Hercules en Iolaus zeilen met Nebula naar het land van Sumeria om Koning Gilgamesh te helpen, die zegt dat hij is aangevallen door goden. Niets is echter wat het lijkt.

Rouwend over het verlies van Iolaus, zweert Hercules om de Sumerische goden te achtervolgen om hem terug te brengen uit hun onderwereld. Schoorvoetend bijgestaan voor Nebula, gaat hij beginnen aan zijn queeste, maar er staan vele zaken in hun weg.

Hercules heeft zijn zelfvertrouwen als held verloren en spoelt aan op het eiland Eire, waar Druïden zeggen dat hij hun "Uitverkorene" is, die naar hen gestuurd is om af te rekenen met een slechte halfgod, die erop uit is om hen te vernietigen met de hulp van de gehoornde god Cernunnos.

Salmoneus en Autolycus krijgen een lamp van een sultan in handen en laten een geest ontsnappen die hen drie wensen gunt. Ze komen er echter snel achter dat ze moeten oppassen wat ze wensen. Ondertussen wil de sultan zijn lamp terug.

Hercules, nog steeds in Eire, leert Morrigan om haar nieuwe rol als beschermer van het Recht aan te nemen, wanneer Cesar zich voorbereid om het eiland aan te vallen. Hercues leidt de lokale bewoners en Morrigan in de verdediging van het eiland.

Hercules heeft een visioen gehad over dat hij het leven van een man moet redden en gaat op weg naar Noorwegen, waar hij erachter komt dat de man de Noorse God Balder is. Hij komt al snel in een einde-van-de-wereld profetie terecht.

Hercules moet de krachten bundelen met Thor om de slechte Loki te stoppen, die Ragnarok wil ontketenen; het einde der tijden.

Hercules geniet van zijn leven in Eire, waar hij intiem wordt met Morrigan, maar visioenen van Nebula die in gevaar is, brengen hem en Morrigan terug naar Sumeria, waar ze Nebula vinden die op het punt staat om gek te worden, nadat ze visioenen heeft gekregen van de dode Iolaus.

In deze alternatieve aflevering geeft studiobaas B.S. Hollingfoffer de producenten en schrijvers van de serie om betere verhalen te verzinnen, dus ze gaan met z'n allen op kamp. Als ze daar zijn probeert iemand hen te vermoorden.

Hercules komt met Morrigan en Nebula terug naar Griekenland in de achtervolging van Dahak, die, in het lichaam van Iolaus, de lokale bevolking heeft overtuigd dat hij hun redder is en dat Hercules erop uit is om hen te vernietigen. Hercules moet een manier vinden om Dahak van Iolaus te scheiden.

Dahak, in het lichaam van Iolaus, is aan het altaar geketend en had een plan om Ares te doden. Hij laat Hercules zien hoe hij Iolaus heeft verleid in het moment van zijn dood. Hercules probeert vervolgens Dahak uit het lichaam van Iolaus te halen en de ziel van zijn vriend te bevrijden.

Hercules en de Amazone Ephiny rekruteren een groep losbandigen, inclusief een moordenaar, voor een missie om explosieve kristallen te gebruiken om een gat in de zijkant van een vulkaan te blazen, om zo te voorkomen dat een dorpje wordt verwoest door de lavastroom.

Hercules reist terug naar het Alternatieve Universum, waar de parallelle dubbelganger van Iolaus met hem meegaat in een queeste om de goden van Olympus te bevrijden, die zijn vastgezet door Ares.

Hercules mist de originele Iolaus en hij vertelt Iolaus II over een avontuur waar hij met Iolaus een gestolen robijn terug moest halen van Autocyclus, die een vloek over zich kon krijgen als hij hem niet terugbracht.

Hercules helpt Althea, de vroegere danspartner van Hercules, om haar doel te bereiken om een modeshow te geven en vraagt de hulp van de oude Weduwe Twanky.

Morrigan keert terug en gaat samen met Hercules op een missie om het Orakel van Cyprus te redden van een onheus behandelde ziel, die terug is gekomen uit het graf om haar te vernietigen. Terwijl ze reizen komt Hercules erachter waarom Morrigan hem plotseling heeft verlaten.

Hercules en Jason keren terug naar hun oude school met Iolaus II, waar ze totale chaos aantreffen, omdat een groep ontspoorde kadetten de school hebben overgenomen. Jason komt erachter dat hij een dochter heeft waarvan hij het bestaan niet wist.

Nu Hercules op een missie is, geeft Iolaus aan Afrodite toe dat hij graag de liefde wil ervaren. Ondertussen verandert Discord Nautica, de zeemeermin, in een mooie vrouw en Iolaus en Nautica worden verliefd. Ze zijn zich er echter niet van bewust dat Discord's alternatieve motief is dat een vloek die Poseidon op Nautica heeft gelegd de zeeën zal bevriezen, behalve als Nautica terugkeert naar de oceaan.

Een gemeen plan van Ares, Discord en de nieuwe lakei van Ares, Deimos, heeft een heel dorp vervloekt en ze beginnen uit de werkelijkheid te vervagen. Als Hercules de steen breekt die de vloek heeft opgewekt, begint hij weg te vagen.

Iolaus II is geschokt om te horen dat zijn geliefde Nautica wordt gedwongen om te trouwen met een schurk. Ondertussen komt Hercules zijn ex-vrouw Serena tegen, die hem in deze tijdlijn niet herkent. Met Afrodite's hulp komen de twee erachter dat de schurk de Drietand van Nautica's vader Triton heeft gestolen.

Iolaus komt terug uit het graf en waarschuwt hercules dat het einde van de wereld dichterbij komt. De aartsengel Michaël brengt de apocalyps door de Vier Ruiters te ontketenen op de aarde.