Za Gibbsem do nemocnice přichází psycholožka Dr. Rachel Cranstonová, aby si promluvila s Tonym DiNozzou coby pacientem. Stal se obětí střelby, život mu ale naštěstí zachránila vesta. Nicméně si DiNozzo celou záležitost vůbec nepamatuje a právě Dr. Cranstonová mu má pomoci oživit jeho paměť. Při střelbě byl totiž zastřelen jiný agent NCIS a on je podezřelý z jeho zabití. Tonymu se postupně vracejí vzpomínky na tajnou misi, kterou byl pověřen samotným vrchním šéfem námořnictva, Claytonem Jarvisem, o které neměl vědět ani nikdo z Tonyho kolegů, ani s amotný Gibbs. Podle všeho měl kohosi zlikvidovat, ale nedokázal si vzpomenout, kdo měl být terčem. Stopy je zavedou k agentce Barrettové a jejímu kolegovi Cadymu.

Za Gibbsem do nemocnice přichází psycholožka Dr. Rachel Cranstonová, aby si promluvila s Tonym DiNozzou coby pacientem. Stal se obětí střelby, život mu ale naštěstí zachránila vesta. Nicméně si DiNozzo celou záležitost vůbec nepamatuje a právě Dr. Cranstonová mu má pomoci oživit jeho paměť. Při střelbě byl totiž zastřelen jiný agent NCIS a on je podezřelý z jeho zabití. Tonymu se postupně vracejí vzpomínky na tajnou misi, kterou byl pověřen samotným vrchním šéfem námořnictva, Claytonem Jarvisem, o které neměl vědět ani nikdo z Tonyho kolegů, ani samotný Gibbs. Podle všeho měl kohosi zlikvidovat, ale nedokázal si vzpomenout, kdo měl být terčem.

Gibbs vyšetřuje smrt zastřeleného námořního poručíka Paula Boothe. Při ohledání se u něj najde osm let stará McGeeho vizitka z NCIS. Muž pracoval na univerzitě jako profesor matematiky, ale v poslední době si nechal zkrátit úvazek, neboť byl zapojen do tajného projektu pro Telis Research. Jeho manželka, na jejíž účet Paul krátce před svou smrtí převedl veškeré peníze, o projektu vůbec nevěděla. Manžela spíše podezírala z nevěry, ale v poslední době si všimla, že ho kdosi sleduje. Paulův nadřízený nechce vyšetřovatelům prozradit, na čem pracoval. McGee zažije šok, když zjistí, že jedním z posledních hovorů oběti byl telefonát jeho rebelské babičce Penelope. Ta před lety pracovala na tajném vojenském projektu, a jak se zdá, poručíkova smrt by s tím mohla souviset.

Reportérka oslovuje náhodné chodce na ulici a pokládá jim otázky. Jeden z dotazovaných mužů se ale rychle od kamery odvrátí a prchá z místa pryč. Při útěku ho srazí auto a muž v nemocnici umírá. Detektiv Sporteli zjistí jeho totožnost, je to hledaný nájemný vrah. Podle všeho měl být jeho další obětí oceněný hrdina z Afghánistánu, poručík Brett. Ten už rok pracuje v Kongresu jako zákonodárný poradce ve věci dotací na stavbu vojenské letadlové lodi. Ochrany Bretta se i přes jeho počáteční nesouhlas ujímá Ziva. U nájemného vraha v domě Tony nalézá skrýš plnou zbraní, kde je i laptop. Z dalšího zjištění vyplývá, že zabiják dostal nemalou částku od jistého George Kaplana.

Když pobřežní stráž v noci připluje k nedaleko kotvící lodi, na palubě objeví pašované zboží, jinak se ale loď zdá být opuštěná. Náhle se však ozve výstřel a jeden z členů pobřežní stráže padá mrtvý k zemi. Na případu pracuje Gibbs společně s Borinovou. Zatímco probíhá ohledání mrtvoly na palubě lodi, vyšetřovatelé pátrají po členech posádky. Zprvu se zdá, že posádka ze strachu před pobřežní stráží loď opustila, když se najednou ozve vyťukávání morseovky. V podpalubí naleznou libanonskou rodinu, která chce zažádat v USA o azyl. Členové rodiny tvrdí, že je posádka na lodi zamkla a zmizela. Nicméně důkazy je usvědčí ze lži. Na lodi museli být přítomní pouze tito čtyři členové rodiny. Objeví se i další závažné skutečnosti. Rodina měla ještě dceru, která byla zabita při americkém bombardování, a po Faridovi je vyhlášeno pátrání kvůli bombovému útoku před 27 lety. Než Abby s McGeem stačí varovat své kolegy přímo na lodi, dojde ke konfliktu mezi Tonym a Faridem, který končí zatčením a potřísněním Tonyho šatů. Abby si bere Tonyho oblečení k rozboru. Identifikuje čistý glycerín a dojde jí, že se schyluje k teroristickému činu neskutečných rozměrů...

Gibbsův tým řeší vraždu muže, který se předávkoval extází a následkem strašlivé žízně se upil k smrti. Zpočátku to vypadá na vyřizování účtů, ale když je nalezena druhá oběť, zdá se, že jde o práci sériového vraha. Ducky zatím prožívá románek s velmi půvabnou dámou jménem Mary. Ale jak se ukáže, s Mary není něco v pořádku.

Bývalá Gibsova manželka Diane se na něj a na svého druhého ex-manžela Tobiase Fornella obrátí o pomoc. Tvrdí, že její současný manžel Victor byl unesen. Gibbs a Fornell neochotně souhlasí, ale brzy přijdou na to, že obavy Diane byly odůvodněné. Stopa vede k formuli na výrobu syntetického smrtícího viru a v sázce jsou životy celého vojenského velení.

Nedaleko letecké základny v Doveru se zřítí letadlo, které převáželo z Afghánistánu šest mrtvých vojáků. Mezi nimi i nadporučíka Gabrielu Floresovou. Gibbse, kterému se zdálo o jeho dávno zesnulé manželce Shannon, náhle probudí telefon a Vance ho povolává na místo tragédie. Podle všeho bylo na palubě letadla šest rakví a pět členů posádky, z nichž jeden přežil. Abby musí provést testy DNA, aby určila totožnost všech obětí leteckého neštěstí i padlých vojáků. Jenomže DNA nadporučíka Floresové mezi ostatky chybí. Oddíl v Afghánistánu po ní ale v oblasti marně pátrá. Gibbs je odhodlaný stůj co stůj Gabrielu najít a přivést ji zpátky domů.

Gibbs se se Zivou vydává do Afghánistánu. Podaří se jim nadporučíka Floresovou zachránit. Při akci padne kapitán Quincy, ale Gibbs zajistí teroristku, kterou převeze do USA. Při výslechu ale zjistí, že ona a její sourozenci plánují útok na školní autobus.

Na molu se najde rolls royce s opilým spícím otcem agenta DiNozza a mrtvým námořním poručíkem, ale též bohatým podnikatelem Masseym v kufru. Pro DiNozza seniora to nevypadá vůbec dobře, důkazy svědčí proti němu, ale on trpí ztrátou paměti. Tony je přesvědčený, že jeho otec nikoho nezabil a přes výslovný zákaz Gibbse i Vance se zapojí do pátrání a významnou měrou přispěje k odhalení pravého pachatele.

Děti hrající si na ulici objeví v havarovaném autě tělo mrtvého muže. Je zjevné, že byl zastřelen z dálky profesionálním odstřelovačem. Svědkyně zahlédla, jak z místa činu utíká jakási žena s blonďatými vlasy. Prostřednictvím GPS ve voze oběti Abby určí místo, kde záhadná žena do auta nastoupila. Posléze se ukáže, že onou ženou není nikdo jiný než jejich pohřešovaná kolegyně E. J. Barrettová. Ta identifikuje střelce, ale než se k němu tým dostane, je i on zavražděn. Za těmito vraždami stojí agent FBI Stratton, který má v plánu zabít i Barrettovou. Ta odchází s Tonym do úkrytu...

V opuštěném bytě je nalezeno tělo Mayi Burrisové, která pracovala jako námořní atašé. Její manžel detektivům příliš nevěří a je rozhodnut vraha za každou cenu vypátrat. Na první pohled je zřejmé, že vraždu musel spáchat člověk znalý policejních postupů. Abby přichází se zjištěním, že náboje, které prošly tělem, neodpovídají otvorům ve zdi. Vyšetřování potvrdí, že s tělem bylo manipulováno a vrah střílel ze střechy protějšího domu. Zavražděná žena se zajímala o teroristickou skupinu v Pákistánu a Ziva se dozvídá, že mezi spolupracovníky oběti byl i její přítel, pracovník CIA, Ray Cruz.

Gibbs sedí v bistru, když v tom se tam objeví muž v kapuci, vytáhne pistoli a pokusí se Gibbse zastřelit. V tom okamžiku se Gibbsovi před očima začne odvíjet jeho život. Potkává všechny své mrtvé známé, svou ženu, dceru a bilancuje svůj život a svá rozhodnutí.

Gibsův tým vyšetřuje smrt dvou mužů, kteří pomáhali jako sousedská hlídka v převleku za superhrdiny. Do případu se také zapojuje redaktorka Wendy. Ta je, jak se ukáže, Tonyho bývalá snoubenka, která ho opustila den před svatbou. Vysvětluje mu, že ho kdysi opustila, protože se ještě na takový vztah necítila, zatímco nyní je situace jiná.

V domě, který vykrádají dva vykutálení lupiči, se ve stejném okamžiku oběsí muž. Jedná se o psychologa, který spolupracoval s armádou na vývoji nových psychologických technik v speciálním útvaru MISO. Doktorka, která byla jeho psychoterapeutkou, ale nevěří, že by byl schopen si sáhnout na život. Vance k případu povolává svou bývalou spolužačku z vysoké doktorku Ryanovou. Ta se přes počáteční rozbroje postupně sbližuje s Gibbsem.

Na Gibbse čeká právník se svým klientem Wileyem, kterému hrozí stíhání kvůli drogám. Navrhuje zrušení trestu výměnou za informaci týkající se národní bezpečnosti. Gibbs má o informace zájem, ale když se s Wileym setká, ten se chytne za srdce a zkolabuje. Podle všeho selhal jeho kardiostimulátor. Pak Abby přichází s překvapivým zjištěním, že Wiley byl zavražděn...

Gibbs a Tony mají chránit tajemníka námořnictva Claytona Jarvise, který se rozhodl pro stavbu lodí z moderních a lehčích materiálů než je ocel. Tím ocelářská společnost přišla o svůj nejvýznamnější kontrakt pro námořnictvo. Před týdnem se na internetu objevila jedna strana utajovaného dokumentu a tentýž den dostal Jarvis požadavek, aby námořnictvo změnilo své rozhodnutí, jinak budou zveřejněny další stránky, které poukazují na slabiny všech přístavů na východním pobřeží. Gibbsův tým tajně vyšetřuje, kdo je za vydíráním a komu se podařilo získat tajný dokument.

Muž, který vleče svého velmi opilého společníka k autu, si všimne mrtvého muže. Někdo ho brutálně ubodal. Policie brzy zjistí, že obětí je Caleb Adams. McGee se spojí s velitelem lodi, se kterou Caleb připlul, a zjišťuje, že další, kdo se na loď nevrátil, je Brian Smith...

Dva mladí lidé hledají v parku místo na piknik. Vyberou si místo pod stromem, když najednou vedle nich spadne mrtvola mladého muže. Někdo vyhodil z letadla námořního nadporučíka Larabeeho. Během pátrání se ukáže, že nadporučík působil jako člen humanitárního oddílu v Jižní Americe. Prováděl tam očkování horského obyvatelstva. Spolu s ním tam byla i kaplanka Wadeová. Ta je však nezvěstná, a tak se Gibbs rozhodne vyslat Zivu a Tonyho do Cartageny, aby se po pohřešované podívali.

Ve skladu elektronické firmy United Equinox zuří požár, který se nakonec podaří dostat pod kontrolu. Na místě se však najde ohořelé lidské tělo a tajný spis. Firma vlastnící sklad vyrábí modemy a toustovače, ale také přísně utajované zbraně. Z bezpečnostních záznamů začíná být zřejmé, že obětí je Carter Plimpton, systémový analytik, jenž vešel do budovy jako poslední...

Na lodi U.S.S. Brewer dojde k výbuchu, při kterém dva lidé zahynou. Admirál Theodore Tully informuje o neštěstí na lodi a je rád, že obětí nebylo víc. U mrtvého žháře Bruce Johnsona NCIS nenalezla zatím žádnou pořádnou stopu. Abby prochází Johnsonovu skartovačku a objevuje v ní dokument napsaný korejsky...

Nováček Ned Dorneget si nechává vytáhnout zubní implantát. Zubař zjišťuje, že to není obyčejný implantát, ale odposlouchávací zařízení. Abby prověřuje, čí je to patent a ukáže se, že žádost o registraci podal před osmnácti měsíci právě Harper Dearing. Tentýž Dearing, kterého NCIS hledá kvůli závadné elektroinstalaci. Dearing se napíchne na zabezpečenou linku, aby Gibbsovi sdělil, že právě on je příčinou jeho pomsty, a slibuje další akci. Gibbs s Ryanovou si vytvoří teorii, že by mohlo jít o výrobu vadných dělostřeleckých granátů. Gibbs je o této teorii skálopevně přesvědčen. O to větší je jeho překvapení, když zjistí, že to byla jen past a že hrozba přijde odjinud. A skutečně. Za záhadných okolností mizí ředitel Vance.

Tým je přesvědčený, že za výbuchy a únosem ředitele Vance stojí Harper Dearing. On viní námořnictvo ze smrti svého syna. Gibbs dostane z vězení Jonathana Colea, potenciálního Dearingova spojence, aby ho s jeho pomocí vlákal do pasti. Tým ale nedokáže včas odvrátit poslední útok, bombu vloženou do auta ředitele Vance stojícího před budovou NCIS.