Gibbs et Fornell tentent de retrouver le leader du cartel de drogue qui a fourni la drogue à la fille de Fornell. Aussi, l'équipe s'occupe d'une affaire de cadavre disparu.

Des flashbacks nous ramènent à la première affaire de meurtre qui a mené le jeune Gibbs vers le NCIS et vers sa première rencontre avec le nouveau aux USA : Ducky.

La découverte de deux corps dans la forêt mène l'équipe du NCIS dans le monde moderne des chasseurs de trésor. Aussi, Gibbs et Fornell avancent encore plus dans leur recherche du dealer d'opioid.

Les vacances dans les Bahamas de McGee et sa femme Delilah deviennent une mission à haut risques quand une affaire du NCIS que suit le NCIS à propos de la mort d'un manager d'une escape room à des liens avec l'île. Aussi, Gibbs craint le pire quand sa recherche de Fornell le mène à du sang.

La croisade de Gibbs et Fornell pour trouver la personne à la tête du trafic de drogue responsable de l'overdose d'Emily, la fille de Fornell, arrive à son apogée. Aussi, Gibbs et Vance mettent finalement l'équipe au parfum sur une affaire qui à de dangereuses implications.

Après avoir reçu une information à propos d'armes de contrebande, Bishop et Torres se retrouvent dans une fusillade dans l'ancienne maison d'un shérif devenu depuis un site historique et se retrouvent malgré eux enfermés dans les anciennes cellules abandonnées.

Le NCIS enquête sur le meurtre d'un officier de la Navy qui a été tué en reconduisant chez lui un ancien prisonnier récemment libéré. Aussi, Gibbs aide Palmer à gérer un traumatisme personnel.

Quand le nom de Sloane est découvert en Afghanistan au niveau d'un bus abandonné dont le chauffeur est mort, Gibbs l'accompagne pour retrouver un groupe de jeune fille qui ont été enlevées du bus. Aussi, McGee, Bishop et Torres traquent un hacker qui transmet des informations compromettante par email à des Talibans.

Le NCIS entre dans le monde de la compétition mondiale du food truck quand un homme est retrouvé mort dans l'un des trucks. Pendant ce temps Gibbs aide Fornell à surmonter la mort de sa fille Emily, morte d'une rechute.

NCIS découvre un ring secret de combat de chiens, ce qui conduit à un mouvement inattendu de l'un des membres de l'équipe.

Les preuves de l’agression d’un sergent de marine amènent Torres à rencontrer son père, Miguel (Steven Bauer), qui est parti quand il était enfant.

Pendant que l'équipe enquête sur la mort d'un cycliste tué lors d'un délit de fuite, Gibbs se prépare pour témoigner contre un conseiller financier qui a volé des millions à ses clients de la Navy.

Le NCIS traque un ordinateur volé jusqu'à l'oncle d'un jeune garçon, Phineas, l'ancien voisin de Gibbs.

Lorsque des membres d’une équipe du NCIS REACT (Regional Enforcement Action Capabilities Training Team) sont tués dans une explosion, l’agent spécial du NCIS Jessica Knight Katrina Law, la seule survivante, aide à élucider l’affaire à l’aide d’un blindage de haute technologie.

Alors qu’elle poursuit un dangereux trafiquant d’armes, l’équipe est choquée quand Bishop est impliqué dans une vieille fuite de la NSA. Aussi, Gibbs et Marcie (Pam Dawber) réalisent que le tueur qu’ils traquent pourrait être parmi eux.