובר לגור בבית ממוחשב, המטריד אותו בהתנהגותו.

ג'ק קרטר יורה בטעות בהנרי בעת שהוא סובל מאובדן זיכרון לטווח קצר, בינתיים, ביקורו של מדען ידוע עשוי להיות הסיבה לאובדן הזיכרון הפתאומי.

ספנסר, עוזרו של הנרי, נעלם, וכשהוא נמצא, הוא טוען שנחטף ע"י חייזרים. קרטר מסרב להאמין עד שגם וינסנט ולופו נעלמים. כל זאת, כאשר במקביל מגיע לביקור חבר קונגרס האחראי על תקציב העיירה.

לאחר שפארגו וספנסר מפעילים בטעות מכשיר יום-הדין, קרטר חייב לעזור לד"ר ארווין תאצ'ר, מדען מזדקן, לכבות את המכשיר.

קרטר חוקר תאונת דרכים יוצאת דופן. בינתיים, נייתן סטארק נמצא תחת לחץ רב להציג תוצאות על פרויקט.

כאשר חזרתו של 'הכוכב העולה' של אאוריקה גורמת לבעיות בכל רחבי העיר, סטארק נאלץ לעשות בחירה קשה. קרטר מנסה לאתר את זואי שברחה עם תושב לשעבר.

ננואידים שנועדו לתקן רקמות חיות בורחים מהמעבדות של "גלובל דיינמיקס" ומאיימים על אאוריקה. הסכנה גוברת כאשר הם מקבלים את היכולת ללבוש את צורתם של יצורים חיים.

ג'ק וזואי יוצאים למרוץ נגד הזמן כדי לגלות מה קרה לכל תושבי העיירה שהחלו להתנהג באופן מוזר, לפני שיקרה אסון.

הבינה המלאכותית המנהלת את ביתו של קרטר חוששת שהעיירה מתפרקת ולוכדת את קרטר בביתו יחד עם סטארק, אליסון, פארגו, בברלי והנרי, כדי שיתקנו את המעוות.

פרק סיום העונה. השנה היא 2010 וקרטר, הנשוי לאליסון, מתכונן לטקס סיום ביה"ס של זואי, כאשר סדרת התרחשויות מוזרות מגלות לו ולחבריו שהם נמצאים בעתיד, המאיים על קיומם ועל קיום העולם כולו.