Le NCIS doit éclaircir une affaire d'homicide sur un marine afin de savoir s'il a été la victime d'un tueur en série ou d'un Copycat. McGee et Delilah doivent apprendre à faire des compromis avant de vivre ensemble.

Gibbs devait donner un cours de préparation au terrain à de jeunes recrues, mais il ne s'est pas présenté. Personne n'a eu de ses nouvelles depuis. Gibbs a bel et bien disparu. Même Leon Vance, le patron, est inquiet. McGee et Torres décident de se lancer à sa recherche. Ils se rendent dans le petit resto où leur collègue a l'habitude de prendre son petit-déjeuner. La seveuse leur confirme qu'il est bien venu le matin même, mais qu'il n'est pas resté longtemps. McGee réussit à convaincre Abby de traquer le signal du téléphone portable de Gibbs...

Le quartier général du NCIS est évacué après que l'équipe découvre un corps et des matériaux explosifs sur le toit de la salle Open Space. En parallèle, l'équipe lit la première version du livre de Ducky.

Le NCIS est appelé sur une scène de meurtre le jour d'Halloween. Torres reconnaît alors une des victimes : ils ont suivi une formation ensemble par le passé. Pendant ce temps, Jimmy est convaincu que sa salle d'autopsie est hantée...

Un vieil ami de la famille supplie Gibbs de se joindre à lui lors d’un road trip. Pendant ce temps, un lieutenant de la Marine, en détention préventive, au NCIS est empoisonné par un célèbre trafiquant de drogue.

Gibbs et Bishop sont a bord d'un sous-marin nucléaire pour enquêter sur un meurtre. Celui-ci ne donne plus aucun signe de vie ce qui inquiète le directeur Vance.

Alors qu'ils enquêtent sur le meurtre d'un Marine, l'équipe du NCIS découvre un labyrinthe de caméras espions cachées dans les chambres d'un motel de Virginie.

Gibbs doit faire face à la réalité de ses actions après avoir aidé Ziva avec "la dernière chose" qu'elle disait avoir à faire avant de retrouver sa famille.

Suite à un braquage qui a mal tourné durant la Saint-Patrick, les braqueurs se réfugient et se cachent de la police dans le Dinner préféré de l'équipe où sont Palmer et Kasie en attendant d'aller au travail commencer l'enquête sur un mort, qui est issu du groupe de braqueurs. Il s'ensuit une longue prise d'otage qui sera réglée par un subterfuge de Kasie et grace aux talents de Gibbs, Torres et Bishop.

Les vacances dans les Bahamas de McGee et sa femme Delilah deviennent une mission à haut risques quand une affaire du NCIS que suit le NCIS à propos de la mort d'un manager d'une escape room à des liens avec l'île. Aussi, Gibbs craint le pire quand sa recherche de Fornell le mène à du sang.

Vance envoie McGee, Torres et Bishop à une conférence au sommet des affaires étrangères yéménites afin qu’ils y fassent respecter les règles COVID où ils découvrent un lien avec une affaire pour meurtre du NCIS.

Pour découvrir le commanditaire des meurtres, Gibbs et Cole escortent Lemere jusqu’à sa première victime tandis que Jessica Knight infiltre un groupe industriel lié aux versements perçus par le tueur à gage.

Le NCIS enquête sur l’affaire d’un réserviste de la Navy dont le corps a été retrouvé dans une voiture rétamée au bout d’un champ de tir. Kasie pèse le pour et le contre de l’achat d’une arme.

Le NCIS est appelé lorsque l’adjudant-chef Rafi Nazar est soupçonné d’avoir tenté de vendre des logiciels secrets de la Navy utilisés pour piloter des drones de combat.

Un incident macabre survenu lors de la soirée de révélation du sexe d'un quartier-maître de la marine conduit le NCIS à l'affaire de la disparition d'un professeur, popularisée par un podcast sur les crimes réels.

Félix Lassiter accuse sa femme Tara Flynn, secrétaire de la Navy, d'avoir tenté de le tuer à trois reprises. Personne ne le prend au sérieux jusqu'à ce qu'il soit victime d'un empoisonnement avec un neurotoxique militaire.

Un vieil ami de Torres vient le voir ensanglanté pour obtenir des conseils sur une opération d'infiltration du FBI. Il disparait peu après et toute l'équipe du NCIS aide Torres à le retrouver. McGee, de son côté, s'entraine dans l'objectif de participer prochainement à un jeu télévisé populaire.

L'agent Knight devient populaire sur les réseaux sociaux après avoir sauvé une mère et ses enfants d'un accident qui aurait pu leur être fatal.