Hercules promette ad Alyssa d'andare a cercare sua figlia Lianna, prigioniera in un castello. Per giungere al castello, Hercules si deve arrampicare su una gigantesca pianta di fagioli, dopodiché, raggiunge la stanza della prigioniera. Vinta l'ostilità di Tifune, custode di Lianna e fratello di Tifone, il gigante buono, Hercules libera la donna e, convinto di aver portato a termine la sua missione, si presta a partire con la donna e Autolycus, che si trovava al castello per rubare le uova d'oro, ma queste si schiudono, e nascono tre piccole arpie che daranno loro non poco filo da torcere. Alla fine, Lianna deciderà di rimanere accanto a Tifune e di aiutarlo a crescere le piccole arpie.

Iolao tenta di salvare la vita di una donna, vittima di un incidente, ma fallisce nell'intento. Il fatto di non essere riuscito ad intervenire tempestivamente è dovuto all'intervento della dea Fortuna, la quale cerca di rimediare al mal fatto togliendo la memoria a Iolao, così da fargli dimenticare l'accaduto. Ma l'incantesimo non riesce perfettamente e Iolao perde la memoria. Tenterà di uccidere Hercules, ma l'amicizia che li lega, rimetterà tutte le cose a posto.

Hercules incontra Celesta, messaggera di Plutone, inviata a prendere la vita di Jaris. Questi, nel frattempo, presenta ad Hercules il figlio neonato Bartoc. Saputo il suo destino, Jaris assume un atteggiamento vendicativo che potrebbe impedirgli l'accesso ai Campi Elisi. Hercules ripercorrerà con la memoria quando conobbe Jaris, quando, per salvarsi la vita, fu costretto ad uccidere suo fratello, che faceva parte di una banda di banditi, fino a salvare la vita a lui e a suo padre. Alla fine riuscirà a farlo desistere dai suoi propositi di vendetta.

In seguito ad un naufragio, Nebula e i suoi uomini, dei pirati, sono costretti a fermarsi col bottino appena rubato su una strana isola. Nel frattempo, Hercules e Iolao, si trovano a bordo di una nave nel bel mezzo di una tempesta, e con una falla nello scafo che imbarca acqua. Sono così costretti anche loro a fermarsi sulla stessa isola. Nella caverna dove hanno trovato riparo, trovano il forziere incustodito, e poco distante, un corpo senza vita e col volto sfigurato. Gli uomini cominciano a sparire, e fanno la conoscenza di Nebula, l'unica sopravvissuta. Hercules scoprirà che le sparizioni e i morti sono causati da Aracne, una regina trasformata in ragno da Giove per punizione dopo che questa, per gelosia nei confronti della figlia, la uccise. Iolao, purtroppo, viene catturato, ma Hercules, con l'aiuto di Nebula, riesce a salvarlo e a uccidere Aracne.

Lo scatenarsi delle saette di Giove per interrompere un combattimento tra Marte e Hercules, provoca l'apertura di un passaggio che conduce ad un mondo parallelo. In questo mondo Hercules è un tiranno che vuole sposare Venere, regina degli dei, mentre con l'aiuto di Xena, sua amante, sta lentamente avvelenando Giove per prenderne il posto. Poco prima che il passaggio si richiudesse, Iolao viene portato dall'altra parte, e al suo posto viene Iolao del mondo parallelo, un giullare di corte. Hercules, per mettere le cose a posto, deve riuscire a far riaprire il portale per farlo tornare indietro e viceversa e, con l'aiuto di Venere, riuscirà nell'intento. L'Hercules cattivo, inseguendo Iolao che si è impossessato del sangue della cerva, entra nel tunnel che collega i due mondi e ne rimane intrappolato all'interno.

Hercules incontra Nemesis, una sua vecchia fiamma, divenuta madre di un bambino, Evandro. Nemesi è braccata dagli uomini di Marte, padre del bambino. Per salvare se stessa ed Evandro, Nemesis fa credere ad Hercules che sia figlio suo. La dea Discordia intanto, innamorata di Marte, si sente ingannata da quest'ultimo e medita di vendicarsi su Nemesis ed il suo bambino.

Runn, fratello di Siri, ha perso i genitori all'età di sei anni, durante un attacco delle Amazzoni. Runn è riuscito a scappare, ma durante la fuga si è ferito ed è rimasto cieco. Tredici anni dopo, decide di rintracciare la sorella, rapita in quel frangente dalle Amazzoni. Il casuale incontro con Hercules sarà per lui una fortuna, infatti, aiuterà i due ragazzi a ritrovarsi.

Hercules si mette in viaggio verso Crotone per raggiungere Iolao. Strada facendo si ferma in una località chiamata Rhumba, dove ogni anno si svolgono le Panateneé, feste dell'Antica Grecia durante le quali si svolge anche una gara di ballo. La gara, solitamente, viene vinta dalla bella e simpatica Oena, grazie all'appoggio di suo zio Asterius, capo villaggio di Rhumba.

Salmoneo indice una gara tra artisti per creare un'opera per il museo di Armand e chiede a Hercules di posare per lui. Atalanta, una ragazza dal fisico prestante, che lavora come fabbro, da sempre innamorata di Hercules, costruisce una statua a sua immagine e somiglianza. Vulcano (Efestus) dona la vita alla statua e il suo gesto avrà conseguenza imprevedibili grazie all'intervento della dea Discordia, che plagia la statua resa umana. Ma l'amore che costui prova nei confronti di Atalanta, rimetterà le cose a posto, sacrificandosi per proteggerla.

Hercules viene arrestato con l'accusa di omicidio. Processato dal terribile Spencius, un fanatico magistrato, Hercules viene difeso da Dirce. Dedalo, la regina Melissa, Cassandra e Giasone intervengono al processo per testimoniare in favore di Hercules. Quest'ultimo si domanderà se quello che fa non influenzi veramente le persone, ma capirà che nulla di tutto ciò è sbagliato. Il giudice non potrà far altro che assolverlo.

Hercules e Giasone rievocano un episodio del loro passato: assieme a Iolao partono alla ricerca di Ghidra, un essere mostruoso creato da Giunone. Durante il viaggio conoscono Medea, una bellissima ragazza, vittima del potere di Giunone, al cui fascino Hercules non è insensibile. Ma anche Giasone mira a conquistare il cuore di Medea. Giasone, nonostante conosca i sentimenti che Hercules nutre per la ragazza, la bacia. Hercules assiste alla scena, e i due finiscono inevitabilmente per litigare. Medea, resasi conto dell'errore commesso a causa di Giunone, sistema le cose tra i due, ma questo porta inevitabilmente alla morte della ragazza per mano di quest'ultima.

Gekkus uccide re Pholus, suo fratello. Del delitto vengono accusati Salmoneo e Autolycus, il re dei ladri più famoso di Atene. I due riescono a fuggire e si nascondono nella scuola di danza della vedova Twanky (Michael Hurst). Si travestono da danzatrici e vengono accolti nella compagnia di ballo. Autolycus si innamora di una danzatrice, mentre il povero Salmoneo viene corteggiato da Gekkus. Smascherati, i due vengono condannati a morte.

Callisto e Marte si alleano per sbarazzarsi di Hercules senza incorrere nelle ire di Giove. I due riescono a intrappolare il loro comune nemico in un mondo intermedio dove si trova il doppione negativo di Hercules. Callisto, per impossessarsi del ciondolo che conserva il sangue della Cerva d'Oro, combatte contro Marte sconfiggendolo. Speranza invia Callisto nel passato per uccidere Alcmena prima che metta al mondo Hercules.

Iolao, con l'aiuto di Marte, torna nel passato per impedire che Callisto uccida Alcmena, la madre di Hercules. Questi, intanto è intrappolato nel mondo intermedio da dove può osservare ciò che succede ai mortali. Purtroppo, Iolao fallisce, e si trova a vagare nel tempo al seguito di Callisto, che cerca di impedire alla Xena del passato di uccidere i suoi genitori, ma sarà lei stessa ad ucciderli. Xena è spietata, ma possiede la Pietra di Kronos, che consentirebbe a Iolao di tornare indietro nel tempo e salvare Alcmena, e ci riesce, torna indietro e salva la donna. Nel frattempo, Hercules trova un modo per lasciare il mondo parallelo, ma appena esce, trova Callisto. Dopo uno scontro tra i due, Hercules riesce a spedirla nel mondo parallelo. E il pugnale col sangue della cerva viene nascosto nel cemento.

Il protagonista della fortunata serie televisiva “Hercules”, Kevin Sorbo, manca all'appuntamento sul set in Nuova Zelanda. Da giorni nessuno ha più notizie dell'attore. Eric, il direttore di produzione, avvisa Hollywood. Tra la troupe si scatena il panico: tutti hanno paura di essere licenziati. Ognuno di loro si dà da fare per creare nuove storie, fino al punto di voler trovare un sostituto che sia all'altezza di Kevin per interpretare il personaggio. Ma ecco che Kevin riappare sano e salvo. È stato “bloccato dal traffico”! in fin dei conti, anche lui è un uomo come gli altri!

Autolycus ruba l'arco di Diana e Mercurio incarica Hercules di aiutare Diana a ritrovarlo. Hercules e Iolao, intuito chi è il responsabile, lo vanno a cercare, e scoprono che Autolycus lo ha venduto alla dea Discordia. Hercules è intenzionato a riprenderlo, ma Discordia, grazie all'arco, lo trasforma in un maialino indifeso. Discordia, avvalendosi di Colchis, un guerriero suo spasimante, lo convince ad eliminare Hercules, ora trasformato in maialino, ma non riesce nell'intento. L'arco di Diana darà invece modo a Iolao di vendicarsi trasformando Discordia in una pollastra. Marte minaccia vendetta contro Iolao, mentre Hercules si appresta a riacquistare il suo aspetto umano.

Discordia, trasformata in pollastra da Iolao, medita vendetta. L'intervento di Marte, alleato di Discordia, crea non poche difficoltà a Iolao, trasformando sia lui che Autolycus in mostri che nessuno capisce, facendoli finire in un circo. Nel frattempo, Hercules sta accompagnando a casa la maialina che aveva conosciuto quando era un maialino. Durante il viaggio incontrano la dea Venere che, alla preghiera della maialina di trasformarla in una donna, accetta, e le dona le sue fattezze. In un primo momento ne è entusiasta, ma a poco a poco, capisce che quella non è la sua vita e perciò, chiede a Venere di poter tornare ad essere ciò che era, Venere acconsente. Hercules aiuta Iolao e Autolycus a tornare normali, dopodiché riporta a casa la maialina.

I regni di Carpazia e di Antiochia sono ai ferri corti. Re Georgas e il principe Alexandros, i sovrani dei due stati, sono infatti in procinto di dichiararsi guerra fino a quando il principe Alexandros si innamora di Pasticcino, una bella showgirl. In realtà, Pasticcino, è stata invitata da Autolycus ad accompagnarlo al castello del principe per potersi impossessare dello zaffiro di Antiochia. Ma anche lui si innamorerà della fanciulla, ma non corrisposto. Alla fine, Pasticcino sposerà Alexandros, e lui si accontenterà, per poco tempo prima che Hercules e Iolao se lo riprendano, di avere solo lo zaffiro.

Al termine del decennale conflitto di Troia, Aiace e i suoi eroi, reduci di guerra, tornano in patria, ma vengono derisi e vessati dalla popolazione ed in particolare da Ificle, re di Corinto nonché fratello di Hercules. Aiace agisce alla provocazione e viene per questo spedito, assieme ai suoi compagni, su un'isola deserta infestata dagli squali-sabbia. Ma gli uomini si ribellano, e riescono a catturare il re, intenzionati prima a prendersi tutti i suoi averi, e poi ad ucciderlo. Hercules e Iolao, con l'aiuto di Nebula, partono a salvarlo. Quando Aiace è ad un passo da uccidere Ificle, Hercules riesce a farlo ragionare, ma Aiace finisce tra le fauci di uno squalo-sabbia. Il re farà erigere una statua in suo onore ed in onore di tutti i valorosi eroi morti assieme a lui.

Hercules, assieme al fedele Iolao, accorre al capezzale della madre Alcmena in fin di vita. Hercules e Alcmena ricordano la battaglia combattuta contro i Parti: Hercules da ragazzo decide di aiutare i giovani amici, Iolao e Giasone, a combattere contro i guerrieri Parti, che vogliono impadronirsi di Caylon, il territorio di Eteocle. I tre combattono e assistono per la prima volta alle brutture della guerra. Muore re Eteocle e Giasone assume il comando. Hercules convince Stravos, il re dei Parti, a raggiungere un accordo di pace. Alcmena muore e agli occhi di Hercules si presenta suo padre Giove.

Giove desidera che suo figlio Hercules lo raggiunga nell'Olimpo per regnare su tutti gli dei. In seguito a questa richiesta, Hercules ricorda il momento in cui suo fratello Apollo lo convinse a mangiare l'ambrosia per trasformarsi in una divinità. Ben presto, il giovane Hercules, si rese conto però che essere solo una divinità non gli bastava, gli mancavano i veri amici, i veri valori. Questo lo portò ad uno scontro con Apollo. Al termine del ricordo, Hercules saluta Iolao e Giasone e decide d'andare con Giove sull'Olimpo per proteggere meglio l'umanità.

Dopo la morte di Alcmena, Hercules, su richiesta di Giove, si trasferisce sull'Olimpo. Hercules apprende però che Giove lo ha voluto nell'Olimpo solo per proteggerlo da Giunone e dagli altri dei. Hercules decide allora di tornare sulla Terra. Mentre è impegnato a fronteggiare Apollo, sceso giù dall'Olimpo su ordine di Giunone, quest'ultima sta ricattando Giove, o lui rinuncia ai suoi poteri, o lo spirito di Alcmena patirà nelle fiamme per l'eternità. Giove rinuncia ai poteri e diventa un mortale. Giunone, vedendo che Giove non risente affatto della sua mortalità, manda Marte ad ucciderlo, ma Hercules lo salva. Iolao rivede la madre dopo molto tempo. In un primo momento, il patrigno, lo prende in odio, ma ben presto si rende conto che Iolao è un brav'uomo. Hercules sale sull'Olimpo e, dopo aver messo fuori gioco Apollo, si scontra con Giunone.