Two years have passed since the last season. Jin and Saki develop a sweet confectionery that contains medicine for Saki's mother who has a severe case of beriberi. Meanwhile, Ryoma asks Jin to care for Kaishuu Katsu's mentor, Shozan Sakuma. Shozan is in a critical state after being attacked by the Shinsengumi. Jin is reluctant because curing Shozan would mean changing the course of history. However, Shozan tells him that he too is involved in the “present”.

　　历史依旧向着既定方向有条不紊的前行，更多耳熟能详的历史人物悉数登场。南方仁以大夫的身份在江户时代生存了下来，所开设的医馆“仁友堂”亦步入正轨。在那个卫生条件欠佳、医学不发达的时代，他以精湛的医术拯救了不少生命，并企图将自己的医学知识完全传授给其他医生，即使有可能改变历史也在所不惜。亲历着幕末日本局势的陡然巨变，仁对自己之于这个时代意义有了崭新的认识。在不远的未来，他将重新邂逅寻找新生活的未来，前篇中围绕在他们周身的谜团亦将逐一得到解答。

超越時空的愛情與生命的故事〜完結篇啟動！

歷史的指針現在再次開始移動……人只能由人來救

新たな登場人物に、明治維新を推し進めた幕末の重鎮・西郷隆盛（藤本隆宏）。14代将軍・徳川家茂の正室・皇女和宮（黒川智花）。新撰組局長・近藤勇（宮沢和史）。勝海舟・吉田松陰らを教えた当代一の蘭学者・佐久間象山（市村正親）。さらに、本作オリジナルのキャラクターとして、長州藩出身の武士で龍馬の護衛となる東修介（佐藤隆太）と注目の顔ぶれがそろう。果たして、仁は再び現代に戻ることができるのか。残されたすべての謎が明らかになる！