Tony egy szigorúan titkos ügyön dolgozva lövöldözésbe keveredik, megsérül és a kórházban köt ki. Amikor magához tér, a holmija között egy másik NCIS ügynök véres jelvényét találják. Tony azonban nem emlékszik semmire. Gibbs mindent megtesz, hogy segítsen társának a múltat felidézni, és kideríteni, hogy mi történhetett.

Amikor egy fiatal ügynök hazatér egy afganisztáni küldetéséről, halálos szúrt sebeket szerez. Tony hamarosan egy nagy összeggel teli ládát talál elásva, miközben egy apró és különös szúrásnyomot találnak az áldozat karján. Az NCIS csapata később rájön, hogy nem a fiatal meggyilkolt ügynök volt a célpont, hanem a testvére.

Egy parkban éjszaka lelövik Paul Booth tengerészhadnagyot. Amikor a csapat a helyszínre érkezik, a férfi tárcájában megtalálják McGee egyik régi névjegykártyáját, amelyet még a norfolki NCIS egységnél használt. McGee azonban egyáltalán nem emlékszik a férfire. Hamarosan az is kiderül, hogy Booth élete utolsó telefonhívását McGee nagyanyjához intézte.

Halálra gázolnak egy, az FBI által is körözött bérgyilkost, akinek a következő áldozata Sportelli nyomozó szerint nem más lett volna, mint egy haditengerész. A nyomozás az NCIS bevonásával kezdetét veszi, miközben Abby szeretné, ha az egyik veséjét donorként használnák fel.

Egy hajó fedélzetén meggyilkolják a parti őrség egyik tizedesét. A helyszínelés közben egy libanoni családot találnak a hajón elbújva, akik menedékjogot szeretnének kérni, de a minisztérium egyelőre nem segít rajtuk. A NCIS csapata eközben barátnőt keres Gibbs-nek, hogy a hétvégén el legyen foglalva és ne "zaklassa" folyton őket.

Egy elhagyatott autópálya szélén holtan találják Jason Simms tengerészhadnagyot. A halottkém különös eredményre jut: a hadnagyba mérhetetlenül sok folyadékot diktáltak bele, és ez okozta a halálát. Eközben Gibbsnek alkalma nyílik Ducky új barátnőjével megismerkedni.

Az NCIS csapata egy különleges emberrablási ügyben folytat nyomozást, ugyanis az elrabolt személy nem más, mint Gibbs és Fornell ex-feleségének jelenlegi férje. Az eset során természetesen sok régi konfliktus a felszínre kerül. Eközben DiNozzo ügynök aggódik a hajáért, ugyanis úgy érzi, hogy több hajszálat veszít el, mint régen.

Egy repülőgép váratlanul lezuhan, amely Afganisztánban elhunyt katonák holttestét szállította. Az NCIS csapata azonban a DNS-vizsgálat során rájön, hogy nem azok az áldozatok vannak a koporsóban, mint akiket ténylegesen haza kellett volna szállítani.

Az NCIS továbbra is az eltűnt tengerésznő, Gabriela Flores ügyében nyomoz. Ziva és Gibbs Afganisztánba utaznak, remélve, hogy Flores még életben van. Első lépésben a terrorista Soraya Zoranjt, azt a nőt szeretnék kézre keríteni, aki tanárnak álcázva magát a lányiskola elleni támadást megszervezte.

DiNozzo édesapjára másnapos állapotban találnak rá a kocsijában, a csomagtartóban egy holttesttel. DiNozzo ügynök nem vehet részt a nyomozásban, mivel az édesapja az elsőszámú gyanúsított, azonban különféle cselekkel próbálja megtudni a társaitól, hogy hol tart az ügy. Közben egyre több a bizonyíték az idősebb Anthony ellen, amikor is DiNozzo egy bár kamera-felvételére hívja fel a figyelmet.

A Haditengerészet egyik ezredesét holtan találják egy szállodai szobában. A nyomozás során kiderül, hogy az ezredes a barátnőjét várta, akinek később trükkös módszerrel sikerül is felvennie a kapcsolatot az NCIS csapatával. Az állapotos nő retteg, mert úgy érzi, hogy követik őt, és nem a barátjának, hanem neki kellett volna meghalni, mert valójában rá vadásznak. Eközben Palmer a leendő apósát vezeti körbe az NCIS bázison, aminek senki sem örül. DiNozzo-t pedig az ex-feleségével heccelik, aki meghívta őt karácsonyozni.

Egy haditengerészt meggyilkolnak a saját autójában, s egy idős szemtanú szerint az autóból egy fiatal nő szállt ki, aki nem a hadnagy felesége volt. A nyomozás során egy régen eltűnt ismerős is visszatér, aki nem más, mint E.J. Barrett. Gibbs közben a haditengerészetért felelős minisztertől kér segítséget, mert úgy gondolja, hogy tudja, ki a gyilkos és, hogy mi a terve.

Holtan találnak rá a haditengerészet egyik parancsnoknőjére egy építkezésen. Gibbs és csapata nyomozásba kezd, de az áldozat férje csak nehezíti a dolgukat.

Gibbs éppen a szokásos reggeli kávéját fogyasztja a jól megszokott kávézójában, amikor is fegyveres támadás történik, és megáll az idő. Gibbs előtt lepereg egy élet, amely ugyan nem az övé, de lehetett volna, ha máshogy cselekszik eddigi életében.

Egy virágüzlet késő este halálos fenyegetést kap, amely aztán két ember életének kioltásával végződik. Az NCIS kapja meg az ügyet, mivel az egyik áldozat a haditengerészet ezredese volt. Tony-t pedig teljesen felvillanyozza az eset - az áldozatok titkos élete miatt.

Két piti bűnöző ki akar rabolni egy házat, de meglepetésükre a helyszínen egy holttestet találnak. A nyomozás közben kiderül, hogy az áldozat pszichiátere biztos benne, hogy a férfi nem lehetett öngyilkos. A szálak pedig később egy titkos kormányprogram felé vezetnek.

Miután ismeretlen személy titkos kormány-közeli dokumentumokat szivárogtat ki, az NCIS és a PsyOps közös akcióba kezd. Az a feladatuk, hogy rájöjjenek, vajon kinek állhatott mindez érdekében.

Az NCIS csapata ezúttal egy különlegesen érzékeny ügyben kell, hogy eljárjon. Gibbs-ék egy halott tengerész esetét vizsgálják, ahol azonban a legfőbb gyanúsított Vance igazgató egy közeli rokona.

Egy piknikező pár váratlanul egy gyilkosság helyszínén találja magát. Az áldozat egy tengerész, aki Kolumbiában látott el szolgálatot. Gibbs rájön, hogy az ottani lázadók elraboltak egy tengerészeti lelkészt is, így Ziva-ékat a helyszínre küldi, ahol az ügynöknő egykori kiképzője lesz a segítségükre.

Egy titkos tengerészeti dokumentumokat őrző raktár szinte porig ég. Gibbs-ék feladata, hogy kiderítsék, kiszivároghattak-e bizalmas információk az eset során, miközben ráadásul egy halott ember kilétére is fényt kell deríteniük. Tony pedig kénytelen együtt dolgozni az ügyön egy régi ismerősével.

Az NCIS csapata egy tengeralattjárón történt gyújtogatásban vizsgálódik. Ez összefüggésbe hozható a korábbi tűzesetekkel, ráadásul súlyos nemzetbiztonsági fenyegetést is jelent. Tony és Ziwa pedig egészen Olaszországig követik a nyomokat.

Dorneget ügynök fogában poloskát talál a fogorvosa. Ez a felismerés pedig az egész NCIS tevékenységét veszélybe sodorhatja. Később aztán kiderül, hogy az egész mögött a régóta körözött Harper Dearing áll.

Vance igazgató nyomtalanul eltűnik a hazaúton, és senki sem tudja, hogy hova tűnhetett, vagy ki rabolhatta el. Gibbs és csapata persze rögtön vizsgálódni kezdenek, amikor is váratlan telefonhívást kapnak. Eközben pedig közeleg Jimmy várva várt esküvőjének napja.